# TARGET T0304 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.114 0.078 0.092 0.119 0.145 0.136 0.109 0.084 0.054 0.037 0.017 0.009 0.004 0.002 2 S 0.229 0.148 0.141 0.140 0.128 0.080 0.054 0.033 0.021 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 3 D 0.297 0.159 0.128 0.139 0.101 0.068 0.046 0.026 0.016 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 4 T 0.233 0.138 0.128 0.134 0.120 0.096 0.067 0.039 0.022 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 5 L 0.149 0.107 0.121 0.143 0.154 0.117 0.082 0.060 0.031 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 6 P 0.311 0.153 0.126 0.128 0.101 0.068 0.049 0.028 0.016 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 7 G 0.257 0.154 0.135 0.137 0.113 0.076 0.053 0.030 0.021 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 8 T 0.163 0.116 0.109 0.139 0.141 0.113 0.086 0.063 0.034 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 9 T 0.164 0.119 0.125 0.140 0.142 0.111 0.083 0.058 0.028 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 10 L 0.146 0.102 0.115 0.147 0.154 0.123 0.088 0.061 0.031 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 11 P 0.274 0.151 0.132 0.137 0.124 0.080 0.046 0.025 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 12 D 0.421 0.180 0.126 0.114 0.077 0.036 0.022 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 13 D 0.462 0.184 0.125 0.105 0.058 0.033 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 N 0.411 0.173 0.155 0.104 0.070 0.045 0.025 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 15 H 0.304 0.148 0.142 0.136 0.115 0.072 0.044 0.021 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 16 D 0.351 0.168 0.120 0.121 0.099 0.066 0.036 0.017 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 17 R 0.194 0.135 0.124 0.145 0.147 0.094 0.064 0.046 0.025 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 18 P 0.143 0.106 0.100 0.137 0.139 0.119 0.091 0.069 0.044 0.025 0.014 0.008 0.003 0.002 19 W 0.087 0.075 0.090 0.117 0.151 0.141 0.103 0.087 0.065 0.040 0.023 0.013 0.005 0.003 20 W 0.063 0.052 0.059 0.113 0.126 0.139 0.118 0.111 0.086 0.065 0.033 0.021 0.010 0.005 21 G 0.068 0.063 0.072 0.094 0.120 0.135 0.123 0.108 0.096 0.054 0.032 0.023 0.008 0.005 22 L 0.038 0.033 0.042 0.069 0.103 0.126 0.118 0.145 0.113 0.095 0.064 0.030 0.017 0.006 23 P 0.126 0.133 0.127 0.140 0.125 0.103 0.077 0.050 0.048 0.028 0.022 0.014 0.005 0.004 24 C 0.060 0.041 0.061 0.096 0.117 0.131 0.122 0.115 0.095 0.080 0.045 0.020 0.012 0.006 25 T 0.068 0.079 0.088 0.113 0.157 0.132 0.110 0.107 0.066 0.037 0.021 0.012 0.005 0.004 26 V 0.041 0.023 0.033 0.045 0.079 0.120 0.121 0.141 0.124 0.119 0.075 0.041 0.028 0.010 27 T 0.076 0.078 0.088 0.138 0.161 0.121 0.106 0.086 0.066 0.040 0.017 0.014 0.004 0.004 28 P 0.034 0.025 0.034 0.059 0.087 0.107 0.119 0.126 0.134 0.117 0.086 0.042 0.021 0.010 29 C 0.032 0.047 0.053 0.088 0.115 0.138 0.144 0.146 0.101 0.060 0.039 0.020 0.010 0.007 30 F 0.027 0.017 0.030 0.044 0.065 0.110 0.134 0.131 0.124 0.121 0.095 0.053 0.029 0.019 31 G 0.023 0.024 0.035 0.060 0.130 0.112 0.128 0.134 0.127 0.099 0.055 0.040 0.018 0.015 32 A 0.018 0.009 0.015 0.022 0.036 0.062 0.113 0.101 0.128 0.139 0.162 0.103 0.062 0.029 33 R 0.028 0.027 0.046 0.091 0.104 0.137 0.155 0.128 0.104 0.071 0.054 0.029 0.014 0.014 34 L 0.015 0.010 0.013 0.023 0.050 0.083 0.109 0.131 0.140 0.141 0.128 0.090 0.048 0.020 35 V 0.032 0.023 0.028 0.046 0.091 0.123 0.140 0.162 0.144 0.097 0.050 0.037 0.020 0.007 36 Q 0.065 0.086 0.088 0.161 0.153 0.131 0.103 0.084 0.055 0.036 0.021 0.011 0.004 0.003 37 E 0.095 0.089 0.120 0.139 0.148 0.149 0.097 0.062 0.048 0.025 0.015 0.007 0.002 0.001 38 G 0.099 0.112 0.104 0.146 0.161 0.134 0.085 0.072 0.046 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 39 N 0.126 0.130 0.137 0.161 0.132 0.115 0.079 0.058 0.031 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 40 R 0.099 0.099 0.121 0.138 0.163 0.140 0.086 0.067 0.044 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 