# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2612 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.039 0.929 2 M 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 0.024 0.926 3 K 0.082 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.008 0.172 0.555 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.995 5 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.015 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.884 0.001 0.026 0.040 6 L 0.015 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.352 0.001 0.033 0.569 7 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.001 0.005 0.017 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.047 0.013 0.758 0.001 0.019 0.147 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.030 0.010 0.841 0.001 0.011 0.084 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.006 0.132 0.193 0.172 0.024 0.356 0.001 0.036 0.060 11 K 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.033 0.009 0.022 0.027 0.014 0.005 0.220 0.002 0.069 0.577 12 G 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.123 0.080 0.012 0.033 0.011 0.004 0.003 0.131 0.004 0.091 0.366 13 E 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.004 0.078 0.834 14 N 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 0.117 0.826 15 G 0.257 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.047 0.051 0.584 16 Y 0.093 0.003 0.002 0.002 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.015 0.197 0.602 17 G 0.021 0.001 0.004 0.005 0.207 0.018 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.242 0.006 0.091 0.380 18 F 0.005 0.001 0.001 0.002 0.034 0.121 0.052 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.519 0.002 0.044 0.179 19 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.039 0.047 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.011 0.012 0.712 0.001 0.049 0.060 20 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.019 0.025 0.016 0.746 0.001 0.024 0.127 21 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.014 0.014 0.009 0.007 0.857 0.001 0.031 0.051 22 A 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.009 0.007 0.005 0.011 0.021 0.015 0.471 0.004 0.106 0.310 23 I 0.030 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.002 0.005 0.010 0.012 0.031 0.008 0.005 0.226 0.010 0.141 0.490 24 R 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.062 0.006 0.180 0.704 25 G 0.063 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.030 0.063 0.756 26 L 0.105 0.007 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.007 0.137 0.655 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 28 G 0.019 0.002 0.001 0.001 0.014 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 0.008 0.070 0.658 29 S 0.292 0.006 0.003 0.001 0.002 0.006 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.247 0.018 0.062 0.347 30 F 0.004 0.002 0.001 0.001 0.017 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.873 0.001 0.021 0.068 31 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.030 0.017 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.008 0.665 0.001 0.025 0.209 32 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.940 0.001 0.011 0.027 33 E 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.022 0.023 0.027 0.008 0.518 0.002 0.043 0.336 34 V 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.721 0.002 0.021 0.235 35 Q 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.006 0.006 0.003 0.004 0.003 0.003 0.003 0.455 0.005 0.113 0.312 36 K 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.003 0.041 0.862 37 G 0.033 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.197 0.017 0.138 0.599 38 G 0.500 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.016 0.095 0.322 39 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.980 40 A 0.043 0.020 0.002 0.001 0.045 0.008 0.003 0.002 0.001 0.002 0.016 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.064 0.007 0.139 0.629 41 D 0.268 0.105 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.002 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.008 0.215 0.341 42 L 0.397 0.356 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.010 0.031 0.150 43 A 0.237 0.538 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.052 0.039 0.105 44 G 0.696 0.042 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.113 0.015 0.109 45 L 0.085 0.005 0.775 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.060 0.053 46 E 0.008 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.675 0.265 47 D 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.053 0.871 48 E 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.001 0.764 0.104 49 D 0.343 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.070 0.402 0.124 50 V 0.209 0.481 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.005 0.023 0.069 51 I 0.011 0.141 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.703 0.002 0.033 0.093 52 I 0.003 0.032 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.370 0.326 0.019 0.006 0.210 0.003 0.002 0.014 53 E 0.005 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.038 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.819 0.003 0.006 0.048 54 V 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.891 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 0.003 0.003 0.008 55 N 0.010 0.142 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.304 0.025 0.085 0.419 56 G 0.080 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.237 0.093 0.489 57 V 0.477 0.001 0.389 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.016 0.075 0.028 58 N 0.002 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.001 0.158 0.680 59 V 0.002 0.001 0.002 0.001 0.847 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.026 0.079 60 L 0.013 0.017 0.001 0.001 0.004 0.137 0.041 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.003 0.246 0.396 61 D 0.258 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.037 0.172 0.480 62 E 0.374 0.016 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.005 0.135 0.373 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.971 64 Y 0.075 0.015 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.004 0.135 0.669 65 E 0.003 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.119 0.826 66 K 0.046 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.542 0.330 67 V 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 68 V 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 69 D 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 70 R 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 71 I 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 72 Q 0.021 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 73 S 0.059 0.828 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.002 0.035 74 S 0.269 0.517 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.126 0.002 0.068 75 G 0.227 0.082 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.092 0.028 0.526 76 K 0.046 0.003 0.192 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.130 0.605 77 N 0.023 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.002 0.059 0.759 78 V 0.016 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.742 0.002 0.047 0.179 79 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.813 0.001 0.045 0.085 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.838 0.001 0.015 0.120 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.970 0.001 0.011 0.010 82 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.003 0.852 0.001 0.016 0.113 83 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.931 0.001 0.009 0.054 84 G 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.004 0.002 0.002 0.002 0.008 0.003 0.420 0.002 0.165 0.373 85 K 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.002 0.124 0.703 86 K 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.004 0.093 0.711 87 A 0.153 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.009 0.068 0.709 88 Q 0.069 0.011 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.067 0.006 0.086 0.735 89 D 0.044 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.042 0.874 90 T 0.052 0.012 0.003 0.001 0.004 0.005 0.003 0.002 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.005 0.136 0.722 91 V 0.091 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.006 0.047 0.779