# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 946.995 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.022 0.113 0.813 2 M 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.026 0.131 0.737 3 K 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.023 0.018 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.224 0.069 0.102 0.507 4 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.095 0.022 0.092 0.762 5 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.024 0.012 0.004 0.768 0.034 0.017 0.109 6 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.009 0.006 0.368 0.033 0.050 0.514 7 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.946 0.006 0.007 0.035 8 R 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.677 0.065 0.034 0.175 9 L 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.073 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.591 0.027 0.036 0.213 10 A 0.012 0.003 0.001 0.002 0.083 0.212 0.121 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.078 0.066 0.254 11 K 0.024 0.003 0.001 0.001 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.054 0.112 0.637 12 G 0.352 0.007 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.091 0.067 0.427 13 E 0.064 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.051 0.119 0.736 14 N 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.064 0.108 0.706 15 G 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.019 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.072 0.135 0.574 16 Y 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.083 0.078 0.010 0.006 0.004 0.002 0.002 0.337 0.071 0.068 0.302 17 G 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.094 0.014 0.107 0.042 0.033 0.017 0.262 0.057 0.086 0.246 18 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.045 0.252 0.169 0.044 0.315 0.032 0.028 0.094 19 H 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.054 0.052 0.019 0.587 0.052 0.043 0.138 20 L 0.149 0.006 0.001 0.001 0.007 0.011 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.003 0.427 0.074 0.065 0.217 21 N 0.034 0.010 0.002 0.001 0.010 0.016 0.033 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.139 0.187 0.298 22 A 0.036 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.052 0.171 0.570 23 I 0.385 0.015 0.002 0.001 0.007 0.013 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.110 0.099 0.310 24 R 0.008 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.045 0.177 0.682 25 G 0.077 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.043 0.124 0.697 26 L 0.117 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.119 0.109 0.529 27 P 0.012 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.028 0.159 0.693 28 G 0.006 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.031 0.005 0.017 0.007 0.006 0.003 0.315 0.037 0.127 0.398 29 S 0.008 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.036 0.010 0.007 0.009 0.024 0.026 0.015 0.382 0.062 0.072 0.277 30 F 0.024 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.003 0.028 0.019 0.018 0.010 0.527 0.060 0.043 0.203 31 I 0.036 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.024 0.016 0.007 0.400 0.054 0.042 0.346 32 K 0.022 0.042 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.004 0.519 0.029 0.059 0.298 33 E 0.075 0.039 0.004 0.001 0.010 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.232 0.070 0.091 0.460 34 V 0.053 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.045 0.104 0.522 35 Q 0.230 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.155 0.092 0.366 36 K 0.010 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.012 0.094 0.807 37 G 0.016 0.167 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.044 0.088 0.639 38 G 0.066 0.668 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.101 0.029 0.106 39 P 0.123 0.564 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.104 0.037 0.137 40 A 0.050 0.028 0.392 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.013 0.295 0.024 0.162 41 D 0.752 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.024 0.193 42 L 0.136 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.030 0.793 43 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.146 0.844 44 G 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.054 0.929 45 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.141 0.826 46 E 0.251 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.127 0.089 0.050 0.453 47 D 0.187 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.036 0.070 0.111 0.557 48 E 0.007 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.014 0.148 0.592 49 D 0.020 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.550 0.103 0.053 0.219 50 V 0.015 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.640 0.069 0.051 0.174 51 I 0.011 0.009 0.002 0.001 0.006 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.003 0.006 0.004 0.772 0.046 0.020 0.078 52 I 0.003 0.001 0.021 0.001 0.669 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.005 0.003 0.164 0.051 0.010 0.040 53 E 0.108 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.659 0.036 0.029 0.157 54 V 0.529 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.093 0.056 0.228 55 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.010 0.222 0.661 56 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.197 0.012 0.122 0.654 57 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.658 0.081 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.020 0.038 0.135 58 N 0.054 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.016 0.023 0.012 0.002 0.020 0.005 0.001 0.001 0.271 0.118 0.057 0.406 59 V 0.329 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.142 0.042 0.004 0.001 0.035 0.076 0.044 0.321 60 L 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.001 0.109 0.029 0.116 0.704 61 D 0.015 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.009 0.110 0.828 62 E 0.004 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.271 0.035 0.146 0.480 63 P 0.009 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.015 0.073 64 Y 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 65 E 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.005 66 K 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 67 V 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 68 V 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.007 69 D 0.016 0.351 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.578 0.004 0.044 70 R 0.027 0.169 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.729 0.013 0.044 71 I 0.180 0.064 0.119 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.491 0.026 0.110 72 Q 0.356 0.003 0.020 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.046 0.550 73 S 0.115 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.046 0.825 74 S 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.194 0.739 75 G 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.019 0.154 0.803 76 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.231 0.039 0.121 0.583 77 N 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.482 0.044 0.059 0.381 78 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.003 0.001 0.726 0.032 0.024 0.191 79 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.014 0.006 0.882 0.016 0.009 0.045 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.876 0.021 0.011 0.076 81 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.022 0.007 0.031 82 V 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.675 0.043 0.044 0.212 83 C 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.494 0.048 0.071 0.365 84 G 0.034 0.011 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.062 0.140 0.561 85 K 0.036 0.014 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.076 0.112 0.653 86 K 0.110 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.094 0.104 0.611 87 A 0.090 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.070 0.090 0.686 88 Q 0.072 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.035 0.045 0.104 0.722 89 D 0.040 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 0.035 0.109 0.744 90 T 0.040 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.055 0.045 0.124 0.702 91 V 0.040 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.003 0.004 0.004 0.003 0.093 0.067 0.132 0.614