# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2612 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.212 0.107 0.064 0.059 0.179 0.027 0.045 0.044 0.052 0.120 0.092 2 M 0.078 0.267 0.191 0.032 0.205 0.027 0.020 0.019 0.040 0.084 0.038 3 K 0.111 0.343 0.124 0.007 0.348 0.007 0.019 0.010 0.007 0.009 0.015 4 P 0.457 0.116 0.009 0.003 0.315 0.004 0.008 0.009 0.012 0.009 0.058 5 K 0.092 0.175 0.018 0.012 0.461 0.066 0.125 0.014 0.009 0.011 0.019 6 L 0.446 0.018 0.001 0.001 0.518 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 7 C 0.201 0.086 0.007 0.001 0.687 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 8 R 0.256 0.060 0.003 0.001 0.656 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 9 L 0.397 0.073 0.010 0.004 0.343 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.161 10 A 0.149 0.157 0.115 0.125 0.216 0.074 0.059 0.010 0.005 0.023 0.065 11 K 0.048 0.124 0.135 0.283 0.091 0.095 0.088 0.034 0.035 0.043 0.025 12 G 0.029 0.075 0.236 0.416 0.033 0.061 0.016 0.022 0.022 0.068 0.023 13 E 0.046 0.043 0.079 0.133 0.051 0.088 0.091 0.131 0.166 0.126 0.046 14 N 0.037 0.122 0.146 0.109 0.060 0.088 0.096 0.073 0.092 0.143 0.033 15 G 0.105 0.069 0.072 0.160 0.070 0.051 0.035 0.028 0.045 0.246 0.120 16 Y 0.089 0.165 0.089 0.076 0.209 0.061 0.066 0.030 0.048 0.111 0.057 17 G 0.283 0.132 0.024 0.027 0.262 0.030 0.059 0.014 0.021 0.056 0.093 18 F 0.213 0.098 0.014 0.002 0.657 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 19 H 0.204 0.102 0.006 0.001 0.660 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.019 20 L 0.465 0.058 0.008 0.003 0.283 0.004 0.002 0.003 0.002 0.008 0.165 21 N 0.106 0.147 0.085 0.080 0.232 0.119 0.079 0.028 0.018 0.064 0.043 22 A 0.152 0.158 0.134 0.049 0.173 0.017 0.032 0.061 0.069 0.096 0.059 23 I 0.085 0.106 0.085 0.077 0.129 0.069 0.061 0.117 0.100 0.112 0.059 24 R 0.035 0.288 0.134 0.118 0.083 0.064 0.108 0.060 0.056 0.039 0.014 25 G 0.045 0.025 0.070 0.135 0.027 0.050 0.028 0.027 0.039 0.416 0.139 26 L 0.044 0.304 0.381 0.048 0.158 0.015 0.010 0.007 0.009 0.015 0.010 27 P 0.051 0.059 0.038 0.088 0.047 0.157 0.197 0.093 0.142 0.088 0.039 28 G 0.076 0.099 0.054 0.092 0.072 0.030 0.062 0.037 0.051 0.288 0.138 29 S 0.114 0.263 0.032 0.002 0.559 0.002 0.004 0.004 0.003 0.006 0.010 30 F 0.238 0.078 0.005 0.001 0.652 0.002 0.003 0.004 0.002 0.002 0.014 31 I 0.548 0.040 0.004 0.003 0.230 0.005 0.002 0.008 0.007 0.008 0.146 32 K 0.096 0.139 0.083 0.055 0.236 0.140 0.082 0.048 0.027 0.041 0.053 33 E 0.255 0.144 0.035 0.007 0.459 0.003 0.008 0.016 0.011 0.035 0.027 34 V 0.190 0.183 0.026 0.012 0.389 0.012 0.016 0.029 0.031 0.045 0.068 35 Q 0.089 0.154 0.396 0.062 0.147 0.050 0.032 0.025 0.012 0.012 0.021 36 K 0.028 0.099 0.060 0.039 0.046 0.066 0.165 0.314 0.148 0.022 0.012 37 G 0.014 0.015 0.013 0.053 0.012 0.030 0.028 0.057 0.060 0.696 0.022 38 G 0.019 0.195 0.162 0.065 0.059 0.013 0.010 0.292 0.109 0.057 0.019 39 P 0.046 0.058 0.021 0.006 0.087 0.005 0.016 0.475 0.187 0.061 0.037 40 A 0.036 0.048 0.007 0.003 0.058 0.014 0.033 0.532 0.240 0.019 0.010 41 D 0.019 0.047 0.020 0.005 0.031 0.013 0.066 0.574 0.160 0.050 0.015 42 L 0.062 0.040 0.043 0.010 0.045 0.026 0.085 0.358 0.162 0.120 0.049 43 A 0.006 0.659 0.192 0.026 0.031 0.017 0.035 0.012 0.009 0.009 0.004 44 G 0.038 0.011 0.017 0.046 0.018 0.010 0.010 0.018 0.015 0.520 0.296 45 