# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.0135 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.058 0.078 0.111 0.143 0.146 0.129 0.088 0.066 0.041 0.026 0.012 0.007 0.003 2 K 0.088 0.062 0.086 0.120 0.154 0.138 0.134 0.087 0.060 0.035 0.018 0.010 0.005 0.004 3 F 0.061 0.026 0.034 0.051 0.086 0.121 0.114 0.113 0.118 0.105 0.075 0.050 0.034 0.013 4 L 0.058 0.026 0.034 0.069 0.094 0.117 0.136 0.111 0.108 0.089 0.065 0.054 0.027 0.013 5 T 0.041 0.027 0.034 0.074 0.091 0.117 0.131 0.097 0.120 0.100 0.087 0.051 0.018 0.011 6 T 0.047 0.039 0.046 0.077 0.097 0.119 0.133 0.133 0.124 0.071 0.061 0.033 0.014 0.007 7 N 0.057 0.050 0.061 0.092 0.105 0.121 0.125 0.133 0.102 0.072 0.045 0.020 0.011 0.006 8 F 0.028 0.025 0.035 0.065 0.123 0.127 0.137 0.152 0.132 0.096 0.041 0.023 0.010 0.006 9 L 0.039 0.023 0.038 0.057 0.088 0.139 0.145 0.129 0.114 0.099 0.061 0.037 0.023 0.008 10 K 0.098 0.088 0.112 0.156 0.177 0.111 0.096 0.056 0.051 0.027 0.014 0.008 0.003 0.003 11 C 0.046 0.033 0.047 0.087 0.113 0.148 0.136 0.130 0.098 0.079 0.048 0.021 0.010 0.003 12 S 0.078 0.076 0.085 0.147 0.166 0.136 0.113 0.080 0.065 0.030 0.014 0.006 0.002 0.001 13 V 0.072 0.072 0.093 0.132 0.149 0.124 0.107 0.100 0.068 0.049 0.021 0.009 0.003 0.001 14 K 0.262 0.133 0.129 0.116 0.107 0.091 0.058 0.046 0.029 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 15 A 0.114 0.093 0.110 0.154 0.182 0.116 0.084 0.058 0.044 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 16 C 0.059 0.037 0.057 0.097 0.143 0.176 0.144 0.123 0.075 0.053 0.021 0.010 0.005 0.001 17 D 0.257 0.182 0.165 0.155 0.109 0.058 0.034 0.018 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 18 T 0.193 0.104 0.121 0.158 0.143 0.109 0.071 0.039 0.031 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 19 S 0.176 0.133 0.113 0.158 0.145 0.118 0.069 0.037 0.028 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 20 N 0.257 0.205 0.174 0.131 0.088 0.057 0.040 0.024 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 21 D 0.259 0.182 0.166 0.126 0.101 0.069 0.043 0.021 0.014 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 22 N 0.130 0.124 0.129 0.120 0.135 0.115 0.094 0.060 0.045 0.020 0.018 0.006 0.003 0.001 23 F 0.025 0.026 0.038 0.074 0.113 0.125 0.135 0.168 0.106 0.088 0.060 0.023 0.012 0.006 24 P 0.020 0.024 0.032 0.054 0.092 0.109 0.134 0.157 0.126 0.093 0.073 0.050 0.022 0.013 25 L 0.018 0.008 0.012 0.021 0.029 0.058 0.075 0.110 0.127 0.179 0.153 0.115 0.072 0.026 26 Q 0.031 0.032 0.051 0.088 0.124 0.097 0.133 0.122 0.119 0.079 0.055 0.040 0.015 0.014 27 Y 0.016 0.008 0.012 0.023 0.037 0.084 0.086 0.119 0.130 0.182 0.144 0.092 0.056 0.013 28 D 0.067 0.076 0.098 0.167 0.182 0.119 0.110 0.061 0.061 0.029 0.015 0.009 0.003 0.003 29 G 0.071 0.067 0.080 0.129 0.136 0.130 0.115 0.090 0.072 0.061 0.035 0.010 0.003 0.001 30 S 0.262 0.193 0.156 0.113 0.097 0.078 0.044 0.027 0.016 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 31 K 0.130 0.140 0.137 0.166 0.171 0.087 0.063 0.049 0.032 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 32 C 0.063 0.055 0.087 0.125 0.162 0.184 0.137 0.101 0.044 0.028 0.010 0.003 0.001 0.001 33 Q 0.329 0.210 0.159 0.115 0.091 0.044 0.024 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 34 L 0.135 0.087 0.119 0.167 0.175 0.115 0.088 0.061 0.028 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 35 V 0.108 0.079 0.101 0.167 0.195 0.158 0.089 0.053 0.030 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 36 Q 0.408 0.201 0.145 0.116 0.067 0.031 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 D 0.533 0.202 0.118 0.074 0.040 0.016 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.526 0.213 0.122 0.069 0.036 0.020 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 S 0.387 0.205 0.164 0.100 0.087 0.032 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.152 0.080 0.089 0.183 0.203 0.149 0.074 0.041 0.014 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 41 E 0.476 0.231 0.129 0.078 0.049 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 F 0.106 0.061 0.091 0.179 0.183 0.174 0.090 0.061 0.027 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 43 N 0.243 0.156 0.123 0.157 0.144 0.092 0.042 0.018 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 44 P 0.228 0.172 0.170 0.175 0.124 0.064 0.033 0.017 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 45 E 0.542 0.276 0.105 0.042 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 F 0.082 0.081 