# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 946.995 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.003 0.005 0.030 0.058 0.233 0.002 0.126 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.108 0.085 0.160 0.161 0.001 2 M 0.004 0.004 0.049 0.028 0.344 0.001 0.141 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.054 0.052 0.063 0.092 0.148 0.001 3 K 0.005 0.005 0.259 0.198 0.025 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.006 0.012 0.027 0.179 0.224 0.001 4 P 0.005 0.006 0.003 0.003 0.817 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.100 0.007 0.012 0.019 0.017 0.001 5 K 0.028 0.021 0.565 0.166 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.002 0.177 0.005 0.001 0.001 0.009 0.005 0.002 6 L 0.069 0.082 0.005 0.008 0.551 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.030 0.016 0.011 0.169 0.001 0.004 0.003 0.002 0.027 7 C 0.214 0.181 0.131 0.099 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.043 0.091 0.027 0.126 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 8 R 0.280 0.259 0.030 0.054 0.101 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.031 0.093 0.030 0.024 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 9 L 0.283 0.213 0.041 0.086 0.122 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.037 0.074 0.014 0.047 0.027 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 10 A 0.128 0.104 0.094 0.223 0.132 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.021 0.067 0.031 0.108 0.039 0.004 0.003 0.012 0.012 0.006 11 K 0.068 0.053 0.092 0.144 0.312 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.013 0.004 0.069 0.050 0.028 0.012 0.035 0.097 0.002 12 G 0.016 0.014 0.087 0.124 0.182 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.047 0.016 0.077 0.037 0.097 0.263 0.001 13 E 0.010 0.008 0.071 0.065 0.170 0.001 0.067 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.013 0.317 0.039 0.056 0.139 0.001 14 N 0.016 0.021 0.084 0.063 0.096 0.004 0.329 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.029 0.010 0.151 0.042 0.031 0.102 0.002 15 G 0.055 0.077 0.095 0.121 0.231 0.004 0.125 0.004 0.002 0.002 0.008 0.004 0.014 0.006 0.022 0.020 0.038 0.079 0.049 0.040 0.006 16 Y 0.176 0.207 0.167 0.087 0.134 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.010 0.009 0.024 0.015 0.050 0.028 0.018 0.006 0.014 0.023 0.014 17 G 0.229 0.319 0.083 0.078 0.065 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.028 0.019 0.052 0.029 0.039 0.007 0.003 0.004 0.004 0.004 0.034 18 F 0.331 0.280 0.031 0.030 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.039 0.088 0.035 0.012 0.014 0.001 0.001 0.003 0.003 0.031 19 H 0.245 0.274 0.083 0.068 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.037 0.070 0.053 0.052 0.011 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 20 L 0.208 0.177 0.020 0.046 0.144 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.048 0.045 0.125 0.069 0.030 0.036 0.004 0.002 0.006 0.004 0.031 21 N 0.150 0.152 0.091 0.115 0.057 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.022 0.030 0.057 0.060 0.159 0.027 0.018 0.006 0.012 0.019 0.010 22 A 0.063 0.076 0.035 0.072 0.266 0.003 0.032 0.006 0.001 0.001 0.010 0.011 0.034 0.028 0.066 0.106 0.061 0.035 0.030 0.056 0.007 23 I 0.033 0.032 0.100 0.113 0.142 0.005 0.040 0.008 0.004 0.002 0.006 0.006 0.012 0.011 0.084 0.029 0.079 0.046 0.101 0.145 0.002 24 R 0.012 0.012 0.062 0.059 0.111 0.004 0.111 0.009 0.003 0.002 0.002 0.002 0.006 0.005 0.056 0.035 0.294 0.044 0.049 0.121 0.002 25 G 0.011 0.012 0.057 0.057 0.109 0.006 0.211 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.050 0.022 0.105 0.115 0.087 0.136 0.002 26 L 0.008 0.008 0.094 0.087 0.080 0.001 0.018 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.026 0.019 0.074 0.042 0.173 0.355 0.001 27 P 0.013 0.016 0.051 0.032 0.174 0.002 0.035 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.041 0.033 0.343 0.030 0.045 0.164 0.003 28 G 0.050 0.081 0.087 0.092 0.111 0.009 0.166 0.023 0.002 0.001 0.012 0.008 0.023 0.019 0.050 0.033 0.053 0.067 0.048 0.051 0.014 29 S 0.130 0.124 0.115 0.060 0.124 