# TARGET T0360 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.6402 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.374 0.165 0.129 0.131 0.094 0.050 0.031 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 2 T 0.492 0.188 0.124 0.096 0.052 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 Q 0.465 0.174 0.118 0.110 0.066 0.036 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.481 0.176 0.125 0.102 0.063 0.029 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 T 0.462 0.158 0.116 0.117 0.072 0.041 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.451 0.166 0.125 0.108 0.077 0.040 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.239 0.127 0.106 0.172 0.169 0.087 0.050 0.029 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 8 G 0.486 0.183 0.130 0.090 0.054 0.029 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 A 0.387 0.149 0.133 0.134 0.090 0.054 0.030 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 10 A 0.344 0.158 0.137 0.131 0.104 0.062 0.037 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.171 0.116 0.114 0.163 0.182 0.113 0.067 0.040 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 12 K 0.514 0.189 0.112 0.087 0.047 0.025 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.412 0.178 0.151 0.116 0.065 0.041 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.183 0.108 0.116 0.150 0.181 0.118 0.073 0.040 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 15 V 0.265 0.168 0.128 0.167 0.137 0.066 0.036 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.546 0.192 0.114 0.077 0.033 0.020 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.186 0.115 0.149 0.160 0.174 0.109 0.063 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 18 M 0.435 0.187 0.128 0.114 0.076 0.033 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 S 0.458 0.216 0.136 0.096 0.048 0.028 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.192 0.114 0.120 0.179 0.168 0.122 0.062 0.021 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 21 K 0.298 0.232 0.158 0.153 0.087 0.046 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.401 0.320 0.126 0.091 0.035 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.015 0.026 0.049 0.133 0.186 0.232 0.197 0.118 0.035 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 24 T 0.009 0.022 0.073 0.133 0.210 0.219 0.192 0.090 0.035 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 25 E 0.478 0.312 0.143 0.038 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 M 0.076 0.169 0.225 0.218 0.171 0.075 0.041 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 I 0.007 0.008 0.027 0.070 0.146 0.243 0.265 0.166 0.053 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 28 A 0.067 0.116 0.162 0.227 0.225 0.114 0.049 0.024 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.613 0.232 0.090 0.038 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 H 0.101 0.120 0.172 0.204 0.190 0.117 0.054 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 31 I 0.054 0.048 0.088 0.136 0.184 0.188 0.154 0.088 0.039 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 32 Y 0.177 0.142 0.112 0.152 0.167 0.115 0.061 0.040 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 33 G 0.423 0.205 0.124 0.108 0.053 0.038 0.027 0.009 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 34 K 0.154 0.115 0.152 0.149 0.159 0.117 0.074 0.033 0.026 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 35 Y 0.144 0.091 0.118 0.140 0.174 0.129 0.098 0.061 0.024 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 36 D 0.427 0.187 0.144 0.104 0.062 0.039 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.279 0.136 0.113 0.146 0.137 0.086 0.051 0.024 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 38 F 0.333 0.190 0.138 0.139 0.100 0.047 0.028 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 39 K 0.494 0.191 0.147 0.082 0.037 0.027 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.284 0.166 0.146 0.147 0.121 0.072 0.034 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 41 F 0.107 0.098 0.096 0.156 0.176 0.136 0.097 0.072 0.033 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 42 K 0.123 0.107 0.101 0.153 0.145 0.125 0.084 0.071 0.043 0.024 0.012 0.006 0.003 0.002 43 P 0.045 0.053 0.060 0.096 0.138 0.135 0.137 0.124 0.093 0.055 0.029 0.022 0.009 0.006 44 L 0.025 0.014 0.028 0.044 0.074 0.109 0.146 0.144 0.135 0.114 0.080 0.049 0.028 0.011 45 A 0.045 0.049 0.070 0.101 0.148 0.135 0.113 0.094 0.085 0.059 0.045 0.031 0.013 0.011 46 L 0.037 0.013 0.018 0.025 