# TARGET T0385 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.4986 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.129 0.076 0.088 0.100 0.112 0.124 0.109 0.081 0.067 0.051 0.034 0.017 0.009 0.005 2 T 0.108 0.067 0.082 0.112 0.141 0.141 0.113 0.076 0.062 0.041 0.027 0.017 0.008 0.006 3 S 0.082 0.039 0.044 0.070 0.095 0.122 0.129 0.109 0.105 0.080 0.057 0.040 0.020 0.008 4 S 0.090 0.067 0.073 0.115 0.115 0.142 0.135 0.089 0.064 0.043 0.035 0.020 0.009 0.004 5 E 0.162 0.116 0.114 0.123 0.114 0.105 0.090 0.060 0.045 0.025 0.025 0.013 0.005 0.003 6 P 0.097 0.063 0.080 0.103 0.124 0.134 0.124 0.098 0.071 0.047 0.031 0.018 0.007 0.003 7 A 0.078 0.066 0.073 0.098 0.123 0.135 0.136 0.109 0.078 0.048 0.029 0.016 0.008 0.003 8 H 0.090 0.069 0.082 0.112 0.126 0.139 0.128 0.089 0.063 0.047 0.029 0.015 0.007 0.004 9 G 0.115 0.087 0.107 0.124 0.142 0.131 0.107 0.065 0.050 0.030 0.022 0.011 0.005 0.003 10 A 0.085 0.048 0.060 0.095 0.120 0.141 0.133 0.090 0.084 0.063 0.042 0.024 0.012 0.005 11 T 0.084 0.078 0.089 0.137 0.136 0.137 0.130 0.086 0.058 0.030 0.020 0.010 0.004 0.002 12 P 0.157 0.105 0.111 0.123 0.118 0.118 0.091 0.067 0.046 0.029 0.022 0.009 0.003 0.001 13 K 0.243 0.158 0.146 0.136 0.116 0.075 0.051 0.031 0.020 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 14 R 0.203 0.140 0.139 0.143 0.137 0.088 0.058 0.041 0.026 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 15 S 0.149 0.100 0.124 0.147 0.152 0.127 0.085 0.059 0.032 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 16 P 0.269 0.157 0.141 0.145 0.117 0.074 0.041 0.028 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 17 S 0.368 0.176 0.128 0.123 0.090 0.052 0.027 0.015 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 18 E 0.292 0.181 0.145 0.139 0.107 0.059 0.034 0.020 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 19 G 0.312 0.185 0.156 0.125 0.086 0.064 0.036 0.018 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 20 S 0.292 0.184 0.157 0.122 0.099 0.065 0.036 0.022 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 21 A 0.112 0.081 0.091 0.134 0.150 0.147 0.110 0.090 0.042 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 22 D 0.068 0.089 0.083 0.144 0.182 0.142 0.110 0.091 0.048 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 23 N 0.053 0.046 0.062 0.095 0.107 0.164 0.169 0.116 0.084 0.048 0.031 0.016 0.008 0.003 24 A 0.063 0.055 0.090 0.116 0.157 0.176 0.144 0.079 0.058 0.029 0.015 0.010 0.004 0.003 25 A 0.031 0.016 0.027 0.042 0.077 0.129 0.145 0.167 0.140 0.093 0.064 0.036 0.025 0.007 26 L 0.034 0.024 0.036 0.076 0.112 0.174 0.191 0.147 0.097 0.057 0.024 0.018 0.008 0.003 27 C 0.051 0.061 0.074 0.115 0.164 0.145 0.131 0.108 0.069 0.040 0.022 0.013 0.005 0.002 28 D 0.050 0.047 0.066 0.111 0.122 0.158 0.185 0.150 0.057 0.032 0.012 0.006 0.002 0.002 29 A 0.031 0.029 0.045 0.097 0.150 0.175 0.185 0.140 0.083 0.049 0.010 0.005 0.002 0.001 30 L 0.048 0.036 0.055 0.083 0.124 0.154 0.174 0.142 0.109 0.047 0.015 0.008 0.004 0.002 31 A 0.073 0.059 0.081 0.129 0.157 0.174 0.133 0.093 0.053 0.028 0.009 0.005 0.003 0.001 32 V 0.079 0.057 0.071 0.098 0.137 0.158 0.139 0.105 0.079 0.040 0.021 0.009 0.004 0.002 33 E 0.075 0.059 0.081 0.149 0.179 