# TARGET T0302 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t06-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-tr12-CB8-sep9-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.467 0.176 0.126 0.089 0.056 0.039 0.025 0.009 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 2 M 0.267 0.163 0.151 0.135 0.122 0.071 0.047 0.023 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 3 V 0.183 0.104 0.104 0.141 0.160 0.121 0.086 0.055 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 4 S 0.346 0.169 0.158 0.123 0.090 0.054 0.032 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 5 P 0.287 0.139 0.117 0.141 0.124 0.079 0.052 0.026 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 6 E 0.500 0.199 0.116 0.083 0.048 0.026 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.325 0.186 0.145 0.143 0.087 0.055 0.032 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 8 A 0.138 0.095 0.124 0.135 0.167 0.145 0.100 0.052 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 9 V 0.269 0.153 0.124 0.149 0.135 0.079 0.045 0.025 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 10 K 0.499 0.215 0.136 0.073 0.034 0.021 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 W 0.083 0.065 0.094 0.152 0.223 0.166 0.103 0.059 0.032 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 12 G 0.164 0.154 0.188 0.164 0.153 0.087 0.051 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 13 E 0.484 0.217 0.105 0.094 0.049 0.029 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 S 0.186 0.197 0.162 0.174 0.119 0.086 0.047 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 F 0.022 0.024 0.048 0.110 0.196 0.217 0.164 0.113 0.069 0.025 0.008 0.002 0.001 0.001 16 D 0.293 0.265 0.198 0.124 0.059 0.033 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 K 0.385 0.265 0.167 0.090 0.043 0.030 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.028 0.035 0.060 0.152 0.224 0.192 0.143 0.115 0.034 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 19 L 0.056 0.065 0.113 0.159 0.214 0.172 0.112 0.065 0.027 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 20 S 0.525 0.224 0.114 0.068 0.033 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 H 0.187 0.163 0.168 0.184 0.129 0.084 0.052 0.014 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 22 R 0.492 0.194 0.143 0.074 0.042 0.032 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 D 0.277 0.222 0.175 0.145 0.090 0.056 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 G 0.111 0.071 0.077 0.123 0.178 0.187 0.131 0.058 0.044 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 25 L 0.095 0.132 0.156 0.187 0.193 0.113 0.064 0.034 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 26 E 0.534 0.256 0.131 0.045 0.015 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.043 0.063 0.106 0.164 0.224 0.186 0.112 0.069 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 28 F 0.019 0.024 0.054 0.117 0.189 0.200 0.205 0.111 0.054 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 29 T 0.256 0.279 0.221 0.113 0.065 0.036 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 R 0.408 0.273 0.153 0.090 0.040 0.022 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 F 0.059 0.067 0.110 0.200 0.200 0.174 0.111 0.054 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 32 L 0.048 0.053 0.084 0.144 0.230 0.193 0.126 0.068 0.038 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 33 K 0.436 0.249 0.139 0.100 0.040 0.019 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 T 0.581 0.205 0.125 0.049 0.018 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.197 0.136 0.138 0.182 0.176 0.095 0.044 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 36 F 0.136 0.106 0.134 0.151 0.187 0.132 0.080 0.047 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 37 S 0.249 0.126 0.120 0.150 0.142 0.100 0.053 0.030 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 38 E 0.284 0.181 0.136 0.143 0.108 0.065 0.036 0.019 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 39 E 0.149 0.103 0.102 0.150 0.167 0.117 0.072 0.062 0.040 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 40 N 0.077 0.083 0.081 0.155 0.183 0.148 0.098 0.082 0.050 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 41 I 0.074 0.038 0.053 0.067 0.099 0.156 0.154 0.130 0.100 0.061 0.035 0.018 0.012 0.004 42 E 0.094 0.112 0.127 0.152 0.190 0.122 0.078 0.057 0.034 0.018 0.007 0.006 0.002 0.001 43 F 0.022 0.016 