# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 946.995 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.699 0.150 0.025 0.054 0.027 0.013 0.014 0.008 0.005 0.003 0.002 2 M 0.232 0.133 0.040 0.093 0.083 0.072 0.104 0.073 0.072 0.057 0.041 3 K 0.175 0.336 0.068 0.195 0.111 0.050 0.033 0.017 0.009 0.005 0.002 4 P 0.169 0.080 0.045 0.125 0.130 0.124 0.115 0.089 0.057 0.041 0.024 5 K 0.076 0.109 0.090 0.167 0.138 0.130 0.134 0.081 0.043 0.023 0.009 6 L 0.023 0.051 0.049 0.213 0.190 0.149 0.144 0.085 0.052 0.029 0.014 7 C 0.003 0.002 0.005 0.004 0.008 0.019 0.058 0.097 0.231 0.288 0.286 8 R 0.027 0.124 0.128 0.374 0.209 0.069 0.039 0.015 0.008 0.004 0.002 9 L 0.002 0.001 0.006 0.005 0.011 0.014 0.050 0.110 0.191 0.237 0.373 10 A 0.058 0.110 0.104 0.223 0.195 0.115 0.087 0.047 0.031 0.019 0.012 11 K 0.039 0.097 0.067 0.124 0.109 0.118 0.172 0.101 0.083 0.057 0.032 12 G 0.353 0.204 0.052 0.141 0.090 0.055 0.045 0.027 0.016 0.011 0.007 13 E 0.590 0.221 0.029 0.071 0.028 0.020 0.019 0.010 0.007 0.004 0.002 14 N 0.278 0.162 0.044 0.154 0.112 0.084 0.071 0.043 0.026 0.016 0.010 15 G 0.130 0.143 0.044 0.127 0.118 0.123 0.114 0.077 0.057 0.043 0.024 16 Y 0.009 0.016 0.012 0.034 0.048 0.112 0.182 0.163 0.200 0.145 0.080 17 G 0.058 0.074 0.041 0.158 0.142 0.120 0.138 0.100 0.080 0.052 0.038 18 F 0.002 0.002 0.003 0.006 0.009 0.017 0.044 0.095 0.221 0.270 0.332 19 H 0.019 0.050 0.033 0.183 0.218 0.134 0.138 0.100 0.061 0.037 0.026 20 L 0.002 0.002 0.004 0.006 0.011 0.017 0.043 0.096 0.204 0.267 0.347 21 N 0.048 0.049 0.038 0.150 0.178 0.151 0.152 0.096 0.067 0.044 0.028 22 A 0.062 0.055 0.043 0.106 0.088 0.097 0.157 0.114 0.127 0.096 0.055 23 I 0.068 0.082 0.029 0.094 0.090 0.122 0.152 0.097 0.107 0.091 0.067 24 R 0.294 0.230 0.048 0.142 0.092 0.054 0.057 0.032 0.024 0.016 0.010 25 G 0.483 0.173 0.038 0.111 0.066 0.041 0.036 0.023 0.014 0.010 0.007 26 L 0.105 0.112 0.029 0.106 0.104 0.116 0.119 0.092 0.089 0.076 0.052 27 P 0.107 0.128 0.028 0.120 0.119 0.115 0.143 0.103 0.070 0.043 0.025 28 G 0.105 0.068 0.037 0.126 0.129 0.137 0.142 0.092 0.076 0.051 0.038 29 S 0.042 0.027 0.025 0.044 0.053 0.079 0.127 0.129 0.176 0.164 0.133 30 F 0.011 0.027 0.017 0.096 0.127 0.122 0.181 0.154 0.131 0.082 0.053 31 I 0.002 0.002 0.004 0.007 0.014 0.021 0.054 0.100 0.203 0.263 0.331 32 K 0.060 0.081 0.130 0.260 0.211 0.104 0.074 0.039 0.023 0.012 0.006 33 E 0.080 0.114 0.099 0.270 0.178 0.104 0.081 0.039 0.020 0.010 0.006 34 V 0.005 0.004 0.004 0.008 0.013 0.018 0.050 0.091 0.176 0.224 0.406 35 Q 0.081 0.168 0.058 0.163 0.162 0.118 0.116 0.058 0.037 0.026 0.012 36 K 0.214 0.240 0.170 0.206 0.086 0.039 0.021 0.011 0.007 0.004 0.002 37 G 0.449 0.115 0.033 0.092 0.073 0.069 0.075 0.041 0.026 0.017 0.010 38 G 0.104 0.071 0.024 0.078 0.070 0.087 0.144 0.129 0.137 0.096 0.060 39 P 0.071 0.110 0.057 0.182 0.162 0.135 0.113 0.071 0.050 0.029 0.020 40 A 0.008 0.007 0.012 0.021 0.037 0.048 0.094 0.146 0.189 0.180 0.259 41 D 0.047 0.055 0.055 0.150 0.176 0.112 0.157 0.114 0.067 0.042 0.024 42 L 0.013 0.025 0.034 0.094 0.109 0.151 0.183 0.124 0.117 0.100 0.049 43 A 0.080 0.063 0.056 0.137 0.128 0.124 0.142 0.101 0.083 0.053 0.033 44 G 0.256 0.149 0.045 0.153 0.105 0.072 0.095 0.053 0.036 0.020 0.014 45 L 0.010 0.008 0.008 0.011 0.016 0.023 0.056 0.078 0.191 0.213 0.386 46 E 0.155 0.298 0.066 0.180 0.141 0.067 0.047 