# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2612 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.813 0.167 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 2 M 0.734 0.205 0.044 0.013 0.003 0.001 0.001 3 K 0.654 0.243 0.081 0.019 0.003 0.001 0.001 4 P 0.444 0.336 0.169 0.043 0.007 0.001 0.001 5 K 0.263 0.353 0.215 0.130 0.035 0.004 0.001 6 L 0.053 0.202 0.301 0.304 0.112 0.028 0.001 7 C 0.025 0.054 0.110 0.215 0.377 0.211 0.008 8 R 0.058 0.252 0.350 0.240 0.083 0.016 0.001 9 L 0.027 0.073 0.158 0.286 0.330 0.121 0.005 10 A 0.094 0.261 0.346 0.198 0.086 0.015 0.001 11 K 0.217 0.286 0.246 0.184 0.058 0.009 0.001 12 G 0.598 0.301 0.069 0.023 0.008 0.001 0.001 13 E 0.481 0.308 0.129 0.063 0.016 0.002 0.001 14 N 0.517 0.320 0.111 0.037 0.012 0.002 0.001 15 G 0.155 0.340 0.264 0.157 0.065 0.017 0.001 16 Y 0.009 0.037 0.107 0.251 0.384 0.196 0.016 17 G 0.006 0.041 0.152 0.292 0.285 0.199 0.024 18 F 0.001 0.003 0.007 0.015 0.109 0.595 0.270 19 H 0.004 0.031 0.122 0.298 0.294 0.191 0.061 20 L 0.002 0.007 0.014 0.042 0.173 0.548 0.212 21 N 0.015 0.087 0.231 0.322 0.225 0.109 0.011 22 A 0.072 0.177 0.223 0.262 0.169 0.090 0.007 23 I 0.074 0.148 0.283 0.275 0.160 0.057 0.003 24 R 0.289 0.269 0.214 0.142 0.065 0.020 0.001 25 G 0.439 0.342 0.124 0.059 0.028 0.008 0.001 26 L 0.223 0.302 0.211 0.148 0.085 0.028 0.003 27 P 0.087 0.191 0.189 0.217 0.211 0.095 0.010 28 G 0.026 0.119 0.219 0.279 0.222 0.123 0.013 29 S 0.008 0.021 0.062 0.134 0.306 0.371 0.098 30 F 0.003 0.017 0.063 0.124 0.231 0.415 0.147 31 I 0.002 0.011 0.024 0.073 0.216 0.498 0.176 32 K 0.012 0.111 0.238 0.317 0.233 0.084 0.005 33 E 0.017 0.148 0.234 0.332 0.206 0.061 0.003 34 V 0.004 0.013 0.055 0.220 0.437 0.260 0.011 35 Q 0.065 0.220 0.275 0.288 0.130 0.022 0.001 36 K 0.431 0.436 0.093 0.029 0.009 0.002 0.001 37 G 0.277 0.343 0.228 0.126 0.021 0.004 0.001 38 G 0.116 0.133 0.216 0.276 0.197 0.061 0.003 39 P 0.219 0.307 0.250 0.144 0.059 0.019 0.002 40 A 0.142 0.117 0.172 0.216 0.222 0.115 0.017 41 D 0.216 0.307 0.210 0.146 0.081 0.035 0.005 42 L 0.186 0.211 0.231 0.201 0.115 0.048 0.007 43 A 0.357 0.283 0.162 0.108 0.061 0.025 0.004 44 G 0.238 0.297 0.215 0.147 0.068 0.030 0.005 45 L 0.110 0.077 0.144 0.262 0.254 0.130 0.023 46 E 0.294 0.325 0.196 0.111 0.054 0.019 0.002 47 D 0.333 0.311 0.163 0.107 0.058 0.024 0.004 48 E 0.208 0.278 0.198 0.170 0.097 0.042 0.007 49 D 0.077 0.125 0.169 0.231 0.241 0.135 0.021 50 V 0.044 0.104 0.183 0.243 0.235 0.157 0.035 51 I 0.028 0.039 0.066 0.131 0.229 0.365 0.142 52 I 0.018 0.039 0.078 0.149 0.266 0.349 0.100 53 E 0.068 0.177 0.235 0.243 0.173 0.085 0.018 54 V 0.030 0.062 0.108 0.204 0.296 0.250 0.049 55 N 0.110 0.198 0.217 0.226 0.171 0.071 0.008 56 G 0.286 0.311 0.190 0.125 0.061 0.024 0.002 57 V 0.228 0.266 0.255 0.163 0.068 0.019 0.001 58 N 0.212 0.317 0.244 0.155 0.056 0.015 0.001 59 V 0.101 0.094 0.198 0.276 0.243 0.083 0.005 60 L 0.345 0.339 0.180 0.090 0.039 0.007 0.001 61 D 0.566 0.338 0.074 0.017 0.005 0.001 0.001 62 E 0.265 0.348 0.221 0.132 0.031 0.003 0.001 63 P 0.286 0.369 0.190 0.096 0.049 0.009 0.001 64 Y 0.021 0.063 0.204 0.369 0.260 0.081 0.003 65 E 0.365 0.463 0.130 0.031 0.010 0.001 0.001 66 K 0.076 0.294 0.364 0.217 0.044 0.004 0.001 67 V 0.002 0.006 0.011 0.032 0.288 0.589 0.071 68 V 0.002 0.033 0.169 0.493 0.238 0.063 0.001 69 D 0.092 0.486 0.260 0.116 0.036 0.010 0.001 70 R 0.004 0.029 0.215 0.482 0.236 0.035 0.001 71 I 0.004 0.010 0.030 0.071 0.392 0.477 0.016 72 Q 0.079 0.372 0.376 0.141 0.030 0.002 0.001 73 S 0.398 0.480 0.086 0.029 0.006 0.001 0.001 74 S 0.278 0.307 0.223 0.144 0.042 0.005 0.001 75 G 0.436 0.336 0.150 0.059 0.018 0.002 0.001 76 K 0.432 0.421 0.109 0.031 0.006 0.001 0.001 77 N 0.071 0.345 0.371 0.162 0.044 0.007 0.001 78 V 0.005 0.019 0.049 0.174 0.466 0.265 0.021 79 T 0.003 0.054 0.235 0.467 0.183 0.056 0.002 80 L 0.001 0.006 0.010 0.033 0.186 0.669 0.095 81 L 0.002 0.026 0.165 0.418 0.278 0.105 0.006 82 V 0.002 0.010 0.024 0.077 0.263 0.548 0.075 83 C 0.013 0.082 0.265 0.317 0.240 0.078 0.005 84 G 0.091 0.206 0.241 0.271 0.152 0.038 0.001 85 K 0.381 0.380 0.153 0.057 0.025 0.004 0.001 86 K 0.594 0.272 0.084 0.037 0.011 0.002 0.001 87 A 0.612 0.239 0.098 0.038 0.011 0.002 0.001 88 Q 0.687 0.205 0.077 0.025 0.005 0.001 0.001 89 D 0.789 0.167 0.033 0.009 0.002 0.001 0.001 90 T 0.741 0.177 0.053 0.021 0.006 0.001 0.001 91 V 0.703 0.178 0.070 0.033 0.012 0.003 0.001