0.132 0.151 0.190 0.177 0.096 0.058 0.020 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 47 L 0.017 0.019 0.032 0.088 0.207 0.209 0.196 0.120 0.079 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 48 L 0.194 0.229 0.174 0.175 0.115 0.058 0.028 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 49 N 0.369 0.296 0.186 0.074 0.036 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 I 0.017 0.018 0.037 0.105 0.190 0.227 0.175 0.135 0.065 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 51 V 0.023 0.039 0.080 0.172 0.238 0.182 0.127 0.071 0.043 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 52 D 0.449 0.261 0.138 0.075 0.040 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.092 0.112 0.155 0.203 0.191 0.115 0.076 0.030 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 54 V 0.043 0.033 0.073 0.117 0.157 0.208 0.195 0.109 0.038 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 55 D 0.259 0.203 0.169 0.122 0.106 0.064 0.040 0.020 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 56 W 0.086 0.062 0.085 0.146 0.197 0.170 0.110 0.064 0.038 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 57 P 0.286 0.193 0.148 0.120 0.099 0.068 0.041 0.019 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 58 A 0.061 0.057 0.085 0.134 0.186 0.195 0.121 0.076 0.043 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 59 V 0.018 0.012 0.020 0.050 0.102 0.156 0.205 0.195 0.147 0.053 0.023 0.010 0.005 0.002 60 L 0.041 0.059 0.097 0.146 0.175 0.196 0.132 0.070 0.042 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 61 T 0.178 0.207 0.185 0.142 0.133 0.062 0.037 0.027 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 62 V 0.014 0.019 0.039 0.111 0.150 0.190 0.224 0.175 0.047 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 63 A 0.011 0.017 0.040 0.099 0.170 0.197 0.193 0.122 0.099 0.043 0.007 0.002 0.001 0.001 64 A 0.272 0.244 0.184 0.135 0.081 0.040 0.023 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.176 0.178 0.179 0.167 0.138 0.084 0.045 0.018 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 66 L 0.030 0.024 0.051 0.133 0.215 0.209 0.169 0.090 0.049 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 67 G 0.277 0.206 0.204 0.134 0.085 0.048 0.028 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 N 0.463 0.156 0.135 0.093 0.073 0.041 0.020 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 N 0.311 0.174 0.126 0.145 0.114 0.062 0.034 0.016 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 70 A 0.393 0.220 0.145 0.095 0.069 0.034 0.021 0.012 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 71 L 0.142 0.090 0.122 0.140 0.162 0.148 0.097 0.055 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 72 P 0.202 0.098 0.120 0.132 0.153 0.121 0.078 0.045 0.026 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 73 P 0.337 0.173 0.132 0.126 0.098 0.052 0.034 0.023 0.011 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 74 T 0.377 0.190 0.128 0.112 0.086 0.048 0.026 0.014 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 75 K 0.221 0.138 0.175 0.151 0.126 0.084 0.050 0.028 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 76 P 0.323 0.123 0.111 0.126 0.119 0.092 0.052 0.028 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 77 S 0.330 0.196 0.156 0.133 0.094 0.043 0.023 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 78 F 0.234 0.129 0.126 0.153 0.136 0.107 0.057 0.029 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 79 P 0.383 0.215 0.164 0.104 0.071 0.032 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 80 S 0.582 0.176 0.107 0.065 0.034 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 S 0.383 0.215 0.142 0.113 0.080 0.036 0.016 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 I 0.086 0.068 0.093 0.148 0.173 0.167 0.116 0.085 0.039 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 83 Q 0.446 0.248 0.122 0.087 0.048 0.026 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.551 0.208 0.142 0.051 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.096 0.066 0.093 0.192 0.240 0.166 0.078 0.035 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 86 T 0.284 0.220 0.177 0.149 0.087 0.045 0.022 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 D 0.781 0.151 0.044 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 D 0.502 0.261 0.148 0.055 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 D 0.269 0.148 0.148 0.125 0.152 0.096 0.032 0.015 