# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 946.995 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.008 0.001 0.002 0.004 0.008 0.006 0.001 0.970 2 M 0.018 0.002 0.014 0.017 0.050 0.029 0.004 0.867 3 K 0.107 0.001 0.023 0.074 0.082 0.109 0.003 0.601 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 5 K 0.012 0.001 0.046 0.335 0.441 0.037 0.001 0.128 6 L 0.039 0.001 0.078 0.109 0.189 0.019 0.001 0.565 7 C 0.004 0.001 0.081 0.380 0.489 0.006 0.001 0.039 8 R 0.002 0.001 0.163 0.280 0.416 0.011 0.001 0.126 9 L 0.001 0.001 0.082 0.281 0.375 0.005 0.001 0.257 10 A 0.001 0.001 0.087 0.269 0.530 0.031 0.001 0.081 11 K 0.005 0.001 0.041 0.165 0.292 0.054 0.001 0.440 12 G 0.009 0.001 0.038 0.106 0.250 0.131 0.004 0.461 13 E 0.012 0.001 0.004 0.005 0.012 0.050 0.002 0.915 14 N 0.026 0.001 0.006 0.009 0.015 0.079 0.008 0.857 15 G 0.236 0.002 0.019 0.015 0.026 0.214 0.027 0.461 16 Y 0.136 0.003 0.082 0.082 0.117 0.120 0.008 0.452 17 G 0.029 0.002 0.130 0.106 0.258 0.133 0.004 0.338 18 F 0.021 0.001 0.166 0.291 0.309 0.042 0.001 0.169 19 H 0.004 0.001 0.224 0.218 0.343 0.047 0.001 0.162 20 L 0.005 0.001 0.188 0.237 0.348 0.028 0.001 0.194 21 N 0.005 0.002 0.186 0.261 0.381 0.056 0.001 0.107 22 A 0.017 0.003 0.094 0.152 0.227 0.102 0.004 0.402 23 I 0.033 0.007 0.109 0.132 0.199 0.135 0.008 0.378 24 R 0.031 0.004 0.031 0.051 0.077 0.131 0.007 0.668 25 G 0.051 0.005 0.023 0.024 0.053 0.127 0.015 0.703 26 L 0.173 0.004 0.021 0.013 0.030 0.165 0.014 0.580 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 28 G 0.024 0.004 0.034 0.060 0.182 0.127 0.004 0.565 29 S 0.251 0.005 0.070 0.132 0.115 0.081 0.002 0.344 30 F 0.024 0.025 0.120 0.233 0.272 0.054 0.002 0.270 31 I 0.010 0.029 0.116 0.251 0.436 0.029 0.001 0.128 32 K 0.012 0.052 0.158 0.207 0.389 0.032 0.002 0.148 33 E 0.035 0.039 0.116 0.090 0.267 0.023 0.008 0.421 34 V 0.091 0.065 0.226 0.120 0.204 0.038 0.013 0.242 35 Q 0.034 0.050 0.165 0.190 0.211 0.059 0.011 0.280 36 K 0.019 0.018 0.080 0.034 0.077 0.063 0.007 0.700 37 G 0.054 0.020 0.089 0.019 0.073 0.112 0.033 0.600 38 G 0.433 0.006 0.052 0.019 0.016 0.146 0.023 0.307 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 40 A 0.016 0.005 0.032 0.043 0.133 0.182 0.002 0.587 41 D 0.206 0.041 0.045 0.043 0.064 0.152 0.005 0.445 42 L 0.151 0.140 0.025 0.026 0.056 0.098 0.009 0.495 43 A 0.111 0.185 0.021 0.014 0.024 0.305 0.031 0.308 44 G 0.699 0.026 0.009 0.005 0.009 0.021 0.102 0.131 45 L 0.372 0.073 0.231 0.038 0.030 0.047 0.024 0.185 46 E 0.011 0.019 0.058 0.062 0.048 0.147 0.005 0.649 47 D 0.005 0.002 0.008 0.006 0.023 0.017 0.001 0.937 48 E 0.070 0.017 0.070 0.046 0.097 0.199 0.014 0.487 49 D 0.225 0.012 0.044 0.122 0.059 0.239 0.023 0.276 50 V 0.201 0.034 0.097 0.202 0.148 0.112 0.017 0.188 51 I 0.019 0.022 0.112 0.342 0.389 0.027 0.004 0.086 52 I 0.003 0.003 0.101 0.435 0.432 0.006 0.001 0.019 53 E 0.003 0.004 0.102 0.257 0.453 0.013 0.001 0.166 54 V 0.003 0.003 0.144 0.314 0.450 0.019 0.001 0.067 55 N 0.004 0.003 0.125 0.215 0.441 0.031 0.003 0.179 56 G 0.013 0.003 0.157 0.120 0.318 0.097 0.008 0.284 57 V 0.097 0.003 0.228 0.075 0.083 0.277 0.009 0.229 58 N 0.013 0.002 0.040 0.058 0.052 0.097 0.004 0.733 59 V 0.013 0.005 0.083 0.060 0.116 0.080 0.003 0.640 60 L 0.024 0.011 0.026 0.019 0.043 0.632 0.004 0.241 61 D 0.260 0.028 0.022 0.014 0.039 0.148 0.026 0.463 62 E 0.304 0.052 0.049 0.012 0.017 0.134 0.013 0.419 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 64 Y 0.022 0.027 0.009 0.007 0.028 0.198 0.003 0.707 65 E 0.071 0.123 0.008 0.003 0.006 0.224 0.003 0.562 66 K 0.045 0.357 0.004 0.002 0.003 0.167 0.003 0.419 67 V 0.022 0.905 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.059 68 V 0.005 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 69 D 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 70 R 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 71 I 0.016 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 72 Q 0.025 0.953 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 73 S 0.112 0.791 0.005 0.003 0.003 0.003 0.043 0.041 74 S 0.187 0.504 0.008 0.003 0.002 0.013 0.160 0.122 75 G 0.314 0.117 0.039 0.011 0.006 0.021 0.154 0.338 76 K 0.058 0.017 0.254 0.035 0.017 0.087 0.014 0.519 77 N 0.052 0.010 0.070 0.061 0.038 0.146 0.010 0.613 78 V 0.087 0.009 0.097 0.274 0.253 0.031 0.004 0.243 79 T 0.017 0.007 0.311 0.257 0.269 0.040 0.002 0.098 80 L 0.003 0.001 0.113 0.407 0.416 0.007 0.001 0.052 81 L 0.001 0.001 0.151 0.364 0.463 0.006 0.001 0.014 82 V 0.001 0.001 0.117 0.334 0.434 0.008 0.001 0.106 83 C 0.001 0.001 0.079 0.281 0.582 0.009 0.001 0.046 84 G 0.004 0.001 0.039 0.151 0.411 0.022 0.001 0.372 85 K 0.013 0.002 0.036 0.128 0.333 0.071 0.004 0.412 86 K 0.060 0.003 0.021 0.059 0.147 0.124 0.008 0.578 87 A 0.017 0.002 0.005 0.011 0.031 0.029 0.003 0.903 88 Q 0.026 0.004 0.009 0.014 0.036 0.079 0.004 0.828 89 D 0.107 0.008 0.013 0.017 0.032 0.113 0.009 0.701 90 T 0.157 0.023 0.026 0.026 0.043 0.107 0.013 0.605 91 V 0.083 0.027 0.028 0.030 0.048 0.126 0.008 0.650