# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.2742 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.302 0.142 0.141 0.125 0.109 0.073 0.047 0.027 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 2 A 0.276 0.130 0.124 0.130 0.120 0.086 0.058 0.033 0.022 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 3 H 0.272 0.146 0.133 0.132 0.113 0.084 0.054 0.032 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 4 H 0.411 0.177 0.129 0.100 0.079 0.044 0.027 0.016 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 5 H 0.290 0.155 0.154 0.134 0.112 0.068 0.041 0.023 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 6 H 0.248 0.130 0.131 0.146 0.141 0.092 0.052 0.032 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 7 H 0.225 0.131 0.134 0.154 0.143 0.087 0.056 0.033 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 8 H 0.244 0.141 0.134 0.161 0.120 0.087 0.052 0.033 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 9 S 0.374 0.222 0.156 0.104 0.070 0.037 0.018 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 10 L 0.104 0.105 0.127 0.199 0.207 0.113 0.059 0.039 0.024 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 11 N 0.151 0.134 0.141 0.173 0.145 0.104 0.071 0.041 0.020 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 12 Q 0.046 0.072 0.097 0.168 0.203 0.160 0.093 0.062 0.047 0.033 0.011 0.004 0.002 0.002 13 I 0.008 0.007 0.016 0.042 0.074 0.126 0.155 0.162 0.129 0.136 0.071 0.045 0.022 0.008 14 N 0.007 0.018 0.029 0.085 0.097 0.124 0.141 0.160 0.128 0.095 0.064 0.030 0.012 0.009 15 I 0.001 0.001 0.003 0.007 0.012 0.029 0.057 0.101 0.184 0.156 0.205 0.163 0.054 0.028 16 E 0.001 0.001 0.003 0.007 0.012 0.026 0.061 0.206 0.216 0.180 0.141 0.072 0.051 0.024 17 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.021 0.071 0.108 0.160 0.203 0.184 0.132 0.104 18 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.023 0.068 0.106 0.192 0.180 0.163 0.143 0.107 19 Y 0.002 0.002 0.003 0.008 0.018 0.027 0.052 0.072 0.122 0.166 0.149 0.155 0.104 0.121 20 A 0.003 0.004 0.006 0.017 0.028 0.058 0.105 0.143 0.149 0.155 0.161 0.086 0.050 0.035 21 F 0.009 0.018 0.025 0.071 0.113 0.154 0.171 0.143 0.130 0.074 0.051 0.023 0.010 0.008 22 P 0.031 0.055 0.065 0.121 0.153 0.159 0.129 0.108 0.087 0.050 0.026 0.010 0.004 0.002 23 E 0.136 0.170 0.165 0.149 0.145 0.093 0.060 0.041 0.024 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 24 R 0.121 0.155 0.162 0.174 0.165 0.094 0.054 0.028 0.025 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 25 Y 0.081 0.065 0.100 0.126 0.157 0.165 0.126 0.089 0.050 0.024 0.012 0.003 0.002 0.001 26 Y 0.108 0.091 0.120 0.148 0.170 0.115 0.090 0.068 0.044 0.024 0.014 0.006 0.002 0.001 27 L 0.046 0.035 0.044 0.072 0.114 0.117 0.129 0.181 0.110 0.083 0.034 0.020 0.010 0.003 28 K 0.085 0.064 0.068 0.105 0.111 0.113 0.108 0.117 0.078 0.068 0.042 0.022 0.013 0.006 29 S 0.063 0.054 0.087 0.110 0.163 0.118 0.114 0.089 0.082 0.057 0.031 0.019 0.006 0.006 30 F 0.050 0.018 0.027 0.052 0.078 0.131 0.107 0.102 0.112 0.139 0.086 0.054 0.033 0.009 31 Q 0.100 0.104 0.131 0.212 0.172 0.094 0.081 0.040 0.037 0.013 0.008 0.005 0.001 0.001 32 V 0.055 0.030 0.035 0.083 0.097 0.168 0.143 0.142 0.098 0.086 0.042 0.013 0.006 0.002 33 D 0.193 0.199 0.171 0.142 0.124 0.078 0.044 0.026 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 34 E 0.160 0.134 0.144 0.165 0.155 0.090 0.062 0.044 0.022 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 35 G 0.131 0.138 0.164 0.145 0.179 0.116 0.064 0.030 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 36 I 0.160 0.104 0.103 0.154 0.148 0.133 0.086 0.052 0.030 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 37 T 0.070 0.086 0.105 0.167 0.193 0.151 0.116 0.069 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 38 V 0.020 0.013 0.026 0.047 0.095 0.168 0.191 0.195 0.139 0.061 0.028 0.009 0.005 0.001 39 Q 0.094 0.138 0.174 0.198 0.176 0.108 0.060 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 40 T 0.263 0.223 0.186 0.127 0.101 0.046 0.022 0.014 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 41 A 0.019 0.020 0.034 0.123 0.168 0.190 0.212 0.158 0.050 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 42 I 0.025 0.031 0.063 0.107 0.163 0.201 0.193 0.118 0.063 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 43 T 0.275 0.253 0.190 0.125 0.078 0.037 0.022 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.076 0.087 0.123 0.159 0.188 0.175 0.104 0.039 0.027 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 45 S 0.078 0.063 0.093 0.149 0.203 0.166 0.113 0.060 0.043 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 46 G 0.257 0.199 0.166 0.141 0.101 0.063 0.037 0.020 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 47 I 0.076 0.046 0.062 0.114 0.178 0.189 0.118 0.084 0.077 