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 M 0.327 0.256 0.153 0.141 0.082 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.714 0.214 0.053 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 I 0.098 0.111 0.140 0.193 0.216 0.143 0.056 0.029 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.022 0.029 0.055 0.163 0.249 0.195 0.159 0.074 0.039 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 94 N 0.501 0.336 0.110 0.034 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 D 0.367 0.315 0.209 0.056 0.028 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.017 0.015 0.035 0.095 0.226 0.229 0.180 0.132 0.050 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 97 H 0.046 0.068 0.101 0.174 0.252 0.174 0.105 0.044 0.022 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 98 T 0.415 0.221 0.143 0.087 0.060 0.032 0.019 0.012 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 99 L 0.061 0.054 0.095 0.184 0.181 0.166 0.125 0.068 0.031 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 100 L 0.044 0.028 0.049 0.089 0.156 0.173 0.167 0.115 0.103 0.045 0.016 0.010 0.003 0.001 101 L 0.108 0.082 0.075 0.127 0.132 0.137 0.109 0.104 0.060 0.034 0.018 0.009 0.005 0.001 102 Q 0.158 0.131 0.128 0.137 0.134 0.108 0.079 0.042 0.035 0.019 0.015 0.008 0.003 0.002 103 T 0.066 0.043 0.074 0.109 0.148 0.155 0.124 0.068 0.082 0.064 0.038 0.016 0.007 0.004 104 S 0.084 0.073 0.100 0.146 0.180 0.139 0.102 0.059 0.054 0.030 0.017 0.008 0.004 0.003 105 I 0.041 0.022 0.029 0.052 0.079 0.111 0.126 0.148 0.133 0.105 0.069 0.046 0.030 0.009 106 A 0.047 0.039 0.055 0.103 0.111 0.120 0.138 0.127 0.093 0.072 0.048 0.027 0.013 0.006 107 E 0.042 0.040 0.054 0.080 0.121 0.119 0.127 0.111 0.099 0.082 0.062 0.039 0.015 0.010 108 G 0.047 0.024 0.034 0.057 0.077 0.105 0.114 0.122 0.125 0.116 0.087 0.050 0.029 0.013 109 E 0.046 0.048 0.068 0.113 0.152 0.114 0.117 0.110 0.097 0.067 0.032 0.020 0.008 0.007 110 M 0.032 0.012 0.017 0.030 0.045 0.088 0.095 0.147 0.145 0.168 0.100 0.070 0.043 0.010 111 K 0.050 0.064 0.085 0.165 0.176 0.126 0.124 0.081 0.064 0.032 0.017 0.011 0.004 0.003 112 C 0.040 0.032 0.042 0.079 0.106 0.148 0.141 0.128 0.108 0.091 0.055 0.019 0.007 0.003 113 R 0.178 0.144 0.148 0.145 0.132 0.101 0.063 0.039 0.025 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 114 N 0.190 0.134 0.132 0.137 0.146 0.090 0.060 0.044 0.035 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 115 C 0.085 0.062 0.078 0.138 0.170 0.158 0.113 0.077 0.055 0.041 0.016 0.006 0.002 0.001 116 G 0.341 0.218 0.160 0.099 0.061 0.044 0.034 0.019 0.012 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 117 H 0.175 0.115 0.124 0.134 0.140 0.100 0.075 0.052 0.036 0.024 0.017 0.005 0.002 0.001 118 I 0.081 0.087 0.101 0.126 0.151 0.129 0.117 0.097 0.055 0.027 0.018 0.007 0.003 0.001 119 Y 0.072 0.053 0.062 0.096 0.126 0.140 0.124 0.143 0.077 0.057 0.029 0.012 0.006 0.003 120 Y 0.094 0.084 0.103 0.134 0.158 0.112 0.102 0.095 0.060 0.030 0.014 0.008 0.003 0.002 121 I 0.065 0.034 0.052 0.086 0.122 0.173 0.121 0.100 0.086 0.085 0.040 0.023 0.011 0.003 122 K 0.223 0.160 0.172 0.163 0.126 0.066 0.040 0.018 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 123 N 0.257 0.141 0.134 0.150 0.114 0.080 0.051 0.030 0.021 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 124 G 0.298 0.223 0.145 0.116 0.090 0.054 0.033 0.020 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 125 I 0.088 0.102 0.108 0.136 0.169 0.134 0.099 0.082 0.041 0.023 0.013 0.004 0.002 0.001 126 P 0.078 0.061 0.086 0.122 0.165 0.150 0.139 0.083 0.052 0.034 0.019 0.008 0.003 0.002 127 N 0.103 0.080 0.116 0.126 0.151 0.135 0.099 0.070 0.049 0.030 0.025 0.009 0.004 0.003 128 L 0.082 0.036 0.046 0.078 0.119 0.127 0.110 0.111 0.094 0.082 0.049 0.039 0.019 0.008 129 L 0.056 0.044 0.050 0.120 0.133 0.128 0.143 0.128 0.089 0.053 0.029 0.017 0.007 0.002 130 L 0.074 0.063 0.075 0.144 0.142 0.163 0.118 0.070 0.069 0.039 0.028 0.011 0.004 0.001 131 P 0.327 0.170 0.151 0.126 0.091 0.058 0.035 0.015 0.014 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 132 P 0.418 0.217 0.151 0.095 0.060 0.027 0.014 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 133 H 0.401 0.200 0.141 0.098 0.075 0.043 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 134 L 0.257 0.147 0.146 0.143 0.148 0.073 0.040 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 135 V 0.241 0.111 0.123 0.139 0.145 0.101 0.063 0.040 0.019 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001