# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 946.995 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.016 0.628 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.186 0.049 0.072 0.035 2 M 0.002 0.027 0.651 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.178 0.042 0.013 0.067 3 K 0.002 0.005 0.535 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.089 0.016 0.302 0.027 4 P 0.011 0.005 0.258 0.027 0.013 0.001 0.001 0.001 0.011 0.035 0.040 0.007 0.591 5 K 0.022 0.001 0.063 0.039 0.003 0.001 0.004 0.001 0.013 0.012 0.005 0.820 0.017 6 L 0.174 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.028 0.002 0.012 0.001 0.001 0.010 0.759 7 C 0.557 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.051 0.006 0.017 0.001 0.001 0.317 0.038 8 R 0.634 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.062 0.004 0.016 0.001 0.001 0.108 0.167 9 L 0.454 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 0.082 0.004 0.011 0.001 0.001 0.082 0.341 10 A 0.271 0.003 0.031 0.037 0.001 0.001 0.034 0.003 0.025 0.008 0.006 0.437 0.144 11 K 0.152 0.010 0.052 0.013 0.005 0.002 0.010 0.002 0.012 0.045 0.044 0.124 0.530 12 G 0.020 0.014 0.294 0.022 0.011 0.002 0.003 0.001 0.005 0.141 0.151 0.219 0.118 13 E 0.010 0.007 0.159 0.012 0.033 0.002 0.001 0.001 0.003 0.193 0.456 0.039 0.086 14 N 0.006 0.012 0.074 0.013 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.330 0.482 0.046 0.017 15 G 0.011 0.015 0.175 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.457 0.227 0.045 0.048 16 Y 0.057 0.017 0.376 0.086 0.009 0.002 0.003 0.001 0.008 0.137 0.115 0.049 0.139 17 G 0.276 0.015 0.107 0.027 0.005 0.002 0.021 0.004 0.019 0.038 0.049 0.304 0.133 18 F 0.588 0.002 0.024 0.004 0.001 0.001 0.027 0.004 0.008 0.002 0.002 0.026 0.310 19 H 0.383 0.002 0.007 0.011 0.001 0.001 0.059 0.005 0.007 0.002 0.001 0.494 0.029 20 L 0.408 0.002 0.007 0.010 0.001 0.001 0.080 0.009 0.009 0.002 0.001 0.031 0.438 21 N 0.365 0.004 0.031 0.103 0.004 0.006 0.034 0.008 0.023 0.015 0.012 0.304 0.090 22 A 0.315 0.010 0.070 0.021 0.010 0.008 0.018 0.007 0.027 0.053 0.045 0.111 0.306 23 I 0.160 0.017 0.185 0.023 0.032 0.014 0.013 0.004 0.021 0.073 0.077 0.133 0.249 24 R 0.034 0.017 0.163 0.028 0.070 0.025 0.006 0.003 0.018 0.113 0.335 0.104 0.084 25 G 0.011 0.017 0.207 0.020 0.036 0.010 0.001 0.001 0.008 0.252 0.354 0.028 0.056 26 L 0.004 0.008 0.419 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.004 0.433 0.055 0.040 0.020 27 P 0.003 0.009 0.283 0.037 0.015 0.008 0.001 0.001 0.008 0.275 0.315 0.010 0.036 28 G 0.017 0.015 0.223 0.038 0.022 0.013 0.004 0.001 0.014 0.201 0.339 0.060 0.053 29 S 0.280 0.010 0.242 0.013 0.006 0.010 0.022 0.014 0.057 0.032 0.008 0.050 0.256 30 F 0.410 0.007 0.034 0.006 0.002 0.008 0.080 0.038 0.113 0.004 0.002 0.212 0.084 31 I 0.243 0.006 0.037 0.042 0.004 0.016 0.198 0.033 0.042 0.006 0.006 0.053 0.313 32 K 0.177 0.005 0.047 0.182 0.007 0.027 0.093 0.025 0.077 0.022 0.010 0.243 0.084 33 E 0.338 0.008 0.038 0.009 0.007 0.028 0.031 0.019 0.097 0.023 0.013 0.094 0.296 34 V 0.165 0.048 0.157 0.019 0.017 0.069 0.031 0.019 0.069 0.036 0.036 0.086 0.250 35 Q 0.045 0.011 0.407 0.026 0.047 0.060 0.007 0.003 0.020 0.055 0.066 0.176 0.076 36 K 0.001 0.001 0.033 0.006 0.048 0.087 0.001 0.001 0.003 0.043 0.761 0.003 0.013 37 G 0.001 0.004 0.046 0.002 0.022 0.043 0.001 0.001 0.001 0.169 0.705 0.003 0.002 38 G 0.001 0.016 0.400 0.001 0.015 0.041 0.001 0.001 0.002 0.470 0.025 0.013 0.015 39 P 0.001 0.022 0.414 0.003 0.051 0.254 0.001 0.001 0.005 0.114 0.087 0.007 0.042 40 A 0.002 0.019 0.105 0.006 0.273 0.368 0.001 0.001 0.005 0.037 0.165 0.008 0.011 41 D 0.005 0.013 0.110 0.008 0.321 0.351 0.001 0.001 0.005 0.037 0.119 