0.033 0.014 0.006 0.003 0.001 48 L 0.100 0.090 0.111 0.192 0.177 0.137 0.093 0.040 0.031 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 49 S 0.472 0.244 0.141 0.067 0.035 0.018 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.244 0.166 0.153 0.145 0.123 0.078 0.047 0.022 0.013 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 51 F 0.110 0.097 0.132 0.154 0.180 0.125 0.092 0.058 0.033 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 52 P 0.430 0.181 0.123 0.100 0.075 0.044 0.025 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 53 E 0.432 0.195 0.172 0.087 0.066 0.025 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 I 0.120 0.055 0.085 0.155 0.199 0.179 0.093 0.054 0.026 0.022 0.007 0.003 0.002 0.001 55 D 0.334 0.201 0.154 0.131 0.094 0.041 0.024 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.136 0.061 0.073 0.141 0.162 0.161 0.096 0.079 0.044 0.034 0.010 0.003 0.001 0.001 57 S 0.327 0.201 0.134 0.139 0.094 0.049 0.026 0.013 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 58 T 0.287 0.171 0.157 0.127 0.094 0.061 0.038 0.027 0.019 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 59 N 0.134 0.076 0.085 0.109 0.130 0.145 0.119 0.087 0.053 0.031 0.019 0.007 0.003 0.001 60 K 0.089 0.083 0.096 0.121 0.146 0.139 0.106 0.082 0.054 0.034 0.031 0.011 0.006 0.003 61 I 0.041 0.024 0.031 0.053 0.087 0.106 0.125 0.112 0.119 0.111 0.079 0.067 0.028 0.015 62 G 0.039 0.026 0.035 0.060 0.075 0.097 0.132 0.138 0.133 0.100 0.084 0.047 0.023 0.012 63 I 0.028 0.018 0.024 0.040 0.059 0.094 0.096 0.115 0.128 0.119 0.135 0.081 0.041 0.022 64 F 0.041 0.022 0.027 0.048 0.066 0.089 0.105 0.106 0.129 0.121 0.111 0.082 0.035 0.018 65 S 0.072 0.059 0.063 0.093 0.104 0.113 0.124 0.101 0.105 0.064 0.055 0.029 0.013 0.006 66 R 0.076 0.084 0.097 0.148 0.141 0.133 0.114 0.076 0.053 0.034 0.029 0.009 0.003 0.002 67 P 0.102 0.105 0.126 0.120 0.137 0.127 0.109 0.072 0.056 0.024 0.015 0.004 0.002 0.001 68 I 0.145 0.098 0.126 0.144 0.156 0.135 0.085 0.053 0.027 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 69 K 0.255 0.210 0.176 0.135 0.106 0.050 0.031 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 70 L 0.071 0.055 0.070 0.131 0.172 0.178 0.118 0.094 0.063 0.032 0.010 0.003 0.001 0.001 71 T 0.234 0.244 0.202 0.147 0.092 0.040 0.022 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 72 D 0.511 0.228 0.137 0.062 0.032 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.142 0.111 0.124 0.184 0.197 0.121 0.065 0.035 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 74 L 0.064 0.056 0.073 0.160 0.203 0.171 0.135 0.073 0.040 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 75 K 0.451 0.271 0.141 0.077 0.031 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.583 0.194 0.131 0.045 0.024 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 G 0.315 0.173 0.159 0.124 0.124 0.057 0.024 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 78 D 0.185 0.136 0.110 0.158 0.169 0.104 0.058 0.045 0.019 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 79 R 0.151 0.113 0.110 0.142 0.169 0.127 0.082 0.048 0.031 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 80 I 0.067 0.040 0.060 0.104 0.133 0.165 0.140 0.094 0.077 0.061 0.032 0.017 0.007 0.003 81 E 0.087 0.058 0.080 0.116 0.147 0.134 0.125 0.095 0.068 0.041 0.025 0.017 0.005 0.004 82 I 0.050 0.026 0.033 0.051 0.071 0.105 0.103 0.135 0.127 0.107 0.100 0.058 0.025 0.009 83 Y 0.076 0.038 0.041 0.067 0.086 0.108 0.126 0.130 0.120 0.075 0.055 0.051 0.019 0.008 84 R 0.070 0.051 0.062 0.087 0.089 0.092 0.115 0.134 0.102 0.085 0.064 0.032 0.013 0.006 85 P 0.081 0.057 0.060 0.078 0.110 0.128 0.116 0.120 0.105 0.067 0.041 0.022 0.010 0.006 86 L 0.054 0.036 0.049 0.077 0.116 0.138 0.135 0.099 0.098 0.085 0.058 0.031 0.016 0.009 87 L 0.059 0.061 0.080 0.138 0.175 0.151 0.133 0.071 0.067 0.036 0.018 0.007 0.003 0.002 88 A 0.118 0.064 0.075 0.112 0.131 0.157 0.112 0.075 0.060 0.039 0.035 0.013 0.006 0.002 89 D 0.158 0.133 0.133 0.183 0.151 0.092 0.070 0.034 0.027 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 90 P 0.109 0.071 0.078 0.126 0.146 0.135 0.105 0.086 0.080 0.038 0.018 0.005 0.002 0.001 91 K 0.379 0.210 0.153 0.116 0.067 0.035 0.020 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 92 E 0.601 0.202 0.105 0.046 0.025 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 I 0.166 0.077 0.127 0.158 0.199 0.129 0.080 0.043 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 94 R 0.256 0.120 0.147 0.176 0.167 0.069 0.034 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 95 R 0.613 0.135 0.089 0.081 0.050 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.665 0.166 0.081 0.052 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 G 0.640 0.158 0.100 0.048 0.028 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001