# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 946.995 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.124 0.187 0.287 0.146 0.074 0.034 0.083 0.017 0.026 0.015 0.008 2 M 0.063 0.249 0.346 0.149 0.057 0.041 0.050 0.012 0.024 0.005 0.004 3 K 0.006 0.369 0.367 0.003 0.042 0.013 0.008 0.001 0.190 0.003 0.001 4 P 0.032 0.005 0.898 0.006 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 5 K 0.031 0.618 0.148 0.042 0.127 0.008 0.005 0.002 0.018 0.001 0.001 6 L 0.001 0.754 0.153 0.005 0.065 0.007 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 7 C 0.001 0.856 0.046 0.001 0.087 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 8 R 0.001 0.790 0.139 0.001 0.036 0.018 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 9 L 0.003 0.716 0.182 0.002 0.008 0.071 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 10 A 0.019 0.663 0.180 0.008 0.045 0.035 0.005 0.001 0.041 0.002 0.001 11 K 0.047 0.223 0.505 0.049 0.058 0.037 0.032 0.002 0.031 0.010 0.008 12 G 0.018 0.037 0.140 0.015 0.218 0.018 0.026 0.152 0.018 0.352 0.005 13 E 0.300 0.125 0.303 0.151 0.020 0.024 0.017 0.005 0.024 0.012 0.021 14 N 0.051 0.064 0.137 0.368 0.093 0.012 0.161 0.061 0.016 0.033 0.005 15 G 0.020 0.013 0.053 0.020 0.104 0.006 0.032 0.472 0.005 0.272 0.002 16 Y 0.039 0.265 0.267 0.338 0.035 0.008 0.026 0.001 0.018 0.001 0.003 17 G 0.009 0.104 0.118 0.013 0.485 0.012 0.054 0.136 0.008 0.057 0.003 18 F 0.003 0.603 0.192 0.004 0.181 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 19 H 0.002 0.670 0.239 0.001 0.033 0.034 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 20 L 0.010 0.638 0.238 0.004 0.017 0.069 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 21 N 0.043 0.548 0.194 0.052 0.076 0.043 0.010 0.001 0.028 0.003 0.002 22 A 0.051 0.222 0.294 0.040 0.197 0.033 0.063 0.023 0.032 0.039 0.006 23 I 0.123 0.376 0.227 0.067 0.085 0.028 0.024 0.008 0.046 0.010 0.006 24 R 0.117 0.263 0.302 0.158 0.039 0.018 0.055 0.003 0.028 0.005 0.012 25 G 0.032 0.021 0.101 0.055 0.117 0.016 0.067 0.339 0.008 0.239 0.007 26 L 0.020 0.180 0.482 0.013 0.049 0.015 0.010 0.002 0.215 0.012 0.002 27 P 0.183 0.009 0.664 0.033 0.005 0.010 0.008 0.001 0.004 0.006 0.078 28 G 0.031 0.022 0.095 0.022 0.096 0.012 0.067 0.583 0.003 0.068 0.001 29 S 0.046 0.376 0.452 0.018 0.063 0.029 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 30 F 0.044 0.380 0.347 0.017 0.024 0.159 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 31 I 0.142 0.443 0.278 0.022 0.018 0.078 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 32 K 0.303 0.334 0.111 0.134 0.072 0.020 0.006 0.002 0.014 0.002 0.001 33 E 0.050 0.600 0.125 0.020 0.144 0.014 0.009 0.001 0.038 0.001 0.001 34 V 0.127 0.534 0.249 0.020 0.010 0.037 0.004 0.001 0.017 0.001 0.002 35 Q 0.050 0.324 0.386 0.011 0.034 0.027 0.005 0.001 0.158 0.004 0.001 36 K 0.242 0.015 0.553 0.092 0.006 0.016 0.015 0.001 0.006 0.007 0.048 37 G 0.012 0.003 0.026 0.035 0.029 0.005 0.075 0.702 0.002 0.110 0.001 38 G 0.056 0.064 0.559 0.023 0.100 0.011 0.011 0.017 0.035 0.122 0.002 39 P 0.469 0.013 0.412 0.021 0.005 0.026 0.003 0.001 0.003 0.004 0.046 40 A 0.665 0.129 0.103 0.045 0.029 0.014 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 41 D 0.770 0.059 0.095 0.051 0.004 0.012 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 42 L 0.817 0.050 0.030 0.076 0.008 0.004 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 43 A 0.360 