0.032 0.053 0.108 0.153 0.161 0.159 0.128 0.088 0.044 0.020 0.011 0.004 44 W 0.026 0.038 0.059 0.130 0.202 0.203 0.124 0.100 0.066 0.033 0.009 0.005 0.002 0.001 45 I 0.153 0.161 0.126 0.148 0.148 0.092 0.056 0.054 0.031 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 46 A 0.049 0.095 0.105 0.218 0.173 0.142 0.103 0.074 0.025 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 47 C 0.010 0.015 0.035 0.093 0.132 0.227 0.204 0.130 0.097 0.044 0.010 0.003 0.001 0.001 48 E 0.231 0.219 0.196 0.154 0.096 0.056 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 D 0.370 0.286 0.157 0.097 0.050 0.024 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 F 0.030 0.031 0.059 0.169 0.227 0.196 0.150 0.096 0.028 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 51 K 0.246 0.166 0.242 0.149 0.104 0.052 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 K 0.612 0.193 0.085 0.063 0.027 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 S 0.360 0.187 0.126 0.145 0.094 0.051 0.026 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 K 0.485 0.181 0.149 0.097 0.050 0.022 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 G 0.594 0.177 0.107 0.068 0.028 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 P 0.427 0.184 0.139 0.113 0.071 0.040 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 Q 0.633 0.191 0.083 0.053 0.021 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.381 0.248 0.143 0.116 0.060 0.033 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 I 0.059 0.044 0.080 0.128 0.210 0.196 0.158 0.079 0.032 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 60 H 0.064 0.104 0.210 0.192 0.197 0.128 0.063 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 61 L 0.708 0.173 0.057 0.031 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 K 0.048 0.133 0.150 0.274 0.209 0.100 0.053 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.005 0.005 0.013 0.047 0.131 0.257 0.237 0.144 0.125 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 64 K 0.144 0.266 0.262 0.199 0.087 0.026 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.657 0.233 0.092 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.008 0.021 0.052 0.149 0.294 0.263 0.114 0.080 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.015 0.035 0.049 0.222 0.288 0.170 0.115 0.065 0.029 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 68 E 0.535 0.304 0.109 0.033 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 K 0.246 0.278 0.266 0.120 0.047 0.028 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 F 0.042 0.036 0.101 0.149 0.200 0.195 0.165 0.079 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 71 I 0.060 0.064 0.083 0.105 0.221 0.198 0.126 0.085 0.037 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 72 Q 0.278 0.202 0.129 0.147 0.099 0.065 0.040 0.019 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 73 T 0.389 0.178 0.144 0.112 0.078 0.046 0.027 0.008 0.008 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 74 D 0.323 0.167 0.163 0.126 0.096 0.061 0.034 0.012 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 75 A 0.168 0.115 0.124 0.159 0.151 0.122 0.074 0.040 0.022 0.010 0.008 0.002 0.002 0.001 76 P 0.169 0.136 0.137 0.135 0.139 0.109 0.081 0.044 0.024 0.012 0.008 0.004 0.002 0.001 77 K 0.210 0.103 0.093 0.135 0.124 0.104 0.079 0.054 0.038 0.026 0.018 0.008 0.004 0.002 78 E 0.113 0.106 0.118 0.153 0.155 0.108 0.087 0.056 0.045 0.027 0.016 0.010 0.004 0.003 79 V 0.048 0.023 0.029 0.045 0.080 0.127 0.131 0.169 0.128 0.102 0.054 0.033 0.024 0.006 80 N 0.109 0.108 0.105 0.151 0.166 0.107 0.078 0.071 0.046 0.029 0.012 0.011 0.004 0.003 81 L 0.046 0.027 0.033 0.067 0.099 0.141 0.133 0.127 0.116 0.112 0.054 0.029 0.013 0.004 82 D 0.163 0.144 0.157 0.153 0.149 0.094 0.058 0.030 0.026 0.012 0.008 0.004 0.001 0.001 83 F 0.216 0.141 0.122 0.159 0.122 0.086 0.064 0.040 0.022 0.013 0.010 0.003 0.002 0.001 84 H 0.261 0.209 0.179 0.133 0.085 0.063 0.040 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 85 T 0.067 0.064 0.090 0.129 0.165 0.177 0.135 0.087 0.051 0.021 0.010 0.003 0.002 0.001 86 K 0.099 0.131 0.154 0.194 0.189 0.107 0.064 0.034 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 87 E 0.616 0.201 0.087 0.048 0.022 0.015 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 V 0.133 0.148 0.163 0.203 0.159 0.089 0.056 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 89 I 0.028 0.025 0.050 0.085 0.172 0.203 0.188 