# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2612 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.467 0.281 0.046 0.095 0.054 0.020 0.018 0.009 0.005 0.003 0.002 2 M 0.264 0.115 0.028 0.091 0.099 0.104 0.105 0.078 0.055 0.036 0.025 3 K 0.407 0.410 0.045 0.083 0.036 0.007 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 4 P 0.244 0.105 0.037 0.151 0.140 0.117 0.096 0.056 0.030 0.016 0.008 5 K 0.068 0.098 0.061 0.149 0.166 0.163 0.139 0.063 0.050 0.031 0.013 6 L 0.018 0.074 0.059 0.288 0.221 0.146 0.116 0.041 0.023 0.010 0.004 7 C 0.004 0.004 0.011 0.013 0.020 0.036 0.118 0.194 0.234 0.209 0.157 8 R 0.024 0.080 0.093 0.353 0.291 0.066 0.050 0.020 0.013 0.007 0.002 9 L 0.002 0.005 0.015 0.022 0.018 0.039 0.097 0.105 0.257 0.237 0.203 10 A 0.049 0.076 0.081 0.277 0.247 0.087 0.096 0.031 0.030 0.018 0.008 11 K 0.040 0.078 0.055 0.116 0.115 0.125 0.184 0.109 0.087 0.054 0.037 12 G 0.231 0.201 0.066 0.209 0.132 0.064 0.048 0.021 0.014 0.009 0.006 13 E 0.422 0.256 0.046 0.100 0.076 0.030 0.034 0.018 0.010 0.005 0.003 14 N 0.428 0.199 0.035 0.135 0.088 0.044 0.035 0.018 0.010 0.005 0.003 15 G 0.216 0.129 0.045 0.140 0.120 0.110 0.103 0.051 0.042 0.027 0.016 16 Y 0.010 0.019 0.013 0.041 0.055 0.093 0.184 0.206 0.178 0.118 0.081 17 G 0.049 0.083 0.041 0.141 0.140 0.140 0.165 0.091 0.072 0.047 0.032 18 F 0.003 0.003 0.005 0.007 0.011 0.016 0.053 0.120 0.214 0.285 0.284 19 H 0.042 0.067 0.042 0.169 0.168 0.112 0.132 0.093 0.079 0.054 0.042 20 L 0.003 0.003 0.004 0.009 0.009 0.016 0.048 0.077 0.204 0.277 0.350 21 N 0.042 0.073 0.039 0.180 0.187 0.121 0.131 0.080 0.070 0.043 0.034 22 A 0.083 0.075 0.045 0.136 0.127 0.104 0.139 0.097 0.090 0.060 0.045 23 I 0.074 0.061 0.029 0.102 0.100 0.114 0.151 0.101 0.108 0.084 0.076 24 R 0.161 0.157 0.056 0.174 0.135 0.090 0.095 0.055 0.038 0.024 0.015 25 G 0.502 0.141 0.040 0.106 0.060 0.045 0.043 0.026 0.018 0.013 0.008 26 L 0.125 0.095 0.038 0.123 0.114 0.120 0.114 0.082 0.078 0.072 0.041 27 P 0.183 0.167 0.037 0.127 0.105 0.109 0.119 0.060 0.047 0.027 0.019 28 G 0.116 0.082 0.037 0.144 0.136 0.150 0.136 0.072 0.059 0.040 0.027 29 S 0.040 0.038 0.037 0.063 0.078 0.089 0.153 0.146 0.139 0.127 0.090 30 F 0.012 0.045 0.031 0.117 0.124 0.099 0.167 0.154 0.115 0.082 0.053 31 I 0.001 0.002 0.005 0.011 0.012 0.026 0.066 0.097 0.208 0.263 0.307 32 K 0.038 0.054 0.094 0.293 0.250 0.115 0.085 0.028 0.022 0.016 0.007 33 E 0.052 0.129 0.093 0.231 0.207 0.111 0.092 0.038 0.026 0.014 0.008 34 V 0.003 0.004 0.004 0.009 0.010 0.018 0.058 0.135 0.202 0.245 0.312 35 Q 0.039 0.102 0.071 0.169 0.159 0.133 0.148 0.080 0.047 0.037 0.015 36 K 0.296 0.294 0.179 0.146 0.049 0.015 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 37 G 0.331 0.118 0.039 0.144 0.115 0.114 0.075 0.031 0.018 0.010 0.004 38 G 0.080 0.051 0.019 0.058 0.068 0.082 0.151 0.133 0.153 0.125 0.082 39 P 0.066 0.129 0.062 0.196 0.173 0.121 0.120 0.054 0.041 0.022 0.016 40 A 0.016 0.018 0.041 0.034 0.034 0.049 0.103 0.115 0.184 0.216 0.190 41 D 0.068 0.114 0.086 0.295 0.178 0.101 0.082 0.033 0.022 0.013 0.007 42 L 0.044 0.053 0.031 0.128 0.094 0.121 0.151 0.110 0.119 0.081 0.067 43 A 0.147 0.115 0.039 0.129 0.131 0.124 0.132 0.060 0.058 0.039 0.025 44 G 0.358 0.265 0.044 0.141 0.085 0.043 0.033 0.014 0.010 0.006 0.003 45 L 0.017 0.009 0.007 0.020 0.018 0.034 0.077 0.100 0.194 