# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2612 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.025 0.002 0.001 0.014 0.024 0.033 0.036 0.001 0.001 0.002 0.864 2 M 0.008 0.001 0.001 0.005 0.007 0.016 0.031 0.001 0.001 0.001 0.931 3 K 0.045 0.001 0.001 0.051 0.056 0.063 0.110 0.001 0.001 0.002 0.673 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.994 5 K 0.006 0.001 0.001 0.099 0.358 0.494 0.007 0.001 0.001 0.001 0.036 6 L 0.013 0.001 0.001 0.055 0.050 0.063 0.038 0.001 0.001 0.001 0.780 7 C 0.004 0.001 0.001 0.058 0.393 0.535 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 8 R 0.004 0.001 0.001 0.085 0.298 0.517 0.018 0.001 0.001 0.001 0.076 9 L 0.001 0.001 0.001 0.042 0.420 0.472 0.012 0.001 0.001 0.001 0.052 10 A 0.002 0.001 0.001 0.035 0.374 0.465 0.032 0.001 0.001 0.001 0.090 11 K 0.004 0.001 0.001 0.026 0.222 0.349 0.058 0.001 0.001 0.003 0.337 12 G 0.011 0.001 0.001 0.019 0.077 0.173 0.130 0.001 0.001 0.005 0.584 13 E 0.060 0.001 0.001 0.010 0.018 0.038 0.106 0.001 0.001 0.004 0.764 14 N 0.011 0.001 0.001 0.009 0.013 0.017 0.152 0.001 0.001 0.005 0.793 15 G 0.148 0.001 0.002 0.027 0.053 0.073 0.111 0.001 0.001 0.013 0.571 16 Y 0.172 0.002 0.002 0.030 0.105 0.135 0.094 0.001 0.001 0.003 0.456 17 G 0.035 0.001 0.001 0.083 0.220 0.316 0.105 0.001 0.001 0.009 0.229 18 F 0.023 0.001 0.002 0.080 0.288 0.342 0.044 0.001 0.001 0.002 0.217 19 H 0.007 0.001 0.001 0.125 0.298 0.514 0.015 0.001 0.001 0.001 0.040 20 L 0.002 0.001 0.001 0.101 0.321 0.338 0.040 0.001 0.001 0.001 0.197 21 N 0.002 0.001 0.001 0.203 0.240 0.470 0.020 0.001 0.001 0.003 0.060 22 A 0.005 0.001 0.001 0.104 0.144 0.226 0.077 0.001 0.001 0.004 0.439 23 I 0.011 0.004 0.001 0.106 0.118 0.220 0.137 0.001 0.001 0.006 0.398 24 R 0.042 0.005 0.001 0.054 0.063 0.114 0.185 0.001 0.001 0.013 0.523 25 G 0.050 0.004 0.001 0.019 0.024 0.042 0.124 0.001 0.001 0.016 0.719 26 L 0.230 0.002 0.004 0.019 0.032 0.046 0.139 0.001 0.001 0.005 0.524 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.986 28 G 0.026 0.001 0.001 0.058 0.124 0.236 0.069 0.001 0.001 0.003 0.481 29 S 0.146 0.003 0.001 0.111 0.182 0.167 0.044 0.001 0.001 0.005 0.341 30 F 0.014 0.004 0.001 0.181 0.270 0.359 0.065 0.001 0.001 0.004 0.103 31 I 0.020 0.010 0.001 0.357 0.146 0.303 0.027 0.001 0.001 0.005 0.132 32 K 0.003 0.008 0.001 0.156 0.354 0.416 0.021 0.001 0.001 0.001 0.041 33 E 0.007 0.016 0.001 0.097 0.167 0.265 0.123 0.001 0.001 0.003 0.320 34 V 0.031 0.021 0.001 0.198 0.173 0.373 0.036 0.001 0.001 0.006 0.159 35 Q 0.027 0.040 0.003 0.078 0.200 0.168 0.212 0.002 0.001 0.007 0.261 36 K 0.009 0.022 0.001 0.014 0.043 0.057 0.070 0.003 0.001 0.005 0.777 37 G 0.067 0.030 0.007 0.029 0.035 0.123 0.062 0.008 0.001 0.070 0.570 38 G 0.649 0.003 0.069 0.012 0.005 0.006 0.084 0.002 0.001 0.005 0.165 39 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.976 40 A 0.010 0.008 0.001 0.022 0.028 0.110 0.140 0.001 0.001 0.002 0.679 41 D 0.118 0.085 0.001 0.032 0.043 0.049 0.164 0.003 0.001 0.007 0.499 42 L 0.233 0.340 0.001 0.020 0.056 0.048 0.119 0.007 0.001 0.008 0.169 43 A 0.166 0.464 0.003 0.008 0.023 0.022 0.189 0.009 0.001 0.009 0.107 44 G 0.465 0.081 0.004 0.013 0.020 0.030 0.010 0.037 0.001 0.194 0.146 45 L 0.086 0.011 0.698 0.006 0.005 0.005 0.094 0.004 0.001 