# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2112 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.093 0.099 0.142 0.155 0.130 0.097 0.066 0.039 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 2 S 0.286 0.182 0.163 0.137 0.100 0.058 0.037 0.016 0.010 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 3 D 0.484 0.190 0.115 0.099 0.051 0.029 0.018 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 4 D 0.434 0.209 0.145 0.097 0.053 0.033 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.161 0.103 0.116 0.157 0.187 0.124 0.077 0.044 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 6 T 0.372 0.175 0.165 0.118 0.081 0.046 0.026 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 D 0.580 0.160 0.097 0.072 0.043 0.024 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 A 0.350 0.201 0.144 0.133 0.084 0.041 0.026 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 9 Q 0.340 0.164 0.129 0.123 0.091 0.071 0.043 0.020 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 10 T 0.163 0.136 0.157 0.145 0.153 0.114 0.068 0.034 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 11 A 0.187 0.084 0.088 0.126 0.170 0.136 0.089 0.063 0.028 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 12 A 0.335 0.211 0.166 0.132 0.074 0.041 0.022 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.106 0.075 0.084 0.139 0.177 0.175 0.106 0.057 0.047 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 14 P 0.425 0.240 0.131 0.104 0.056 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.576 0.213 0.135 0.047 0.012 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.110 0.082 0.105 0.148 0.210 0.172 0.096 0.042 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 17 F 0.133 0.156 0.171 0.193 0.169 0.083 0.054 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 18 S 0.692 0.189 0.068 0.029 0.009 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.145 0.134 0.174 0.170 0.160 0.104 0.067 0.025 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 20 L 0.065 0.050 0.095 0.116 0.207 0.174 0.143 0.091 0.034 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 21 N 0.444 0.196 0.157 0.084 0.057 0.033 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 W 0.247 0.125 0.110 0.147 0.130 0.095 0.064 0.034 0.023 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 23 S 0.162 0.118 0.116 0.143 0.166 0.113 0.071 0.048 0.034 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 24 R 0.150 0.122 0.128 0.149 0.132 0.110 0.076 0.062 0.032 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 25 G 0.183 0.100 0.097 0.114 0.123 0.129 0.095 0.066 0.044 0.024 0.014 0.008 0.003 0.002 26 F 0.056 0.049 0.065 0.101 0.152 0.147 0.120 0.107 0.089 0.057 0.030 0.016 0.008 0.004 27 G 0.103 0.082 0.091 0.120 0.138 0.124 0.112 0.086 0.063 0.037 0.023 0.013 0.005 0.003 28 R 0.201 0.153 0.140 0.140 0.105 0.091 0.064 0.041 0.027 0.015 0.012 0.005 0.002 0.001 29 Q 0.134 0.100 0.104 0.132 0.131 0.132 0.102 0.066 0.046 0.025 0.015 0.007 0.003 0.002 30 I 0.084 0.076 0.099 0.127 0.168 0.141 0.109 0.084 0.051 0.034 0.015 