0.177 0.119 0.078 0.044 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 34 H 0.095 0.068 0.077 0.123 0.159 0.139 0.122 0.100 0.065 0.032 0.011 0.006 0.002 0.001 35 A 0.137 0.071 0.095 0.117 0.123 0.147 0.123 0.093 0.049 0.025 0.011 0.007 0.003 0.001 36 T 0.144 0.105 0.125 0.152 0.162 0.109 0.087 0.051 0.034 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 37 I 0.107 0.055 0.072 0.102 0.127 0.144 0.136 0.107 0.071 0.040 0.021 0.011 0.005 0.002 38 Y 0.112 0.066 0.086 0.117 0.135 0.151 0.134 0.080 0.056 0.030 0.018 0.010 0.005 0.002 39 G 0.115 0.066 0.071 0.099 0.127 0.129 0.124 0.088 0.077 0.046 0.030 0.016 0.007 0.003 40 Y 0.112 0.076 0.086 0.120 0.131 0.141 0.112 0.075 0.057 0.038 0.030 0.014 0.007 0.003 41 G 0.190 0.109 0.111 0.122 0.123 0.104 0.087 0.050 0.045 0.025 0.020 0.009 0.004 0.002 42 I 0.099 0.059 0.071 0.107 0.134 0.141 0.120 0.095 0.074 0.047 0.031 0.014 0.006 0.003 43 V 0.106 0.074 0.087 0.121 0.135 0.140 0.116 0.082 0.063 0.034 0.023 0.011 0.005 0.002 44 S 0.244 0.135 0.122 0.136 0.113 0.089 0.064 0.039 0.025 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 45 A 0.323 0.178 0.142 0.121 0.095 0.056 0.038 0.020 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 46 L 0.165 0.103 0.116 0.153 0.149 0.124 0.087 0.048 0.030 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 47 S 0.270 0.161 0.162 0.133 0.106 0.075 0.048 0.023 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 48 P 0.356 0.162 0.161 0.112 0.095 0.053 0.029 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 49 P 0.436 0.187 0.120 0.102 0.074 0.040 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 G 0.254 0.192 0.147 0.140 0.119 0.068 0.038 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 51 V 0.051 0.041 0.059 0.111 0.151 0.187 0.170 0.131 0.061 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 52 N 0.059 0.081 0.143 0.161 0.195 0.170 0.100 0.051 0.024 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 53 F 0.302 0.199 0.150 0.115 0.108 0.058 0.027 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 54 L 0.039 0.067 0.101 0.203 0.201 0.150 0.127 0.086 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 55 V 0.004 0.005 0.014 0.038 0.084 0.177 0.250 0.223 0.153 0.041 0.009 0.002 0.001 0.001 56 A 0.044 0.091 0.152 0.257 0.213 0.132 0.059 0.027 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 57 D 0.571 0.282 0.110 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.030 0.052 0.078 0.223 0.261 0.198 0.085 0.048 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.019 0.035 0.059 0.224 0.258 0.157 0.132 0.057 0.049 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 60 K 0.636 0.277 0.065 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Q 0.659 0.237 0.086 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 H 0.125 0.098 0.135 0.205 0.276 0.100 0.036 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.531 0.250 0.110 0.055 0.034 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 H 0.617 0.185 0.096 0.055 0.028 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 R 0.166 0.103 0.138 0.186 0.194 0.111 0.055 0.027 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.058 0.060 0.112 0.185 0.288 0.158 0.065 0.041 0.019 