# TARGET T0369 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 142 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.127 0.093 0.118 0.129 0.152 0.133 0.102 0.061 0.042 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 2 T 0.297 0.159 0.130 0.125 0.110 0.078 0.047 0.027 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 3 D 0.329 0.223 0.165 0.121 0.077 0.041 0.024 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 4 W 0.058 0.046 0.066 0.124 0.173 0.185 0.151 0.101 0.059 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 5 Q 0.097 0.143 0.172 0.190 0.173 0.105 0.063 0.032 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 6 Q 0.546 0.243 0.108 0.054 0.022 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 A 0.072 0.097 0.127 0.214 0.198 0.128 0.089 0.052 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 8 L 0.017 0.017 0.043 0.076 0.157 0.207 0.212 0.151 0.081 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 9 D 0.231 0.219 0.184 0.160 0.111 0.052 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.588 0.204 0.097 0.058 0.023 0.015 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 H 0.131 0.112 0.132 0.190 0.189 0.124 0.064 0.030 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 12 V 0.108 0.084 0.133 0.162 0.179 0.144 0.102 0.056 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 13 G 0.484 0.186 0.131 0.083 0.055 0.033 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.290 0.140 0.114 0.146 0.125 0.084 0.051 0.023 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 15 G 0.247 0.153 0.143 0.145 0.136 0.080 0.048 0.023 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 16 V 0.142 0.112 0.139 0.157 0.161 0.126 0.079 0.046 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 17 R 0.457 0.206 0.113 0.090 0.061 0.038 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 T 0.107 0.143 0.156 0.187 0.170 0.116 0.064 0.032 0.014 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 19 T 0.021 0.020 0.041 0.082 0.161 0.221 0.199 0.135 0.082 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 20 R 0.110 0.183 0.187 0.202 0.162 0.088 0.036 0.020 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 21 D 0.444 0.329 0.134 0.058 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.005 0.015 0.031 0.124 0.193 0.251 0.194 0.136 0.039 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 23 I 0.006 0.022 0.050 0.167 0.200 0.213 0.188 0.085 0.046 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 24 R 0.481 0.354 0.136 0.020 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.116 0.203 0.301 0.178 0.118 0.054 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.015 0.017 0.052 0.168 0.284 0.212 0.156 0.078 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Q 0.294 0.264 0.204 0.126 0.070 0.027 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 P 0.722 0.206 0.040 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.690 0.205 0.085 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 D 0.499 0.206 0.174 0.062 0.031 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 W 0.178 0.116 0.112 0.171 0.234 0.106 0.058 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.617 0.194 0.100 0.047 0.021 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 K 0.530 0.183 0.128 0.085 0.040 0.018 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.425 0.171 0.164 0.099 0.068 0.039 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 P 0.190 0.110 0.153 0.138 0.183 0.123 0.055 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 36 I 0.283 0.138 0.103 0.151 0.149 0.083 0.046 0.025 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 