# TARGET T0373 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3196 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.247 0.134 0.134 0.138 0.129 0.086 0.058 0.033 0.019 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 2 P 0.281 0.154 0.138 0.142 0.121 0.071 0.043 0.023 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 3 T 0.282 0.155 0.124 0.147 0.122 0.076 0.047 0.023 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 4 N 0.420 0.206 0.131 0.108 0.065 0.034 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 Q 0.322 0.173 0.157 0.131 0.085 0.066 0.038 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 6 D 0.225 0.138 0.132 0.146 0.148 0.104 0.052 0.025 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 7 L 0.171 0.143 0.109 0.173 0.160 0.105 0.057 0.044 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 8 Q 0.209 0.206 0.144 0.143 0.117 0.085 0.045 0.025 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 9 L 0.018 0.018 0.038 0.078 0.139 0.184 0.186 0.181 0.094 0.041 0.013 0.006 0.004 0.002 10 A 0.025 0.035 0.074 0.114 0.184 0.222 0.155 0.096 0.056 0.025 0.008 0.005 0.002 0.001 11 A 0.269 0.225 0.143 0.115 0.112 0.059 0.029 0.022 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 12 H 0.038 0.083 0.119 0.207 0.181 0.141 0.123 0.073 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 13 L 0.007 0.007 0.028 0.052 0.110 0.227 0.260 0.168 0.096 0.034 0.008 0.002 0.001 0.001 14 R 0.119 0.180 0.200 0.187 0.156 0.088 0.037 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 S 0.309 0.299 0.150 0.112 0.075 0.031 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.015 0.024 0.050 0.144 0.177 0.207 0.192 0.134 0.041 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 17 V 0.022 0.043 0.100 0.163 0.203 0.209 0.139 0.068 0.035 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 18 T 0.492 0.273 0.115 0.062 0.029 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.147 0.183 0.196 0.190 0.134 0.081 0.043 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.020 0.018 0.047 0.098 0.183 0.214 0.212 0.119 0.062 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 21 T 0.133 0.167 0.207 0.184 0.154 0.087 0.041 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 R 0.629 0.200 0.078 0.051 0.021 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 R 0.187 0.175 0.177 0.191 0.126 0.078 0.042 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.034 0.033 0.070 0.115 0.210 0.209 0.168 0.095 0.045 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 25 R 0.252 0.237 0.190 0.159 0.093 0.038 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.705 0.176 0.075 0.027 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.146 0.154 0.149 0.218 0.174 0.091 0.041 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.086 0.075 0.104 0.150 0.212 0.165 0.112 0.063 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.501 0.239 0.117 0.082 0.032 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.603 0.183 0.126 0.046 0.017 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.266 0.156 0.157 0.165 0.141 0.064 0.031 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 32 P 0.423 0.187 0.152 0.090 0.060 0.047 0.026 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.087 0.070 0.064 0.133 0.231 0.158 0.096 0.087 0.039 0.022 0.007 0.003 0.003 0.001 34 Q 0.257 0.175 0.157 0.148 0.094 0.074 0.051 0.020 0.012 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 35 F 0.098 0.088 0.107 0.131 0.175 0.154 0.085 0.067 0.048 0.026 0.011 0.007 0.003 0.001 36 S 0.085 0.079 0.082 0.120 0.153 0.136 0.122 0.112 0.059 0.026 0.013 0.007 0.003 0.002 37 Q 0.048 0.068 0.083 0.138 0.191 0.164 0.092 0.084 0.068 0.039 0.014 0.007 0.003 0.002 38 L 0.055 0.055 0.063 0.101 0.133 0.143 0.131 0.117 0.090 0.059 0.026 0.016 0.008 0.004 39 V 0.039 0.039 0.074 0.114 0.150 0.173 0.155 0.104 0.069 0.039 0.020 0.014 0.006 0.005 40 V 0.010 0.006 0.016 0.028 0.059 0.110 0.182 0.188 0.169 0.107 0.067 0.032 0.018 0.008 41 L 0.022 0.025 0.041 0.049 0.110 0.160 0.166 0.150 0.113 0.066 0.040 0.032 0.019 0.006 42 G 0.081 0.103 0.084 0.129 0.174 0.107 0.077 0.090 0.067 0.047 0.019 0.011 0.006 0.003 43 A 0.014 0.025 0.051 0.136 0.157 0.168 0.199 0.154 0.047 0.029 0.010 0.007 0.002 0.003 44 I 0.017 0.013 0.041 0.046 0.101 0.190 0.220 0.174 0.117 0.051 0.019 0.008 0.003 0.001 45 D 0.137 0.174 0.155 0.216 0.158 0.083 0.038 0.024 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 46 R 0.284 0.199 0.126 0.143 0.111 0.073 0.031 0.013 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 47 L 0.203 0.156 0.107 0.210 0.153 0.080 0.047 0.022 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 48 G 0.487 0.219 0.185 0.062 0.017 0.016 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 G 0.480 0.178 0.144 0.085 0.056 0.033 