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 67 D 0.413 0.206 0.106 0.115 0.083 0.040 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 68 D 0.086 0.110 0.139 0.208 0.189 0.128 0.077 0.043 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 69 V 0.006 0.005 0.014 0.044 0.097 0.192 0.234 0.224 0.128 0.042 0.009 0.003 0.001 0.001 70 I 0.029 0.064 0.123 0.233 0.245 0.158 0.077 0.035 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 71 V 0.419 0.267 0.151 0.075 0.046 0.022 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 M 0.025 0.037 0.067 0.198 0.227 0.182 0.141 0.089 0.022 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 73 L 0.016 0.019 0.045 0.111 0.162 0.193 0.217 0.135 0.073 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 74 S 0.334 0.239 0.160 0.123 0.069 0.039 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.410 0.231 0.165 0.087 0.053 0.028 0.014 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 R 0.173 0.118 0.143 0.169 0.166 0.116 0.059 0.026 0.016 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 77 G 0.275 0.170 0.158 0.101 0.105 0.078 0.054 0.030 0.017 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 78 V 0.091 0.045 0.051 0.095 0.150 0.158 0.126 0.122 0.066 0.056 0.022 0.010 0.006 0.002 79 T 0.173 0.150 0.132 0.152 0.127 0.086 0.066 0.041 0.030 0.018 0.014 0.007 0.002 0.002 80 A 0.103 0.053 0.074 0.089 0.115 0.135 0.111 0.088 0.084 0.068 0.040 0.026 0.009 0.004 81 P 0.078 0.056 0.059 0.109 0.133 0.136 0.125 0.107 0.083 0.049 0.034 0.019 0.008 0.004 82 I 0.061 0.063 0.080 0.115 0.121 0.141 0.130 0.104 0.075 0.047 0.034 0.016 0.008 0.003 83 A 0.163 0.108 0.112 0.131 0.127 0.114 0.088 0.057 0.042 0.029 0.017 0.008 0.003 0.002 84 A 0.157 0.135 0.158 0.135 0.145 0.085 0.069 0.043 0.036 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 85 A 0.093 0.058 0.079 0.120 0.132 0.166 0.122 0.079 0.051 0.054 0.026 0.010 0.006 0.002 86 G 0.162 0.138 0.148 0.142 0.149 0.085 0.068 0.042 0.033 0.015 0.009 0.005 0.001 0.001 87 Y 0.045 0.026 0.034 0.073 0.096 0.137 0.127 0.146 0.099 0.119 0.056 0.024 0.013 0.004 88 Q 0.124 0.123 0.113 0.134 0.131 0.093 0.089 0.077 0.056 0.025 0.018 0.011 0.004 0.002 89 L 0.030 0.022 0.031 0.060 0.079 0.119 0.111 0.170 0.119 0.134 0.072 0.032 0.017 0.006 90 P 0.058 0.057 0.070 0.104 0.148 0.131 0.124 0.105 0.096 0.050 0.027 0.020 0.006 0.004 91 M 0.065 0.044 0.056 0.096 0.098 0.132 0.120 0.109 0.086 0.092 0.060 0.023 0.012 0.004 92 Q 0.125 0.132 0.140 0.154 0.149 0.105 0.081 0.043 0.039 0.014 0.010 0.005 0.002 0.001 93 V 0.047 0.037 0.055 0.092 0.122 0.178 0.156 0.125 0.083 0.057 0.031 0.010 0.005 0.002 94 S 0.179 0.193 0.161 0.156 0.127 0.083 0.049 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 95 S 0.156 0.152 0.161 0.155 0.146 0.099 0.056 0.037 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 96 A 0.050 0.054 0.079 0.137 0.193 0.171 0.137 0.101 0.053 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 97 A 0.105 0.136 0.144 0.158 0.150 0.136 0.084 0.049 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 98 D 0.087 0.146 0.161 0.178 0.187 0.117 0.064 0.036 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 99 A 0.007 0.007 0.019 0.055 0.101 0.163 0.276 