# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.177 0.090 0.094 0.122 0.128 0.122 0.091 0.067 0.043 0.033 0.018 0.008 0.005 0.002 2 N 0.266 0.161 0.140 0.131 0.109 0.072 0.049 0.027 0.020 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 3 I 0.095 0.063 0.067 0.107 0.143 0.138 0.117 0.109 0.068 0.050 0.025 0.011 0.006 0.002 4 E 0.268 0.171 0.137 0.131 0.098 0.073 0.051 0.030 0.018 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 5 R 0.139 0.100 0.112 0.133 0.137 0.117 0.089 0.065 0.047 0.029 0.018 0.008 0.004 0.002 6 L 0.091 0.077 0.090 0.120 0.160 0.139 0.114 0.094 0.054 0.034 0.015 0.008 0.004 0.002 7 T 0.246 0.149 0.126 0.131 0.108 0.087 0.058 0.040 0.024 0.015 0.009 0.005 0.002 0.001 8 T 0.153 0.117 0.120 0.145 0.142 0.109 0.085 0.056 0.035 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 9 L 0.073 0.058 0.077 0.114 0.160 0.158 0.132 0.096 0.064 0.037 0.017 0.008 0.004 0.002 10 Q 0.264 0.186 0.173 0.136 0.098 0.059 0.040 0.020 0.011 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 11 P 0.367 0.185 0.139 0.118 0.072 0.051 0.034 0.015 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 12 V 0.131 0.111 0.113 0.155 0.168 0.133 0.090 0.051 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 13 W 0.107 0.106 0.133 0.173 0.190 0.116 0.081 0.052 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 14 D 0.542 0.192 0.111 0.075 0.035 0.023 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.362 0.180 0.150 0.124 0.089 0.051 0.025 0.009 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 16 Y 0.202 0.116 0.120 0.171 0.168 0.096 0.065 0.034 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 17 D 0.416 0.191 0.152 0.107 0.063 0.038 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 T 0.466 0.164 0.100 0.110 0.071 0.042 0.025 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.331 0.190 0.150 0.131 0.087 0.053 0.033 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 20 I 0.115 0.077 0.099 0.140 0.184 0.150 0.104 0.073 0.031 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 21 H 0.217 0.136 0.139 0.153 0.154 0.085 0.055 0.033 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 22 N 0.304 0.145 0.116 0.140 0.117 0.077 0.046 0.025 0.014 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 23 Q 0.315 0.164 0.129 0.143 0.119 0.060 0.035 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 24 K 0.328 0.156 0.140 0.151 0.107 0.058 0.033 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 25 D 0.523 0.166 0.115 0.094 0.053 0.027 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 N 0.441 0.171 0.117 0.130 0.077 0.035 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 D 0.543 0.195 0.111 0.081 0.037 0.018 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 N 0.472 0.187 0.122 0.107 0.056 0.032 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.565 0.179 0.111 0.071 0.040 0.020 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 V 0.275 0.135 0.141 0.161 0.145 0.077 0.039 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 31 P 0.481 0.162 0.119 0.097 0.071 0.037 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.362 0.170 0.136 0.150 0.101 0.042 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 H 0.490 0.176 0.105 0.102 0.053 0.040 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 Q 0.402 0.191 0.132 0.110 0.089 0.044 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 V 0.207 0.117 0.115 0.196 0.159 0.093 0.064 0.032 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 36 S 0.412 0.183 0.160 0.103 0.068 0.045 0.020 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.166 0.139 0.178 0.191 0.160 0.086 0.048 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 38 T 0.770 0.153 0.045 0.020 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.256 0.300 0.192 0.150 0.060 0.030 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.018 0.019 0.029 0.114 0.223 0.269 0.188 0.082 0.046 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 41 A 0.256 0.328 0.259 0.105 0.035 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.766 0.179 0.050 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.011 0.035 0.066 0.172 0.311 0.265 0.096 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 V 0.009 0.035 0.057 0.214 0.324 0.155 0.131 0.050 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 45 G 0.766 0.196 0.033 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.220 0.317 0.359 0.072 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 M 0.006 0.007 0.031 0.075 0.238 0.282 0.234 0.095 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 48 N 0.175 0.277 0.236 0.147 0.111 0.035 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.776 0.170 0.040 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.041 0.070 0.135 0.207 0.260 0.164 0.082 0.027 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.037 0.044 0.113 0.143 0.256 0.169 0.138 0.068 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 52 E 0.579 0.235 0.101 0.048 0.019 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 P 0.269 0.180 0.173 0.147 0.105 0.065 0.039 0.010 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 54 S 0.116 0.089 0.130 0.175 0.209 0.131 0.079 0.037 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.237 0.196 0.162 0.144 0.107 0.078 0.041 0.017 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 56 V 0.170 0.093 0.085 0.145 0.142 0.122 0.095 0.061 0.040 0.023 0.014 0.005 0.004 0.002 57 H 0.084 0.094 0.104 0.146 0.165 0.131 0.096 0.062 0.051 0.028 0.019 0.011 0.004 0.003 58 L 0.026 0.012 0.020 0.039 0.065 0.109 0.134 0.157 