# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 946.995 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.128 0.158 0.109 0.051 0.199 0.027 0.065 0.056 0.075 0.085 0.047 2 M 0.110 0.191 0.142 0.092 0.160 0.038 0.056 0.032 0.053 0.081 0.047 3 K 0.069 0.340 0.221 0.035 0.220 0.015 0.033 0.010 0.012 0.017 0.029 4 P 0.361 0.105 0.010 0.003 0.413 0.006 0.009 0.005 0.009 0.024 0.055 5 K 0.088 0.278 0.011 0.003 0.581 0.011 0.013 0.002 0.002 0.002 0.009 6 L 0.392 0.022 0.002 0.001 0.560 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 7 C 0.206 0.071 0.001 0.001 0.712 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 8 R 0.217 0.062 0.016 0.001 0.661 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 9 L 0.283 0.207 0.029 0.002 0.356 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.110 10 A 0.162 0.223 0.104 0.017 0.301 0.029 0.034 0.012 0.014 0.020 0.083 11 K 0.075 0.124 0.071 0.131 0.087 0.095 0.111 0.048 0.070 0.154 0.035 12 G 0.012 0.054 0.356 0.474 0.021 0.020 0.007 0.010 0.013 0.023 0.011 13 E 0.027 0.064 0.043 0.076 0.043 0.110 0.156 0.172 0.199 0.088 0.020 14 N 0.032 0.137 0.137 0.154 0.049 0.066 0.058 0.049 0.059 0.201 0.058 15 G 0.133 0.047 0.074 0.097 0.085 0.044 0.027 0.049 0.059 0.252 0.132 16 Y 0.076 0.132 0.127 0.076 0.113 0.106 0.136 0.067 0.060 0.078 0.029 17 G 0.158 0.114 0.132 0.096 0.202 0.037 0.029 0.035 0.030 0.099 0.069 18 F 0.222 0.171 0.017 0.004 0.501 0.006 0.009 0.014 0.010 0.018 0.029 19 H 0.154 0.181 0.024 0.001 0.595 0.003 0.003 0.005 0.002 0.003 0.029 20 L 0.375 0.079 0.020 0.005 0.393 0.009 0.008 0.013 0.008 0.014 0.076 21 N 0.118 0.104 0.049 0.098 0.179 0.110 0.076 0.054 0.044 0.108 0.060 22 A 0.106 0.139 0.245 0.126 0.145 0.026 0.016 0.030 0.028 0.064 0.074 23 I 0.098 0.088 0.041 0.043 0.134 0.062 0.065 0.150 0.133 0.125 0.060 24 R 0.029 0.202 0.131 0.181 0.071 0.088 0.085 0.047 0.048 0.092 0.027 25 G 0.061 0.045 0.099 0.215 0.044 0.029 0.016 0.033 0.042 0.290 0.125 26 L 0.098 0.166 0.180 0.063 0.147 0.046 0.050 0.083 0.076 0.061 0.031 27 P 0.031 0.143 0.104 0.117 0.055 0.100 0.190 0.102 0.082 0.055 0.021 28 G 0.143 0.090 0.084 0.062 0.150 0.019 0.021 0.031 0.033 0.226 0.139 29 S 0.114 0.289 0.009 0.001 0.541 0.004 0.006 0.010 0.005 0.006 0.013 30 F 0.217 0.121 0.014 0.001 0.606 0.003 0.004 0.007 0.002 0.003 0.021 31 I 0.482 0.050 0.007 0.005 0.387 0.004 0.003 0.014 0.008 0.008 0.033 32 K 0.139 0.176 0.050 0.018 0.383 0.040 0.053 0.063 0.026 0.015 0.037 33 E 0.235 0.126 0.026 0.002 0.454 0.003 0.010 0.026 0.012 0.023 0.083 34 V 0.187 0.250 0.051 0.014 0.261 0.009 0.030 0.050 0.029 0.049 0.070 35 Q 0.037 0.239 0.408 0.060 0.115 0.022 0.017 0.038 0.019 0.012 0.033 36 K 0.024 0.388 0.068 0.026 0.050 0.048 0.183 0.109 0.057 0.035 0.013 37 G 0.014 0.051 0.103 0.193 0.017 0.040 0.040 0.037 0.034 0.409 0.063 38 G 0.019 0.242 0.537 0.101 0.033 0.004 0.003 0.018 0.011 0.020 0.010 39 P 0.024 0.187 0.078 0.007 0.070 0.011 0.024 0.355 0.204 0.023 0.018 40 A 0.021 0.089 0.019 0.008 0.069 0.015 0.035 0.555 0.153 0.026 0.012 41 D 0.036 0.028 0.026 0.005 0.043 0.012 0.044 0.517 0.154 0.112 0.022 42 L 0.035 0.031 0.028 0.014 0.042 0.036 0.099 0.476 0.119 0.095 0.024 43 A 0.012 0.564 0.153 0.045 0.048 0.031 0.050 0.043 0.025 0.021 0.008 44 G 0.041 0.018 0.023 0.041 0.023 0.009 0.007 0.020 0.022 0.580 0.216 45 L 0.087 0.346 0.144 0.025 