# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.391 0.194 0.157 0.110 0.065 0.039 0.024 0.008 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 2 M 0.134 0.111 0.121 0.148 0.169 0.127 0.088 0.051 0.026 0.015 0.006 0.002 0.002 0.001 3 V 0.123 0.112 0.122 0.163 0.171 0.116 0.079 0.050 0.027 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 4 P 0.095 0.105 0.097 0.148 0.125 0.134 0.104 0.065 0.051 0.035 0.021 0.012 0.005 0.003 5 G 0.034 0.029 0.036 0.082 0.103 0.107 0.128 0.134 0.128 0.098 0.061 0.034 0.017 0.009 6 K 0.006 0.016 0.022 0.049 0.076 0.097 0.121 0.171 0.142 0.120 0.091 0.053 0.025 0.012 7 V 0.004 0.003 0.004 0.007 0.014 0.038 0.061 0.100 0.142 0.189 0.173 0.140 0.095 0.031 8 T 0.007 0.015 0.026 0.055 0.082 0.084 0.117 0.154 0.143 0.123 0.077 0.072 0.025 0.019 9 L 0.003 0.003 0.005 0.010 0.023 0.052 0.075 0.135 0.169 0.200 0.153 0.102 0.053 0.015 10 Q 0.022 0.052 0.074 0.129 0.166 0.160 0.111 0.114 0.079 0.046 0.022 0.015 0.005 0.005 11 K 0.088 0.099 0.095 0.162 0.174 0.110 0.082 0.068 0.051 0.036 0.021 0.009 0.003 0.002 12 D 0.212 0.209 0.191 0.166 0.097 0.060 0.034 0.013 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 13 A 0.275 0.255 0.164 0.147 0.067 0.049 0.025 0.007 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.234 0.262 0.194 0.153 0.077 0.041 0.025 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 15 N 0.290 0.202 0.195 0.117 0.059 0.065 0.044 0.010 0.007 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 16 L 0.040 0.061 0.079 0.126 0.177 0.173 0.144 0.078 0.055 0.026 0.021 0.009 0.007 0.006 17 I 0.005 0.005 0.010 0.023 0.052 0.083 0.134 0.184 0.156 0.126 0.094 0.070 0.042 0.018 18 G 0.002 0.005 0.006 0.018 0.037 0.058 0.082 0.135 0.166 0.165 0.114 0.127 0.055 0.029 19 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.015 0.036 0.059 0.123 0.181 0.210 0.225 0.096 0.042 20 S 0.001 0.003 0.006 0.015 0.029 0.051 0.074 0.133 0.175 0.172 0.137 0.114 0.053 0.036 21 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.027 0.047 0.082 0.136 0.185 0.209 0.162 0.092 0.039 22 G 0.011 0.021 0.037 0.061 0.096 0.124 0.128 0.163 0.133 0.099 0.056 0.039 0.018 0.014 23 G 0.032 0.047 0.058 0.098 0.131 0.128 0.115 0.113 0.100 0.083 0.048 0.028 0.011 0.009 24 G 0.046 0.067 0.094 0.134 0.165 0.150 0.115 0.094 0.069 0.037 0.017 0.008 0.003 0.002 25 A 0.094 0.133 0.127 0.164 0.138 0.111 0.087 0.063 0.039 0.021 0.014 0.005 0.002 0.001 26 Q 0.158 0.179 0.186 0.146 0.101 0.087 0.065 0.035 0.021 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 27 Y 0.074 0.100 0.117 0.119 0.142 0.141 0.112 0.086 0.050 0.027 0.019 0.006 0.004 0.002 28 C 0.037 0.060 0.071 0.106 0.157 0.139 0.126 0.121 0.079 0.052 0.027 0.012 0.008 0.005 29 P 0.019 0.023 0.037 0.061 0.108 0.117 0.143 0.127 0.123 0.102 0.064 0.038 0.021 0.016 30 C 0.004 0.005 0.009 0.018 0.043 0.066 0.103 0.100 0.144 0.166 0.149 0.101 0.054 0.037 31 L 0.003 0.002 0.004 0.009 0.013 0.035 0.070 0.070 0.120 0.148 0.220 0.162 0.085 0.060 32 Y 0.001 0.001 0.002 0.007 0.011 0.025 0.051 