# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 946.995 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.012 0.001 0.001 0.014 0.020 0.053 0.098 0.001 0.001 0.015 0.788 2 M 0.005 0.001 0.001 0.013 0.020 0.022 0.140 0.001 0.001 0.011 0.789 3 K 0.012 0.001 0.001 0.034 0.072 0.220 0.098 0.001 0.001 0.035 0.528 4 P 0.002 0.001 0.001 0.015 0.043 0.080 0.109 0.001 0.001 0.033 0.718 5 K 0.002 0.001 0.001 0.212 0.185 0.322 0.050 0.001 0.001 0.028 0.202 6 L 0.001 0.001 0.001 0.111 0.159 0.431 0.034 0.001 0.001 0.031 0.233 7 C 0.001 0.001 0.001 0.168 0.299 0.370 0.023 0.001 0.001 0.031 0.110 8 R 0.001 0.001 0.001 0.159 0.233 0.514 0.014 0.001 0.001 0.017 0.062 9 L 0.006 0.001 0.001 0.144 0.223 0.368 0.036 0.001 0.001 0.050 0.172 10 A 0.011 0.002 0.001 0.179 0.142 0.275 0.100 0.001 0.001 0.035 0.255 11 K 0.018 0.005 0.001 0.066 0.059 0.122 0.156 0.001 0.001 0.047 0.524 12 G 0.349 0.018 0.001 0.017 0.031 0.051 0.080 0.004 0.001 0.050 0.396 13 E 0.153 0.005 0.001 0.011 0.019 0.024 0.102 0.002 0.001 0.049 0.633 14 N 0.048 0.006 0.001 0.013 0.032 0.072 0.197 0.001 0.001 0.042 0.589 15 G 0.025 0.002 0.001 0.016 0.052 0.232 0.081 0.001 0.001 0.027 0.563 16 Y 0.007 0.002 0.001 0.037 0.386 0.274 0.076 0.001 0.001 0.014 0.203 17 G 0.001 0.001 0.001 0.022 0.173 0.666 0.022 0.001 0.001 0.012 0.104 18 F 0.001 0.001 0.001 0.039 0.573 0.230 0.044 0.001 0.001 0.013 0.099 19 H 0.004 0.001 0.001 0.068 0.236 0.614 0.024 0.001 0.001 0.015 0.038 20 L 0.020 0.004 0.001 0.075 0.275 0.286 0.038 0.001 0.001 0.043 0.257 21 N 0.023 0.005 0.001 0.139 0.204 0.272 0.085 0.001 0.001 0.032 0.238 22 A 0.094 0.012 0.001 0.068 0.083 0.215 0.056 0.004 0.001 0.032 0.434 23 I 0.248 0.004 0.001 0.043 0.040 0.065 0.081 0.005 0.001 0.063 0.451 24 R 0.019 0.002 0.001 0.017 0.024 0.033 0.133 0.001 0.001 0.019 0.751 25 G 0.030 0.005 0.001 0.010 0.012 0.017 0.085 0.001 0.001 0.018 0.821 26 L 0.125 0.003 0.001 0.011 0.031 0.045 0.135 0.003 0.001 0.083 0.563 27 P 0.006 0.002 0.001 0.016 0.033 0.046 0.209 0.001 0.001 0.029 0.659 28 G 0.003 0.007 0.001 0.131 0.097 0.220 0.110 0.001 0.001 0.036 0.396 29 S 0.002 0.003 0.001 0.079 0.258 0.439 0.042 0.001 0.001 0.028 0.149 30 F 0.010 0.008 0.001 0.106 0.212 0.438 0.035 0.001 0.001 0.047 0.141 31 I 0.037 0.013 0.001 0.168 0.260 0.240 0.037 0.002 0.001 0.056 0.187 32 K 0.011 0.006 0.001 0.176 0.210 0.185 0.067 0.001 0.001 0.069 0.275 33 E 0.007 0.007 0.002 0.074 0.077 0.193 0.131 0.001 0.001 0.068 0.440 34 V 0.088 0.013 0.003 0.033 0.071 0.113 0.075 0.010 0.001 0.067 0.526 35 Q 0.526 0.005 0.001 0.033 0.033 0.033 0.037 0.006 0.001 0.065 0.260 36 K 0.008 0.006 0.001 0.024 0.008 0.010 0.117 0.001 0.001 0.007 0.818 37 G 0.008 0.044 0.001 0.021 0.008 0.018 0.204 0.003 0.001 0.017 0.675 38 G 0.208 0.350 0.002 0.020 0.035 0.040 0.072 0.016 0.001 0.037 0.219 39 P 0.268 0.251 0.005 0.025 0.028 0.032 0.063 0.011 0.001 0.071 0.244 40 A 0.166 0.038 0.028 0.035 0.049 0.088 0.081 0.017 0.006 0.079 0.413 41 D 0.654 0.012 0.005 0.011 0.012 0.033 0.055 0.012 0.003 0.017 0.185 42 L 0.257 0.002 0.001 0.013 0.015 0.020 0.037 0.005 0.001 0.014 0.636 43 A 0.006 0.001 0.001 0.019 0.031 0.022 0.119 0.001 0.001 0.006 0.796 44 G 0.004 0.002 0.001 0.024 0.030 0.069 0.180 0.001 0.001 0.013 0.677 45 L 0.016 0.012 0.003 0.015 0.048 0.027 0.257 0.004 0.001 