0.007 0.021 42 L 0.006 0.013 0.127 0.006 0.289 0.215 0.002 0.001 0.005 0.064 0.225 0.015 0.031 43 A 0.002 0.009 0.086 0.006 0.080 0.086 0.001 0.001 0.005 0.111 0.590 0.012 0.013 44 G 0.004 0.041 0.243 0.002 0.034 0.031 0.001 0.001 0.007 0.266 0.322 0.025 0.024 45 L 0.001 0.057 0.742 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.004 0.143 0.015 0.007 0.019 46 E 0.001 0.010 0.828 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.100 0.012 0.020 0.014 47 D 0.001 0.005 0.053 0.018 0.124 0.030 0.001 0.001 0.004 0.075 0.670 0.004 0.014 48 E 0.001 0.001 0.026 0.011 0.019 0.014 0.001 0.001 0.001 0.063 0.859 0.003 0.002 49 D 0.028 0.007 0.468 0.012 0.047 0.035 0.003 0.001 0.010 0.084 0.027 0.030 0.249 50 V 0.217 0.019 0.076 0.013 0.006 0.040 0.027 0.009 0.089 0.016 0.004 0.224 0.260 51 I 0.480 0.005 0.005 0.007 0.001 0.015 0.054 0.005 0.013 0.001 0.003 0.166 0.244 52 I 0.706 0.002 0.003 0.032 0.001 0.014 0.033 0.006 0.004 0.001 0.001 0.121 0.076 53 E 0.655 0.004 0.003 0.005 0.001 0.006 0.023 0.003 0.002 0.001 0.001 0.141 0.152 54 V 0.763 0.002 0.005 0.009 0.001 0.010 0.006 0.002 0.004 0.003 0.006 0.113 0.077 55 N 0.101 0.002 0.029 0.112 0.004 0.018 0.002 0.001 0.004 0.028 0.518 0.110 0.071 56 G 0.032 0.003 0.064 0.043 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.105 0.663 0.022 0.056 57 V 0.018 0.010 0.208 0.006 0.005 0.005 0.002 0.001 0.004 0.081 0.009 0.589 0.062 58 N 0.025 0.037 0.154 0.003 0.005 0.011 0.007 0.001 0.016 0.028 0.007 0.033 0.673 59 V 0.024 0.028 0.265 0.041 0.046 0.043 0.007 0.002 0.020 0.052 0.065 0.351 0.057 60 L 0.005 0.010 0.152 0.013 0.051 0.027 0.003 0.001 0.012 0.119 0.491 0.024 0.092 61 D 0.002 0.010 0.232 0.002 0.011 0.013 0.001 0.001 0.004 0.273 0.415 0.015 0.023 62 E 0.001 0.018 0.568 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 0.003 0.341 0.020 0.022 0.007 63 P 0.001 0.014 0.794 0.001 0.005 0.032 0.001 0.001 0.003 0.104 0.010 0.004 0.034 64 Y 0.001 0.001 0.071 0.001 0.019 0.868 0.001 0.001 0.001 0.016 0.021 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 73 S 0.001 0.001 0.017 0.001 0.019 0.724 0.001 0.001 0.001 0.012 0.222 0.001 0.003 74 S 0.001 0.002 0.098 0.001 0.009 0.118 0.001 0.001 0.001 0.123 0.637 0.006 0.005 75 G 0.001 0.002 0.161 0.002 0.007 0.009 0.001 0.001 0.002 0.138 0.671 0.004 0.004 76 K 0.001 0.004 0.402 0.009 0.011 0.006 0.001 0.001 0.009 0.242 0.271 0.026 0.019 77 N 0.024 0.008 0.371 0.022 0.008 0.003 0.004 0.002 0.045 0.062 0.070 0.035 0.346 78 V 0.226 0.003 0.087 0.034 0.002 0.001 0.027 0.016 0.133 0.011 0.005 0.328 0.127 79 T 0.456 0.001 0.012 0.014 0.001 0.001 0.128 0.018 0.045 0.001 0.001 0.087 0.236 80 L 0.641 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.135 0.017 0.017 0.001 0.001 0.088 0.087 81 L 0.669 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.092 0.018 0.026 0.001 0.001 0.108 0.077 82 V 0.646 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.057 0.012 0.031 0.001 0.001 0.079 0.162 83 C 0.281 0.005 0.068 0.055 0.002 0.001 0.035 0.005 0.044 0.017 0.020 0.191 0.275 84 G 0.035 0.006 0.259 0.046 0.007 0.002 0.005 0.001 0.023 0.153 0.120 0.180 0.164 85 K 0.007 0.018 0.343 0.006 0.016 0.002 0.001 0.001 0.011 0.339 0.093 0.065 0.100 86 K 0.002 0.029 0.563 0.003 0.010 0.003 0.001 0.001 0.006 0.237 0.038 0.056 0.053 87 A 0.001 0.026 0.701 0.003 0.035 0.006 0.001 0.001 0.003 0.125 0.036 0.020 0.043 88 Q 0.002 0.025 0.490 0.009 0.127 0.028 0.001 0.001 0.005 0.128 0.126 0.024 0.036 89 D 0.002 0.026 0.409 0.007 0.153 0.033 0.001 0.001 0.007 0.141 0.147 0.030 0.046 90 T 0.003 0.032 0.513 0.007 0.092 0.039 0.001 0.001 0.008 0.126 0.098 0.021 0.061 91 V 0.002 0.022 0.649 0.006 0.037 0.029 0.001 0.001 0.010 0.124 0.042 0.038 0.038