# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 946.995 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.107 0.179 0.235 0.189 0.014 0.044 0.015 0.027 0.054 0.010 0.033 0.025 0.022 0.002 0.017 0.028 2 M 0.057 0.121 0.162 0.579 0.002 0.008 0.002 0.011 0.018 0.002 0.009 0.008 0.006 0.001 0.003 0.013 3 K 0.045 0.042 0.339 0.523 0.002 0.024 0.002 0.002 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 4 P 0.022 0.020 0.117 0.596 0.001 0.233 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.001 0.232 0.013 0.752 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.002 0.002 0.013 0.980 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 C 0.001 0.002 0.252 0.744 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.985 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.005 0.001 0.948 0.022 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.019 0.001 0.361 0.504 0.091 0.001 0.013 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.003 0.091 0.007 0.394 0.020 0.071 0.001 0.372 0.005 0.003 0.024 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 12 G 0.004 0.025 0.008 0.046 0.195 0.217 0.008 0.007 0.098 0.331 0.032 0.021 0.002 0.002 0.001 0.003 13 E 0.126 0.076 0.013 0.035 0.141 0.030 0.021 0.114 0.004 0.002 0.375 0.026 0.007 0.015 0.013 0.002 14 N 0.006 0.199 0.059 0.070 0.009 0.040 0.006 0.192 0.094 0.024 0.016 0.174 0.009 0.002 0.079 0.021 15 G 0.141 0.041 0.109 0.071 0.020 0.038 0.077 0.007 0.226 0.078 0.037 0.013 0.017 0.019 0.006 0.100 16 Y 0.305 0.148 0.217 0.179 0.001 0.013 0.002 0.066 0.008 0.001 0.011 0.010 0.006 0.001 0.027 0.004 17 G 0.012 0.030 0.342 0.562 0.001 0.005 0.001 0.001 0.025 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 18 F 0.061 0.003 0.161 0.771 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 H 0.001 0.003 0.063 0.894 0.010 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.001 0.005 0.003 0.575 0.359 0.048 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.001 0.053 0.004 0.576 0.101 0.053 0.001 0.196 0.002 0.002 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.003 0.036 0.012 0.357 0.052 0.122 0.003 0.058 0.162 0.093 0.069 0.020 0.006 0.001 0.003 0.005 23 I 0.033 0.038 0.021 0.048 0.493 0.074 0.043 0.013 0.019 0.038 0.084 0.059 0.012 0.022 0.001 0.003 24 R 0.022 0.060 0.033 0.066 0.037 0.061 0.009 0.499 0.005 0.006 0.055 0.038 0.020 0.005 0.080 0.003 25 G 0.009 0.111 0.063 0.076 0.008 0.034 0.007 0.016 0.369 0.077 0.027 0.048 0.017 0.002 0.008 0.129 26 L 0.405 0.020 0.042 0.030 0.074 0.031 0.189 0.006 0.021 0.017 0.048 0.031 0.036 0.035 0.004 0.011 27 P 0.024 0.049 0.277 0.070 0.002 0.022 0.004 0.403 0.002 0.002 0.026 0.014 0.021 0.001 0.078 0.003 28 G 0.012 0.069 0.060 0.334 0.001 0.019 0.004 0.003 0.304 0.061 0.020 0.030 0.014 0.001 0.002 0.064 29 S 0.401 0.018 0.147 0.382 0.001 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.011 0.013 0.001 0.002 0.002 30 F 0.005 0.032 0.274 0.527 0.002 0.130 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.008 0.001 0.001 0.007 31 I 0.005 0.020 0.033 0.414 0.008 0.497 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.289 0.017 0.675 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 33 E 0.002 0.004 0.024 0.918 0.002 0.024 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.005 34 V 0.006 0.013 0.614 0.299 0.015 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 0.001 0.001 0.002 35 Q 0.001 0.007 0.007 0.133 0.701 0.095 0.025 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 36 K 0.001 0.064 0.004 0.090 0.030 0.126 0.006 0.548 0.003 0.001 0.048 0.004 0.006 0.004 0.065 0.001 37 G 0.003 0.241 0.015 0.210 0.001 0.004 0.001 0.026 0.359 0.049 0.010 0.017 0.002 0.001 0.006 0.055 38 G 0.737 0.003 0.011 0.012 0.001 0.153 0.002 0.001 0.007 0.032 0.007 0.014 0.016 0.001 0.001 0.003 39 P 0.018 0.018 0.050 0.015 0.004 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 0.773 0.015 0.057 0.002 0.001 0.001 40 A 0.001 0.111 0.009 0.111 0.001 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.030 0.704 0.015 0.002 0.003 0.001 41 D 0.002 0.007 0.038 0.030 0.008 0.057 0.037 0.003 0.005 0.001 0.011 0.070 0.651 0.011 0.040 0.029 42 L 0.002 0.006 0.018 0.007 0.057 0.004 0.210 0.002 0.002 0.001 0.044 0.004 0.067 0.548 0.002 0.027 43 A 0.004 