0.007 0.003 0.001 31 G 0.340 0.169 0.145 0.114 0.082 0.057 0.041 0.021 0.013 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 32 P 0.262 0.144 0.140 0.135 0.113 0.079 0.053 0.027 0.020 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 33 L 0.120 0.088 0.092 0.123 0.147 0.128 0.107 0.087 0.052 0.029 0.015 0.007 0.004 0.001 34 F 0.149 0.118 0.112 0.141 0.145 0.110 0.087 0.067 0.033 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 35 E 0.133 0.111 0.125 0.134 0.141 0.117 0.092 0.067 0.037 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 36 H 0.170 0.105 0.119 0.138 0.168 0.119 0.073 0.051 0.028 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 37 R 0.259 0.166 0.143 0.163 0.123 0.064 0.037 0.020 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 38 E 0.206 0.141 0.115 0.167 0.147 0.098 0.056 0.033 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 39 G 0.362 0.219 0.149 0.127 0.066 0.037 0.022 0.008 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 40 P 0.339 0.221 0.162 0.121 0.059 0.049 0.027 0.008 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 41 G 0.174 0.115 0.116 0.151 0.158 0.112 0.073 0.042 0.028 0.013 0.012 0.003 0.003 0.001 42 Q 0.050 0.067 0.080 0.131 0.173 0.151 0.127 0.091 0.057 0.032 0.019 0.011 0.006 0.004 43 A 0.021 0.012 0.016 0.030 0.058 0.103 0.128 0.159 0.151 0.134 0.082 0.056 0.038 0.012 44 R 0.023 0.035 0.046 0.087 0.120 0.121 0.123 0.135 0.111 0.080 0.045 0.045 0.017 0.011 45 L 0.007 0.004 0.007 0.013 0.026 0.052 0.076 0.110 0.169 0.198 0.150 0.118 0.052 0.018 46 A 0.016 0.033 0.047 0.087 0.128 0.125 0.119 0.137 0.126 0.085 0.044 0.032 0.012 0.008 47 F 0.037 0.034 0.038 0.075 0.092 0.122 0.111 0.128 0.115 0.110 0.074 0.037 0.018 0.010 48 R 0.062 0.080 0.108 0.149 0.148 0.137 0.118 0.090 0.053 0.028 0.013 0.008 0.003 0.002 49 V 0.035 0.029 0.045 0.068 0.117 0.159 0.151 0.148 0.115 0.075 0.033 0.015 0.008 0.003 50 E 0.166 0.158 0.181 0.175 0.139 0.079 0.048 0.026 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 51 E 0.411 0.187 0.131 0.102 0.068 0.042 0.028 0.012 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 52 H 0.276 0.184 0.152 0.138 0.108 0.064 0.040 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 53 H 0.193 0.137 0.147 0.145 0.129 0.106 0.069 0.038 0.019 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 54 T 0.159 0.107 0.117 0.145 0.162 0.126 0.077 0.052 0.026 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 55 N 0.212 0.137 0.119 0.133 0.115 0.097 0.070 0.048 0.031 0.017 0.010 0.006 0.002 0.001 56 G 0.096 0.081 0.082 0.109 0.146 0.127 0.094 0.100 0.074 0.046 0.024 0.013 0.006 0.003 57 L 0.056 0.063 0.065 0.104 0.142 0.127 0.112 0.118 0.088 0.058 0.033 0.021 0.009 0.005 58 G 0.058 0.046 0.063 0.098 0.110 0.125 0.126 0.110 0.099 0.071 0.047 0.026 0.013 0.008 59 N 0.028 0.030 0.045 0.068 0.104 0.140 0.148 0.133 0.112 0.075 0.057 0.032 0.015 0.011 60 C 0.023 0.015 0.021 0.028 0.054 0.085 0.115 0.139 0.144 0.119 0.115 0.076 0.045 0.022 61 H 0.023 0.025 0.035 0.060 0.085 0.106 0.155 0.152 0.127 0.090 0.060 0.045 0.019 0.017 