0.002 0.023 0.023 0.001 0.001 0.026 0.021 0.053 0.045 0.067 0.062 0.028 0.023 0.031 0.026 0.017 30 F 0.142 0.223 0.087 0.078 0.087 0.001 0.007 0.015 0.001 0.001 0.032 0.027 0.071 0.062 0.077 0.027 0.009 0.006 0.010 0.010 0.028 31 I 0.209 0.196 0.025 0.043 0.135 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.047 0.045 0.078 0.065 0.049 0.044 0.009 0.005 0.008 0.005 0.020 32 K 0.192 0.259 0.107 0.100 0.039 0.002 0.007 0.010 0.001 0.001 0.024 0.018 0.074 0.045 0.077 0.012 0.009 0.003 0.003 0.005 0.012 33 E 0.115 0.138 0.016 0.056 0.231 0.006 0.021 0.020 0.002 0.001 0.039 0.033 0.085 0.052 0.017 0.074 0.013 0.023 0.020 0.016 0.021 34 V 0.057 0.067 0.056 0.066 0.151 0.001 0.020 0.013 0.003 0.002 0.011 0.015 0.035 0.057 0.216 0.063 0.047 0.031 0.044 0.039 0.006 35 Q 0.015 0.010 0.088 0.096 0.031 0.004 0.019 0.010 0.006 0.002 0.005 0.005 0.010 0.018 0.090 0.032 0.097 0.018 0.146 0.296 0.002 36 K 0.002 0.002 0.006 0.006 0.145 0.002 0.108 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.045 0.463 0.058 0.023 0.100 0.001 37 G 0.001 0.001 0.023 0.019 0.010 0.006 0.426 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.060 0.014 0.077 0.118 0.104 0.121 0.001 38 G 0.002 0.002 0.035 0.011 0.043 0.002 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.130 0.049 0.160 0.516 0.001 39 P 0.002 0.002 0.011 0.011 0.034 0.015 0.024 0.156 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.010 0.583 0.021 0.053 0.048 0.001 40 A 0.002 0.005 0.014 0.011 0.014 0.013 0.108 0.696 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.004 0.066 0.011 0.007 0.024 0.001 41 D 0.003 0.004 0.008 0.027 0.015 0.040 0.215 0.490 0.019 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.060 0.019 0.054 0.017 0.001 42 L 0.001 0.001 0.003 0.014 0.034 0.017 0.233 0.012 0.069 0.083 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.464 0.040 0.014 0.006 0.001 43 A 0.001 0.001 0.005 0.006 0.007 0.007 0.812 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.032 0.027 0.086 0.001 44 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.046 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.721 0.104 0.090 0.001 45 L 0.001 0.001 0.015 0.005 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.021 0.015 0.433 0.465 0.001 46 E 0.001 0.001 0.018 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.001 0.259 0.696 0.001 47 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.047 0.833 0.005 0.006 0.027 0.001 48 E 0.001 0.001 0.005 0.006 0.002 0.001 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.004 0.014 0.004 0.005 0.001 49 D 0.015 0.020 0.065 0.054 0.210 0.001 0.033 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.009 0.016 0.137 0.007 0.165 0.148 0.095 0.003 50 V 0.120 0.141 0.215 0.087 0.125 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.012 0.011 0.029 0.022 0.132 0.035 0.018 0.003 0.016 0.016 0.012 51 I 0.297 0.362 0.023 0.043 0.094 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.025 0.016 0.061 0.020 0.019 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 52 I 0.352 0.458 0.025 0.026 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.015 0.034 0.012 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 53 E 0.231 0.477 0.014 0.047 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.021 0.075 0.035 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 54 V 0.387 0.300 0.019 0.051 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.024 0.073 0.012 0.008 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 55 N 0.224 0.307 0.091 0.131 0.072 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.028 0.009 0.069 0.009 0.009 0.002 0.005 0.009 0.009 56 G 0.073 0.103 0.018 0.036 0.514 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.021 0.009 0.024 0.056 0.021 0.028 0.012 0.018 0.011 57 V 0.047 0.040 0.291 0.226 0.043 0.004 0.030 0.003 0.001 0.001 0.007 0.006 0.016 0.004 0.094 0.010 0.024 0.032 0.040 0.077 0.004 58 N 0.014 0.019 0.024 0.032 0.489 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.008 0.002 0.011 0.053 0.019 0.061 0.125 0.117 0.004 59 V 0.009 0.005 0.156 0.148 0.045 