# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2612 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.116 0.155 0.274 0.139 0.077 0.047 0.117 0.024 0.029 0.020 0.002 2 M 0.099 0.198 0.326 0.164 0.067 0.047 0.041 0.013 0.030 0.009 0.005 3 K 0.006 0.258 0.544 0.005 0.039 0.008 0.007 0.001 0.126 0.004 0.001 4 P 0.030 0.007 0.884 0.005 0.002 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.058 5 K 0.016 0.679 0.206 0.017 0.064 0.006 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 6 L 0.006 0.529 0.397 0.009 0.019 0.018 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 7 C 0.001 0.937 0.025 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 8 R 0.002 0.786 0.147 0.001 0.034 0.018 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 9 L 0.009 0.409 0.480 0.006 0.020 0.039 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 10 A 0.034 0.543 0.278 0.016 0.063 0.023 0.003 0.001 0.038 0.002 0.001 11 K 0.047 0.264 0.451 0.077 0.067 0.047 0.016 0.002 0.024 0.004 0.002 12 G 0.026 0.028 0.109 0.011 0.159 0.012 0.041 0.227 0.013 0.375 0.001 13 E 0.347 0.097 0.322 0.145 0.028 0.025 0.010 0.003 0.010 0.009 0.003 14 N 0.055 0.067 0.130 0.432 0.039 0.024 0.196 0.020 0.022 0.015 0.001 15 G 0.043 0.021 0.050 0.027 0.090 0.007 0.070 0.514 0.004 0.174 0.001 16 Y 0.100 0.159 0.386 0.272 0.037 0.012 0.017 0.001 0.010 0.002 0.003 17 G 0.022 0.077 0.129 0.025 0.208 0.014 0.090 0.289 0.013 0.133 0.001 18 F 0.011 0.695 0.195 0.012 0.058 0.013 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 19 H 0.005 0.792 0.145 0.003 0.032 0.013 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 20 L 0.034 0.522 0.310 0.013 0.045 0.051 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 21 N 0.061 0.547 0.179 0.050 0.082 0.042 0.005 0.001 0.032 0.001 0.001 22 A 0.150 0.179 0.206 0.050 0.217 0.036 0.050 0.035 0.024 0.053 0.001 23 I 0.211 0.312 0.173 0.125 0.083 0.032 0.022 0.009 0.026 0.006 0.001 24 R 0.143 0.204 0.282 0.254 0.033 0.023 0.038 0.001 0.016 0.003 0.002 25 G 0.027 0.008 0.038 0.030 0.046 0.012 0.097 0.551 0.006 0.184 0.001 26 L 0.008 0.199 0.564 0.005 0.049 0.008 0.003 0.001 0.160 0.004 0.001 27 P 0.089 0.002 0.757 0.016 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.124 28 G 0.037 0.057 0.097 0.025 0.102 0.010 0.074 0.549 0.014 0.034 0.001 29 S 0.034 0.499 0.342 0.020 0.070 0.014 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 30 F 0.029 0.601 0.267 0.013 0.035 0.040 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 31 I 0.051 0.536 0.302 0.013 0.019 0.050 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 32 K 0.185 0.469 0.163 0.045 0.095 0.020 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 33 E 0.110 0.468 0.150 0.052 0.108 0.061 0.021 0.004 0.023 0.002 0.001 34 V 0.067 0.405 0.416 0.036 0.014 0.035 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 35 Q 0.071 0.299 0.379 0.018 0.032 0.039 0.008 0.001 0.149 0.003 0.001 36 K 0.199 0.014 0.565 0.142 0.008 0.023 0.027 0.001 0.007 0.002 0.011 37 G 0.005 0.001 0.006 0.008 0.011 0.002 0.029 0.802 0.001 0.137 0.001 38 G 0.032 0.040 0.600 0.009 0.113 0.011 0.005 0.003 0.030 0.159 0.001 39 P 0.767 0.002 0.153 0.016 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 40 A 0.843 0.017 0.032 0.068 0.012 0.010 0.006 0.005 0.003 0.003 0.001 41 D 0.912 0.012 0.026 0.039 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 42 L 0.913 0.016 0.016 0.041 0.002 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 43 A 0.322 0.023 0.058 0.539 0.008 0.008 0.031 0.001 0.010 