# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 946.995 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.040 0.003 0.003 0.015 0.014 0.018 0.053 0.001 0.001 0.002 0.853 2 M 0.046 0.001 0.004 0.013 0.015 0.031 0.016 0.001 0.001 0.001 0.873 3 K 0.038 0.001 0.001 0.045 0.077 0.036 0.258 0.001 0.001 0.002 0.542 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 5 K 0.002 0.001 0.001 0.042 0.279 0.593 0.029 0.001 0.001 0.001 0.054 6 L 0.006 0.001 0.001 0.051 0.061 0.154 0.113 0.001 0.001 0.001 0.614 7 C 0.006 0.001 0.001 0.147 0.343 0.413 0.011 0.001 0.001 0.001 0.078 8 R 0.001 0.001 0.001 0.108 0.292 0.369 0.026 0.001 0.001 0.001 0.203 9 L 0.001 0.001 0.001 0.120 0.326 0.397 0.021 0.001 0.001 0.001 0.133 10 A 0.001 0.001 0.001 0.072 0.316 0.436 0.045 0.001 0.001 0.001 0.127 11 K 0.002 0.001 0.001 0.038 0.118 0.231 0.057 0.001 0.001 0.003 0.551 12 G 0.013 0.001 0.002 0.043 0.076 0.176 0.175 0.001 0.001 0.013 0.500 13 E 0.028 0.001 0.001 0.019 0.016 0.023 0.180 0.001 0.001 0.008 0.724 14 N 0.033 0.001 0.001 0.016 0.014 0.016 0.155 0.001 0.001 0.012 0.753 15 G 0.210 0.002 0.003 0.017 0.032 0.048 0.148 0.001 0.001 0.038 0.501 16 Y 0.141 0.003 0.004 0.048 0.062 0.053 0.224 0.001 0.001 0.015 0.448 17 G 0.044 0.002 0.002 0.054 0.196 0.279 0.103 0.001 0.001 0.007 0.314 18 F 0.027 0.001 0.004 0.137 0.260 0.319 0.046 0.001 0.001 0.003 0.202 19 H 0.002 0.001 0.001 0.212 0.279 0.329 0.031 0.001 0.001 0.001 0.146 20 L 0.001 0.001 0.001 0.119 0.255 0.459 0.014 0.001 0.001 0.001 0.150 21 N 0.002 0.002 0.001 0.221 0.257 0.388 0.034 0.001 0.001 0.002 0.094 22 A 0.003 0.001 0.001 0.128 0.128 0.322 0.047 0.001 0.001 0.002 0.369 23 I 0.008 0.002 0.001 0.136 0.133 0.316 0.099 0.001 0.001 0.003 0.301 24 R 0.020 0.004 0.002 0.064 0.066 0.159 0.238 0.001 0.001 0.010 0.436 25 G 0.076 0.004 0.005 0.029 0.026 0.057 0.126 0.001 0.001 0.025 0.651 26 L 0.373 0.007 0.021 0.014 0.044 0.044 0.082 0.002 0.001 0.011 0.402 27 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.990 28 G 0.019 0.001 0.001 0.047 0.079 0.142 0.087 0.001 0.001 0.001 0.622 29 S 0.144 0.006 0.002 0.056 0.108 0.101 0.092 0.001 0.001 0.007 0.484 30 F 0.023 0.010 0.002 0.131 0.192 0.260 0.085 0.001 0.001 0.001 0.297 31 I 0.009 0.008 0.003 0.098 0.190 0.523 0.032 0.001 0.001 0.001 0.136 32 K 0.009 0.016 0.001 0.180 0.211 0.400 0.034 0.001 0.001 0.002 0.146 33 E 0.023 0.021 0.001 0.123 0.113 0.191 0.077 0.001 0.001 0.003 0.447 34 V 0.072 0.048 0.006 0.101 0.153 0.297 0.039 0.003 0.001 0.002 0.280 35 Q 0.025 0.062 0.005 0.082 0.128 0.209 0.130 0.004 0.001 0.002 0.353 36 K 0.016 0.024 0.002 0.017 0.015 0.034 0.041 0.001 0.001 0.001 0.848 37 G 0.098 0.043 0.008 0.024 0.017 0.059 0.192 0.005 0.001 0.010 0.543 38 G 0.386 0.051 0.016 0.009 0.014 0.010 0.143 0.004 0.001 0.011 0.357 39 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.986 40 A 0.020 0.038 0.003 0.034 0.039 0.121 0.206 0.001 0.001 0.003 0.535 41 D 0.245 0.309 0.005 0.035 0.016 0.027 0.067 0.007 0.001 0.006 0.282 42 L 0.113 0.757 0.005 0.016 0.008 0.014 0.007 0.005 0.001 0.001 0.072 43 A 0.190 0.447 0.012 0.041 0.031 0.050 0.028 0.023 0.001 0.004 0.175 44 G 0.389 0.056 0.008 0.016 0.022 0.034 0.022 0.061 0.001 0.008 0.384 45 L 0.407 0.034 0.320 0.028 0.018 0.039 0.017 