62 G 0.013 0.010 0.018 0.028 0.057 0.077 0.120 0.136 0.149 0.133 0.121 0.074 0.039 0.024 63 G 0.022 0.017 0.025 0.038 0.068 0.103 0.147 0.134 0.122 0.107 0.090 0.055 0.042 0.031 64 M 0.026 0.011 0.020 0.032 0.063 0.106 0.150 0.089 0.107 0.123 0.101 0.076 0.051 0.045 65 L 0.012 0.005 0.013 0.023 0.063 0.101 0.184 0.145 0.157 0.112 0.084 0.051 0.032 0.019 66 M 0.033 0.020 0.030 0.037 0.068 0.145 0.190 0.126 0.110 0.066 0.074 0.053 0.036 0.013 67 S 0.042 0.090 0.086 0.168 0.204 0.135 0.095 0.088 0.046 0.027 0.009 0.005 0.002 0.002 68 F 0.007 0.017 0.035 0.089 0.113 0.192 0.231 0.216 0.056 0.028 0.008 0.005 0.001 0.001 69 A 0.009 0.012 0.037 0.048 0.098 0.222 0.228 0.209 0.094 0.031 0.007 0.004 0.001 0.001 70 D 0.052 0.139 0.156 0.155 0.211 0.106 0.067 0.072 0.027 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 71 M 0.052 0.104 0.143 0.180 0.196 0.135 0.081 0.062 0.026 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 72 A 0.016 0.020 0.060 0.088 0.126 0.191 0.245 0.170 0.053 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 73 W 0.041 0.031 0.068 0.070 0.132 0.168 0.198 0.139 0.088 0.036 0.015 0.008 0.004 0.002 74 G 0.088 0.099 0.099 0.114 0.167 0.136 0.111 0.087 0.049 0.026 0.011 0.007 0.004 0.002 75 R 0.073 0.058 0.082 0.124 0.155 0.157 0.120 0.073 0.066 0.049 0.024 0.011 0.005 0.004 76 I 0.033 0.022 0.043 0.090 0.140 0.167 0.186 0.136 0.086 0.050 0.026 0.014 0.005 0.004 77 I 0.060 0.034 0.054 0.052 0.096 0.152 0.173 0.142 0.101 0.052 0.044 0.022 0.014 0.004 78 S 0.134 0.129 0.106 0.168 0.178 0.115 0.063 0.051 0.029 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 79 L 0.102 0.099 0.101 0.190 0.162 0.138 0.091 0.049 0.033 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 80 Q 0.111 0.099 0.104 0.163 0.168 0.155 0.085 0.053 0.039 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 81 K 0.205 0.192 0.180 0.172 0.095 0.065 0.047 0.024 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 82 S 0.319 0.223 0.183 0.103 0.065 0.056 0.027 0.010 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.080 0.091 0.106 0.145 0.202 0.135 0.093 0.064 0.041 0.023 0.012 0.004 0.003 0.002 84 S 0.046 0.048 0.068 0.122 0.169 0.147 0.133 0.098 0.073 0.043 0.027 0.012 0.007 0.005 85 W 0.014 0.014 0.020 0.039 0.075 0.116 0.150 0.136 0.140 0.108 0.082 0.054 0.030 0.020 86 V 0.007 0.004 0.009 0.020 0.031 0.055 0.097 0.104 0.144 0.154 0.154 0.116 0.065 0.037 87 T 0.003 0.004 0.005 0.012 0.025 0.045 0.076 0.107 0.148 0.154 0.166 0.142 0.071 0.043 88 V 0.002 0.001 0.002 0.004 0.008 0.022 0.047 0.071 0.119 0.175 0.218 0.176 0.110 0.044 89 R 0.005 0.013 0.018 0.041 0.073 0.087 0.111 0.173 0.152 0.128 0.086 0.058 0.030 0.026 90 L 0.005 0.003 0.005 0.010 0.022 0.052 0.070 0.094 0.143 0.205 0.166 0.121 0.070 0.034 91 M 0.013 0.025 0.041 0.097 0.159 0.135 0.131 0.141 0.121 0.078 0.027 0.019 0.007 0.008 92 C 0.020 0.017 0.025 0.043 0.062 0.113 0.137 0.133 0.136 0.130 0.100 0.051 0.023 0.011 93 D 0.054 0.078 0.114 0.140 0.146 0.151 0.110 0.098 0.057 0.026 0.014 0.008 0.003 0.002 94 F 0.028 0.028 0.035 0.063 0.095 0.121 