# List of top-scoring protein chains for T0358.t06-w0.5 hidden Markov model. # HMM and HMM E-value scores computed by SAM (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz # Sequence Alignment and Modeling Software System # http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html # ----------------- Citations (SAM, SAM-T99, HMMs) -------------------- # R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: # Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. # K. Karplus, C. Barrett, R. Hughey, Hidden Markov models for detecting # remote protein homologies, Bioinformatics 14(10):846-856, 1998. # A. Krogh et al., Hidden Markov models in computational biology: # Applications to protein modeling, JMB 235:1501-1531, Feb 1994. # # FSSP representative for each protein chain taken from FSSP: # ------------------Citations (FSSP) ----------------------------------- # L. Holm and C. Sander (1996) Mapping the protein universe. Science 273:595-602. # #SCOP domains found in each protein chain taken from SCOP: # ------------------Citations (SCOP) ----------------------------------- #Murzin A. G., Brenner S. E., Hubbard T., Chothia C. (1995). #SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures. #J. Mol. Biol. 247, 536-540. Sequence_ID Length Target_Evalue FSSP-rep SCOP_domain SCOP_suid 5S 5N 12S 6S 12S 10N 1zorA 399 4.41e-01 2eql 129 7.03e-01 3lzt d.2.1.2 36585 1ffyA 917 7.19e-01 1qu2A a.27.1.1,b.51.1.1,c.26.1.1 16926,26891,31593 1inuA 130 1.54e+00 3lzt d.2.1.2 36485 2b86A 67 1.98e+00 1v9lA 421 2.61e+00 2c3vA 102 2.89e+00 1lomA 101 3.05e+00 b.89.1.1 74152 2cwiA 129 4.30e+00 1qqyA 130 4.32e+00 3lzt d.2.1.2 36586 1el1A 130 4.33e+00 3lzt d.2.1.2 59451 3ezmA 101 4.97e+00 3ezmA b.89.1.1 28395 1yaxA 153 5.33e+00 2f4qA 346 5.39e+00 1qswA 130 5.86e+00 d.2.1.2 63330 1ndh 272 6.34e+00 1ndh b.43.4.2,c.25.1.1 25662,31552 1i7pA 274 7.74e+00 b.43.4.2,c.25.1.1 66048,66049 1ip3A 130 7.76e+00 d.2.1.2 66248 1gfrA 130 7.91e+00 3lzt d.2.1.2 36511 1gfkA 130 8.07e+00 3lzt d.2.1.2 36484 1b7s 130 8.08e+00 3lzt d.2.1.2 36571 1gb5A 130 8.11e+00 3lzt d.2.1.2 36542 1ge2A 130 8.13e+00 3lzt d.2.1.2 36547 1qx4A 274 8.79e+00 b.43.4.2,c.25.1.1 104624,104625 1lz6 138 8.87e+00 3lzt d.2.1.2 36442 1gfhA 130 8.90e+00 3lzt d.2.1.2 36482 2bqm 130 8.94e+00 3lzt d.2.1.2 36488 1gfjA 130 8.98e+00 3lzt d.2.1.2 36483 1b7pA 130 9.10e+00 3lzt d.2.1.2 36551 1lz5 134 9.27e+00 3lzt d.2.1.2 36422 1ouh 130 9.67e+00 3lzt d.2.1.2 36509 1e5uI 187 1.04e+01 1f00I b.1.14.1,d.169.1.3 22372,42441 1bb3A 130 1.07e+01 3lzt d.2.1.2 36544 1gb9A 130 1.07e+01 3lzt d.2.1.2 36494 2lhm 130 1.09e+01 3lzt d.2.1.2 36517 1gb8A 130 1.14e+01 3lzt d.2.1.2 36435 1a8h 500 1.23e+01 1a8h a.27.1.1,c.26.1.1 16922,31589 1woyA 500 1.23e+01 1b7mA 130 1.26e+01 3lzt d.2.1.2 36569 1i20A 130 1.31e+01 3lzt d.2.1.2 36548 1e2yA 188 1.31e+01 1qq2A c.47.1.10 59173 1ebdA 455 1.35e+01 1lvl c.3.1.5,c.3.1.5,d.87.1.1 30577,30578,40210 1gb7A 130 1.36e+01 3lzt d.2.1.2 36429 1ivmA 130 1.36e+01 d.2.1.2 71442 1s6xA 34 1.37e+01 134l 130 1.39e+01 3lzt d.2.1.2 36505 1lmt 136 1.39e+01 3lzt d.2.1.2 36416 2bqn 130 1.39e+01 3lzt d.2.1.2 36450 1oui 130 1.46e+01 3lzt d.2.1.2 36510 1umkA 275 1.51e+01 1i22A 130 1.54e+01 3lzt d.2.1.2 36559 1lktA 104 1.64e+01 1lktA b.90.1.1 28398 1gf4A 130 1.71e+01 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