# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 946.995 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.854 0.101 0.037 0.006 0.001 0.001 0.001 2 M 0.630 0.201 0.125 0.035 0.008 0.001 0.001 3 K 0.668 0.230 0.079 0.019 0.003 0.001 0.001 4 P 0.378 0.292 0.224 0.075 0.026 0.005 0.001 5 K 0.172 0.244 0.208 0.229 0.115 0.032 0.001 6 L 0.136 0.248 0.297 0.190 0.102 0.025 0.002 7 C 0.039 0.081 0.119 0.246 0.268 0.232 0.015 8 R 0.067 0.212 0.354 0.257 0.091 0.018 0.001 9 L 0.019 0.034 0.061 0.211 0.419 0.246 0.010 10 A 0.152 0.326 0.298 0.151 0.060 0.013 0.001 11 K 0.231 0.315 0.214 0.184 0.046 0.010 0.001 12 G 0.544 0.246 0.144 0.049 0.015 0.002 0.001 13 E 0.610 0.249 0.096 0.037 0.005 0.001 0.001 14 N 0.679 0.195 0.107 0.014 0.004 0.001 0.001 15 G 0.100 0.289 0.297 0.189 0.091 0.032 0.002 16 Y 0.006 0.024 0.055 0.171 0.404 0.318 0.022 17 G 0.017 0.049 0.113 0.194 0.259 0.258 0.110 18 F 0.003 0.005 0.009 0.017 0.061 0.503 0.401 19 H 0.008 0.030 0.091 0.307 0.324 0.159 0.081 20 L 0.003 0.004 0.010 0.024 0.138 0.471 0.349 21 N 0.028 0.095 0.174 0.257 0.221 0.171 0.054 22 A 0.059 0.140 0.193 0.235 0.210 0.141 0.022 23 I 0.114 0.190 0.226 0.252 0.156 0.056 0.006 24 R 0.496 0.258 0.139 0.072 0.025 0.008 0.001 25 G 0.567 0.293 0.087 0.036 0.013 0.004 0.001 26 L 0.317 0.237 0.216 0.128 0.068 0.030 0.003 27 P 0.241 0.279 0.185 0.158 0.085 0.045 0.008 28 G 0.072 0.193 0.234 0.252 0.181 0.060 0.008 29 S 0.024 0.055 0.142 0.182 0.267 0.283 0.048 30 F 0.006 0.017 0.060 0.146 0.295 0.381 0.096 31 I 0.003 0.007 0.028 0.074 0.302 0.464 0.122 32 K 0.022 0.185 0.257 0.257 0.170 0.087 0.021 33 E 0.019 0.138 0.284 0.344 0.151 0.056 0.009 34 V 0.007 0.010 0.026 0.119 0.476 0.330 0.033 35 Q 0.050 0.173 0.275 0.337 0.118 0.041 0.004 36 K 0.489 0.305 0.158 0.033 0.011 0.004 0.001 37 G 0.223 0.347 0.236 0.137 0.042 0.013 0.002 38 G 0.101 0.163 0.180 0.224 0.206 0.116 0.010 39 P 0.123 0.256 0.232 0.207 0.127 0.051 0.004 40 A 0.089 0.098 0.142 0.237 0.255 0.160 0.018 41 D 0.125 0.241 0.233 0.203 0.136 0.053 0.009 42 L 0.128 0.180 0.215 0.251 0.162 0.057 0.007 43 A 0.267 0.361 0.183 0.128 0.045 0.015 0.002 44 G 0.176 0.302 0.263 0.157 0.077 0.023 0.001 45 L 0.032 0.045 0.095 0.234 0.408 0.175 0.010 46 E 0.117 0.386 0.237 0.198 0.049 0.012 0.001 47 D 0.258 0.337 0.197 0.124 0.069 0.014 0.001 48 E 0.184 0.355 0.220 0.177 0.044 0.018 0.002 49 D 0.027 0.076 0.203 0.268 0.305 0.113 0.008 50 V 0.015 0.086 0.196 0.322 0.273 0.097 0.011 51 I 0.007 0.018 0.038 0.087 0.217 0.478 0.155 52 I 0.012 0.040 0.073 0.129 0.217 0.414 0.114 53 E 0.027 0.124 0.218 0.367 0.170 0.072 0.022 54 V 0.017 0.025 0.045 0.104 0.267 0.393 0.148 55 N 0.029 0.076 0.099 0.200 0.249 0.260 0.086 56 G 0.104 0.218 0.258 0.228 0.116 0.064 0.012 57 V 0.128 0.221 0.217 0.246 0.135 0.047 0.006 58 N 0.170 0.297 0.251 0.157 0.086 0.036 0.003 59 V 0.090 0.085 0.118 0.237 0.298 0.159 0.014 60 L 0.212 0.275 0.249 0.178 0.070 0.015 0.001 61 D 0.452 0.364 0.121 0.047 0.013 0.003 0.001 62 E 0.330 0.287 0.190 0.139 0.044 0.010 0.001 63 P 0.351 0.345 0.178 0.080 0.034 0.011 0.001 64 Y 0.048 0.126 0.197 0.367 0.198 0.061 0.002 65 E 0.378 0.318 0.222 0.064 0.015 0.003 0.001 66 K 0.081 0.354 0.342 0.164 0.047 0.010 0.001 67 V 0.004 0.010 0.033 0.125 0.462 0.349 0.017 68 V 0.003 0.019 0.117 0.330 0.381 0.141 0.009 69 D 0.139 0.444 0.343 0.056 0.013 0.004 0.001 70 R 0.013 0.108 0.300 0.367 0.178 0.032 0.001 71 I 0.004 0.008 0.024 0.114 0.446 0.387 0.016 72 Q 0.112 0.337 0.353 0.154 0.037 0.006 0.001 73 S 0.303 0.475 0.166 0.044 0.010 0.002 0.001 74 S 0.051 0.144 0.267 0.322 0.181 0.035 0.001 75 G 0.331 0.419 0.147 0.087 0.013 0.003 0.001 76 K 0.436 0.389 0.117 0.040 0.015 0.002 0.001 77 N 0.078 0.260 0.308 0.237 0.091 0.025 0.001 78 V 0.003 0.010 0.038 0.155 0.489 0.290 0.015 79 T 0.023 0.142 0.294 0.312 0.155 0.059 0.015 80 L 0.004 0.015 0.028 0.053 0.169 0.568 0.162 81 L 0.009 0.055 0.159 0.356 0.273 0.123 0.025 82 V 0.006 0.011 0.027 0.081 0.277 0.461 0.137 83 C 0.027 0.092 0.188 0.254 0.284 0.137 0.018 84 G 0.089 0.211 0.250 0.243 0.137 0.065 0.005 85 K 0.313 0.281 0.225 0.125 0.044 0.012 0.001 86 K 0.604 0.267 0.090 0.029 0.007 0.002 0.001 87 A 0.425 0.262 0.172 0.098 0.038 0.006 0.001 88 Q 0.680 0.199 0.091 0.026 0.004 0.001 0.001 89 D 0.828 0.141 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 90 T 0.750 0.184 0.047 0.015 0.004 0.001 0.001 91 V 0.627 0.222 0.096 0.042 0.011 0.002 0.001