# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2612 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.017 0.086 0.837 2 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.010 0.101 0.854 3 K 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.012 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.379 0.067 0.069 0.429 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.088 0.018 0.096 0.777 5 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.008 0.009 0.003 0.876 0.012 0.015 0.070 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 0.044 0.020 0.580 0.045 0.028 0.264 7 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.011 0.892 0.017 0.006 0.049 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.071 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.733 0.021 0.012 0.110 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.154 0.182 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.404 0.022 0.022 0.144 10 A 0.008 0.001 0.001 0.001 0.261 0.211 0.136 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.040 0.022 0.124 11 K 0.046 0.002 0.001 0.001 0.037 0.006 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.051 0.082 0.626 12 G 0.423 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.114 0.059 0.364 13 E 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.024 0.123 0.784 14 N 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.014 0.140 0.792 15 G 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.110 0.070 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.129 0.050 0.103 0.344 16 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.157 0.130 0.016 0.033 0.012 0.008 0.003 0.151 0.049 0.099 0.304 17 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.057 0.009 0.167 0.074 0.026 0.008 0.453 0.064 0.024 0.109 18 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.079 0.137 0.179 0.018 0.411 0.053 0.020 0.087 19 H 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.038 0.019 0.800 0.038 0.017 0.056 20 L 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.033 0.028 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.655 0.076 0.031 0.140 21 N 0.023 0.003 0.001 0.001 0.046 0.040 0.069 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.492 0.116 0.053 0.139 22 A 0.028 0.002 0.001 0.001 0.006 0.006 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.272 0.041 0.124 0.506 23 I 0.231 0.006 0.002 0.001 0.013 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.139 0.123 0.394 24 R 0.016 0.001 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.025 0.137 0.741 25 G 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.032 0.122 0.777 26 L 0.157 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.008 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.082 0.139 0.510 27 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.083 0.029 0.176 0.680 28 G 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.038 0.004 0.016 0.005 0.006 0.002 0.440 0.051 0.077 0.342 29 S 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.014 0.012 0.006 0.015 0.024 0.048 0.005 0.445 0.043 0.078 0.287 30 F 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.009 0.008 0.018 0.006 0.812 0.033 0.019 0.079 31 I 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.022 0.024 0.012 0.468 0.077 0.048 0.301 32 K 0.010 0.006 0.001 0.001 0.002 0.010 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.005 0.680 0.048 0.040 0.171 33 E 0.015 0.007 0.003 0.001 0.029 0.013 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.369 0.077 0.073 0.393 34 V 0.044 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.301 0.057 0.116 0.468 35 Q 0.315 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.090 0.077 0.349 36 K 0.007 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.015 0.114 0.791 37 G 0.011 0.131 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.025 0.096 0.689 38 G 0.184 0.583 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.049 0.030 0.117 39 P 0.244 0.304 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.124 0.049 0.230 40 A 0.163 0.068 0.085 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.022 0.233 0.058 0.339 41 D 0.499 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.025 0.030 0.063 0.347 42 L 0.138 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.027 0.089 0.703 43 A 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.012 0.126 0.801 44 G 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.020 0.122 0.807 45 L 0.012 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.029 0.160 0.725 46 E 0.459 0.123 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.051 0.054 0.281 47 D 0.123 0.113 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.037 0.068 0.151 0.500 48 E 0.008 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.506 0.058 0.093 0.257 49 D 0.004 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.434 0.109 0.075 0.289 50 V 0.006 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.798 0.067 0.016 0.056 51 I 0.012 0.032 0.003 0.002 0.002 0.030 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.009 0.576 0.151 0.016 0.133 52 I 0.001 0.002 0.024 0.001 0.578 0.037 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.221 0.084 0.004 0.019 53 E 0.025 0.001 0.004 0.001 0.018 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.636 0.049 0.036 0.222 54 V 0.751 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.132 0.012 0.054 55 N 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.005 0.112 0.785 56 G 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.019 0.092 0.843 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.813 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.016 0.023 0.089 58 N 0.061 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.035 0.077 0.683 59 V 0.143 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.181 0.019 0.004 0.001 0.015 0.078 0.069 0.461 60 L 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.010 0.002 0.056 0.014 0.076 0.790 61 D 0.017 0.088 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.026 0.067 0.781 62 E 0.018 0.223 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.054 0.142 0.494 63 P 0.023 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.009 0.065 64 Y 0.025 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.016 65 E 0.004 0.847 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.004 0.023 66 K 0.005 0.924 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.002 0.010 67 V 0.004 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 68 V 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.012 69 D 0.019 0.321 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.599 0.010 0.047 70 R 0.009 0.122 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.764 0.040 0.053 71 I 0.079 0.033 0.200 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.546 0.044 0.090 72 Q 0.279 0.004 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.037 0.050 0.603 73 S 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.037 0.915 74 S 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.117 0.836 75 G 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.143 0.820 76 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.032 0.111 0.668 77 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.432 0.069 0.066 0.418 78 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.798 0.076 0.015 0.092 79 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.022 0.012 0.814 0.041 0.011 0.079 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.006 0.949 0.013 0.002 0.014 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.869 0.019 0.011 0.074 82 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.774 0.036 0.027 0.124 83 C 0.037 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.402 0.077 0.082 0.377 84 G 0.072 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.076 0.102 0.610 85 K 0.059 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.074 0.107 0.678 86 K 0.066 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.059 0.111 0.672 87 A 0.059 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.042 0.098 0.743 88 Q 0.050 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.032 0.029 0.112 0.752 89 D 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.029 0.016 0.125 0.791 90 T 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.053 0.032 0.134 0.726 91 V 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.062 0.035 0.135 0.713