# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2612 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.026 0.002 0.001 0.010 0.015 0.033 0.110 0.001 0.001 0.020 0.784 2 M 0.015 0.001 0.001 0.010 0.017 0.030 0.151 0.001 0.001 0.014 0.760 3 K 0.008 0.001 0.001 0.039 0.147 0.256 0.126 0.001 0.001 0.030 0.390 4 P 0.003 0.001 0.001 0.051 0.080 0.235 0.080 0.001 0.001 0.056 0.492 5 K 0.001 0.001 0.001 0.088 0.303 0.458 0.022 0.001 0.001 0.029 0.099 6 L 0.001 0.001 0.001 0.158 0.231 0.405 0.014 0.001 0.001 0.057 0.133 7 C 0.001 0.001 0.001 0.107 0.506 0.320 0.005 0.001 0.001 0.016 0.045 8 R 0.001 0.001 0.001 0.165 0.312 0.420 0.008 0.001 0.001 0.040 0.053 9 L 0.005 0.001 0.001 0.091 0.389 0.346 0.017 0.001 0.001 0.039 0.113 10 A 0.010 0.001 0.001 0.082 0.298 0.290 0.038 0.001 0.002 0.059 0.218 11 K 0.041 0.002 0.001 0.028 0.054 0.092 0.099 0.002 0.001 0.045 0.634 12 G 0.365 0.002 0.001 0.012 0.016 0.021 0.074 0.005 0.001 0.065 0.438 13 E 0.034 0.001 0.001 0.007 0.007 0.012 0.109 0.001 0.001 0.021 0.807 14 N 0.010 0.001 0.001 0.017 0.012 0.037 0.140 0.001 0.001 0.019 0.762 15 G 0.012 0.002 0.001 0.033 0.078 0.120 0.120 0.001 0.001 0.073 0.560 16 Y 0.003 0.002 0.001 0.096 0.216 0.255 0.086 0.001 0.001 0.053 0.288 17 G 0.002 0.002 0.001 0.147 0.133 0.399 0.037 0.001 0.001 0.062 0.218 18 F 0.001 0.001 0.001 0.171 0.374 0.293 0.018 0.001 0.001 0.036 0.105 19 H 0.003 0.003 0.001 0.260 0.230 0.359 0.019 0.001 0.001 0.048 0.077 20 L 0.019 0.004 0.001 0.214 0.210 0.239 0.039 0.003 0.001 0.056 0.214 21 N 0.016 0.004 0.006 0.146 0.195 0.291 0.053 0.004 0.006 0.062 0.218 22 A 0.073 0.003 0.001 0.043 0.053 0.131 0.102 0.004 0.001 0.048 0.539 23 I 0.365 0.002 0.001 0.023 0.026 0.037 0.085 0.004 0.001 0.088 0.368 24 R 0.010 0.001 0.001 0.026 0.012 0.027 0.123 0.001 0.001 0.020 0.779 25 G 0.023 0.002 0.001 0.013 0.007 0.022 0.122 0.001 0.001 0.025 0.782 26 L 0.073 0.004 0.001 0.014 0.073 0.041 0.154 0.003 0.001 0.074 0.562 27 P 0.011 0.006 0.001 0.051 0.035 0.087 0.159 0.001 0.001 0.038 0.611 28 G 0.005 0.006 0.001 0.064 0.095 0.429 0.072 0.001 0.001 0.035 0.292 29 S 0.003 0.005 0.001 0.094 0.310 0.337 0.037 0.001 0.001 0.035 0.178 30 F 0.009 0.012 0.001 0.129 0.282 0.391 0.022 0.001 0.001 0.047 0.105 31 I 0.026 0.017 0.001 0.116 0.214 0.264 0.047 0.006 0.001 0.072 0.235 32 K 0.010 0.008 0.001 0.164 0.260 0.337 0.037 0.001 0.001 0.034 0.147 33 E 0.016 0.007 0.020 0.065 0.117 0.261 0.077 0.003 0.013 0.096 0.325 34 V 0.070 0.005 0.001 0.076 0.059 0.089 0.121 0.006 0.001 0.054 0.517 35 Q 0.767 0.002 0.001 0.012 0.010 0.009 0.028 0.002 0.001 0.025 0.143 36 K 0.002 0.001 0.001 0.018 0.002 0.011 0.111 0.001 0.001 0.004 0.851 37 G 0.003 0.017 0.001 0.005 0.005 0.008 0.062 0.001 0.001 0.010 0.889 38 G 0.200 0.523 0.002 0.005 0.076 0.011 0.029 0.025 0.001 0.031 0.098 39 P 0.184 0.634 0.002 0.006 0.002 0.003 0.033 0.014 0.001 0.017 0.104 40 A 0.170 0.236 0.206 0.007 0.012 0.016 0.026 0.021 0.068 0.034 0.205 41 D 0.817 0.018 0.003 0.003 0.003 0.006 0.017 0.011 0.002 0.008 0.112 42 L 0.467 0.025 0.002 0.008 0.005 0.011 0.050 0.016 0.001 0.019 0.397 43 A 0.017 0.005 0.001 0.029 0.010 0.017 0.065 0.001 0.001 0.023 0.833 44 G 0.013 0.003 0.001 0.011 0.006 0.020 0.088 0.001 0.001 0.051 0.808 45 L 0.019 0.002 0.001 0.007 0.055 0.019 0.103 0.001 0.001 0.022 0.771 46 E 0.715 0.002 0.001 