0.047 0.080 0.105 0.106 0.134 0.146 0.121 0.093 0.055 0.021 47 G 0.054 0.064 0.060 0.137 0.161 0.138 0.115 0.108 0.081 0.043 0.018 0.012 0.005 0.003 48 I 0.020 0.024 0.032 0.073 0.102 0.171 0.151 0.129 0.120 0.088 0.054 0.024 0.010 0.004 49 D 0.049 0.068 0.111 0.136 0.180 0.171 0.116 0.072 0.054 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 50 Q 0.212 0.197 0.168 0.141 0.112 0.072 0.041 0.027 0.013 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 51 D 0.177 0.212 0.197 0.176 0.107 0.072 0.032 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.015 0.021 0.033 0.093 0.161 0.225 0.181 0.150 0.084 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 53 I 0.039 0.087 0.113 0.231 0.221 0.134 0.089 0.049 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 54 A 0.646 0.237 0.092 0.018 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.127 0.187 0.230 0.191 0.133 0.080 0.036 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.028 0.033 0.064 0.144 0.252 0.203 0.155 0.081 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 57 P 0.331 0.245 0.193 0.125 0.061 0.027 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.760 0.154 0.057 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 Y 0.141 0.143 0.157 0.228 0.192 0.082 0.039 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.448 0.192 0.168 0.081 0.047 0.035 0.022 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.314 0.219 0.165 0.146 0.088 0.043 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.527 0.213 0.108 0.073 0.033 0.026 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.053 0.097 0.145 0.169 0.255 0.149 0.068 0.042 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 64 I 0.010 0.008 0.019 0.048 0.105 0.191 0.240 0.238 0.096 0.034 0.007 0.003 0.002 0.001 65 A 0.066 0.133 0.153 0.181 0.228 0.135 0.046 0.030 0.017 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 66 R 0.145 0.194 0.148 0.177 0.155 0.069 0.038 0.033 0.024 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 67 V 0.008 0.016 0.048 0.109 0.134 0.195 0.247 0.191 0.033 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 68 L 0.010 0.011 0.040 0.044 0.098 0.210 0.241 0.165 0.117 0.043 0.014 0.005 0.002 0.001 69 A 0.129 0.217 0.164 0.160 0.171 0.075 0.036 0.027 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 70 N 0.111 0.142 0.154 0.175 0.178 0.112 0.057 0.029 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 71 H 0.024 0.026 0.057 0.141 0.179 0.181 0.176 0.139 0.049 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 72 C 0.063 0.067 0.092 0.117 0.144 0.187 0.153 0.092 0.051 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 73 R 0.157 0.187 0.145 0.162 0.142 0.089 0.052 0.035 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 74 R 0.169 0.140 0.154 0.150 0.124 0.113 0.071 0.027 0.025 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 75 P 0.090 0.097 0.107 0.165 0.197 0.147 0.077 0.046 0.039 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 76 R 0.106 0.084 0.099 0.151 0.140 0.142 0.109 0.076 0.044 0.022 0.015 0.005 0.004 0.002 77 Y 0.030 0.027 0.044 0.087 0.146 0.157 0.166 0.136 0.093 0.057 0.026 0.017 0.008 0.005 78 L 0.026 0.014 0.028 0.026 0.054 0.104 0.176 0.149 0.144 0.092 0.094 0.053 0.034 0.007 79 K 0.088 0.118 0.106 0.156 0.167 0.113 0.074 0.068 0.048 0.028 0.016 0.010 0.005 0.003 80 A 0.034 0.038 0.052 0.095 0.123 0.144 0.147 0.140 0.092 0.067 0.035 0.021 0.008 0.005 81 L 0.017 0.020 0.035 0.072 0.131 0.171 0.164 0.197 0.108 0.055 0.015 0.009 0.004 0.002 82 A 0.073 0.101 0.122 0.172 0.172 0.122 0.088 0.067 0.041 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 83 R 0.175 0.135 0.152 0.144 0.133 0.106 0.065 0.038 0.025 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 84 G 0.173 0.129 0.130 0.159 0.143 0.112 0.063 0.033 0.029 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 85 G 0.080 0.085 0.090 0.161 0.165 0.138 0.098 0.077 0.053 0.032 0.012 0.005 0.002 0.001 86 K 0.140 0.103 0.090 0.137 0.132 0.115 0.094 0.081 0.049 0.028 0.018 0.007 0.004 0.002 87 R 0.066 0.085 0.106 0.124 0.133 0.126 0.110 0.085 0.063 0.041 0.033 0.016 0.007 0.004 88 F 0.068 0.031 0.042 0.063 0.091 0.131 0.134 0.131 0.108 0.089 0.053 0.032 0.020 0.008 89 D 0.106 0.098 0.104 0.142 0.165 0.104 0.084 0.073 0.051 0.034 0.017 0.013 0.005 0.004 90 L 0.042 0.023 0.027 0.047 0.083 0.125 0.129 0.148 0.136 0.117 0.065 0.033 0.020 0.006 91 N 0.179 0.153 0.153 0.164 0.135 0.084 0.054 0.030 0.021 0.012 0.008 0.005 0.002 0.001 92 N 0.329 0.145 0.126 0.124 0.087 0.067 0.053 