0.258 0.076 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 100 A 0.016 0.023 0.061 0.081 0.148 0.253 0.222 0.108 0.056 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 101 R 0.130 0.224 0.197 0.159 0.172 0.056 0.028 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.013 0.024 0.050 0.129 0.135 0.198 0.241 0.159 0.028 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 103 A 0.004 0.006 0.021 0.063 0.146 0.220 0.239 0.156 0.104 0.037 0.003 0.001 0.001 0.001 104 V 0.062 0.123 0.162 0.216 0.206 0.105 0.063 0.037 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 105 R 0.098 0.152 0.170 0.215 0.153 0.105 0.054 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 106 M 0.023 0.022 0.054 0.102 0.129 0.192 0.253 0.152 0.047 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 107 E 0.047 0.061 0.100 0.132 0.180 0.192 0.151 0.077 0.037 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 108 N 0.251 0.169 0.149 0.128 0.112 0.077 0.053 0.030 0.016 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 109 D 0.113 0.085 0.117 0.135 0.148 0.146 0.107 0.057 0.044 0.023 0.013 0.007 0.003 0.002 110 G 0.044 0.024 0.033 0.059 0.114 0.144 0.159 0.155 0.131 0.068 0.037 0.019 0.010 0.004 111 A 0.058 0.051 0.053 0.093 0.110 0.155 0.167 0.121 0.080 0.047 0.033 0.017 0.011 0.005 112 T 0.118 0.083 0.095 0.123 0.131 0.148 0.113 0.056 0.054 0.032 0.024 0.012 0.006 0.004 113 A 0.033 0.023 0.037 0.069 0.105 0.160 0.195 0.143 0.110 0.058 0.036 0.018 0.009 0.005 114 W 0.014 0.015 0.030 0.056 0.109 0.185 0.224 0.175 0.110 0.049 0.020 0.008 0.004 0.002 115 R 0.073 0.121 0.154 0.157 0.178 0.121 0.085 0.058 0.027 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 116 A 0.065 0.090 0.124 0.172 0.180 0.140 0.100 0.070 0.030 0.017 0.006 0.004 0.001 0.001 117 V 0.008 0.008 0.018 0.057 0.100 0.151 0.271 0.241 0.097 0.034 0.008 0.003 0.001 0.001 118 V 0.018 0.029 0.066 0.093 0.141 0.212 0.207 0.123 0.065 0.028 0.011 0.004 0.002 0.001 119 E 0.244 0.261 0.198 0.129 0.089 0.038 0.022 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 H 0.040 0.055 0.101 0.171 0.196 0.176 0.158 0.065 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 121 A 0.030 0.023 0.053 0.084 0.169 0.220 0.217 0.113 0.059 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 122 E 0.175 0.175 0.181 0.198 0.137 0.067 0.038 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 123 T 0.339 0.150 0.142 0.128 0.109 0.068 0.031 0.013 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 124 A 0.243 0.161 0.146 0.175 0.139 0.070 0.032 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 125 D 0.336 0.225 0.155 0.116 0.072 0.047 0.023 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 126 D 0.125 0.096 0.105 0.161 0.191 0.139 0.080 0.055 0.031 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 127 R 0.093 0.088 0.108 0.148 0.150 0.147 0.123 0.080 0.034 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 128 V 0.136 0.122 0.123 0.124 0.150 0.121 0.090 0.063 0.038 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 129 F 0.041 0.028 0.050 0.087 0.123 0.167 0.162 0.154 0.083 0.049 0.027 0.016 0.009 0.004 130 A 0.030 0.020 0.031 0.067 0.125 0.156 0.176 0.133 0.126 0.069 0.031 0.023 0.009 