# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2612 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.560 0.197 0.130 0.054 0.031 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 M 0.213 0.130 0.138 0.155 0.155 0.097 0.052 0.032 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 3 K 0.230 0.180 0.151 0.144 0.133 0.067 0.042 0.025 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 4 P 0.065 0.065 0.076 0.125 0.156 0.151 0.126 0.097 0.058 0.048 0.020 0.008 0.003 0.002 5 K 0.038 0.033 0.045 0.089 0.111 0.124 0.139 0.130 0.103 0.083 0.060 0.028 0.010 0.006 6 L 0.010 0.014 0.025 0.046 0.080 0.098 0.114 0.190 0.132 0.117 0.087 0.051 0.023 0.013 7 C 0.008 0.003 0.005 0.008 0.014 0.034 0.052 0.104 0.126 0.193 0.156 0.173 0.097 0.028 8 R 0.011 0.018 0.034 0.077 0.108 0.097 0.129 0.176 0.127 0.099 0.061 0.037 0.015 0.011 9 L 0.010 0.007 0.012 0.025 0.041 0.090 0.091 0.131 0.135 0.186 0.139 0.086 0.033 0.013 10 A 0.043 0.061 0.093 0.162 0.185 0.149 0.111 0.077 0.071 0.027 0.012 0.006 0.002 0.002 11 K 0.079 0.097 0.099 0.203 0.173 0.112 0.072 0.063 0.054 0.029 0.014 0.004 0.001 0.001 12 G 0.277 0.268 0.172 0.125 0.066 0.046 0.021 0.010 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 13 E 0.344 0.310 0.169 0.089 0.044 0.020 0.011 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 14 N 0.296 0.288 0.202 0.089 0.055 0.033 0.020 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 15 G 0.119 0.132 0.145 0.109 0.152 0.129 0.093 0.051 0.033 0.015 0.015 0.003 0.002 0.001 16 Y 0.009 0.012 0.022 0.052 0.112 0.122 0.148 0.167 0.112 0.108 0.080 0.031 0.017 0.009 17 G 0.006 0.010 0.014 0.032 0.052 0.071 0.106 0.148 0.144 0.128 0.128 0.101 0.037 0.024 18 F 0.003 0.002 0.003 0.006 0.008 0.018 0.035 0.090 0.145 0.200 0.197 0.184 0.078 0.032 19 H 0.002 0.003 0.007 0.014 0.025 0.038 0.063 0.166 0.169 0.165 0.147 0.113 0.054 0.035 20 L 0.002 0.001 0.002 0.004 0.008 0.022 0.032 0.075 0.105 0.194 0.215 0.190 0.108 0.042 21 N 0.015 0.024 0.044 0.084 0.119 0.117 0.138 0.134 0.122 0.091 0.051 0.037 0.013 0.013 22 A 0.024 0.039 0.051 0.107 0.137 0.137 0.120 0.116 0.115 0.076 0.047 0.019 0.006 0.005 23 I 0.044 0.076 0.089 0.161 0.169 0.160 0.104 0.079 0.074 0.026 0.013 0.004 0.002 0.001 24 R 0.168 0.232 0.167 0.167 0.097 0.058 0.043 0.032 0.020 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 25 G 0.351 0.259 0.194 0.073 0.047 0.034 0.020 0.012 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 26 L 0.146 0.166 0.177 0.133 0.154 0.096 0.056 0.037 0.018 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 27 P 0.053 0.072 0.094 0.129 0.198 0.146 0.128 0.073 0.047 0.032 0.016 0.006 0.003 0.003 28 G 0.020 0.027 0.041 0.072 0.145 0.148 0.152 0.108 0.099 0.084 0.056 0.027 0.011 0.009 29 S 0.010 0.007 0.011 0.027 0.034 0.066 0.095 0.111 0.147 0.142 0.164 0.099 0.056 0.029 30 F 0.005 0.005 0.009 0.023 0.035 0.052 0.084 0.110 0.164 0.146 0.150 0.133 0.047 0.037 31 I 0.002 0.002 0.003 0.005 0.009 0.022 0.041 0.145 0.147 0.171 0.210 0.137 0.089 0.019 32 K 0.018 0.023 0.031 0.052 0.063 0.079 0.101 0.155 0.125 0.115 0.104 0.065 0.046 0.026 33 E 0.018 0.029 0.045 0.076 0.125 0.109 0.123 0.114 0.124 0.110 0.063 0.040 0.012 0.013 34 V 0.009 0.009 0.016 0.036 0.070 0.118 0.143 0.184 0.167 0.132 0.065 0.032 0.014 0.005 35 Q 0.037 0.077 0.115 0.156 0.148 0.161 0.124 0.078 0.056 0.025 0.013 0.006 0.002 0.001 36 K 0.155 0.117 0.135 0.125 0.154 0.099 0.074 0.062 0.038 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 37 G 0.101 0.137 0.145 0.146 0.167 0.104 0.075 0.059 0.034 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 38 G 0.102 0.085 0.092 0.132 0.164 0.145 0.103 0.081 0.046 0.030 0.013 0.005 0.002 0.001 39 P 0.090 0.085 0.105 0.150 0.178 0.141 0.098 0.058 0.048 0.025 0.013 0.006 0.002 0.001 40 A 0.139 0.063 0.078 0.104 0.116 0.154 0.120 0.060 0.062 0.043 0.033 0.017 0.008 0.002 41 D 0.223 0.197 0.134 0.147 0.102 0.066 0.055 0.035 0.019 0.008 0.009 0.003 0.001 0.001 42 L 0.102 0.092 0.126 0.120 0.141 0.132 0.105 0.078 0.049 0.026 0.018 0.007 0.003 0.001 43 A 0.152 0.089 0.106 0.142 0.157 0.129 0.087 0.060 0.035 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 44 G 0.273 0.167 0.153 0.134 0.111 0.058 0.041 0.027 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 45 L 0.055 0.049 0.071 0.160 0.190 0.177 0.109 0.077 0.055 0.040 0.010 0.004 0.002 0.001 46 E 0.155 