0.013 0.001 0.004 0.119 46 E 0.005 0.002 0.002 0.045 0.020 0.013 0.285 0.001 0.001 0.001 0.627 47 D 0.004 0.001 0.002 0.004 0.009 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.962 48 E 0.025 0.008 0.007 0.078 0.080 0.235 0.142 0.001 0.001 0.067 0.358 49 D 0.352 0.004 0.004 0.025 0.041 0.067 0.310 0.001 0.001 0.052 0.145 50 V 0.130 0.042 0.006 0.159 0.157 0.180 0.110 0.001 0.001 0.004 0.212 51 I 0.004 0.007 0.001 0.112 0.281 0.539 0.016 0.001 0.001 0.001 0.040 52 I 0.002 0.009 0.001 0.093 0.381 0.434 0.011 0.001 0.001 0.001 0.069 53 E 0.001 0.001 0.001 0.047 0.405 0.493 0.004 0.001 0.001 0.001 0.048 54 V 0.001 0.002 0.001 0.036 0.395 0.513 0.008 0.001 0.001 0.001 0.044 55 N 0.007 0.003 0.002 0.025 0.285 0.559 0.015 0.001 0.001 0.002 0.102 56 G 0.006 0.001 0.001 0.074 0.030 0.119 0.127 0.001 0.001 0.004 0.639 57 V 0.447 0.002 0.011 0.055 0.117 0.076 0.110 0.001 0.001 0.014 0.167 58 N 0.004 0.001 0.001 0.029 0.027 0.031 0.048 0.001 0.001 0.001 0.860 59 V 0.012 0.002 0.003 0.042 0.147 0.391 0.053 0.001 0.001 0.002 0.347 60 L 0.017 0.004 0.001 0.054 0.028 0.105 0.228 0.001 0.001 0.006 0.558 61 D 0.200 0.003 0.003 0.026 0.027 0.067 0.119 0.001 0.001 0.026 0.529 62 E 0.558 0.006 0.008 0.015 0.014 0.016 0.063 0.001 0.001 0.005 0.315 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.955 64 Y 0.021 0.006 0.002 0.007 0.014 0.045 0.190 0.001 0.001 0.002 0.713 65 E 0.013 0.024 0.001 0.002 0.004 0.016 0.200 0.001 0.001 0.003 0.737 66 K 0.033 0.074 0.001 0.002 0.002 0.004 0.460 0.001 0.001 0.001 0.424 67 V 0.032 0.752 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.001 0.001 0.001 0.149 68 V 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 69 D 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 70 R 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 71 I 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 73 S 0.028 0.885 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.001 0.001 0.007 74 S 0.311 0.444 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.001 0.001 0.024 75 G 0.304 0.085 0.316 0.002 0.005 0.006 0.010 0.071 0.001 0.003 0.199 76 K 0.075 0.004 0.389 0.014 0.009 0.010 0.093 0.004 0.001 0.004 0.398 77 N 0.070 0.002 0.027 0.060 0.036 0.025 0.112 0.001 0.001 0.003 0.666 78 V 0.041 0.002 0.009 0.166 0.245 0.213 0.030 0.001 0.001 0.002 0.292 79 T 0.001 0.001 0.001 0.412 0.182 0.286 0.042 0.001 0.001 0.001 0.076 80 L 0.001 0.001 0.001 0.264 0.227 0.433 0.010 0.001 0.001 0.001 0.064 81 L 0.001 0.001 0.001 0.438 0.241 0.276 0.009 0.001 0.001 0.001 0.035 82 V 0.001 0.001 0.001 0.232 0.226 0.388 0.019 0.001 0.001 0.001 0.133 83 C 0.001 0.001 0.001 0.188 0.277 0.402 0.036 0.001 0.001 0.001 0.092 84 G 0.003 0.001 0.001 0.111 0.152 0.312 0.089 0.001 0.001 0.004 0.327 85 K 0.017 0.002 0.002 0.053 0.060 0.117 0.123 0.001 0.001 0.007 0.618 86 K 0.024 0.002 0.001 0.023 0.028 0.045 0.194 0.001 0.001 0.005 0.678 87 A 0.020 0.001 0.001 0.007 0.006 0.012 0.039 0.001 0.001 0.002 0.913 88 Q 0.047 0.005 0.001 0.016 0.016 0.033 0.091 0.001 0.001 0.004 0.785 89 D 0.092 0.010 0.002 0.014 0.016 0.026 0.105 0.001 0.001 0.007 0.727 90 T 0.145 0.026 0.004 0.018 0.024 0.035 0.107 0.001 0.001 0.008 0.633 91 V 0.099 0.034 0.005 0.025 0.035 0.062 0.155 0.002 0.001 0.009 0.573