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 D 0.314 0.198 0.179 0.117 0.091 0.055 0.031 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 51 V 0.262 0.124 0.106 0.127 0.146 0.106 0.061 0.037 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 52 T 0.179 0.153 0.143 0.160 0.140 0.098 0.070 0.031 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 53 P 0.034 0.023 0.040 0.064 0.138 0.190 0.171 0.133 0.111 0.055 0.024 0.010 0.005 0.002 54 S 0.227 0.223 0.183 0.147 0.104 0.054 0.031 0.014 0.007 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 55 E 0.323 0.225 0.187 0.115 0.066 0.043 0.020 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 56 L 0.028 0.035 0.049 0.139 0.189 0.208 0.156 0.128 0.046 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 57 A 0.067 0.097 0.137 0.188 0.184 0.145 0.094 0.049 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 58 A 0.580 0.250 0.097 0.043 0.014 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.205 0.197 0.215 0.167 0.101 0.065 0.033 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 60 E 0.263 0.132 0.179 0.140 0.114 0.089 0.053 0.016 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 61 R 0.408 0.208 0.155 0.095 0.069 0.039 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 M 0.135 0.082 0.070 0.139 0.183 0.149 0.105 0.075 0.034 0.017 0.005 0.003 0.002 0.001 63 R 0.286 0.183 0.160 0.141 0.103 0.061 0.033 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 64 S 0.223 0.138 0.162 0.132 0.128 0.094 0.056 0.029 0.020 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 65 S 0.256 0.144 0.106 0.126 0.135 0.095 0.060 0.039 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 66 N 0.105 0.137 0.147 0.163 0.162 0.138 0.075 0.036 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 67 L 0.017 0.013 0.027 0.055 0.129 0.186 0.205 0.167 0.123 0.050 0.017 0.006 0.003 0.001 68 A 0.064 0.103 0.147 0.168 0.185 0.163 0.088 0.045 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 69 A 0.316 0.309 0.171 0.096 0.058 0.026 0.010 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.008 0.021 0.046 0.149 0.163 0.215 0.215 0.140 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 71 L 0.006 0.014 0.038 0.098 0.179 0.248 0.200 0.106 0.075 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 72 R 0.375 0.353 0.174 0.061 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 E 0.147 0.248 0.281 0.169 0.085 0.044 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.016 0.019 0.045 0.122 0.236 0.237 0.173 0.109 0.033 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.129 0.203 0.187 0.229 0.146 0.060 0.029 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 R 0.646 0.205 0.080 0.037 0.013 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 G 0.110 0.150 0.171 0.235 0.175 0.092 0.036 0.009 0.009 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 78 G 0.222 0.099 0.129 0.139 0.096 0.124 0.100 0.031 0.028 0.009 0.014 0.004 0.002 0.001 79 L 0.029 0.038 0.039 0.093 0.160 0.177 0.124 0.145 0.087 0.048 0.031 0.015 0.012 0.004 80 I 0.017 0.019 0.019 0.041 0.058 0.097 0.139 0.192 0.157 0.100 0.071 0.055 0.029 0.007 81 V 0.033 0.053 0.063 0.096 0.127 0.121 0.105 0.122 0.107 0.083 0.039 0.034 0.011 0.005 82 R 0.055 0.062 0.075 0.097 0.128 0.122 0.116 0.115 0.092 0.063 0.041 0.022 0.008 0.004 83 H 0.111 0.105 0.132 0.153 0.159 0.124 0.077 0.055 0.036 0.024 0.011 0.006 0.002 0.002 84 A 0.221 0.143 0.146 0.161 0.129 0.084 0.052 0.027 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 85 D 0.327 0.179 0.142 0.152 0.106 0.048 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 86 P 0.490 0.200 0.126 0.098 0.042 0.023 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 Q 0.483 0.190 0.152 0.086 0.048 0.023 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 D 0.332 0.178 0.139 0.151 0.105 0.052 0.026 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 G 0.341 0.190 0.135 0.126 0.089 0.061 0.034 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 90 R 0.103 0.099 0.096 0.171 0.169 0.132 0.087 0.067 0.037 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 91 R 0.051 0.078 0.070 0.128 0.130 0.144 0.130 0.109 0.075 0.040 0.021 0.015 0.006 0.003 92 T 0.013 0.015 0.024 0.051 0.080 0.111 0.122 0.174 0.159 0.120 0.064 0.038 0.021 0.009 93 R 0.006 0.012 0.020 0.041 0.087 0.099 0.119 0.155 0.145 0.122 0.084 0.066 0.028 0.018 94 V 0.007 0.003 0.006 0.009 0.017 0.040 0.069 0.084 0.134 0.165 0.184 0.151 0.093 0.037 95 S 0.018 0.027 0.042 0.086 0.114 0.120 0.129 0.135 0.119 0.084 0.054 0.041 0.016 0.015 96 L 0.008 0.007 0.009 0.020 0.042 0.084 0.099 0.130 0.170 0.161 0.133 0.081 0.041 0.015 97 S 0.027 0.049 0.061 0.126 0.161 0.171 0.133 0.105 0.084 0.045 0.021 0.011 0.005 0.003 98 S 0.228 0.184 0.143 0.152 0.109 0.065 0.051 0.028 0.017 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 99 