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.004 0.178 0.018 0.077 0.015 0.191 0.125 0.001 60 L 0.004 0.005 0.025 0.037 0.134 0.002 0.093 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.035 0.035 0.387 0.032 0.037 0.157 0.001 61 D 0.002 0.002 0.018 0.026 0.064 0.005 0.319 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.027 0.036 0.047 0.189 0.120 0.130 0.001 62 E 0.001 0.001 0.046 0.028 0.011 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.009 0.170 0.034 0.147 0.512 0.001 63 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.131 0.001 0.019 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.087 0.029 0.130 0.536 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.009 0.008 0.003 0.001 0.020 0.147 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.002 0.685 0.015 0.033 0.037 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.827 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.001 0.001 0.003 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.027 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.977 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.972 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.912 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.009 0.002 0.003 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.139 0.621 0.082 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.008 0.003 0.004 0.001 73 S 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.042 0.331 0.083 0.239 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.052 0.010 0.011 0.001 74 S 0.001 0.001 0.007 0.008 0.028 0.002 0.299 0.016 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.154 0.089 0.100 0.266 0.001 75 G 0.001 0.002 0.009 0.006 0.067 0.001 0.111 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.126 0.351 0.179 0.118 0.001 76 K 0.007 0.007 0.172 0.070 0.045 0.009 0.079 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.040 0.055 0.083 0.072 0.165 0.175 0.002 77 N 0.030 0.046 0.070 0.046 0.372 0.001 0.043 0.002 0.001 0.001 0.006 0.005 0.012 0.010 0.055 0.084 0.033 0.052 0.073 0.042 0.016 78 V 0.120 0.112 0.123 0.069 0.105 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.030 0.024 0.049 0.033 0.115 0.124 0.003 0.010 0.021 0.009 0.036 79 T 0.200 0.268 0.069 0.045 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.026 0.070 0.057 0.069 0.048 0.001 0.003 0.002 0.001 0.045 80 L 0.265 0.272 0.012 0.016 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.057 0.118 0.063 0.014 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 81 L 0.266 0.264 0.021 0.024 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.037 0.147 0.096 0.051 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 82 V 0.287 0.303 0.012 0.033 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.043 0.110 0.060 0.021 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 83 C 0.183 0.198 0.035 0.067 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.025 0.057 0.098 0.196 0.040 0.004 0.001 0.002 0.004 0.011 84 G 0.091 0.128 0.045 0.129 0.198 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.014 0.016 0.051 0.042 0.079 0.085 0.015 0.012 0.023 0.047 0.009 85 K 0.037 0.032 0.087 0.087 0.193 0.002 0.026 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.008 0.117 0.059 0.078 0.033 0.077 0.138 0.003 86 K 0.009 0.009 0.084 0.077 0.116 0.003 0.042 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.046 0.028 0.099 0.044 0.125 0.300 0.001 87 A 0.004 0.003 0.031 0.029 0.147 0.002 0.056 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.029 0.119 0.064 0.166 0.312 0.001 88 Q 0.002 0.002 0.051 0.045 0.060 0.004 0.110 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.016 0.258 0.066 0.119 0.195 0.001 89 D 0.002 0.003 0.029 0.037 0.095 0.010 0.191 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.018 0.187 0.088 0.120 0.164 0.001 90 T 0.003 0.004 0.032 0.034 0.108 0.005 0.186 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.020 0.165 0.109 0.121 0.149 0.001 91 V 0.004 0.006 0.041 0.039 0.122 0.004 0.134 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.036 0.028 0.147 0.101 0.123 0.164 0.001