# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 946.995 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.588 0.185 0.094 0.052 0.030 0.022 0.019 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 2 M 0.149 0.150 0.139 0.172 0.141 0.123 0.068 0.029 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 3 K 0.150 0.150 0.196 0.160 0.133 0.091 0.045 0.032 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 4 P 0.034 0.046 0.057 0.105 0.148 0.142 0.133 0.107 0.101 0.060 0.039 0.018 0.007 0.004 5 K 0.015 0.019 0.033 0.051 0.085 0.106 0.126 0.143 0.145 0.108 0.100 0.045 0.015 0.008 6 L 0.006 0.007 0.013 0.025 0.059 0.063 0.094 0.134 0.141 0.149 0.131 0.081 0.055 0.042 7 C 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.013 0.022 0.047 0.136 0.218 0.214 0.206 0.109 0.023 8 R 0.007 0.012 0.017 0.036 0.056 0.077 0.139 0.186 0.129 0.119 0.116 0.050 0.024 0.033 9 L 0.002 0.003 0.005 0.008 0.014 0.032 0.053 0.091 0.173 0.194 0.204 0.134 0.065 0.022 10 A 0.020 0.045 0.053 0.117 0.129 0.153 0.135 0.149 0.084 0.052 0.036 0.012 0.009 0.007 11 K 0.031 0.077 0.086 0.199 0.178 0.155 0.095 0.082 0.046 0.023 0.014 0.008 0.002 0.002 12 G 0.146 0.181 0.249 0.146 0.107 0.067 0.045 0.022 0.024 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 13 E 0.278 0.209 0.251 0.118 0.058 0.037 0.027 0.008 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 N 0.294 0.208 0.194 0.110 0.064 0.044 0.053 0.012 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 15 G 0.065 0.111 0.111 0.155 0.173 0.145 0.111 0.058 0.040 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 16 Y 0.010 0.015 0.021 0.050 0.092 0.139 0.161 0.207 0.115 0.097 0.043 0.031 0.015 0.005 17 G 0.010 0.011 0.018 0.037 0.081 0.088 0.111 0.145 0.169 0.124 0.095 0.068 0.022 0.020 18 F 0.002 0.001 0.002 0.004 0.008 0.016 0.032 0.056 0.138 0.194 0.244 0.185 0.093 0.025 19 H 0.003 0.005 0.008 0.017 0.036 0.049 0.086 0.135 0.124 0.134 0.192 0.094 0.049 0.066 20 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.014 0.028 0.054 0.147 0.218 0.200 0.168 0.121 0.038 21 N 0.008 0.013 0.016 0.039 0.059 0.091 0.133 0.189 0.137 0.132 0.092 0.044 0.026 0.020 22 A 0.012 0.023 0.034 0.064 0.090 0.114 0.133 0.143 0.132 0.102 0.081 0.044 0.017 0.013 23 I 0.019 0.044 0.055 0.110 0.157 0.154 0.132 0.131 0.091 0.054 0.031 0.011 0.007 0.004 24 R 0.095 0.154 0.172 0.186 0.121 0.109 0.061 0.046 0.029 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 25 G 0.227 0.198 0.161 0.142 0.095 0.067 0.052 0.023 0.019 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 26 L 0.077 0.116 0.125 0.163 0.157 0.143 0.092 0.062 0.036 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 27 P 0.065 0.078 0.102 0.139 0.159 0.151 0.114 0.087 0.055 0.029 0.012 0.005 0.001 0.001 28 G 0.045 0.041 0.050 0.087 0.133 0.134 0.141 0.129 0.105 0.069 0.032 0.019 0.009 0.004 29 S 0.034 0.025 0.035 0.041 0.065 0.087 0.122 0.144 0.133 0.112 0.108 0.056 0.027 0.010 30 F 0.016 0.016 0.025 0.044 0.079 0.096 0.127 0.160 0.132 0.106 0.096 0.056 0.025 0.021 31 I 0.009 0.011 0.012 0.025 0.040 0.068 0.092 0.132 0.182 0.149 0.123 0.082 0.054 0.020 32 K 0.073 0.079 0.077 0.111 0.117 0.120 0.124 0.106 0.075 0.050 0.042 0.014 0.007 0.005 33 E 0.056 0.085 0.109 0.148 0.159 0.148 0.101 0.084 0.053 0.026 0.018 0.007 0.003 0.003 34 V 0.025 0.026 0.028 0.065 0.118 0.157 0.154 0.166 0.108 0.068 0.042 0.021 0.017 0.004 35 Q 0.094 0.129 0.139 0.187 0.151 0.128 0.076 0.049 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 36 K 0.309 0.158 0.137 0.115 0.094 0.074 0.051 0.025 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 37 G 0.166 0.130 0.140 0.131 0.140 0.116 0.080 0.041 0.031 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 38 G 0.143 0.088 0.119 0.124 0.153 0.130 0.097 0.064 0.038 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 39 P 0.143 0.104 0.096 0.131 0.155 0.115 0.098 0.071 0.044 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 40 A 0.171 0.086 0.086 0.120 0.133 0.107 0.086 0.079 0.053 0.035 0.024 0.012 0.005 0.002 41 D 0.238 0.153 0.146 0.141 0.117 0.079 0.052 0.033 0.022 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 42 L 0.141 0.094 0.112 0.141 0.159 0.119 0.085 0.064 0.043 0.022 0.011 0.006 0.002 0.001 43 A 0.294 0.168 0.107 0.119 0.108 0.084 0.060 0.027 0.017 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 44 G 0.336 0.199 0.125 0.108 0.076 0.082 0.036 0.016 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 45 L 0.123 0.098 0.106 0.146 0.180 0.141 0.089 0.060 