# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 946.995 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.017 0.001 0.007 0.018 0.020 0.086 0.017 0.834 2 M 0.005 0.001 0.012 0.011 0.033 0.100 0.009 0.831 3 K 0.033 0.002 0.067 0.163 0.152 0.130 0.079 0.374 4 P 0.004 0.001 0.005 0.013 0.017 0.078 0.005 0.878 5 K 0.002 0.001 0.337 0.113 0.252 0.069 0.090 0.135 6 L 0.001 0.001 0.094 0.105 0.142 0.083 0.028 0.546 7 C 0.001 0.001 0.246 0.318 0.196 0.045 0.019 0.174 8 R 0.004 0.002 0.190 0.288 0.310 0.033 0.043 0.130 9 L 0.005 0.001 0.126 0.291 0.258 0.045 0.035 0.239 10 A 0.016 0.002 0.180 0.147 0.320 0.071 0.063 0.201 11 K 0.033 0.002 0.094 0.072 0.121 0.092 0.038 0.548 12 G 0.160 0.007 0.022 0.031 0.047 0.105 0.100 0.528 13 E 0.056 0.003 0.018 0.019 0.029 0.134 0.049 0.693 14 N 0.042 0.005 0.036 0.027 0.059 0.119 0.046 0.667 15 G 0.024 0.003 0.040 0.034 0.072 0.144 0.058 0.624 16 Y 0.003 0.003 0.127 0.119 0.216 0.108 0.045 0.379 17 G 0.002 0.002 0.186 0.152 0.364 0.062 0.052 0.180 18 F 0.001 0.001 0.158 0.282 0.247 0.049 0.034 0.229 19 H 0.003 0.003 0.279 0.280 0.284 0.026 0.040 0.084 20 L 0.024 0.005 0.227 0.212 0.231 0.047 0.053 0.201 21 N 0.027 0.006 0.193 0.121 0.162 0.076 0.064 0.351 22 A 0.089 0.009 0.107 0.072 0.124 0.092 0.065 0.442 23 I 0.121 0.007 0.044 0.041 0.077 0.118 0.070 0.522 24 R 0.027 0.003 0.039 0.031 0.051 0.132 0.036 0.681 25 G 0.051 0.003 0.015 0.017 0.025 0.113 0.024 0.754 26 L 0.142 0.010 0.021 0.027 0.036 0.122 0.092 0.550 27 P 0.009 0.005 0.032 0.026 0.046 0.128 0.035 0.720 28 G 0.007 0.011 0.075 0.102 0.241 0.097 0.057 0.410 29 S 0.003 0.004 0.086 0.198 0.236 0.072 0.028 0.371 30 F 0.011 0.009 0.194 0.288 0.247 0.046 0.058 0.147 31 I 0.048 0.014 0.079 0.163 0.221 0.045 0.099 0.332 32 K 0.032 0.007 0.158 0.159 0.204 0.054 0.035 0.351 33 E 0.021 0.007 0.131 0.093 0.165 0.095 0.046 0.442 34 V 0.071 0.006 0.066 0.051 0.047 0.090 0.047 0.622 35 Q 0.553 0.015 0.019 0.010 0.017 0.047 0.131 0.209 36 K 0.007 0.005 0.006 0.004 0.004 0.103 0.009 0.861 37 G 0.011 0.033 0.004 0.004 0.010 0.083 0.014 0.841 38 G 0.068 0.426 0.015 0.057 0.034 0.063 0.075 0.262 39 P 0.190 0.279 0.029 0.025 0.049 0.050 0.098 0.278 40 A 0.106 0.050 0.077 0.066 0.064 0.074 0.277 0.286 41 D 0.521 0.026 0.022 0.025 0.048 0.039 0.085 0.236 42 L 0.158 0.019 0.022 0.019 0.042 0.078 0.034 0.628 43 A 0.019 0.010 0.018 0.013 0.031 0.109 0.014 0.786 44 G 0.010 0.006 0.011 0.028 0.036 0.158 0.032 0.719 45 L 0.029 0.007 0.029 0.036 0.031 0.144 0.034 