L 0.030 0.561 0.148 0.016 0.189 0.004 0.006 0.006 0.008 0.023 0.010 46 E 0.035 0.205 0.637 0.025 0.068 0.011 0.002 0.002 0.001 0.003 0.011 47 D 0.009 0.028 0.038 0.029 0.019 0.025 0.116 0.340 0.386 0.006 0.005 48 E 0.017 0.037 0.028 0.018 0.017 0.030 0.068 0.140 0.128 0.481 0.037 49 D 0.078 0.279 0.051 0.007 0.210 0.011 0.018 0.048 0.039 0.177 0.082 50 V 0.225 0.064 0.005 0.001 0.649 0.003 0.011 0.014 0.008 0.007 0.011 51 I 0.322 0.076 0.005 0.004 0.505 0.005 0.008 0.012 0.007 0.005 0.051 52 I 0.222 0.144 0.018 0.005 0.554 0.009 0.010 0.006 0.002 0.005 0.024 53 E 0.333 0.097 0.019 0.004 0.462 0.002 0.004 0.007 0.003 0.009 0.060 54 V 0.252 0.113 0.030 0.080 0.165 0.059 0.027 0.014 0.012 0.036 0.211 55 N 0.013 0.085 0.067 0.372 0.030 0.249 0.153 0.008 0.007 0.011 0.005 56 G 0.050 0.012 0.026 0.104 0.022 0.008 0.004 0.004 0.011 0.494 0.266 57 V 0.028 0.575 0.159 0.004 0.210 0.003 0.002 0.004 0.005 0.005 0.004 58 N 0.177 0.259 0.050 0.004 0.405 0.007 0.010 0.012 0.012 0.009 0.055 59 V 0.275 0.076 0.031 0.041 0.105 0.036 0.024 0.057 0.100 0.043 0.212 60 L 0.008 0.095 0.054 0.101 0.031 0.235 0.259 0.127 0.064 0.021 0.006 61 D 0.047 0.028 0.043 0.032 0.029 0.009 0.009 0.025 0.033 0.641 0.105 62 E 0.012 0.511 0.305 0.007 0.103 0.004 0.006 0.019 0.013 0.015 0.005 63 P 0.035 0.621 0.217 0.003 0.068 0.002 0.003 0.021 0.005 0.007 0.016 64 Y 0.010 0.019 0.004 0.002 0.013 0.002 0.003 0.642 0.291 0.009 0.005 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.910 0.080 0.002 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.031 0.008 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.020 0.003 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.044 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.958 0.030 0.001 0.001 71 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.856 0.104 0.013 0.002 72 Q 0.004 0.009 0.003 0.001 0.004 0.004 0.036 0.726 0.197 0.014 0.003 73 S 0.016 0.006 0.012 0.006 0.010 0.022 0.192 0.381 0.118 0.203 0.034 74 S 0.030 0.544 0.178 0.018 0.083 0.016 0.083 0.016 0.010 0.016 0.006 75 G 0.059 0.010 0.012 0.061 0.017 0.039 0.018 0.014 0.026 0.434 0.309 76 K 0.049 0.289 0.112 0.050 0.163 0.028 0.072 0.048 0.059 0.092 0.037 77 N 0.277 0.081 0.005 0.002 0.569 0.006 0.016 0.004 0.005 0.011 0.024 78 V 0.218 0.037 0.002 0.001 0.725 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 79 T 0.269 0.039 0.002 0.001 0.667 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 80 L 0.250 0.049 0.003 0.001 0.690 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 81 L 0.207 0.062 0.003 0.001 0.694 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 82 V 0.472 0.042 0.004 0.004 0.257 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.211 83 C 0.079 0.172 0.079 0.216 0.154 0.130 0.076 0.006 0.006 0.031 0.050 84 G 0.070 0.103 0.204 0.348 0.093 0.042 0.017 0.009 0.015 0.059 0.040 85 K 0.071 0.201 0.154 0.083 0.167 0.036 0.028 0.052 0.087 0.084 0.039 86 K 0.097 0.246 0.147 0.036 0.182 0.033 0.043 0.049 0.064 0.061 0.043 87 A 0.122 0.168 0.096 0.034 0.198 0.028 0.047 0.068 0.071 0.082 0.086 88 Q 0.092 0.191 0.103 0.042 0.162 0.034 0.060 0.109 0.085 0.075 0.047 89 D 0.071 0.152 0.114 0.061 0.106 0.052 0.059 0.074 0.075 0.179 0.058 90 T 0.108 0.264 0.199 0.024 0.260 0.010 0.011 0.032 0.022 0.039 0.032 91 V 0.076 0.147 0.055 0.018 0.129 0.028 0.055 0.220 0.167 0.068 0.036