0.144 0.125 0.076 0.049 0.033 0.010 59 K 0.031 0.047 0.064 0.113 0.173 0.144 0.121 0.107 0.084 0.053 0.027 0.022 0.008 0.007 60 F 0.044 0.021 0.022 0.034 0.065 0.103 0.104 0.135 0.126 0.129 0.116 0.059 0.033 0.009 61 E 0.159 0.166 0.161 0.196 0.120 0.079 0.054 0.027 0.018 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 62 L 0.028 0.032 0.047 0.107 0.166 0.225 0.134 0.096 0.092 0.043 0.020 0.006 0.003 0.002 63 H 0.136 0.180 0.154 0.218 0.178 0.068 0.033 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 64 D 0.582 0.254 0.104 0.044 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.309 0.298 0.204 0.100 0.044 0.032 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.105 0.162 0.141 0.211 0.185 0.099 0.060 0.023 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 67 N 0.289 0.253 0.192 0.116 0.056 0.049 0.031 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 68 E 0.090 0.106 0.136 0.157 0.155 0.154 0.104 0.031 0.032 0.013 0.011 0.004 0.003 0.003 69 Y 0.006 0.006 0.016 0.031 0.093 0.120 0.150 0.170 0.146 0.097 0.075 0.047 0.029 0.014 70 Y 0.004 0.006 0.008 0.026 0.051 0.071 0.085 0.107 0.154 0.165 0.110 0.131 0.050 0.034 71 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.015 0.048 0.069 0.137 0.166 0.211 0.220 0.085 0.035 72 K 0.001 0.002 0.005 0.010 0.021 0.047 0.069 0.173 0.182 0.155 0.150 0.100 0.060 0.024 73 V 0.001 0.002 0.003 0.005 0.014 0.032 0.046 0.097 0.129 0.198 0.174 0.167 0.094 0.040 74 I 0.007 0.013 0.025 0.054 0.107 0.123 0.133 0.155 0.158 0.121 0.046 0.035 0.012 0.010 75 E 0.030 0.065 0.093 0.160 0.187 0.143 0.102 0.074 0.065 0.039 0.024 0.011 0.003 0.004 76 D 0.180 0.203 0.169 0.163 0.102 0.082 0.050 0.024 0.015 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 77 S 0.197 0.283 0.184 0.161 0.078 0.050 0.029 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 78 T 0.213 0.172 0.179 0.154 0.102 0.097 0.051 0.014 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 79 N 0.229 0.238 0.201 0.153 0.094 0.051 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.527 0.228 0.114 0.069 0.029 0.020 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.043 0.062 0.084 0.187 0.215 0.168 0.115 0.087 0.025 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 82 I 0.026 0.030 0.044 0.083 0.170 0.198 0.171 0.130 0.099 0.031 0.010 0.005 0.002 0.001 83 R 0.260 0.270 0.168 0.156 0.076 0.039 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.553 0.220 0.144 0.045 0.017 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 I 0.153 0.125 0.168 0.213 0.167 0.102 0.049 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 P 0.267 0.184 0.220 0.134 0.089 0.065 0.032 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 P 0.288 0.198 0.139 0.155 0.117 0.060 0.028 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.653 0.245 0.069 0.025 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 R 0.237 0.312 0.242 0.123 0.046 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 W 0.008 0.012 0.021 0.087 0.218 0.311 0.181 0.103 0.050 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.052 0.127 0.134 0.257 0.220 0.109 0.061 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 92 D 0.568 0.316 0.103 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 F 0.004 0.014 0.063 0.129 0.259 0.261 0.162 0.081 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.006 0.018 0.051 0.172 0.284 0.215 0.157 0.067 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.576 0.306 0.090 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.078 0.190 0.221 0.256 0.138 0.067 0.037 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 M 0.008 0.010 0.035 0.100 0.211 0.264 0.217 0.097 0.045 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 98 T 0.228 0.272 0.256 0.129 0.064 0.031 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.543 0.260 0.115 0.046 0.017 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 F 0.029 0.040 0.086 0.140 0.251 0.193 0.127 0.087 0.028 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 101 L 0.041 0.044 0.078 0.135 0.215 0.176 0.132 0.090 0.051 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 102 G 0.123 0.084 0.079 0.113 0.155 0.136 0.108 0.082 0.058 0.030 0.015 0.009 0.005 0.003 103 L 0.074 0.053 0.076 0.102 0.148 0.159 0.119 0.084 0.072 0.046 0.034 0.019 0.009 0.005 104 F 0.085 0.042 0.056 0.104 0.142 0.142 0.121 0.094 0.091 0.054 0.033 0.024 0.007 0.005 105 V 0.052 0.051 0.053 0.127 0.146 0.174 0.142 0.092 0.084 0.038 0.025 0.011 0.004 0.002 106 D 0.176 0.189 0.121 0.163 0.124 0.093 0.060 0.028 0.021 0.008 0.013 0.003 0.001 0.001 107 E 0.581 0.232 0.108 0.051 0.013 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 K 0.501 0.215 0.173 0.066 0.020 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.222 0.144 0.156 0.158 0.170 0.099 0.034 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.469 0.212 0.106 0.122 0.061 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 E 0.824 0.121 0.041 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 H 0.367 0.173 0.178 0.126 0.093 0.041 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 H 0.427 0.164 0.129 0.116 0.091 0.039 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 H 0.657 0.171 0.090 0.042 0.020 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 H 0.362 0.148 0.143 0.129 0.095 0.059 0.039 0.013 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 116 H 0.189 0.114 0.136 0.136 0.174 0.112 0.066 0.038 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 117 H 0.204 0.118 0.105 0.134 0.148 0.115 0.072 0.048 0.026 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001