0.010 0.018 0.011 0.001 0.002 0.003 0.105 0.001 0.001 0.002 0.018 0.040 0.003 0.774 0.009 44 G 0.001 0.001 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.939 45 L 0.900 0.007 0.053 0.019 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.006 46 E 0.002 0.013 0.099 0.003 0.152 0.646 0.042 0.004 0.001 0.003 0.005 0.003 0.006 0.018 0.001 0.002 47 D 0.003 0.018 0.003 0.026 0.003 0.015 0.001 0.200 0.001 0.001 0.707 0.004 0.003 0.001 0.017 0.001 48 E 0.002 0.131 0.008 0.024 0.001 0.002 0.001 0.002 0.322 0.017 0.005 0.453 0.002 0.001 0.003 0.026 49 D 0.450 0.029 0.300 0.130 0.001 0.011 0.003 0.001 0.006 0.001 0.004 0.009 0.025 0.001 0.005 0.025 50 V 0.025 0.031 0.822 0.092 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.007 51 I 0.019 0.023 0.285 0.533 0.002 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 52 I 0.001 0.035 0.073 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 E 0.001 0.002 0.012 0.654 0.294 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 54 V 0.001 0.003 0.010 0.046 0.865 0.022 0.012 0.031 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 55 N 0.001 0.006 0.001 0.016 0.004 0.054 0.001 0.879 0.002 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 56 G 0.004 0.076 0.001 0.016 0.004 0.007 0.002 0.002 0.674 0.074 0.095 0.011 0.001 0.001 0.001 0.032 57 V 0.891 0.012 0.031 0.021 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 0.010 0.001 58 N 0.006 0.004 0.515 0.012 0.007 0.377 0.005 0.001 0.004 0.021 0.005 0.007 0.014 0.001 0.001 0.020 59 V 0.033 0.071 0.020 0.059 0.126 0.114 0.035 0.011 0.001 0.001 0.454 0.022 0.024 0.023 0.002 0.003 60 L 0.002 0.265 0.014 0.101 0.002 0.016 0.005 0.175 0.007 0.004 0.018 0.291 0.014 0.001 0.078 0.006 61 D 0.011 0.027 0.180 0.060 0.004 0.059 0.009 0.002 0.165 0.015 0.010 0.015 0.041 0.001 0.004 0.397 62 E 0.373 0.038 0.403 0.062 0.003 0.010 0.004 0.004 0.002 0.002 0.032 0.022 0.031 0.001 0.002 0.011 63 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.012 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 65 E 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.966 0.018 0.001 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 0.944 0.001 0.001 0.005 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.987 0.001 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.001 0.002 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.013 0.002 0.004 72 Q 0.001 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.877 0.027 0.050 0.015 73 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.115 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.814 0.003 0.029 74 S 0.017 0.002 0.036 0.001 0.001 0.001 0.013 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.004 0.859 0.007 75 G 0.006 0.014 0.053 0.004 0.002 0.009 0.025 0.003 0.076 0.079 0.007 0.002 0.037 0.011 0.011 0.661 76 K 0.766 0.102 0.017 0.044 0.001 0.005 0.002 0.009 0.007 0.001 0.009 0.005 0.010 0.001 0.013 0.009 77 N 0.012 0.139 0.642 0.180 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 78 V 0.053 0.003 0.474 0.456 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 T 0.001 0.018 0.102 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.004 0.013 0.973 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 V 0.001 0.001 0.001 0.566 0.340 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 C 0.001 0.189 0.004 0.577 0.015 0.045 0.001 0.161 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 G 0.002 0.027 0.002 0.517 0.057 0.133 0.001 0.010 0.083 0.143 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 85 K 0.139 0.167 0.087 0.333 0.035 0.096 0.002 0.044 0.007 0.004 0.055 0.021 0.004 0.001 0.002 0.002 86 K 0.012 0.106 0.069 0.476 0.016 0.146 0.003 0.019 0.026 0.025 0.040 0.046 0.007 0.001 0.002 0.005 87 A 0.034 0.108 0.081 0.325 0.034 0.207 0.012 0.014 0.010 0.009 0.075 0.046 0.031 0.003 0.004 0.007 88 Q 0.019 0.171 0.064 0.324 0.010 0.103 0.005 0.042 0.012 0.005 0.106 0.068 0.053 0.002 0.009 0.009 89 D 0.022 0.092 0.092 0.266 0.015 0.129 0.013 0.010 0.033 0.011 0.068 0.124 0.090 0.004 0.005 0.026 90 T 0.043 0.054 0.148 0.134 0.054 0.100 0.054 0.014 0.007 0.003 0.111 0.077 0.147 0.026 0.009 0.018 91 V 0.015 0.126 0.139 0.165 0.017 0.074 0.030 0.069 0.008 0.004 0.061 0.088 0.122 0.012 0.049 0.022