E 0.234 0.201 0.234 0.140 0.076 0.059 0.035 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 100 G 0.122 0.100 0.117 0.143 0.158 0.160 0.103 0.051 0.030 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 101 R 0.145 0.173 0.174 0.193 0.166 0.074 0.041 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 102 R 0.615 0.201 0.093 0.048 0.019 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 N 0.148 0.132 0.151 0.187 0.160 0.103 0.066 0.032 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 104 L 0.047 0.049 0.087 0.130 0.200 0.187 0.142 0.090 0.043 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 105 Y 0.397 0.209 0.120 0.113 0.084 0.040 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 G 0.499 0.221 0.134 0.082 0.030 0.018 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 N 0.101 0.070 0.110 0.157 0.208 0.168 0.103 0.046 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 108 R 0.216 0.173 0.209 0.161 0.133 0.056 0.033 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.740 0.148 0.058 0.033 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.372 0.223 0.150 0.131 0.068 0.035 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 R 0.142 0.098 0.121 0.177 0.204 0.130 0.074 0.030 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 112 E 0.474 0.230 0.130 0.091 0.042 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 E 0.625 0.204 0.103 0.042 0.013 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 W 0.067 0.065 0.108 0.169 0.233 0.165 0.106 0.061 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 115 L 0.054 0.065 0.097 0.156 0.240 0.165 0.108 0.067 0.030 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 116 V 0.377 0.224 0.128 0.114 0.068 0.045 0.023 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 117 R 0.341 0.221 0.170 0.121 0.066 0.043 0.022 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 A 0.040 0.039 0.072 0.126 0.201 0.197 0.137 0.115 0.046 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 119 M 0.072 0.074 0.105 0.155 0.206 0.160 0.112 0.063 0.031 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 120 H 0.314 0.224 0.169 0.126 0.073 0.043 0.027 0.010 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 121 A 0.424 0.211 0.166 0.095 0.045 0.033 0.017 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 C 0.248 0.162 0.147 0.151 0.126 0.090 0.044 0.018 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 123 L 0.081 0.084 0.084 0.182 0.234 0.147 0.099 0.055 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 124 D 0.529 0.238 0.124 0.063 0.023 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.616 0.195 0.114 0.049 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 S 0.671 0.180 0.100 0.030 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 E 0.255 0.167 0.135 0.156 0.166 0.082 0.024 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 R 0.181 0.148 0.130 0.209 0.164 0.084 0.052 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 129 A 0.661 0.181 0.086 0.038 0.015 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 L 0.087 0.105 0.127 0.221 0.226 0.106 0.064 0.040 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 131 L 0.019 0.019 0.041 0.074 0.168 0.217 0.200 0.153 0.071 0.026 0.006 0.003 0.001 0.001 132 A 0.294 0.213 0.172 0.132 0.095 0.054 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 A 0.371 0.255 0.162 0.107 0.050 0.029 0.017 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.025 0.027 0.054 0.120 0.203 0.244 0.166 0.090 0.050 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 135 G 0.077 0.131 0.213 0.198 0.170 0.106 0.063 0.027 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 136 P 0.569 0.260 0.097 0.042 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.031 0.063 0.105 0.192 0.222 0.176 0.126 0.059 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 138 L 0.010 0.015 0.047 0.089 0.170 0.215 0.234 0.124 0.065 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 139 T 0.359 0.308 0.172 0.082 0.041 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 R 0.246 0.277 0.194 0.139 0.075 0.039 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 L 0.011 0.016 0.039 0.114 0.193 0.228 0.200 0.137 0.045 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 142 A 0.064 0.097 0.176 0.194 0.216 0.127 0.074 0.034 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 143 Q 0.674 0.200 0.075 0.032 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 F 0.210 0.161 0.153 0.200 0.143 0.079 0.036 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 145 E 0.317 0.156 0.157 0.147 0.111 0.061 0.033 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.604 0.192 0.106 0.057 0.023 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 P 0.632 0.167 0.102 0.053 0.021 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001