41 L 0.039 0.033 0.049 0.071 0.136 0.135 0.142 0.144 0.105 0.071 0.036 0.020 0.012 0.005 42 H 0.065 0.050 0.068 0.109 0.121 0.140 0.130 0.097 0.085 0.063 0.034 0.021 0.011 0.007 43 Y 0.038 0.027 0.040 0.063 0.104 0.133 0.138 0.124 0.116 0.087 0.061 0.042 0.016 0.011 44 L 0.021 0.014 0.019 0.032 0.057 0.086 0.113 0.155 0.162 0.124 0.102 0.065 0.036 0.014 45 A 0.023 0.036 0.040 0.073 0.096 0.118 0.140 0.157 0.126 0.083 0.047 0.037 0.014 0.008 46 D 0.026 0.027 0.041 0.074 0.099 0.122 0.122 0.152 0.122 0.106 0.061 0.027 0.014 0.008 47 R 0.028 0.038 0.053 0.089 0.152 0.156 0.127 0.122 0.094 0.068 0.033 0.022 0.009 0.009 48 A 0.066 0.019 0.034 0.037 0.064 0.094 0.135 0.112 0.125 0.120 0.088 0.056 0.034 0.015 49 G 0.078 0.079 0.107 0.143 0.165 0.119 0.112 0.083 0.053 0.030 0.015 0.009 0.004 0.004 50 I 0.033 0.015 0.021 0.036 0.062 0.115 0.126 0.125 0.131 0.129 0.113 0.054 0.029 0.011 51 R 0.066 0.073 0.082 0.131 0.166 0.128 0.106 0.098 0.070 0.039 0.020 0.013 0.005 0.003 52 G 0.100 0.055 0.049 0.084 0.101 0.118 0.118 0.115 0.093 0.078 0.048 0.026 0.012 0.005 53 L 0.082 0.081 0.105 0.138 0.162 0.142 0.108 0.084 0.050 0.025 0.012 0.007 0.003 0.002 54 F 0.085 0.056 0.069 0.093 0.122 0.147 0.135 0.107 0.079 0.053 0.030 0.014 0.007 0.003 55 S 0.210 0.139 0.172 0.145 0.126 0.090 0.056 0.030 0.016 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 56 D 0.302 0.166 0.117 0.132 0.108 0.069 0.042 0.024 0.018 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 57 A 0.272 0.180 0.136 0.136 0.104 0.073 0.047 0.025 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 58 D 0.311 0.191 0.156 0.132 0.085 0.057 0.035 0.016 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 59 A 0.121 0.100 0.129 0.149 0.167 0.140 0.092 0.050 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 60 Y 0.218 0.123 0.109 0.143 0.133 0.118 0.072 0.042 0.020 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 61 H 0.173 0.174 0.151 0.157 0.142 0.092 0.053 0.026 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 62 L 0.031 0.019 0.037 0.067 0.129 0.186 0.195 0.156 0.101 0.048 0.018 0.008 0.004 0.001 63 D 0.177 0.185 0.193 0.154 0.130 0.083 0.043 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.194 0.249 0.161 0.146 0.129 0.058 0.026 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 65 A 0.013 0.021 0.048 0.099 0.141 0.203 0.235 0.183 0.038 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 66 F 0.012 0.021 0.069 0.106 0.198 0.232 0.170 0.110 0.057 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 67 P 0.173 0.255 0.167 0.142 0.135 0.063 0.027 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.079 0.164 0.169 0.220 0.175 0.100 0.048 0.029 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.006 0.010 0.030 0.095 0.136 0.224 0.249 0.155 0.069 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 70 M 0.025 0.044 0.081 0.151 0.195 0.233 0.135 0.076 0.040 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 71 K 0.378 0.318 0.157 0.078 0.038 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.057 0.109 0.152 0.200 0.218 0.127 0.071 0.038 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 73 L 0.014 0.013 0.045 0.080 0.137 0.212 0.249 0.175 0.050 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 74 E 0.149 0.173 0.184 0.177 0.154 0.089 0.039 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 75 L 0.233 0.152 0.108 0.148 0.139 0.086 0.050 0.036 0.025 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 76 M 0.086 0.089 0.106 0.192 0.175 0.138 0.102 0.058 0.031 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 77 L 0.043 0.035 0.067 0.078 0.126 0.167 0.175 0.142 0.090 0.039 0.023 0.009 0.004 0.001 78 T 0.157 0.104 0.112 0.148 0.149 0.122 0.084 0.058 0.029 0.017 0.010 0.005 0.003 0.001 79 S 0.222 0.128 0.125 0.115 0.125 0.101 0.064 0.032 0.035 0.023 0.016 0.008 0.003 0.002 80 G 0.207 0.084 0.069 0.109 0.146 0.105 0.084 0.067 0.055 0.038 0.020 0.009 0.005 0.002 81 E 0.213 0.170 0.135 0.160 0.110 