0.022 0.596 46 E 0.498 0.117 0.002 0.028 0.021 0.026 0.054 0.017 0.001 0.030 0.207 47 D 0.182 0.125 0.001 0.035 0.015 0.020 0.055 0.006 0.001 0.044 0.517 48 E 0.006 0.172 0.001 0.106 0.054 0.076 0.087 0.001 0.001 0.068 0.429 49 D 0.003 0.072 0.003 0.173 0.086 0.333 0.041 0.003 0.001 0.151 0.136 50 V 0.004 0.028 0.002 0.125 0.337 0.386 0.016 0.002 0.001 0.057 0.044 51 I 0.004 0.007 0.001 0.145 0.281 0.353 0.023 0.001 0.001 0.118 0.068 52 I 0.002 0.006 0.007 0.233 0.390 0.222 0.016 0.001 0.001 0.038 0.083 53 E 0.086 0.011 0.004 0.100 0.150 0.361 0.049 0.006 0.003 0.039 0.191 54 V 0.205 0.003 0.003 0.049 0.087 0.118 0.057 0.007 0.001 0.051 0.419 55 N 0.016 0.001 0.001 0.056 0.057 0.086 0.265 0.001 0.001 0.015 0.503 56 G 0.009 0.005 0.001 0.083 0.040 0.181 0.140 0.001 0.001 0.018 0.522 57 V 0.009 0.004 0.003 0.064 0.147 0.080 0.162 0.002 0.001 0.015 0.514 58 N 0.330 0.011 0.001 0.050 0.046 0.157 0.072 0.011 0.001 0.025 0.296 59 V 0.201 0.002 0.001 0.034 0.021 0.026 0.049 0.003 0.001 0.025 0.638 60 L 0.009 0.003 0.001 0.084 0.028 0.025 0.138 0.001 0.001 0.008 0.704 61 D 0.012 0.030 0.001 0.032 0.012 0.033 0.085 0.002 0.001 0.011 0.783 62 E 0.043 0.209 0.001 0.016 0.034 0.021 0.099 0.008 0.001 0.031 0.539 63 P 0.011 0.920 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.053 64 Y 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 65 E 0.004 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.040 0.012 66 K 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 67 V 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 68 V 0.008 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.012 69 D 0.024 0.488 0.005 0.002 0.003 0.005 0.009 0.004 0.004 0.394 0.062 70 R 0.025 0.112 0.028 0.009 0.009 0.007 0.031 0.004 0.013 0.656 0.108 71 I 0.198 0.050 0.105 0.017 0.008 0.016 0.071 0.010 0.061 0.238 0.225 72 Q 0.265 0.005 0.015 0.007 0.005 0.012 0.045 0.005 0.010 0.031 0.600 73 S 0.089 0.001 0.002 0.004 0.003 0.005 0.080 0.001 0.001 0.016 0.799 74 S 0.035 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.170 0.001 0.001 0.020 0.763 75 G 0.006 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.239 0.001 0.001 0.032 0.711 76 K 0.002 0.001 0.001 0.043 0.018 0.025 0.175 0.001 0.001 0.026 0.710 77 N 0.001 0.001 0.001 0.113 0.061 0.199 0.100 0.001 0.001 0.046 0.479 78 V 0.001 0.001 0.001 0.307 0.155 0.337 0.040 0.001 0.001 0.042 0.118 79 T 0.001 0.001 0.001 0.514 0.140 0.263 0.014 0.001 0.001 0.018 0.050 80 L 0.001 0.001 0.001 0.415 0.226 0.299 0.008 0.001 0.001 0.014 0.037 81 L 0.001 0.001 0.001 0.241 0.223 0.439 0.014 0.001 0.001 0.022 0.059 82 V 0.011 0.004 0.001 0.152 0.231 0.365 0.029 0.001 0.001 0.041 0.166 83 C 0.027 0.004 0.001 0.125 0.156 0.244 0.071 0.001 0.001 0.041 0.331 84 G 0.032 0.009 0.001 0.063 0.085 0.192 0.093 0.001 0.001 0.029 0.495 85 K 0.039 0.009 0.001 0.023 0.052 0.085 0.090 0.001 0.001 0.028 0.673 86 K 0.078 0.010 0.001 0.017 0.051 0.076 0.119 0.002 0.001 0.061 0.584 87 A 0.081 0.007 0.001 0.011 0.024 0.046 0.109 0.001 0.001 0.045 0.674 88 Q 0.065 0.004 0.001 0.012 0.025 0.038 0.085 0.001 0.001 0.030 0.740 89 D 0.028 0.003 0.001 0.012 0.025 0.047 0.090 0.001 0.001 0.021 0.774 90 T 0.014 0.005 0.001 0.012 0.035 0.060 0.110 0.001 0.001 0.026 0.737 91 V 0.016 0.009 0.001 0.021 0.062 0.085 0.135 0.001 0.001 0.038 0.634