0.025 0.019 0.011 0.010 0.003 0.001 0.001 93 R 0.234 0.172 0.152 0.142 0.119 0.080 0.050 0.026 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 94 F 0.188 0.140 0.130 0.152 0.130 0.102 0.074 0.042 0.021 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 95 K 0.142 0.139 0.176 0.161 0.154 0.102 0.065 0.031 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 96 G 0.447 0.170 0.109 0.093 0.072 0.052 0.030 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 97 E 0.346 0.206 0.157 0.133 0.082 0.039 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 V 0.096 0.062 0.083 0.150 0.199 0.168 0.122 0.068 0.032 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 99 T 0.293 0.189 0.181 0.141 0.112 0.045 0.025 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 P 0.693 0.170 0.074 0.042 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.645 0.206 0.093 0.035 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.170 0.140 0.119 0.192 0.208 0.102 0.037 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 103 Q 0.150 0.155 0.130 0.220 0.174 0.093 0.048 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.664 0.180 0.091 0.037 0.013 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 I 0.115 0.117 0.148 0.241 0.206 0.088 0.047 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 106 A 0.039 0.034 0.058 0.125 0.213 0.212 0.160 0.096 0.043 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 107 Q 0.371 0.257 0.165 0.106 0.058 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 N 0.627 0.191 0.092 0.053 0.017 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 H 0.168 0.128 0.168 0.190 0.169 0.105 0.049 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 P 0.211 0.135 0.211 0.147 0.154 0.079 0.041 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 111 F 0.644 0.168 0.079 0.061 0.030 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.539 0.199 0.090 0.102 0.040 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.303 0.178 0.126 0.177 0.126 0.056 0.022 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 Q 0.549 0.221 0.111 0.079 0.024 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.764 0.143 0.067 0.018 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.373 0.194 0.149 0.148 0.090 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 Q 0.448 0.191 0.123 0.120 0.069 0.030 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 Q 0.692 0.187 0.069 0.034 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 Q 0.677 0.177 0.087 0.042 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 S 0.648 0.179 0.102 0.044 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.560 0.210 0.107 0.075 0.031 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 Q 0.722 0.166 0.067 0.030 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 A 0.634 0.181 0.112 0.047 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.598 0.173 0.112 0.064 0.031 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.527 0.185 0.117 0.089 0.052 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.662 0.172 0.085 0.049 0.017 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 T 0.527 0.178 0.128 0.083 0.048 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 L 0.299 0.144 0.139 0.169 0.135 0.064 0.034 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 S 0.475 0.162 0.129 0.096 0.073 0.040 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 V 0.374 0.149 0.113 0.162 0.114 0.047 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 131 E 0.554 0.178 0.103 0.085 0.042 0.022 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 A 0.355 0.168 0.134 0.147 0.105 0.052 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.572 0.166 0.107 0.082 0.038 0.020 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.533 0.161 0.133 0.083 0.047 0.027 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 A 0.352 0.140 0.110 0.147 0.134 0.061 0.034 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 136 E 0.425 0.200 0.138 0.114 0.066 0.030 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 S 0.618 0.163 0.097 0.062 0.028 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 S 0.351 0.176 0.160 0.132 0.093 0.049 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 A 0.163 0.089 0.099 0.141 0.195 0.143 0.087 0.048 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 140 A 0.394 0.196 0.142 0.118 0.077 0.037 0.020 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.550 0.172 0.122 0.072 0.036 0.024 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001