0.005 131 S 0.047 0.038 0.051 0.080 0.107 0.161 0.161 0.118 0.089 0.061 0.045 0.024 0.013 0.004 132 T 0.121 0.111 0.126 0.162 0.161 0.117 0.086 0.044 0.035 0.019 0.010 0.005 0.002 0.002 133 A 0.034 0.029 0.049 0.110 0.158 0.182 0.170 0.114 0.076 0.045 0.019 0.009 0.003 0.002 134 L 0.030 0.024 0.043 0.078 0.138 0.195 0.187 0.143 0.096 0.041 0.014 0.007 0.003 0.001 135 T 0.098 0.106 0.121 0.177 0.181 0.121 0.084 0.060 0.030 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 136 E 0.175 0.156 0.152 0.161 0.137 0.098 0.056 0.029 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 137 S 0.092 0.083 0.103 0.163 0.183 0.143 0.100 0.071 0.038 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 138 A 0.051 0.047 0.073 0.110 0.136 0.161 0.178 0.134 0.068 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 139 V 0.089 0.094 0.117 0.141 0.169 0.150 0.102 0.073 0.038 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 140 M 0.070 0.066 0.095 0.138 0.165 0.147 0.118 0.081 0.057 0.034 0.016 0.007 0.003 0.002 141 A 0.033 0.030 0.052 0.108 0.167 0.168 0.176 0.121 0.078 0.043 0.013 0.007 0.003 0.002 142 T 0.087 0.048 0.067 0.082 0.107 0.150 0.145 0.123 0.087 0.047 0.028 0.015 0.010 0.003 143 R 0.048 0.064 0.084 0.179 0.200 0.144 0.125 0.077 0.040 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 144 W 0.018 0.013 0.025 0.051 0.084 0.182 0.213 0.158 0.128 0.077 0.033 0.011 0.005 0.002 145 N 0.088 0.103 0.146 0.178 0.220 0.130 0.064 0.034 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 146 R 0.198 0.187 0.163 0.169 0.135 0.062 0.036 0.025 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 147 V 0.040 0.032 0.048 0.131 0.168 0.194 0.162 0.145 0.049 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 148 L 0.061 0.058 0.107 0.152 0.173 0.152 0.144 0.074 0.048 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 149 G 0.392 0.187 0.138 0.101 0.071 0.047 0.030 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 150 A 0.284 0.189 0.174 0.119 0.102 0.064 0.033 0.013 0.010 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 151 W 0.136 0.092 0.110 0.144 0.166 0.129 0.089 0.053 0.040 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 152 P 0.117 0.076 0.077 0.099 0.129 0.142 0.123 0.101 0.064 0.034 0.020 0.011 0.005 0.002 153 I 0.093 0.067 0.071 0.106 0.123 0.128 0.110 0.115 0.073 0.051 0.033 0.017 0.008 0.003 154 T 0.122 0.081 0.085 0.102 0.111 0.111 0.096 0.074 0.072 0.057 0.043 0.028 0.011 0.006 155 A 0.101 0.070 0.086 0.102 0.114 0.114 0.109 0.081 0.076 0.058 0.045 0.027 0.010 0.006 156 A 0.074 0.058 0.070 0.096 0.110 0.130 0.130 0.098 0.081 0.058 0.053 0.026 0.011 0.007 157 F 0.069 0.055 0.070 0.103 0.117 0.148 0.129 0.099 0.073 0.053 0.045 0.022 0.010 0.005 158 P 0.117 0.078 0.084 0.119 0.132 0.126 0.107 0.080 0.064 0.040 0.026 0.017 0.007 0.003 159 G 0.123 0.083 0.083 0.126 0.135 0.134 0.102 0.078 0.063 0.037 0.020 0.010 0.004 0.001 160 G 0.245 0.155 0.135 0.141 0.111 0.079 0.053 0.031 0.023 0.012 0.009 0.004 0.001 0.001 161 D 0.373 0.192 0.159 0.102 0.067 0.042 0.029 0.014 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 162 E 0.296 0.157 0.155 0.111 0.099 0.074 0.048 0.026 0.016 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001