# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2612 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.011 0.002 0.004 0.008 0.016 0.035 0.003 0.921 2 M 0.039 0.009 0.022 0.050 0.080 0.055 0.013 0.732 3 K 0.046 0.002 0.019 0.054 0.046 0.081 0.008 0.743 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 K 0.024 0.001 0.112 0.258 0.424 0.079 0.004 0.099 6 L 0.136 0.001 0.052 0.105 0.216 0.062 0.002 0.426 7 C 0.004 0.001 0.090 0.491 0.396 0.004 0.001 0.014 8 R 0.006 0.001 0.053 0.276 0.404 0.016 0.001 0.244 9 L 0.001 0.001 0.094 0.365 0.487 0.007 0.001 0.045 10 A 0.003 0.001 0.043 0.309 0.458 0.046 0.001 0.138 11 K 0.007 0.002 0.042 0.225 0.439 0.042 0.003 0.240 12 G 0.016 0.002 0.027 0.060 0.181 0.116 0.006 0.593 13 E 0.044 0.003 0.015 0.032 0.051 0.160 0.015 0.682 14 N 0.017 0.002 0.007 0.014 0.012 0.081 0.015 0.851 15 G 0.138 0.003 0.023 0.033 0.035 0.130 0.043 0.595 16 Y 0.151 0.003 0.103 0.076 0.085 0.183 0.012 0.389 17 G 0.049 0.001 0.086 0.180 0.338 0.128 0.005 0.212 18 F 0.026 0.001 0.106 0.234 0.408 0.044 0.001 0.179 19 H 0.003 0.001 0.128 0.387 0.403 0.016 0.001 0.062 20 L 0.003 0.001 0.051 0.204 0.523 0.023 0.001 0.195 21 N 0.002 0.002 0.112 0.316 0.502 0.017 0.001 0.047 22 A 0.013 0.004 0.064 0.235 0.314 0.064 0.005 0.300 23 I 0.052 0.006 0.097 0.110 0.231 0.115 0.010 0.378 24 R 0.037 0.006 0.058 0.081 0.128 0.146 0.010 0.534 25 G 0.049 0.008 0.027 0.037 0.075 0.111 0.042 0.651 26 L 0.129 0.004 0.028 0.025 0.038 0.137 0.013 0.626 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 28 G 0.018 0.001 0.025 0.044 0.079 0.065 0.006 0.761 29 S 0.133 0.001 0.170 0.125 0.117 0.053 0.006 0.395 30 F 0.019 0.001 0.089 0.158 0.259 0.060 0.001 0.414 31 I 0.009 0.001 0.136 0.210 0.455 0.035 0.001 0.153 32 K 0.004 0.003 0.159 0.371 0.381 0.023 0.001 0.058 33 E 0.010 0.005 0.106 0.229 0.304 0.029 0.004 0.312 34 V 0.016 0.005 0.269 0.146 0.263 0.040 0.005 0.256 35 Q 0.012 0.024 0.107 0.228 0.254 0.088 0.004 0.283 36 K 0.003 0.005 0.014 0.009 0.038 0.032 0.004 0.894 37 G 0.077 0.031 0.030 0.025 0.036 0.068 0.064 0.668 38 G 0.455 0.005 0.018 0.010 0.007 0.071 0.022 0.411 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 40 A 0.013 0.011 0.022 0.062 0.307 0.107 0.002 0.476 41 D 0.193 0.047 0.021 0.032 0.106 0.142 0.010 0.448 42 L 0.284 0.240 0.015 0.039 0.088 0.086 0.008 0.240 43 A 0.288 0.416 0.022 0.091 0.055 0.025 0.018 0.086 44 G 0.654 0.024 0.006 0.024 0.016 0.009 0.082 0.185 45 L 0.276 0.026 0.274 0.127 0.125 0.028 0.029 0.115 46 E 0.021 0.017 0.035 0.099 0.238 0.175 0.010 0.404 47 D 0.004 0.004 0.013 0.024 0.036 0.025 0.003 0.890 48 E 0.022 0.014 0.098 0.106 0.093 0.222 0.032 0.413 49 D 0.499 0.002 0.046 0.022 0.024 0.269 0.023 0.115 50 V 0.049 0.004 0.466 0.221 0.152 0.067 0.004 0.038 51 I 0.006 0.002 0.055 0.300 0.588 0.024 0.001 0.026 52 I 0.002 0.001 0.212 0.332 0.429 0.006 0.001 0.019 53 E 0.001 0.002 0.121 0.399 0.429 0.009 0.001 0.038 54 V 0.001 0.003 0.142 0.269 0.476 0.015 0.001 0.092 55 N 0.002 0.003 0.085 0.143 0.349 0.072 0.004 0.342 56 G 0.021 0.005 0.075 0.109 0.201 0.096 0.021 0.473 57 V 0.249 0.003 0.061 0.053 0.090 0.225 0.010 0.310 58 N 0.014 0.003 0.024 0.041 0.048 0.088 0.004 0.778 59 V 0.055 0.017 0.055 0.118 0.221 0.081 0.006 0.446 60 L 0.053 0.012 0.068 0.063 0.096 0.344 0.013 0.352 61 D 0.211 0.013 0.016 0.028 0.058 0.141 0.022 0.511 62 E 0.186 0.019 0.035 0.028 0.047 0.181 0.007 0.498 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.001 0.948 64 Y 0.026 0.019 0.011 0.010 0.064 0.127 0.005 0.738 65 E 0.027 0.045 0.005 0.004 0.013 0.170 0.003 0.733 66 K 0.039 0.117 0.002 0.003 0.005 0.162 0.003 0.670 67 V 0.029 0.610 0.002 0.002 0.004 0.023 0.002 0.329 68 V 0.003 0.916 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.068 69 D 0.001 0.975 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 70 R 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 71 I 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 72 Q 0.013 0.963 0.003 0.003 0.003 0.001 0.005 0.010 73 S 0.066 0.825 0.005 0.006 0.005 0.005 0.034 0.054 74 S 0.308 0.368 0.015 0.008 0.005 0.011 0.150 0.135 75 G 0.295 0.123 0.033 0.017 0.007 0.023 0.270 0.233 76 K 0.094 0.019 0.196 0.054 0.027 0.107 0.091 0.413 77 N 0.024 0.002 0.081 0.055 0.054 0.098 0.009 0.676 78 V 0.062 0.001 0.179 0.195 0.354 0.123 0.003 0.083 79 T 0.008 0.001 0.272 0.328 0.327 0.025 0.001 0.039 80 L 0.001 0.001 0.219 0.420 0.339 0.003 0.001 0.019 81 L 0.001 0.001 0.260 0.293 0.426 0.002 0.001 0.019 82 V 0.001 0.001 0.280 0.302 0.381 0.006 0.001 0.031 83 C 0.001 0.001 0.246 0.215 0.456 0.015 0.001 0.067 84 G 0.002 0.001 0.104 0.112 0.404 0.057 0.001 0.321 85 K 0.010 0.001 0.045 0.025 0.092 0.110 0.003 0.714 86 K 0.030 0.001 0.013 0.017 0.028 0.155 0.006 0.749 87 A 0.089 0.003 0.013 0.013 0.022 0.159 0.011 0.690 88 Q 0.098 0.016 0.031 0.028 0.036 0.148 0.013 0.630 89 D 0.053 0.016 0.023 0.014 0.023 0.100 0.010 0.761 90 T 0.079 0.018 0.021 0.016 0.028 0.130 0.009 0.698 91 V 0.035 0.015 0.018 0.012 0.024 0.082 0.005 0.809