0.031 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 46 E 0.141 0.144 0.152 0.186 0.146 0.094 0.057 0.036 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 47 D 0.120 0.113 0.111 0.166 0.144 0.127 0.090 0.060 0.032 0.019 0.012 0.004 0.001 0.001 48 E 0.089 0.091 0.107 0.136 0.163 0.128 0.109 0.067 0.053 0.029 0.017 0.007 0.002 0.002 49 D 0.030 0.034 0.049 0.063 0.099 0.129 0.128 0.128 0.129 0.093 0.060 0.031 0.019 0.008 50 V 0.015 0.015 0.024 0.044 0.078 0.099 0.140 0.174 0.128 0.124 0.075 0.049 0.022 0.012 51 I 0.005 0.005 0.007 0.013 0.027 0.044 0.067 0.098 0.170 0.158 0.150 0.136 0.081 0.039 52 I 0.008 0.007 0.009 0.014 0.022 0.042 0.064 0.097 0.151 0.174 0.179 0.135 0.070 0.028 53 E 0.033 0.051 0.059 0.086 0.109 0.107 0.125 0.126 0.089 0.070 0.078 0.032 0.014 0.020 54 V 0.008 0.009 0.012 0.022 0.040 0.073 0.092 0.130 0.187 0.144 0.122 0.078 0.062 0.018 55 N 0.018 0.031 0.044 0.094 0.146 0.160 0.162 0.143 0.095 0.056 0.028 0.014 0.006 0.004 56 G 0.088 0.114 0.121 0.138 0.129 0.139 0.097 0.063 0.057 0.028 0.017 0.005 0.002 0.001 57 V 0.112 0.099 0.115 0.130 0.155 0.134 0.097 0.065 0.045 0.022 0.016 0.004 0.002 0.001 58 N 0.129 0.121 0.155 0.169 0.163 0.106 0.067 0.043 0.027 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 59 V 0.099 0.070 0.070 0.109 0.150 0.138 0.135 0.112 0.062 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 60 L 0.157 0.129 0.122 0.165 0.163 0.107 0.071 0.044 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 61 D 0.456 0.208 0.123 0.082 0.049 0.038 0.023 0.009 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 62 E 0.461 0.193 0.124 0.096 0.058 0.035 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 P 0.294 0.156 0.151 0.132 0.109 0.074 0.049 0.014 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.043 0.059 0.077 0.175 0.220 0.215 0.109 0.059 0.031 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 65 E 0.555 0.218 0.149 0.042 0.018 0.011 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.260 0.286 0.288 0.096 0.039 0.022 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.010 0.015 0.023 0.087 0.152 0.198 0.241 0.161 0.083 0.016 0.010 0.003 0.002 0.001 68 V 0.014 0.052 0.084 0.223 0.278 0.173 0.095 0.050 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.649 0.252 0.069 0.015 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.030 0.067 0.124 0.277 0.251 0.162 0.054 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.014 0.019 0.030 0.088 0.167 0.200 0.233 0.165 0.056 0.012 0.011 0.002 0.002 0.001 72 Q 0.226 0.254 0.216 0.152 0.086 0.045 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.503 0.231 0.141 0.062 0.030 0.021 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 S 0.046 0.064 0.083 0.207 0.238 0.206 0.092 0.036 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 75 G 0.126 0.155 0.283 0.175 0.116 0.078 0.040 0.011 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.288 0.230 0.158 0.128 0.081 0.058 0.029 0.015 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 77 N 0.019 0.050 0.053 0.148 0.206 0.185 0.139 0.102 0.052 0.024 0.010 0.007 0.002 0.002 78 V 0.003 0.003 0.006 0.013 0.034 0.072 0.134 0.167 0.170 0.155 0.123 0.066 0.040 0.014 79 T 0.005 0.007 0.010 0.023 0.053 0.076 0.113 0.160 0.172 0.141 0.108 0.068 0.032 0.032 80 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.019 0.035 0.100 0.181 0.290 0.197 0.111 0.050 81 L 0.002 0.003 0.004 0.009 0.018 0.032 0.054 0.101 0.133 0.166 0.175 0.139 0.085 0.078 82 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.018 0.039 0.071 0.147 0.207 0.187 0.168 0.103 0.044 83 C 0.004 0.009 0.011 0.029 0.053 0.091 0.143 0.184 0.161 0.130 0.094 0.045 0.025 0.019 84 G 0.016 0.039 0.060 0.099 0.121 0.134 0.141 0.126 0.106 0.066 0.057 0.020 0.008 0.007 85 K 0.089 0.117 0.139 0.156 0.136 0.126 0.084 0.064 0.046 0.022 0.015 0.004 0.002 0.001 86 K 0.171 0.176 0.200 0.152 0.113 0.081 0.046 0.025 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 87 A 0.171 0.146 0.120 0.151 0.150 0.105 0.076 0.043 0.023 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 88 Q 0.385 0.193 0.151 0.101 0.069 0.041 0.032 0.013 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 89 D 0.499 0.184 0.118 0.078 0.050 0.032 0.021 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 90 T 0.352 0.170 0.121 0.115 0.093 0.065 0.045 0.018 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 91 V 0.295 0.137 0.115 0.125 0.121 0.085 0.059 0.028 0.016 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001