0.143 0.068 0.024 0.007 0.003 0.002 0.001 90 T 0.194 0.196 0.195 0.177 0.131 0.056 0.027 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 91 N 0.653 0.170 0.081 0.050 0.018 0.014 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 S 0.175 0.160 0.143 0.179 0.161 0.096 0.047 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 93 I 0.069 0.062 0.095 0.136 0.185 0.165 0.138 0.091 0.035 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 94 T 0.453 0.196 0.155 0.088 0.051 0.032 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 Q 0.450 0.174 0.142 0.093 0.062 0.040 0.022 0.007 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 96 P 0.167 0.116 0.114 0.143 0.178 0.113 0.076 0.050 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 97 T 0.143 0.117 0.124 0.142 0.153 0.126 0.085 0.053 0.031 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 98 L 0.134 0.109 0.115 0.143 0.149 0.132 0.092 0.058 0.032 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 99 H 0.302 0.172 0.140 0.120 0.089 0.077 0.046 0.022 0.015 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 100 S 0.041 0.049 0.069 0.124 0.177 0.171 0.149 0.105 0.062 0.030 0.013 0.007 0.003 0.002 101 F 0.022 0.024 0.053 0.075 0.137 0.194 0.215 0.132 0.084 0.035 0.018 0.006 0.003 0.001 102 D 0.324 0.269 0.172 0.106 0.063 0.035 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.220 0.284 0.198 0.145 0.076 0.043 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.012 0.016 0.035 0.095 0.163 0.255 0.216 0.138 0.053 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 105 Q 0.034 0.080 0.176 0.227 0.211 0.141 0.082 0.032 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 106 S 0.604 0.258 0.095 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 R 0.042 0.121 0.182 0.248 0.216 0.105 0.051 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 108 V 0.006 0.008 0.021 0.059 0.136 0.232 0.253 0.164 0.095 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 109 Y 0.056 0.144 0.137 0.232 0.218 0.114 0.052 0.030 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.563 0.262 0.128 0.031 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.036 0.051 0.112 0.195 0.252 0.188 0.092 0.048 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 112 M 0.048 0.053 0.099 0.138 0.199 0.176 0.171 0.076 0.027 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 113 E 0.467 0.280 0.124 0.069 0.031 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 Q 0.465 0.223 0.156 0.080 0.033 0.022 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 D 0.296 0.164 0.176 0.131 0.106 0.072 0.033 0.010 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 116 S 0.148 0.102 0.111 0.129 0.176 0.152 0.087 0.053 0.023 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 117 Y 0.127 0.101 0.098 0.159 0.176 0.133 0.088 0.057 0.031 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 118 T 0.261 0.148 0.142 0.123 0.102 0.085 0.061 0.030 0.023 0.011 0.008 0.004 0.002 0.001 119 R 0.181 0.150 0.163 0.147 0.138 0.091 0.056 0.033 0.020 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 120 F 0.152 0.098 0.111 0.134 0.146 0.132 0.096 0.070 0.032 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 121 L 0.119 0.106 0.116 0.160 0.172 0.139 0.084 0.051 0.028 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 122 K 0.269 0.179 0.129 0.148 0.111 0.075 0.043 0.018 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 123 S 0.273 0.207 0.175 0.149 0.083 0.055 0.034 0.010 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 124 D 0.573 0.222 0.124 0.047 0.016 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 I 0.108 0.126 0.165 0.189 0.181 0.125 0.062 0.029 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 126 Y 0.038 0.037 0.051 0.112 0.212 0.207 0.161 0.101 0.056 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 127 L 0.207 0.257 0.178 0.172 0.096 0.045 0.025 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 128 D 0.567 0.240 0.129 0.039 0.010 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 L 0.037 0.045 0.086 0.168 0.245 0.197 0.112 0.076 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 130 M 0.058 0.060 0.102 0.154 0.217 0.172 0.130 0.066 0.027 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 131 E 0.550 0.222 0.113 0.060 0.028 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 G 0.460 0.209 0.156 0.087 0.042 0.023 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001