0.077 0.133 0.171 0.210 0.174 0.085 0.051 33 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.016 0.046 0.101 0.157 0.163 0.222 0.160 0.095 0.028 34 V 0.002 0.006 0.009 0.020 0.032 0.065 0.088 0.174 0.150 0.155 0.138 0.078 0.058 0.024 35 Q 0.013 0.034 0.051 0.075 0.115 0.121 0.118 0.126 0.115 0.103 0.058 0.041 0.014 0.016 36 V 0.008 0.010 0.022 0.039 0.082 0.127 0.156 0.204 0.157 0.111 0.041 0.025 0.011 0.006 37 F 0.028 0.056 0.105 0.160 0.167 0.186 0.111 0.084 0.055 0.030 0.009 0.006 0.002 0.001 38 D 0.207 0.168 0.141 0.138 0.128 0.070 0.053 0.042 0.025 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 39 N 0.214 0.212 0.180 0.135 0.104 0.059 0.042 0.023 0.014 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 40 T 0.264 0.153 0.136 0.127 0.102 0.090 0.060 0.030 0.019 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 41 P 0.132 0.107 0.128 0.143 0.181 0.134 0.081 0.045 0.025 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 42 A 0.188 0.086 0.081 0.119 0.143 0.130 0.100 0.063 0.040 0.024 0.014 0.007 0.004 0.001 43 A 0.300 0.183 0.155 0.123 0.082 0.063 0.045 0.020 0.014 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 44 L 0.194 0.105 0.112 0.126 0.143 0.109 0.078 0.055 0.035 0.020 0.013 0.006 0.003 0.001 45 D 0.256 0.166 0.149 0.136 0.118 0.068 0.045 0.026 0.016 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 46 G 0.348 0.138 0.114 0.110 0.095 0.076 0.048 0.028 0.019 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 47 T 0.156 0.130 0.136 0.170 0.173 0.096 0.058 0.038 0.022 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 48 V 0.075 0.052 0.067 0.112 0.153 0.161 0.132 0.106 0.066 0.041 0.017 0.009 0.006 0.002 49 A 0.113 0.128 0.130 0.166 0.154 0.116 0.078 0.051 0.031 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 50 A 0.093 0.075 0.089 0.117 0.136 0.138 0.109 0.090 0.063 0.043 0.027 0.013 0.005 0.003 51 G 0.068 0.082 0.078 0.123 0.158 0.133 0.095 0.081 0.075 0.048 0.032 0.016 0.007 0.004 52 D 0.037 0.038 0.051 0.096 0.095 0.115 0.134 0.135 0.118 0.082 0.050 0.027 0.013 0.008 53 E 0.015 0.020 0.032 0.065 0.104 0.130 0.131 0.168 0.129 0.098 0.052 0.030 0.016 0.009 54 I 0.006 0.007 0.008 0.013 0.035 0.056 0.076 0.116 0.160 0.164 0.151 0.106 0.077 0.025 55 T 0.022 0.015 0.025 0.049 0.064 0.093 0.136 0.113 0.127 0.124 0.098 0.072 0.037 0.025 56 G 0.030 0.033 0.054 0.085 0.103 0.123 0.133 0.096 0.108 0.077 0.082 0.043 0.016 0.016 57 V 0.014 0.011 0.016 0.023 0.054 0.094 0.116 0.170 0.162 0.119 0.107 0.062 0.039 0.013 58 N 0.039 0.061 0.062 0.126 0.138 0.124 0.120 0.129 0.081 0.061 0.030 0.017 0.007 0.005 59 G 0.066 0.077 0.099 0.120 0.143 0.126 0.111 0.076 0.073 0.053 0.033 0.016 0.005 0.004 60 R 0.109 0.083 0.096 0.123 0.135 0.134 0.100 0.085 0.059 0.036 0.025 0.009 0.005 0.002 61 S 0.167 0.152 0.135 0.156 0.114 0.099 0.077 0.041 0.027 0.014 0.010 0.005 0.002 0.002 62 I 0.045 0.038 0.053 0.078 0.141 0.172 0.150 0.138 0.094 0.055 0.022 0.009 0.005 0.002 63 K 0.176 0.163 0.155 0.176 0.142 0.085 0.050 0.025 0.013 