0.081 0.059 0.030 0.020 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 82 L 0.086 0.046 0.069 0.094 0.133 0.175 0.144 0.104 0.065 0.043 0.023 0.009 0.006 0.002 83 N 0.235 0.145 0.182 0.143 0.125 0.074 0.046 0.024 0.013 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 84 P 0.185 0.104 0.094 0.138 0.157 0.110 0.071 0.058 0.037 0.028 0.009 0.005 0.002 0.001 85 R 0.145 0.141 0.117 0.157 0.165 0.103 0.067 0.052 0.028 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 86 H 0.121 0.110 0.115 0.156 0.141 0.120 0.084 0.065 0.039 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 87 Q 0.155 0.143 0.127 0.141 0.128 0.111 0.079 0.048 0.033 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 88 H 0.051 0.048 0.067 0.110 0.133 0.140 0.117 0.112 0.092 0.059 0.041 0.016 0.010 0.005 89 T 0.020 0.028 0.037 0.073 0.118 0.134 0.147 0.153 0.117 0.079 0.044 0.029 0.013 0.009 90 V 0.013 0.007 0.013 0.019 0.037 0.068 0.104 0.135 0.153 0.148 0.134 0.087 0.059 0.021 91 T 0.015 0.017 0.026 0.051 0.087 0.103 0.119 0.131 0.134 0.115 0.080 0.064 0.033 0.024 92 L 0.017 0.008 0.012 0.018 0.034 0.064 0.090 0.105 0.149 0.148 0.158 0.118 0.056 0.023 93 Y 0.025 0.036 0.046 0.102 0.128 0.135 0.125 0.133 0.115 0.073 0.040 0.024 0.011 0.008 94 A 0.025 0.036 0.039 0.068 0.105 0.141 0.135 0.137 0.121 0.085 0.061 0.029 0.012 0.007 95 K 0.062 0.066 0.104 0.129 0.154 0.131 0.116 0.089 0.062 0.041 0.027 0.011 0.005 0.004 96 G 0.102 0.105 0.123 0.141 0.136 0.127 0.095 0.056 0.049 0.030 0.021 0.008 0.004 0.003 97 L 0.036 0.022 0.040 0.060 0.106 0.142 0.133 0.137 0.120 0.097 0.049 0.029 0.020 0.009 98 T 0.032 0.040 0.041 0.098 0.137 0.132 0.126 0.130 0.113 0.079 0.033 0.022 0.010 0.006 99 C 0.026 0.018 0.022 0.036 0.052 0.101 0.119 0.137 0.133 0.129 0.120 0.066 0.032 0.010 100 K 0.094 0.091 0.101 0.121 0.112 0.104 0.099 0.075 0.075 0.039 0.044 0.025 0.010 0.009 101 A 0.016 0.020 0.028 0.047 0.080 0.095 0.125 0.141 0.142 0.118 0.099 0.052 0.024 0.013 102 D 0.020 0.024 0.040 0.068 0.087 0.139 0.156 0.171 0.120 0.081 0.048 0.024 0.014 0.007 103 T 0.024 0.031 0.045 0.076 0.127 0.133 0.124 0.127 0.106 0.089 0.054 0.033 0.016 0.013 104 L 0.031 0.021 0.028 0.034 0.074 0.103 0.114 0.135 0.143 0.123 0.085 0.060 0.037 0.013 105 S 0.053 0.070 0.082 0.157 0.163 0.122 0.110 0.086 0.069 0.041 0.021 0.015 0.007 0.006 106 S 0.017 0.033 0.048 0.097 0.129 0.158 0.145 0.135 0.108 0.064 0.040 0.014 0.007 0.005 107 C 0.013 0.034 0.043 0.080 0.144 0.155 0.140 0.151 0.107 0.068 0.032 0.017 0.011 0.006 108 D 0.015 0.026 0.047 0.080 0.108 0.132 0.185 0.133 0.108 0.079 0.048 0.019 0.010 0.009 109 Y 0.003 0.006 0.014 0.030 0.071 0.121 0.147 0.135 0.147 0.131 0.098 0.051 0.024 0.022 110 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.023 0.060 0.068 0.131 0.146 0.218 0.172 0.102 0.061 111 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 0.051 0.100 0.137 0.191 0.190 0.154 0.098 0.052 112 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.017 0.043 0.082 0.172 0.259 0.198 0.155 0.064 113 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.027 0.059 0.105 0.177 0.181 0.201 0.130 0.099 114 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.018 0.044 0.078 0.139 0.197 0.199 0.171 0.085 0.056 115 Y 0.002 0.007 0.014 0.036 0.060 0.119 0.133 0.194 0.170 0.116 0.072 0.044 0.018 0.015 116 P 0.010 0.025 0.031 0.074 0.111 0.150 0.136 0.160 0.126 0.087 0.048 0.024 0.009 0.007 117 T 0.041 0.086 0.102 0.160 0.184 0.136 0.099 0.081 0.059 0.032 0.011 0.005 0.002 0.001 118 P 0.199 0.170 0.164 0.152 0.109 0.084 0.059 0.029 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 119 E 0.346 0.203 0.203 0.112 0.060 0.041 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 M 0.237 0.125 0.140 0.146 0.144 0.096 0.058 0.028 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 121 K 0.400 0.185 0.146 0.110 0.082 0.038 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 122 N 0.495 0.173 0.118 0.088 0.056 0.033 0.019 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001