0.009 0.010 0.007 0.042 0.002 0.001 0.020 0.192 47 D 0.034 0.003 0.001 0.007 0.004 0.015 0.128 0.002 0.001 0.016 0.790 48 E 0.005 0.006 0.001 0.022 0.016 0.118 0.129 0.002 0.001 0.015 0.687 49 D 0.006 0.011 0.001 0.035 0.231 0.299 0.056 0.001 0.001 0.067 0.294 50 V 0.003 0.006 0.001 0.056 0.252 0.447 0.033 0.001 0.001 0.045 0.158 51 I 0.011 0.006 0.001 0.096 0.280 0.255 0.025 0.001 0.001 0.043 0.283 52 I 0.001 0.001 0.008 0.043 0.379 0.507 0.007 0.001 0.005 0.017 0.033 53 E 0.035 0.002 0.001 0.073 0.149 0.395 0.035 0.002 0.001 0.052 0.256 54 V 0.819 0.001 0.001 0.009 0.022 0.021 0.011 0.003 0.001 0.058 0.056 55 N 0.002 0.002 0.001 0.040 0.034 0.067 0.084 0.001 0.001 0.012 0.760 56 G 0.005 0.005 0.001 0.018 0.009 0.069 0.059 0.001 0.001 0.021 0.814 57 V 0.003 0.001 0.002 0.010 0.717 0.073 0.023 0.001 0.001 0.035 0.132 58 N 0.098 0.002 0.001 0.113 0.037 0.062 0.069 0.002 0.001 0.049 0.567 59 V 0.569 0.002 0.001 0.010 0.015 0.028 0.050 0.003 0.001 0.064 0.258 60 L 0.002 0.001 0.001 0.028 0.005 0.017 0.083 0.001 0.001 0.006 0.858 61 D 0.019 0.018 0.001 0.007 0.004 0.014 0.079 0.001 0.001 0.012 0.846 62 E 0.011 0.058 0.001 0.017 0.117 0.016 0.131 0.002 0.001 0.012 0.636 63 P 0.028 0.840 0.001 0.002 0.003 0.001 0.011 0.004 0.001 0.018 0.093 64 Y 0.016 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 65 E 0.007 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.057 0.018 66 K 0.003 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 0.016 67 V 0.009 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.008 0.007 68 V 0.008 0.929 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.027 0.019 69 D 0.014 0.641 0.005 0.002 0.004 0.006 0.017 0.002 0.001 0.190 0.119 70 R 0.024 0.134 0.010 0.002 0.002 0.004 0.048 0.007 0.003 0.693 0.073 71 I 0.040 0.038 0.147 0.006 0.007 0.008 0.079 0.036 0.100 0.455 0.085 72 Q 0.268 0.016 0.011 0.003 0.007 0.010 0.064 0.007 0.012 0.044 0.557 73 S 0.048 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.045 0.001 0.001 0.009 0.887 74 S 0.026 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.113 0.001 0.001 0.006 0.840 75 G 0.018 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.141 0.001 0.001 0.009 0.818 76 K 0.002 0.001 0.001 0.021 0.060 0.099 0.132 0.001 0.001 0.010 0.675 77 N 0.001 0.001 0.001 0.186 0.038 0.179 0.054 0.001 0.001 0.064 0.478 78 V 0.001 0.001 0.001 0.272 0.294 0.214 0.020 0.001 0.001 0.068 0.132 79 T 0.001 0.001 0.001 0.678 0.088 0.110 0.005 0.001 0.001 0.059 0.059 80 L 0.001 0.001 0.001 0.303 0.438 0.205 0.002 0.001 0.001 0.021 0.031 81 L 0.001 0.001 0.001 0.375 0.300 0.254 0.004 0.001 0.001 0.031 0.035 82 V 0.002 0.001 0.001 0.238 0.414 0.234 0.011 0.001 0.001 0.026 0.073 83 C 0.016 0.002 0.001 0.227 0.219 0.204 0.041 0.003 0.001 0.043 0.244 84 G 0.101 0.008 0.001 0.042 0.042 0.070 0.122 0.008 0.001 0.054 0.550 85 K 0.065 0.006 0.002 0.026 0.016 0.025 0.134 0.006 0.001 0.063 0.656 86 K 0.050 0.004 0.002 0.015 0.015 0.027 0.120 0.004 0.001 0.052 0.711 87 A 0.095 0.003 0.001 0.014 0.015 0.021 0.112 0.003 0.001 0.050 0.687 88 Q 0.060 0.003 0.001 0.011 0.015 0.021 0.115 0.002 0.001 0.039 0.734 89 D 0.008 0.003 0.001 0.012 0.009 0.015 0.101 0.001 0.001 0.015 0.836 90 T 0.103 0.017 0.001 0.014 0.015 0.019 0.130 0.005 0.001 0.051 0.646 91 V 0.064 0.022 0.001 0.019 0.027 0.026 0.153 0.005 0.001 0.055 0.629