# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 946.995 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.046 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.007 0.055 0.823 2 M 0.088 0.004 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.009 0.046 0.752 3 K 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.001 0.180 0.609 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 K 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.779 0.001 0.045 0.141 6 L 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.272 0.001 0.031 0.671 7 C 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.914 0.001 0.011 0.058 8 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.026 0.008 0.735 0.001 0.035 0.167 9 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.033 0.108 0.059 0.018 0.613 0.001 0.022 0.130 10 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.022 0.008 0.168 0.108 0.024 0.011 0.510 0.001 0.033 0.101 11 K 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.048 0.094 0.006 0.026 0.009 0.006 0.004 0.122 0.004 0.065 0.575 12 G 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.173 0.039 0.009 0.007 0.001 0.001 0.002 0.132 0.010 0.063 0.403 13 E 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.006 0.123 0.787 14 N 0.047 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.030 0.211 0.653 15 G 0.154 0.006 0.045 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.020 0.152 0.549 16 Y 0.048 0.004 0.013 0.013 0.023 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.299 0.004 0.222 0.357 17 G 0.013 0.001 0.002 0.005 0.163 0.086 0.024 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.356 0.001 0.097 0.239 18 F 0.004 0.001 0.001 0.001 0.028 0.040 0.054 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.591 0.001 0.030 0.230 19 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.038 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.850 0.001 0.018 0.056 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.021 0.012 0.688 0.001 0.026 0.214 21 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.023 0.014 0.011 0.013 0.833 0.001 0.023 0.067 22 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.006 0.002 0.006 0.006 0.009 0.006 0.372 0.001 0.073 0.500 23 I 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.006 0.013 0.008 0.009 0.009 0.005 0.003 0.255 0.002 0.232 0.420 24 R 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.031 0.003 0.023 0.003 0.002 0.002 0.206 0.005 0.142 0.535 25 G 0.062 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.022 0.081 0.666 26 L 0.180 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.009 0.213 0.528 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 28 G 0.015 0.002 0.002 0.001 0.022 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.267 0.003 0.096 0.560 29 S 0.288 0.002 0.004 0.004 0.014 0.015 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.294 0.004 0.055 0.298 30 F 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.808 0.001 0.029 0.140 31 I 0.004 0.003 0.001 0.001 0.026 0.019 0.017 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.625 0.001 0.053 0.229 32 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.910 0.001 0.023 0.049 33 E 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.014 0.010 0.009 0.446 0.002 0.047 0.433 34 V 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.750 0.002 0.046 0.163 35 Q 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.008 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.429 0.002 0.111 0.350 36 K 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.009 0.936 37 G 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.281 0.007 0.094 0.591 38 G 0.369 0.004 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.011 0.072 0.505 39 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.978 40 A 0.013 0.012 0.002 0.002 0.048 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.035 0.005 0.001 0.001 0.026 0.002 0.055 0.772 41 D 0.080 0.073 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.061 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.027 0.726 42 L 0.143 0.531 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.005 0.254 43 A 0.190 0.579 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.109 0.004 0.110 44 G 0.579 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.278 0.003 0.094 45 L 0.011 0.001 0.936 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.033 46 E 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.001 0.307 0.532 47 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.030 0.956 48 E 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.006 0.169 0.532 49 D 0.322 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.025 0.167 0.343 50 V 0.099 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.494 0.005 0.092 0.259 51 I 0.006 0.006 0.001 0.001 0.017 0.006 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.002 0.750 0.001 0.063 0.111 52 I 0.003 0.004 0.001 0.001 0.013 0.031 0.008 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.079 0.027 0.014 0.011 0.681 0.001 0.023 0.093 53 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.003 0.001 0.011 0.002 0.001 0.006 0.003 0.003 0.004 0.857 0.001 0.016 0.073 54 V 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.010 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.601 0.001 0.040 0.130 55 N 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.610 0.001 0.070 0.292 56 G 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.302 0.026 0.088 0.559 57 V 0.232 0.002 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.141 0.016 0.199 0.373 58 N 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.327 0.001 0.157 0.502 59 V 0.011 0.005 0.004 0.002 0.187 0.018 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.207 0.003 0.121 0.423 60 L 0.013 0.014 0.001 0.001 0.005 0.017 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.243 0.004 0.270 0.410 61 D 0.079 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.132 0.017 0.075 0.669 62 E 0.177 0.022 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.007 0.152 0.469 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.978 64 Y 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.002 0.137 0.792 65 E 0.026 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.223 0.677 66 K 0.131 0.097 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.090 0.677 67 V 0.018 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.088 68 V 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 69 D 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 70 R 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 71 I 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 72 Q 0.011 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 73 S 0.070 0.857 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.001 0.024 74 S 0.284 0.494 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.116 0.004 0.080 75 G 0.172 0.250 0.104 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.067 0.031 0.357 76 K 0.087 0.015 0.162 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.029 0.173 0.471 77 N 0.082 0.005 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.004 0.208 0.602 78 V 0.014 0.002 0.001 0.002 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.574 0.001 0.096 0.297 79 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.020 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.758 0.001 0.049 0.137 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.873 0.001 0.013 0.091 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.941 0.001 0.010 0.037 82 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.898 0.001 0.013 0.073 83 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.004 0.870 0.001 0.027 0.081 84 G 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.007 0.008 0.005 0.429 0.001 0.065 0.463 85 K 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.269 0.003 0.086 0.599 86 K 0.076 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.118 0.008 0.151 0.627 87 A 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.031 0.912 88 Q 0.030 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.003 0.050 0.863 89 D 0.047 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.048 0.874 90 T 0.185 0.028 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.011 0.099 0.617 91 V 0.154 0.074 0.008 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.009 0.141 0.520