37 S 0.405 0.197 0.123 0.115 0.073 0.044 0.022 0.009 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 38 G 0.329 0.171 0.139 0.131 0.088 0.064 0.039 0.017 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 39 K 0.153 0.151 0.150 0.163 0.159 0.104 0.058 0.029 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 40 R 0.252 0.155 0.134 0.143 0.103 0.090 0.059 0.029 0.017 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 41 S 0.084 0.091 0.117 0.150 0.173 0.167 0.109 0.057 0.027 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 42 V 0.023 0.014 0.026 0.037 0.094 0.153 0.185 0.175 0.156 0.072 0.033 0.017 0.012 0.003 43 Y 0.046 0.072 0.088 0.149 0.198 0.180 0.108 0.075 0.044 0.022 0.008 0.006 0.003 0.001 44 E 0.098 0.154 0.150 0.148 0.178 0.092 0.056 0.046 0.038 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 45 V 0.012 0.018 0.049 0.099 0.118 0.167 0.226 0.219 0.051 0.022 0.009 0.006 0.002 0.002 46 A 0.013 0.016 0.040 0.051 0.100 0.166 0.208 0.198 0.118 0.056 0.018 0.010 0.004 0.001 47 V 0.044 0.076 0.073 0.100 0.163 0.126 0.115 0.149 0.081 0.045 0.011 0.009 0.005 0.002 48 H 0.036 0.039 0.067 0.102 0.138 0.165 0.144 0.104 0.081 0.063 0.030 0.016 0.008 0.006 49 L 0.021 0.014 0.030 0.061 0.120 0.144 0.155 0.122 0.146 0.104 0.042 0.025 0.009 0.008 50 A 0.061 0.029 0.044 0.050 0.082 0.130 0.163 0.139 0.111 0.062 0.062 0.035 0.022 0.009 51 V 0.065 0.061 0.067 0.114 0.154 0.138 0.112 0.103 0.075 0.051 0.027 0.016 0.010 0.006 52 L 0.040 0.031 0.042 0.072 0.101 0.150 0.174 0.134 0.102 0.069 0.044 0.025 0.009 0.006 53 L 0.058 0.043 0.073 0.101 0.153 0.159 0.138 0.112 0.078 0.045 0.024 0.010 0.005 0.003 54 E 0.104 0.103 0.102 0.138 0.166 0.126 0.087 0.072 0.045 0.031 0.013 0.007 0.003 0.002 55 A 0.104 0.044 0.062 0.074 0.116 0.151 0.126 0.107 0.084 0.068 0.030 0.020 0.010 0.005 56 D 0.061 0.050 0.065 0.143 0.177 0.133 0.122 0.095 0.078 0.045 0.017 0.009 0.003 0.002 57 L 0.047 0.037 0.052 0.075 0.095 0.146 0.157 0.130 0.100 0.066 0.056 0.025 0.012 0.004 58 R 0.196 0.153 0.130 0.134 0.110 0.101 0.065 0.047 0.030 0.014 0.011 0.005 0.003 0.001 59 I 0.067 0.064 0.072 0.132 0.154 0.133 0.128 0.110 0.062 0.042 0.019 0.009 0.004 0.002 60 A 0.052 0.037 0.063 0.078 0.137 0.175 0.158 0.140 0.083 0.045 0.017 0.009 0.004 0.001 61 T 0.221 0.159 0.164 0.160 0.123 0.073 0.046 0.025 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 62 G 0.353 0.158 0.132 0.123 0.095 0.059 0.038 0.016 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 63 A 0.323 0.172 0.129 0.139 0.106 0.062 0.036 0.016 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 64 T 0.352 0.184 0.159 0.123 0.074 0.051 0.033 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 65 A 0.197 0.110 0.136 0.140 0.156 0.112 0.076 0.040 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 66 D 0.446 0.186 0.123 0.098 0.063 0.039 0.023 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 67 E 0.341 0.171 0.132 0.122 0.097 0.058 0.036 0.019 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 68 M 0.135 0.094 0.092 0.138 0.172 0.125 0.099 0.076 0.035 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 69 A 0.176 0.117 0.132 0.145 0.144 0.111 0.075 0.046 0.025 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 70 Q 0.332 0.148 0.129 0.128 0.094 0.068 0.047 0.024 0.014 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 71 F 0.213 0.134 0.134 0.138 0.138 0.096 0.064 0.037 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 72 Y 0.172 0.114 0.107 0.145 0.158 0.112 0.077 0.059 0.027 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 73 A 0.309 0.170 0.146 0.134 0.101 0.061 0.039 0.019 