0.691 46 E 0.481 0.042 0.014 0.018 0.028 0.052 0.069 0.295 47 D 0.053 0.029 0.023 0.010 0.022 0.129 0.031 0.704 48 E 0.012 0.034 0.096 0.047 0.143 0.160 0.087 0.423 49 D 0.003 0.016 0.060 0.155 0.347 0.068 0.107 0.244 50 V 0.003 0.014 0.191 0.249 0.438 0.013 0.055 0.037 51 I 0.001 0.002 0.095 0.387 0.372 0.023 0.030 0.089 52 I 0.001 0.001 0.252 0.339 0.315 0.014 0.041 0.038 53 E 0.057 0.002 0.102 0.236 0.357 0.035 0.059 0.152 54 V 0.181 0.003 0.070 0.100 0.127 0.078 0.092 0.349 55 N 0.008 0.002 0.046 0.055 0.083 0.116 0.021 0.669 56 G 0.005 0.001 0.006 0.044 0.075 0.090 0.008 0.771 57 V 0.010 0.003 0.066 0.304 0.198 0.073 0.051 0.295 58 N 0.150 0.005 0.038 0.103 0.084 0.073 0.031 0.516 59 V 0.215 0.006 0.039 0.031 0.051 0.083 0.115 0.460 60 L 0.014 0.009 0.031 0.020 0.030 0.100 0.020 0.775 61 D 0.057 0.031 0.005 0.014 0.020 0.088 0.025 0.759 62 E 0.023 0.085 0.013 0.022 0.015 0.120 0.071 0.651 63 P 0.036 0.747 0.005 0.003 0.006 0.019 0.062 0.122 64 Y 0.017 0.936 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.009 65 E 0.002 0.847 0.002 0.002 0.001 0.002 0.132 0.011 66 K 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 67 V 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 68 V 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 69 D 0.011 0.758 0.002 0.001 0.001 0.004 0.204 0.017 70 R 0.020 0.342 0.027 0.007 0.006 0.023 0.466 0.108 71 I 0.060 0.042 0.126 0.012 0.004 0.039 0.624 0.092 72 Q 0.253 0.010 0.011 0.003 0.002 0.046 0.045 0.631 73 S 0.044 0.001 0.012 0.001 0.001 0.072 0.012 0.856 74 S 0.044 0.002 0.026 0.002 0.003 0.110 0.017 0.797 75 G 0.012 0.001 0.005 0.001 0.002 0.098 0.010 0.872 76 K 0.003 0.001 0.075 0.016 0.024 0.197 0.031 0.653 77 N 0.005 0.002 0.130 0.047 0.126 0.145 0.068 0.476 78 V 0.002 0.001 0.371 0.115 0.167 0.081 0.067 0.195 79 T 0.001 0.001 0.430 0.191 0.195 0.036 0.037 0.108 80 L 0.001 0.001 0.243 0.370 0.200 0.023 0.035 0.127 81 L 0.001 0.001 0.382 0.250 0.269 0.013 0.035 0.049 82 V 0.010 0.002 0.105 0.364 0.243 0.048 0.047 0.181 83 C 0.026 0.003 0.095 0.184 0.296 0.069 0.047 0.281 84 G 0.049 0.006 0.023 0.064 0.091 0.096 0.022 0.649 85 K 0.044 0.007 0.012 0.033 0.040 0.082 0.032 0.750 86 K 0.114 0.009 0.018 0.028 0.040 0.086 0.092 0.614 87 A 0.108 0.009 0.015 0.030 0.029 0.072 0.064 0.675 88 Q 0.142 0.004 0.012 0.013 0.026 0.070 0.036 0.698 89 D 0.060 0.005 0.010 0.023 0.034 0.090 0.029 0.749 90 T 0.028 0.004 0.009 0.024 0.049 0.117 0.025 0.744 91 V 0.041 0.006 0.012 0.048 0.068 0.115 0.038 0.673