0.003 0.088 46 E 0.032 0.005 0.010 0.030 0.026 0.023 0.407 0.003 0.001 0.009 0.457 47 D 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.029 0.001 0.001 0.001 0.951 48 E 0.024 0.006 0.001 0.106 0.063 0.148 0.214 0.001 0.001 0.007 0.430 49 D 0.474 0.007 0.003 0.089 0.026 0.037 0.130 0.001 0.001 0.022 0.211 50 V 0.178 0.020 0.004 0.229 0.249 0.186 0.067 0.001 0.001 0.010 0.056 51 I 0.009 0.018 0.003 0.295 0.267 0.261 0.050 0.001 0.001 0.003 0.092 52 I 0.002 0.007 0.001 0.348 0.189 0.422 0.007 0.001 0.001 0.002 0.023 53 E 0.004 0.008 0.001 0.073 0.327 0.526 0.009 0.001 0.001 0.001 0.051 54 V 0.002 0.027 0.001 0.118 0.424 0.333 0.015 0.001 0.001 0.001 0.076 55 N 0.005 0.015 0.001 0.062 0.231 0.455 0.073 0.001 0.001 0.003 0.155 56 G 0.129 0.008 0.004 0.067 0.052 0.130 0.097 0.007 0.001 0.054 0.452 57 V 0.245 0.007 0.058 0.036 0.033 0.031 0.261 0.002 0.001 0.012 0.313 58 N 0.007 0.001 0.001 0.014 0.020 0.019 0.111 0.001 0.001 0.003 0.824 59 V 0.030 0.005 0.004 0.046 0.058 0.158 0.067 0.001 0.001 0.002 0.629 60 L 0.037 0.018 0.001 0.063 0.045 0.075 0.284 0.001 0.001 0.009 0.466 61 D 0.182 0.015 0.001 0.016 0.012 0.031 0.208 0.002 0.001 0.026 0.507 62 E 0.444 0.031 0.008 0.032 0.013 0.019 0.106 0.001 0.001 0.005 0.342 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.963 64 Y 0.020 0.019 0.003 0.022 0.021 0.117 0.106 0.001 0.001 0.002 0.689 65 E 0.031 0.206 0.001 0.006 0.007 0.015 0.077 0.001 0.001 0.004 0.653 66 K 0.056 0.228 0.001 0.002 0.003 0.004 0.160 0.001 0.001 0.003 0.542 67 V 0.029 0.857 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.100 68 V 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 69 D 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 70 R 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 71 I 0.011 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 72 Q 0.009 0.978 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 73 S 0.058 0.842 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.001 0.026 74 S 0.262 0.505 0.017 0.003 0.001 0.002 0.002 0.157 0.001 0.001 0.051 75 G 0.282 0.141 0.062 0.015 0.006 0.007 0.010 0.118 0.001 0.018 0.343 76 K 0.085 0.006 0.578 0.013 0.006 0.003 0.085 0.008 0.001 0.003 0.214 77 N 0.025 0.001 0.005 0.027 0.008 0.006 0.108 0.002 0.001 0.001 0.816 78 V 0.032 0.002 0.008 0.127 0.191 0.274 0.078 0.001 0.001 0.002 0.286 79 T 0.013 0.001 0.001 0.376 0.200 0.331 0.026 0.001 0.001 0.001 0.052 80 L 0.005 0.001 0.001 0.214 0.283 0.357 0.018 0.001 0.001 0.001 0.121 81 L 0.001 0.001 0.001 0.368 0.274 0.339 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 82 V 0.001 0.001 0.001 0.152 0.324 0.392 0.023 0.001 0.001 0.001 0.107 83 C 0.001 0.001 0.001 0.170 0.247 0.525 0.010 0.001 0.001 0.002 0.044 84 G 0.005 0.003 0.001 0.079 0.165 0.298 0.077 0.001 0.001 0.004 0.368 85 K 0.017 0.003 0.001 0.038 0.061 0.173 0.097 0.001 0.001 0.004 0.606 86 K 0.019 0.002 0.001 0.012 0.021 0.043 0.182 0.001 0.001 0.006 0.714 87 A 0.081 0.005 0.001 0.011 0.019 0.031 0.112 0.001 0.001 0.005 0.733 88 Q 0.104 0.020 0.002 0.013 0.042 0.073 0.138 0.002 0.001 0.006 0.601 89 D 0.109 0.021 0.003 0.012 0.028 0.044 0.108 0.003 0.001 0.006 0.667 90 T 0.124 0.017 0.006 0.012 0.031 0.054 0.102 0.003 0.001 0.007 0.644 91 V 0.061 0.007 0.003 0.014 0.019 0.034 0.053 0.001 0.001 0.007 0.801