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 74 V 0.198 0.121 0.136 0.153 0.148 0.103 0.068 0.034 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 75 P 0.279 0.164 0.149 0.133 0.119 0.074 0.043 0.021 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 76 V 0.444 0.205 0.129 0.107 0.058 0.030 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.190 0.140 0.121 0.178 0.155 0.112 0.058 0.023 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 78 P 0.086 0.096 0.119 0.198 0.207 0.142 0.082 0.035 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 79 E 0.672 0.209 0.075 0.030 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.368 0.303 0.189 0.093 0.026 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.020 0.024 0.042 0.107 0.215 0.285 0.174 0.084 0.041 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 82 V 0.063 0.148 0.183 0.264 0.214 0.069 0.038 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.830 0.135 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.052 0.119 0.200 0.219 0.231 0.118 0.045 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.012 0.018 0.052 0.118 0.225 0.208 0.238 0.092 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 86 D 0.523 0.291 0.126 0.038 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 Q 0.469 0.310 0.150 0.052 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 S 0.015 0.021 0.049 0.118 0.241 0.269 0.170 0.079 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 89 W 0.024 0.073 0.140 0.222 0.260 0.138 0.087 0.039 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.719 0.204 0.057 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 Y 0.060 0.110 0.189 0.228 0.214 0.108 0.058 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 Y 0.020 0.021 0.052 0.114 0.209 0.216 0.203 0.103 0.045 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 93 Q 0.283 0.249 0.194 0.129 0.081 0.038 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 D 0.673 0.187 0.081 0.036 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 R 0.239 0.142 0.180 0.165 0.141 0.080 0.034 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.196 0.133 0.164 0.170 0.162 0.095 0.053 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 M 0.470 0.207 0.113 0.100 0.061 0.028 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.689 0.181 0.069 0.040 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 D 0.446 0.212 0.170 0.089 0.044 0.026 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 F 0.095 0.069 0.104 0.154 0.240 0.161 0.099 0.052 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 101 S 0.396 0.201 0.158 0.107 0.071 0.037 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 T 0.566 0.171 0.091 0.078 0.038 0.027 0.015 0.005 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 103 E 0.178 0.146 0.137 0.170 0.155 0.091 0.059 0.028 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 104 T 0.053 0.044 0.067 0.096 0.147 0.171 0.141 0.142 0.068 0.036 0.018 0.008 0.005 0.002 105 T 0.232 0.152 0.134 0.134 0.115 0.090 0.061 0.034 0.021 0.012 0.007 0.006 0.002 0.001 106 Y 0.081 0.053 0.067 0.100 0.138 0.141 0.118 0.103 0.086 0.061 0.028 0.016 0.007 0.003 107 W 0.108 0.089 0.098 0.133 0.159 0.131 0.097 0.077 0.050 0.029 0.013 0.010 0.004 0.002 108 G 0.199 0.130 0.126 0.133 0.121 0.099 0.071 0.048 0.034 0.019 0.011 0.006 0.002 0.001 109 V 0.198 0.130 0.128 0.144 0.137 0.097 0.071 0.043 0.024 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 110 T 0.368 0.180 0.158 0.107 0.072 0.053 0.030 0.012 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 111 D 0.288 0.168 0.150 0.138 0.112 0.063 0.037 0.021 