0.144 0.169 0.128 0.095 0.053 0.025 0.011 0.005 95 L 0.050 0.072 0.090 0.112 0.153 0.159 0.111 0.118 0.069 0.039 0.015 0.009 0.004 0.001 96 S 0.172 0.136 0.118 0.133 0.127 0.090 0.069 0.057 0.040 0.027 0.016 0.008 0.004 0.002 97 G 0.078 0.074 0.108 0.139 0.167 0.142 0.113 0.078 0.050 0.028 0.012 0.006 0.003 0.002 98 A 0.071 0.053 0.080 0.101 0.144 0.158 0.135 0.097 0.071 0.045 0.024 0.011 0.007 0.003 99 K 0.124 0.129 0.144 0.167 0.145 0.104 0.079 0.051 0.028 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 100 L 0.053 0.051 0.065 0.107 0.144 0.166 0.120 0.103 0.077 0.058 0.031 0.013 0.007 0.003 101 G 0.058 0.086 0.077 0.132 0.162 0.130 0.110 0.088 0.074 0.044 0.020 0.012 0.005 0.003 102 D 0.034 0.038 0.056 0.105 0.122 0.116 0.125 0.125 0.104 0.080 0.056 0.020 0.013 0.007 103 W 0.010 0.020 0.028 0.058 0.093 0.144 0.154 0.137 0.127 0.094 0.066 0.038 0.018 0.014 104 V 0.004 0.002 0.005 0.009 0.018 0.037 0.073 0.087 0.139 0.169 0.197 0.133 0.086 0.039 105 E 0.003 0.007 0.011 0.030 0.049 0.072 0.115 0.168 0.156 0.147 0.101 0.071 0.040 0.031 106 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 0.031 0.049 0.105 0.181 0.234 0.210 0.115 0.050 107 E 0.002 0.004 0.007 0.021 0.046 0.052 0.088 0.178 0.186 0.160 0.110 0.075 0.040 0.030 108 G 0.002 0.002 0.004 0.007 0.013 0.033 0.061 0.082 0.125 0.177 0.216 0.157 0.081 0.040 109 E 0.012 0.024 0.047 0.079 0.117 0.145 0.153 0.162 0.114 0.067 0.039 0.022 0.010 0.009 110 L 0.012 0.019 0.025 0.046 0.089 0.119 0.133 0.166 0.145 0.115 0.069 0.036 0.017 0.009 111 I 0.034 0.052 0.087 0.141 0.177 0.184 0.127 0.101 0.052 0.028 0.009 0.006 0.002 0.001 112 S 0.188 0.189 0.146 0.168 0.129 0.073 0.046 0.023 0.019 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 113 E 0.200 0.183 0.165 0.179 0.118 0.073 0.043 0.019 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 114 E 0.386 0.263 0.166 0.093 0.037 0.028 0.016 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 115 D 0.165 0.190 0.165 0.173 0.133 0.087 0.046 0.018 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 116 M 0.052 0.061 0.088 0.145 0.191 0.161 0.119 0.088 0.045 0.024 0.016 0.004 0.005 0.002 117 L 0.017 0.038 0.041 0.099 0.152 0.171 0.139 0.107 0.095 0.072 0.027 0.021 0.011 0.009 118 F 0.004 0.003 0.007 0.015 0.032 0.054 0.105 0.117 0.162 0.176 0.139 0.109 0.050 0.026 119 T 0.002 0.005 0.007 0.025 0.038 0.075 0.095 0.132 0.163 0.149 0.132 0.095 0.046 0.034 120 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.021 0.031 0.093 0.150 0.237 0.287 0.109 0.058 121 R 0.001 0.001 0.002 0.006 0.015 0.024 0.061 0.208 0.195 0.179 0.147 0.087 0.055 0.020 122 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.026 0.054 0.092 0.176 0.239 0.197 0.134 0.061 123 R 0.003 0.009 0.022 0.043 0.088 0.111 0.131 0.184 0.144 0.125 0.058 0.042 0.017 0.022 124 I 0.009 0.010 0.015 0.026 0.068 0.082 0.098 0.144 0.175 0.155 0.096 0.073 0.029 0.018 125 W 0.017 0.046 0.085 0.195 0.173 0.202 0.116 0.081 0.048 0.021 0.008 0.004 0.001 0.002 126 A 0.158 0.206 0.115 0.171 0.138 0.083 0.050 0.026 0.027 0.012 0.010 0.003 0.001 0.001 