0.195 0.012 0.023 0.035 0.030 0.064 0.040 46 E 0.059 0.345 0.307 0.033 0.154 0.012 0.010 0.027 0.018 0.012 0.023 47 D 0.031 0.082 0.034 0.021 0.050 0.040 0.141 0.316 0.234 0.038 0.013 48 E 0.036 0.036 0.030 0.013 0.034 0.024 0.029 0.236 0.228 0.288 0.046 49 D 0.086 0.172 0.024 0.009 0.202 0.017 0.031 0.234 0.103 0.085 0.037 50 V 0.139 0.094 0.021 0.007 0.289 0.017 0.035 0.228 0.081 0.059 0.030 51 I 0.295 0.062 0.010 0.006 0.322 0.009 0.018 0.132 0.050 0.053 0.044 52 I 0.100 0.165 0.019 0.003 0.606 0.006 0.012 0.046 0.014 0.008 0.020 53 E 0.485 0.062 0.023 0.003 0.278 0.003 0.018 0.038 0.010 0.017 0.063 54 V 0.082 0.060 0.052 0.135 0.103 0.179 0.071 0.120 0.048 0.086 0.064 55 N 0.005 0.148 0.171 0.405 0.017 0.100 0.100 0.026 0.012 0.011 0.005 56 G 0.022 0.007 0.007 0.020 0.010 0.011 0.007 0.021 0.024 0.709 0.163 57 V 0.042 0.536 0.052 0.007 0.275 0.008 0.012 0.016 0.014 0.022 0.015 58 N 0.285 0.130 0.048 0.004 0.396 0.005 0.007 0.020 0.012 0.013 0.080 59 V 0.171 0.072 0.031 0.030 0.146 0.040 0.047 0.107 0.173 0.112 0.071 60 L 0.024 0.219 0.140 0.077 0.081 0.089 0.162 0.087 0.048 0.053 0.020 61 D 0.099 0.047 0.030 0.022 0.077 0.010 0.013 0.046 0.033 0.432 0.190 62 E 0.035 0.397 0.095 0.014 0.246 0.021 0.026 0.070 0.034 0.038 0.025 63 P 0.123 0.391 0.107 0.006 0.193 0.005 0.005 0.070 0.020 0.048 0.033 64 Y 0.008 0.013 0.003 0.001 0.013 0.001 0.002 0.688 0.246 0.019 0.006 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.062 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.035 0.004 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.022 0.006 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.031 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.006 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.985 0.008 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.928 0.059 0.005 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.814 0.154 0.014 0.001 73 S 0.004 0.007 0.007 0.004 0.005 0.006 0.152 0.725 0.064 0.023 0.002 74 S 0.007 0.569 0.289 0.020 0.027 0.011 0.040 0.014 0.009 0.009 0.005 75 G 0.045 0.007 0.013 0.033 0.009 0.012 0.007 0.007 0.013 0.412 0.443 76 K 0.096 0.335 0.076 0.034 0.192 0.042 0.056 0.026 0.029 0.065 0.049 77 N 0.235 0.110 0.009 0.004 0.511 0.016 0.031 0.008 0.008 0.026 0.041 78 V 0.280 0.075 0.003 0.001 0.621 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 79 T 0.120 0.064 0.003 0.001 0.802 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 80 L 0.338 0.035 0.002 0.001 0.603 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 81 L 0.209 0.116 0.008 0.001 0.626 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.033 82 V 0.355 0.087 0.027 0.002 0.387 0.003 0.003 0.002 0.002 0.005 0.128 83 C 0.100 0.201 0.067 0.126 0.145 0.113 0.057 0.019 0.027 0.082 0.064 84 G 0.029 0.084 0.195 0.449 0.054 0.055 0.031 0.015 0.024 0.044 0.019 85 K 0.064 0.138 0.084 0.064 0.101 0.043 0.081 0.095 0.153 0.142 0.036 86 K 0.046 0.323 0.214 0.047 0.138 0.021 0.032 0.039 0.043 0.054 0.043 87 A 0.117 0.203 0.077 0.028 0.180 0.022 0.036 0.086 0.096 0.084 0.070 88 Q 0.066 0.202 0.096 0.032 0.153 0.044 0.086 0.120 0.093 0.073 0.036 89 D 0.133 0.133 0.066 0.021 0.190 0.023 0.042 0.130 0.081 0.121 0.059 90 T 0.116 0.144 0.048 0.015 0.194 0.016 0.033 0.151 0.115 0.120 0.049 91 V 0.099 0.178 0.065 0.023 0.184 0.027 0.035 0.172 0.094 0.077 0.045