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 64 G 0.468 0.178 0.132 0.085 0.052 0.036 0.025 0.008 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 65 K 0.282 0.202 0.145 0.150 0.107 0.056 0.033 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 66 T 0.212 0.172 0.182 0.141 0.105 0.095 0.059 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 67 K 0.073 0.072 0.128 0.159 0.217 0.169 0.099 0.047 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 68 V 0.397 0.251 0.136 0.099 0.061 0.034 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.137 0.282 0.191 0.183 0.125 0.051 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.004 0.007 0.016 0.059 0.114 0.210 0.272 0.226 0.074 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 71 A 0.013 0.050 0.109 0.219 0.234 0.195 0.106 0.047 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 72 K 0.572 0.302 0.100 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 M 0.007 0.034 0.101 0.206 0.263 0.184 0.124 0.066 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.004 0.006 0.021 0.081 0.191 0.261 0.224 0.123 0.067 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.278 0.323 0.193 0.125 0.052 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.366 0.303 0.162 0.098 0.039 0.020 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.016 0.026 0.067 0.181 0.258 0.198 0.141 0.081 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 78 K 0.145 0.187 0.240 0.159 0.104 0.088 0.051 0.014 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 79 G 0.281 0.140 0.097 0.140 0.129 0.085 0.057 0.030 0.022 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 80 E 0.039 0.069 0.083 0.164 0.192 0.155 0.124 0.053 0.052 0.031 0.021 0.010 0.005 0.003 81 V 0.015 0.007 0.014 0.024 0.048 0.091 0.128 0.133 0.171 0.130 0.115 0.066 0.042 0.015 82 T 0.019 0.029 0.037 0.090 0.118 0.127 0.145 0.155 0.098 0.065 0.051 0.036 0.019 0.012 83 I 0.009 0.004 0.006 0.010 0.021 0.052 0.069 0.097 0.153 0.187 0.164 0.135 0.075 0.018 84 H 0.025 0.039 0.047 0.103 0.143 0.120 0.114 0.129 0.115 0.079 0.038 0.029 0.010 0.007 85 Y 0.051 0.055 0.058 0.100 0.115 0.120 0.113 0.105 0.096 0.080 0.063 0.028 0.011 0.006 86 N 0.196 0.153 0.159 0.137 0.110 0.093 0.065 0.034 0.024 0.012 0.010 0.004 0.002 0.001 87 K 0.168 0.157 0.143 0.163 0.127 0.088 0.065 0.037 0.025 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 88 L 0.131 0.110 0.140 0.153 0.158 0.127 0.084 0.050 0.024 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 89 Q 0.309 0.163 0.160 0.123 0.095 0.065 0.040 0.021 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 90 Y 0.186 0.114 0.113 0.145 0.161 0.100 0.069 0.055 0.028 0.018 0.005 0.003 0.002 0.001 91 Y 0.185 0.116 0.101 0.139 0.155 0.111 0.072 0.058 0.030 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 92 K 0.273 0.160 0.136 0.135 0.116 0.068 0.043 0.029 0.018 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 93 V 0.230 0.120 0.116 0.134 0.125 0.097 0.071 0.045 0.028 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001