0.001 0.001 44 G 0.016 0.001 0.010 0.020 0.018 0.002 0.260 0.593 0.001 0.077 0.001 45 L 0.067 0.178 0.583 0.111 0.014 0.019 0.009 0.001 0.015 0.002 0.001 46 E 0.032 0.427 0.407 0.015 0.060 0.019 0.003 0.001 0.032 0.004 0.001 47 D 0.209 0.029 0.627 0.048 0.014 0.032 0.008 0.002 0.005 0.002 0.024 48 E 0.218 0.035 0.085 0.100 0.075 0.017 0.104 0.294 0.014 0.058 0.001 49 D 0.147 0.174 0.361 0.150 0.061 0.034 0.028 0.007 0.032 0.002 0.004 50 V 0.110 0.576 0.220 0.032 0.032 0.016 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 51 I 0.117 0.515 0.290 0.013 0.016 0.023 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 52 I 0.086 0.610 0.186 0.023 0.051 0.026 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 53 E 0.087 0.597 0.182 0.022 0.048 0.037 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 54 V 0.085 0.497 0.317 0.027 0.019 0.019 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 55 N 0.119 0.070 0.237 0.285 0.026 0.055 0.176 0.007 0.019 0.002 0.004 56 G 0.007 0.004 0.006 0.019 0.026 0.008 0.283 0.616 0.003 0.028 0.001 57 V 0.035 0.572 0.302 0.035 0.028 0.007 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 58 N 0.064 0.153 0.484 0.039 0.022 0.183 0.016 0.002 0.029 0.002 0.008 59 V 0.195 0.426 0.187 0.075 0.061 0.036 0.003 0.001 0.011 0.003 0.001 60 L 0.300 0.291 0.120 0.188 0.064 0.015 0.007 0.001 0.009 0.002 0.001 61 D 0.036 0.061 0.095 0.139 0.086 0.081 0.358 0.071 0.047 0.025 0.001 62 E 0.047 0.385 0.440 0.016 0.048 0.012 0.003 0.001 0.045 0.002 0.001 63 P 0.101 0.018 0.810 0.012 0.004 0.040 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 64 Y 0.946 0.005 0.030 0.008 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.995 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.991 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.993 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.958 0.004 0.009 0.021 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 72 Q 0.931 0.002 0.014 0.042 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.669 0.014 0.019 0.260 0.005 0.005 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 74 S 0.190 0.017 0.086 0.638 0.006 0.005 0.049 0.003 0.004 0.001 0.001 75 G 0.009 0.001 0.007 0.008 0.021 0.001 0.127 0.653 0.001 0.173 0.001 76 K 0.088 0.141 0.519 0.137 0.047 0.011 0.029 0.008 0.010 0.009 0.001 77 N 0.028 0.266 0.458 0.103 0.033 0.039 0.032 0.007 0.028 0.002 0.004 78 V 0.003 0.812 0.142 0.005 0.025 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 79 T 0.003 0.802 0.146 0.002 0.025 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 80 L 0.002 0.714 0.213 0.002 0.036 0.016 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 81 L 0.004 0.714 0.207 0.002 0.025 0.020 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 82 V 0.005 0.469 0.423 0.004 0.019 0.035 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 83 C 0.023 0.545 0.289 0.022 0.082 0.019 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 84 G 0.040 0.081 0.284 0.018 0.232 0.036 0.033 0.075 0.032 0.169 0.001 85 K 0.149 0.181 0.433 0.095 0.061 0.033 0.012 0.003 0.022 0.006 0.004 86 K 0.129 0.211 0.376 0.094 0.066 0.043 0.032 0.009 0.029 0.010 0.003 87 A 0.181 0.168 0.453 0.079 0.039 0.036 0.014 0.006 0.018 0.004 0.004 88 Q 0.239 0.201 0.323 0.106 0.041 0.029 0.022 0.007 0.025 0.004 0.002 89 D 0.146 0.153 0.231 0.218 0.044 0.071 0.072 0.019 0.039 0.006 0.002 90 T 0.091 0.271 0.210 0.148 0.101 0.050 0.065 0.016 0.034 0.012 0.001 91 V 0.358 0.189 0.242 0.103 0.041 0.031 0.012 0.003 0.012 0.005 0.003