0.174 0.157 0.170 0.129 0.087 0.055 0.033 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 47 D 0.148 0.121 0.148 0.136 0.142 0.112 0.071 0.053 0.029 0.020 0.013 0.003 0.001 0.001 48 E 0.072 0.100 0.108 0.161 0.185 0.136 0.084 0.053 0.044 0.027 0.019 0.006 0.003 0.002 49 D 0.019 0.023 0.037 0.081 0.108 0.115 0.152 0.145 0.140 0.093 0.044 0.025 0.011 0.007 50 V 0.006 0.008 0.015 0.031 0.053 0.086 0.108 0.276 0.159 0.126 0.074 0.027 0.020 0.009 51 I 0.005 0.004 0.006 0.011 0.028 0.045 0.051 0.076 0.118 0.151 0.163 0.174 0.108 0.060 52 I 0.009 0.006 0.010 0.024 0.026 0.040 0.079 0.086 0.130 0.170 0.175 0.140 0.068 0.037 53 E 0.016 0.022 0.037 0.061 0.078 0.100 0.137 0.126 0.157 0.081 0.102 0.046 0.018 0.019 54 V 0.007 0.006 0.009 0.017 0.034 0.079 0.096 0.182 0.159 0.137 0.154 0.064 0.044 0.011 55 N 0.035 0.070 0.083 0.131 0.159 0.139 0.124 0.110 0.066 0.042 0.023 0.012 0.005 0.003 56 G 0.067 0.080 0.108 0.134 0.206 0.126 0.095 0.059 0.060 0.034 0.017 0.008 0.002 0.002 57 V 0.091 0.118 0.131 0.177 0.155 0.117 0.078 0.056 0.040 0.021 0.013 0.003 0.002 0.001 58 N 0.250 0.214 0.164 0.119 0.084 0.070 0.047 0.027 0.015 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 59 V 0.052 0.044 0.069 0.111 0.191 0.187 0.128 0.101 0.068 0.030 0.012 0.003 0.002 0.001 60 L 0.153 0.146 0.144 0.192 0.162 0.102 0.052 0.024 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 61 D 0.499 0.226 0.142 0.057 0.038 0.018 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.371 0.209 0.154 0.128 0.077 0.031 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 P 0.329 0.221 0.174 0.109 0.068 0.054 0.026 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.055 0.058 0.082 0.176 0.257 0.177 0.088 0.046 0.044 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 65 E 0.551 0.297 0.101 0.033 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.331 0.398 0.194 0.048 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.008 0.010 0.022 0.072 0.172 0.247 0.223 0.178 0.056 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 68 V 0.011 0.037 0.088 0.261 0.291 0.148 0.097 0.036 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 69 D 0.728 0.226 0.037 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.026 0.085 0.189 0.236 0.243 0.124 0.066 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.007 0.007 0.027 0.072 0.178 0.215 0.268 0.154 0.055 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.208 0.217 0.213 0.176 0.115 0.047 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.608 0.187 0.098 0.060 0.026 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 S 0.064 0.092 0.118 0.251 0.235 0.134 0.056 0.027 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 75 G 0.193 0.236 0.195 0.146 0.097 0.062 0.038 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.194 0.163 0.170 0.143 0.141 0.092 0.051 0.022 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 77 N 0.029 0.050 0.078 0.151 0.200 0.179 0.141 0.071 0.045 0.027 0.018 0.006 0.003 0.002 78 V 0.004 0.004 0.010 0.021 0.048 0.087 0.135 0.141 0.163 0.162 0.104 0.070 0.036 0.015 79 T 0.002 0.006 0.010 0.035 0.065 0.083 0.122 0.195 0.146 0.139 0.095 0.054 0.027 0.021 80 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.016 0.032 0.085 0.143 0.270 0.271 0.110 0.057 81 L 0.001 0.002 0.004 0.010 0.018 0.028 0.059 0.157 0.194 0.192 0.145 0.102 0.051 0.037 82 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.021 0.093 0.131 0.178 0.236 0.185 0.103 0.033 83 C 0.003 0.006 0.011 0.026 0.043 0.079 0.114 0.223 0.173 0.143 0.090 0.049 0.027 0.013 84 G 0.018 0.038 0.044 0.078 0.122 0.115 0.124 0.115 0.122 0.099 0.073 0.031 0.010 0.009 85 K 0.062 0.092 0.129 0.142 0.157 0.135 0.107 0.067 0.058 0.028 0.017 0.004 0.001 0.001 86 K 0.173 0.173 0.165 0.139 0.123 0.088 0.057 0.040 0.025 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 87 A 0.212 0.149 0.159 0.144 0.143 0.087 0.049 0.029 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 88 Q 0.363 0.162 0.148 0.117 0.100 0.050 0.028 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 89 D 0.526 0.175 0.115 0.075 0.055 0.025 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 T 0.416 0.168 0.134 0.105 0.082 0.044 0.025 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 91 V 0.285 0.129 0.119 0.127 0.125 0.088 0.056 0.035 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001