0.039 0.095 0.407 0.006 0.004 0.074 0.001 0.011 0.001 0.002 44 G 0.012 0.002 0.010 0.006 0.032 0.002 0.088 0.723 0.002 0.123 0.001 45 L 0.098 0.136 0.585 0.110 0.013 0.033 0.010 0.002 0.008 0.002 0.003 46 E 0.055 0.274 0.505 0.020 0.033 0.042 0.005 0.001 0.055 0.007 0.002 47 D 0.361 0.045 0.418 0.084 0.012 0.036 0.014 0.002 0.008 0.006 0.015 48 E 0.071 0.023 0.049 0.226 0.066 0.025 0.222 0.286 0.008 0.024 0.001 49 D 0.100 0.133 0.436 0.116 0.051 0.053 0.077 0.017 0.013 0.004 0.001 50 V 0.185 0.398 0.300 0.063 0.009 0.030 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 51 I 0.157 0.539 0.190 0.048 0.020 0.034 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 52 I 0.041 0.741 0.079 0.013 0.088 0.022 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 53 E 0.022 0.639 0.194 0.004 0.043 0.065 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 54 V 0.063 0.562 0.212 0.024 0.012 0.066 0.004 0.001 0.054 0.001 0.001 55 N 0.048 0.100 0.217 0.183 0.091 0.039 0.223 0.013 0.052 0.031 0.003 56 G 0.012 0.013 0.042 0.014 0.122 0.010 0.236 0.405 0.003 0.141 0.001 57 V 0.033 0.504 0.315 0.015 0.098 0.021 0.002 0.001 0.010 0.002 0.001 58 N 0.025 0.082 0.546 0.026 0.011 0.279 0.005 0.001 0.017 0.001 0.006 59 V 0.275 0.344 0.176 0.073 0.022 0.069 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 60 L 0.235 0.316 0.142 0.200 0.049 0.023 0.016 0.001 0.013 0.002 0.001 61 D 0.041 0.058 0.131 0.110 0.088 0.099 0.337 0.099 0.017 0.019 0.002 62 E 0.082 0.289 0.460 0.018 0.067 0.027 0.010 0.002 0.039 0.005 0.001 63 P 0.335 0.029 0.506 0.030 0.007 0.072 0.003 0.001 0.006 0.006 0.004 64 Y 0.858 0.015 0.043 0.052 0.009 0.014 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 65 E 0.988 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.994 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.985 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.954 0.005 0.010 0.022 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.768 0.011 0.012 0.179 0.005 0.004 0.014 0.003 0.005 0.001 0.001 74 S 0.270 0.019 0.063 0.564 0.006 0.003 0.058 0.005 0.009 0.001 0.001 75 G 0.015 0.003 0.015 0.013 0.028 0.002 0.122 0.651 0.002 0.148 0.001 76 K 0.096 0.134 0.364 0.245 0.043 0.022 0.068 0.011 0.008 0.005 0.003 77 N 0.022 0.380 0.318 0.104 0.074 0.041 0.037 0.008 0.013 0.001 0.001 78 V 0.004 0.737 0.185 0.005 0.044 0.015 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 79 T 0.003 0.728 0.177 0.004 0.057 0.020 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 80 L 0.001 0.817 0.090 0.001 0.063 0.019 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 81 L 0.002 0.834 0.089 0.001 0.032 0.031 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 82 V 0.008 0.648 0.211 0.004 0.012 0.088 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 83 C 0.031 0.538 0.227 0.036 0.065 0.042 0.011 0.001 0.044 0.003 0.001 84 G 0.045 0.056 0.205 0.027 0.225 0.040 0.046 0.070 0.019 0.260 0.007 85 K 0.183 0.242 0.308 0.112 0.041 0.039 0.032 0.005 0.029 0.004 0.005 86 K 0.150 0.215 0.361 0.071 0.078 0.034 0.028 0.007 0.038 0.013 0.004 87 A 0.197 0.118 0.455 0.058 0.056 0.040 0.022 0.007 0.025 0.017 0.006 88 Q 0.303 0.145 0.335 0.105 0.039 0.026 0.015 0.006 0.015 0.007 0.006 89 D 0.247 0.142 0.241 0.142 0.071 0.054 0.041 0.025 0.021 0.012 0.004 90 T 0.234 0.262 0.239 0.144 0.046 0.033 0.015 0.003 0.021 0.002 0.001 91 V 0.192 0.359 0.272 0.073 0.035 0.027 0.014 0.002 0.024 0.002 0.001