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 112 S 0.268 0.166 0.125 0.136 0.108 0.085 0.054 0.029 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 113 T 0.173 0.140 0.126 0.140 0.144 0.115 0.067 0.043 0.028 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 114 T 0.105 0.086 0.106 0.137 0.159 0.132 0.112 0.079 0.041 0.021 0.012 0.006 0.003 0.001 115 G 0.189 0.153 0.151 0.128 0.126 0.097 0.064 0.038 0.026 0.012 0.008 0.004 0.002 0.001 116 W 0.047 0.041 0.066 0.093 0.150 0.164 0.144 0.130 0.072 0.044 0.024 0.013 0.007 0.004 117 L 0.033 0.025 0.038 0.066 0.120 0.146 0.164 0.153 0.117 0.070 0.032 0.023 0.009 0.005 118 L 0.051 0.047 0.059 0.081 0.111 0.138 0.145 0.127 0.103 0.061 0.037 0.025 0.011 0.004 119 E 0.064 0.073 0.089 0.124 0.147 0.135 0.103 0.096 0.074 0.047 0.026 0.014 0.006 0.004 120 A 0.031 0.029 0.043 0.080 0.120 0.156 0.141 0.148 0.104 0.076 0.036 0.022 0.009 0.006 121 A 0.050 0.033 0.054 0.073 0.113 0.146 0.151 0.135 0.108 0.070 0.032 0.021 0.009 0.004 122 V 0.081 0.088 0.090 0.121 0.154 0.126 0.098 0.102 0.067 0.040 0.017 0.011 0.005 0.002 123 H 0.085 0.064 0.078 0.109 0.127 0.153 0.117 0.093 0.070 0.051 0.028 0.014 0.007 0.003 124 L 0.098 0.084 0.096 0.145 0.167 0.134 0.092 0.070 0.057 0.032 0.014 0.007 0.002 0.002 125 Y 0.108 0.072 0.082 0.108 0.134 0.137 0.114 0.098 0.068 0.039 0.022 0.010 0.005 0.002 126 H 0.127 0.116 0.120 0.139 0.140 0.127 0.088 0.067 0.038 0.019 0.009 0.006 0.002 0.001 127 H 0.108 0.075 0.092 0.116 0.137 0.139 0.113 0.090 0.060 0.037 0.018 0.009 0.004 0.002 128 R 0.111 0.099 0.113 0.136 0.166 0.137 0.088 0.066 0.043 0.022 0.011 0.006 0.002 0.001 129 S 0.214 0.133 0.115 0.121 0.115 0.097 0.073 0.052 0.036 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 130 Q 0.095 0.093 0.113 0.148 0.171 0.142 0.099 0.068 0.037 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 131 L 0.029 0.020 0.039 0.058 0.119 0.164 0.181 0.156 0.116 0.062 0.032 0.014 0.007 0.003 132 L 0.093 0.083 0.106 0.118 0.157 0.159 0.114 0.077 0.046 0.023 0.011 0.007 0.003 0.001 133 D 0.133 0.141 0.128 0.159 0.168 0.101 0.059 0.047 0.030 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 134 Y 0.019 0.021 0.038 0.101 0.128 0.185 0.205 0.162 0.080 0.036 0.013 0.006 0.002 0.002 135 L 0.045 0.049 0.085 0.102 0.147 0.186 0.155 0.111 0.067 0.030 0.014 0.006 0.003 0.001 136 N 0.298 0.259 0.167 0.119 0.071 0.038 0.023 0.012 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 137 L 0.075 0.083 0.113 0.169 0.181 0.159 0.104 0.063 0.030 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 138 L 0.059 0.048 0.094 0.126 0.182 0.169 0.150 0.092 0.046 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 139 G 0.312 0.188 0.173 0.120 0.087 0.056 0.033 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 140 Y 0.192 0.109 0.102 0.149 0.157 0.120 0.073 0.043 0.025 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 141 D 0.340 0.188 0.128 0.124 0.092 0.058 0.032 0.014 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 142 I 0.136 0.090 0.101 0.137 0.144 0.133 0.099 0.075 0.039 0.022 0.014 0.005 0.003 0.001 143 K 0.190 0.140 0.136 0.131 0.133 0.104 0.074 0.037 0.026 0.012 0.010 0.004 0.002 0.001 144 L 0.177 0.106 0.120 0.136 0.133 0.108 0.074 0.052 0.035 0.025 0.020 0.008 0.004 0.002 145 D 0.327 0.164 0.142 0.129 0.080 0.064 0.046 0.020 0.013 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 146 L 0.061 0.050 0.049 0.087 0.147 0.168 0.120 0.122 0.104 0.049 0.024 0.010 0.006 0.003 147 F 0.089 0.098 0.096 0.153 0.161 0.131 0.110 0.074 0.039 0.022 0.015 0.007 0.003 0.001 148 E 0.535 0.203 0.146 0.054 0.022 0.017 0.013 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001