0.021 0.013 0.008 0.005 47 D 0.245 0.201 0.069 0.174 0.113 0.067 0.055 0.034 0.022 0.012 0.008 48 E 0.524 0.134 0.028 0.097 0.067 0.047 0.048 0.026 0.015 0.009 0.005 49 D 0.019 0.019 0.015 0.054 0.059 0.097 0.154 0.145 0.183 0.167 0.089 50 V 0.012 0.070 0.057 0.167 0.176 0.216 0.154 0.070 0.045 0.024 0.011 51 I 0.005 0.007 0.020 0.028 0.039 0.041 0.087 0.132 0.206 0.215 0.221 52 I 0.002 0.002 0.007 0.013 0.023 0.064 0.141 0.154 0.222 0.227 0.145 53 E 0.020 0.064 0.096 0.261 0.202 0.117 0.107 0.056 0.043 0.022 0.013 54 V 0.004 0.004 0.010 0.010 0.020 0.031 0.072 0.127 0.181 0.240 0.302 55 N 0.020 0.049 0.038 0.117 0.136 0.130 0.169 0.125 0.104 0.071 0.041 56 G 0.266 0.132 0.061 0.129 0.085 0.075 0.096 0.058 0.050 0.032 0.016 57 V 0.117 0.055 0.044 0.106 0.113 0.133 0.161 0.104 0.080 0.050 0.036 58 N 0.189 0.212 0.070 0.199 0.117 0.067 0.069 0.037 0.022 0.012 0.007 59 V 0.010 0.011 0.009 0.017 0.027 0.038 0.084 0.120 0.189 0.211 0.282 60 L 0.118 0.170 0.079 0.193 0.174 0.096 0.082 0.043 0.024 0.013 0.008 61 D 0.304 0.221 0.111 0.164 0.076 0.049 0.038 0.017 0.011 0.006 0.003 62 E 0.263 0.093 0.044 0.125 0.123 0.102 0.108 0.063 0.039 0.024 0.017 63 P 0.231 0.417 0.043 0.106 0.058 0.040 0.044 0.029 0.017 0.011 0.005 64 Y 0.023 0.035 0.025 0.085 0.124 0.165 0.211 0.133 0.106 0.060 0.032 65 E 0.639 0.093 0.111 0.083 0.036 0.018 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 66 K 0.037 0.082 0.129 0.315 0.206 0.114 0.075 0.026 0.009 0.004 0.002 67 V 0.001 0.002 0.005 0.005 0.011 0.018 0.062 0.122 0.238 0.270 0.267 68 V 0.001 0.002 0.009 0.031 0.094 0.189 0.319 0.165 0.101 0.065 0.024 69 D 0.006 0.024 0.845 0.096 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.003 0.005 0.026 0.071 0.123 0.234 0.352 0.121 0.042 0.017 0.006 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.039 0.173 0.297 0.474 72 Q 0.014 0.024 0.178 0.191 0.264 0.139 0.116 0.045 0.018 0.009 0.004 73 S 0.019 0.070 0.607 0.164 0.076 0.034 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 74 S 0.010 0.020 0.017 0.024 0.046 0.087 0.230 0.186 0.156 0.119 0.104 75 G 0.498 0.166 0.027 0.073 0.057 0.047 0.058 0.034 0.020 0.014 0.006 76 K 0.311 0.197 0.174 0.186 0.067 0.032 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 77 N 0.182 0.147 0.076 0.210 0.161 0.095 0.075 0.030 0.013 0.006 0.004 78 V 0.004 0.004 0.004 0.006 0.011 0.023 0.079 0.127 0.248 0.244 0.250 79 T 0.017 0.104 0.104 0.336 0.245 0.111 0.045 0.020 0.010 0.005 0.003 80 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.012 0.039 0.082 0.196 0.274 0.381 81 L 0.014 0.038 0.043 0.202 0.245 0.170 0.146 0.075 0.037 0.016 0.012 82 V 0.004 0.003 0.008 0.007 0.012 0.013 0.048 0.105 0.208 0.249 0.343 83 C 0.017 0.029 0.046 0.148 0.182 0.151 0.164 0.112 0.072 0.049 0.030 84 G 0.074 0.104 0.087 0.146 0.107 0.112 0.165 0.079 0.069 0.041 0.017 85 K 0.273 0.199 0.105 0.184 0.101 0.058 0.040 0.019 0.010 0.005 0.004 86 K 0.350 0.254 0.056 0.120 0.074 0.048 0.050 0.024 0.013 0.007 0.004 87 A 0.331 0.222 0.045 0.086 0.065 0.044 0.061 0.051 0.041 0.029 0.025 88 Q 0.410 0.198 0.055 0.120 0.084 0.048 0.042 0.021 0.012 0.006 0.004 89 D 0.501 0.234 0.088 0.100 0.037 0.018 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 90 T 0.201 0.170 0.071 0.175 0.130 0.088 0.082 0.044 0.023 0.011 0.006 91 V 0.217 0.147 0.069 0.138 0.108 0.082 0.095 0.071 0.039 0.023 0.012