0.220 0.305 46 E 0.142 0.333 0.052 0.201 0.148 0.041 0.038 0.018 0.013 0.009 0.007 47 D 0.242 0.328 0.045 0.122 0.098 0.051 0.046 0.028 0.020 0.011 0.009 48 E 0.494 0.140 0.033 0.140 0.092 0.049 0.026 0.011 0.008 0.005 0.003 49 D 0.015 0.021 0.015 0.062 0.088 0.125 0.183 0.172 0.142 0.110 0.067 50 V 0.006 0.032 0.026 0.155 0.189 0.171 0.195 0.133 0.056 0.027 0.010 51 I 0.001 0.002 0.009 0.010 0.012 0.023 0.072 0.109 0.216 0.302 0.245 52 I 0.002 0.006 0.022 0.036 0.046 0.073 0.153 0.192 0.194 0.159 0.118 53 E 0.008 0.025 0.112 0.219 0.226 0.118 0.120 0.064 0.051 0.040 0.017 54 V 0.001 0.003 0.006 0.007 0.010 0.024 0.075 0.156 0.200 0.265 0.253 55 N 0.039 0.087 0.064 0.154 0.117 0.125 0.157 0.096 0.075 0.061 0.026 56 G 0.393 0.189 0.071 0.154 0.071 0.041 0.033 0.020 0.014 0.010 0.004 57 V 0.155 0.093 0.044 0.131 0.153 0.134 0.126 0.062 0.049 0.034 0.019 58 N 0.242 0.236 0.041 0.179 0.140 0.052 0.052 0.026 0.019 0.010 0.005 59 V 0.006 0.007 0.006 0.011 0.009 0.023 0.069 0.077 0.219 0.276 0.298 60 L 0.043 0.138 0.075 0.222 0.209 0.133 0.102 0.038 0.022 0.012 0.006 61 D 0.370 0.213 0.102 0.158 0.073 0.029 0.025 0.013 0.009 0.006 0.003 62 E 0.276 0.081 0.035 0.110 0.124 0.108 0.109 0.063 0.042 0.030 0.021 63 P 0.120 0.494 0.057 0.116 0.069 0.040 0.052 0.021 0.017 0.011 0.004 64 Y 0.012 0.021 0.015 0.054 0.091 0.156 0.260 0.205 0.103 0.053 0.030 65 E 0.637 0.077 0.166 0.075 0.019 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 66 K 0.046 0.065 0.113 0.394 0.200 0.111 0.052 0.013 0.004 0.002 0.001 67 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.040 0.090 0.232 0.278 0.347 68 V 0.001 0.002 0.021 0.048 0.100 0.263 0.327 0.107 0.072 0.041 0.019 69 D 0.008 0.012 0.881 0.072 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.001 0.004 0.038 0.052 0.088 0.222 0.387 0.120 0.057 0.021 0.009 71 I 0.001 0.002 0.006 0.004 0.004 0.007 0.043 0.086 0.223 0.325 0.300 72 Q 0.004 0.010 0.103 0.152 0.276 0.191 0.170 0.052 0.024 0.014 0.004 73 S 0.035 0.084 0.621 0.122 0.062 0.033 0.022 0.009 0.006 0.004 0.002 74 S 0.040 0.055 0.032 0.076 0.078 0.156 0.295 0.118 0.078 0.047 0.026 75 G 0.630 0.189 0.020 0.042 0.029 0.021 0.025 0.019 0.013 0.008 0.006 76 K 0.364 0.309 0.068 0.120 0.064 0.034 0.022 0.008 0.005 0.003 0.002 77 N 0.164 0.182 0.056 0.246 0.184 0.088 0.045 0.019 0.009 0.004 0.002 78 V 0.002 0.003 0.003 0.007 0.011 0.031 0.091 0.151 0.219 0.235 0.246 79 T 0.016 0.097 0.059 0.376 0.292 0.096 0.041 0.012 0.006 0.003 0.001 80 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.008 0.029 0.084 0.213 0.297 0.356 81 L 0.011 0.034 0.046 0.277 0.280 0.125 0.111 0.044 0.037 0.025 0.009 82 V 0.001 0.004 0.009 0.010 0.008 0.016 0.049 0.103 0.220 0.300 0.280 83 C 0.007 0.023 0.030 0.114 0.137 0.131 0.184 0.143 0.108 0.080 0.043 84 G 0.054 0.092 0.084 0.130 0.102 0.104 0.141 0.091 0.088 0.078 0.036 85 K 0.202 0.159 0.065 0.220 0.159 0.076 0.060 0.028 0.016 0.010 0.005 86 K 0.450 0.202 0.050 0.109 0.075 0.035 0.036 0.020 0.013 0.008 0.004 87 A 0.173 0.174 0.044 0.129 0.119 0.082 0.105 0.066 0.050 0.037 0.020 88 Q 0.202 0.155 0.074 0.155 0.122 0.092 0.096 0.053 0.028 0.016 0.008 89 D 0.480 0.191 0.091 0.093 0.047 0.032 0.029 0.017 0.010 0.006 0.003 90 T 0.229 0.188 0.054 0.130 0.107 0.101 0.093 0.046 0.027 0.017 0.008 91 V 0.441 0.100 0.033 0.075 0.070 0.077 0.082 0.053 0.035 0.021 0.012