127 G 0.295 0.312 0.184 0.124 0.041 0.021 0.015 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 128 E 0.474 0.289 0.158 0.044 0.010 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 R 0.095 0.135 0.175 0.172 0.197 0.117 0.061 0.023 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 130 T 0.041 0.040 0.063 0.099 0.151 0.185 0.165 0.133 0.057 0.027 0.020 0.008 0.008 0.004 131 L 0.023 0.029 0.029 0.060 0.135 0.139 0.123 0.127 0.123 0.094 0.037 0.044 0.022 0.015 132 I 0.012 0.006 0.011 0.018 0.029 0.051 0.109 0.135 0.163 0.153 0.116 0.121 0.053 0.022 133 T 0.011 0.019 0.028 0.048 0.092 0.110 0.109 0.129 0.145 0.109 0.075 0.075 0.027 0.024 134 G 0.005 0.003 0.005 0.009 0.018 0.039 0.067 0.084 0.139 0.172 0.207 0.140 0.073 0.038 135 T 0.010 0.017 0.026 0.055 0.097 0.112 0.135 0.166 0.143 0.105 0.056 0.039 0.020 0.018 136 G 0.008 0.005 0.009 0.015 0.031 0.064 0.092 0.108 0.141 0.178 0.157 0.101 0.057 0.034 137 V 0.010 0.012 0.024 0.046 0.097 0.110 0.150 0.171 0.143 0.102 0.062 0.039 0.020 0.016 138 F 0.022 0.016 0.025 0.036 0.053 0.092 0.145 0.117 0.128 0.114 0.125 0.074 0.035 0.019 139 K 0.036 0.051 0.076 0.122 0.149 0.162 0.138 0.126 0.068 0.036 0.019 0.010 0.004 0.003 140 A 0.034 0.038 0.040 0.079 0.120 0.148 0.149 0.166 0.099 0.063 0.035 0.018 0.007 0.004 141 L 0.059 0.065 0.087 0.152 0.176 0.172 0.119 0.081 0.049 0.026 0.008 0.004 0.001 0.001 142 S 0.368 0.218 0.143 0.123 0.070 0.035 0.023 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 143 A 0.411 0.207 0.157 0.114 0.051 0.032 0.018 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.513 0.198 0.132 0.079 0.035 0.025 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 K 0.418 0.184 0.166 0.104 0.069 0.034 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 P 0.409 0.147 0.127 0.115 0.095 0.054 0.031 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 147 R 0.372 0.161 0.122 0.122 0.100 0.061 0.031 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 148 P 0.268 0.133 0.116 0.140 0.140 0.079 0.052 0.035 0.020 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 149 G 0.178 0.114 0.090 0.152 0.163 0.106 0.075 0.057 0.031 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 150 E 0.325 0.175 0.144 0.121 0.085 0.064 0.041 0.018 0.013 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 151 L 0.162 0.099 0.126 0.150 0.146 0.118 0.091 0.052 0.027 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 152 A 0.185 0.112 0.137 0.130 0.144 0.117 0.080 0.045 0.025 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 153 Y 0.218 0.124 0.114 0.149 0.150 0.094 0.059 0.042 0.022 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 154 K 0.353 0.188 0.133 0.122 0.085 0.048 0.032 0.016 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 155 E 0.309 0.143 0.119 0.127 0.112 0.079 0.046 0.029 0.017 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 156 E 0.238 0.161 0.142 0.152 0.126 0.078 0.046 0.026 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 157 A 0.102 0.060 0.076 0.116 0.160 0.163 0.119 0.092 0.053 0.034 0.013 0.007 0.004 0.001