# TARGET T0380 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1013 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.230 0.118 0.124 0.134 0.136 0.101 0.067 0.045 0.024 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 2 I 0.149 0.121 0.131 0.186 0.160 0.116 0.069 0.030 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 3 D 0.418 0.224 0.134 0.102 0.060 0.031 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.653 0.201 0.081 0.036 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.460 0.225 0.149 0.083 0.048 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 F 0.090 0.063 0.116 0.158 0.222 0.182 0.094 0.044 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 7 L 0.271 0.165 0.183 0.154 0.122 0.058 0.026 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.778 0.151 0.039 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.286 0.299 0.180 0.128 0.066 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 S 0.035 0.028 0.060 0.121 0.198 0.236 0.155 0.093 0.060 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 11 N 0.287 0.269 0.200 0.143 0.063 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.716 0.217 0.056 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.047 0.075 0.112 0.212 0.280 0.153 0.074 0.036 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.024 0.042 0.088 0.172 0.239 0.171 0.156 0.077 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 15 E 0.371 0.323 0.157 0.082 0.033 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 S 0.203 0.244 0.220 0.141 0.092 0.056 0.025 0.008 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 17 S 0.016 0.031 0.068 0.138 0.239 0.215 0.136 0.079 0.041 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 18 K 0.027 0.045 0.062 0.107 0.154 0.187 0.169 0.110 0.071 0.035 0.020 0.008 0.004 0.003 19 I 0.007 0.008 0.015 0.038 0.068 0.110 0.136 0.136 0.162 0.113 0.095 0.064 0.030 0.017 20 V 0.004 0.003 0.005 0.009 0.015 0.032 0.067 0.118 0.169 0.144 0.170 0.152 0.079 0.034 21 M 0.002 0.002 0.003 0.006 0.011 0.022 0.042 0.109 0.145 0.186 0.171 0.150 0.095 0.056 22 V 0.002 0.001 0.002 0.004 0.008 0.016 0.030 0.079 0.114 0.170 0.191 0.179 0.124 0.081 23 G 0.005 0.004 0.006 0.011 0.021 0.037 0.060 0.087 0.131 0.186 0.152 0.139 0.087 0.073 24 T 0.009 0.011 0.015 0.043 0.072 0.099 0.133 0.136 0.152 0.131 0.096 0.053 0.024 0.025 25 N 0.018 0.024 0.033 0.077 0.098 0.167 0.170 0.122 0.115 0.071 0.059 0.028 0.011 0.007 26 G 0.075 0.104 0.109 0.146 0.152 0.142 0.109 0.072 0.053 0.018 0.012 0.004 0.002 0.001 27 E 0.174 0.184 0.171 0.154 0.127 0.074 0.047 0.030 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 28 N 0.310 0.231 0.170 0.105 0.067 0.048 0.031 0.018 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 29 G 0.222 0.147 0.153 0.118 0.125 0.092 0.061 0.039 0.022 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 30 Y 0.080 0.085 0.098 0.133 0.178 0.134 0.110 0.089 0.047 0.027 0.011 0.005 0.003 0.001 31 P 0.049 0.033 0.050 0.076 0.109 0.134 0.141 0.121 0.099 0.090 0.048 0.027 0.016 0.007 32 N 0.027 0.033 0.046 0.082 0.120 0.124 0.136 0.127 0.102 0.081 0.056 0.036 0.017 0.014 33 I 0.010 0.005 0.008 0.013 0.021 0.040 0.063 0.070 0.118 0.162 0.182 0.180 0.086 0.042 34 K 0.009 0.009 0.016 0.035 0.051 0.069 0.120 0.143 0.149 0.138 0.117 0.073 0.037 0.034 35 A 0.003 0.002 0.003 0.005 0.009 0.020 0.032 0.061 0.102 0.152 0.245 0.199 0.105 0.061 36 M 0.006 0.005 0.007 0.016 0.026 0.043 0.077 0.153 0.154 0.153 0.135 0.115 0.074 0.036 37 M 0.007 0.008 0.009 0.022 0.032 0.054 0.086 0.144 0.149 0.165 0.149 0.104 0.049 0.024 38 R 0.011 0.018 0.027 0.056 0.083 0.132 0.161 0.182 0.139 0.086 0.063 0.025 0.010 0.006 39 L 0.037 0.062 0.084 0.127 0.154 0.162 0.129 0.090 0.068 0.042 0.029 0.011 0.004 0.002 40 K 0.114 0.143 0.161 0.171 0.163 0.105 0.060 0.039 0.028 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 41 H 0.140 0.143 0.152 0.193 0.160 0.096 0.050 0.030 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 42 D 0.273 0.259 0.169 0.155 0.075 0.033 0.017 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 43 G 0.387 0.278 0.189 0.074 0.036 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.218 0.218 0.173 0.145 0.123 0.062 0.029 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 45 K 0.081 0.100 0.110 0.139 0.165 0.145 0.113 0.068 0.037 0.018 0.016 0.004 0.002 0.001 46 K 0.012 0.022 0.037 0.082 0.164 0.158 0.151 0.131 0.103 0.066 0.039 0.019 0.009 0.007 47 F 0.003 0.002 0.004 0.009 0.017 0.037 0.072 0.128 0.156 0.152 0.168 0.141 0.081 0.030 48 W 0.002 0.002 0.004 0.010 0.017 0.031 0.058 0.112 0.139 0.167 0.167 0.156 0.083 0.051 49 L 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.021 0.059 0.101 0.175 0.231 0.218 0.113 0.057 50 S 0.004 0.003 0.005 0.011 0.019 0.035 0.059 0.095 0.142 0.173 0.169 0.158 0.080 0.046 51 T 0.010 0.016 0.019 0.047 0.065 0.101 0.138 0.148 0.150 0.116 0.106 0.046 0.022 0.017 52 N 0.039 0.057 0.068 0.113 0.140 0.146 0.139 0.098 0.095 0.047 0.038 0.013 0.004 0.003 53 T 0.080 0.128 0.144 0.147 0.136 0.119 0.097 0.064 0.050 0.020 0.012 0.003 0.001 0.001 54 S 0.144 0.164 0.174 0.135 0.139 0.104 0.061 0.036 0.025 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 55 T 0.277 0.202 0.207 0.116 0.095 0.047 0.027 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 56 R 0.383 0.191 0.139 0.109 0.085 0.042 0.022 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 57 M 0.099 0.101 0.119 0.167 0.197 0.120 0.085 0.065 0.031 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 58 V 0.044 0.040 0.058 0.109 0.164 0.158 0.134 0.166 0.071 0.039 0.012 0.004 0.002 0.001 59 E 0.424 0.250 0.141 0.094 0.044 0.023 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.264 0.191 0.197 0.141 0.114 0.050 0.021 0.009 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 61 L 0.040 0.032 0.056 0.156 0.224 0.211 0.136 0.082 0.040 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 62 K 0.198 0.259 0.210 0.180 0.082 0.037 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 K 0.327 0.222 0.176 0.120 0.076 0.041 0.019 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 N 0.094 0.181 0.162 0.215 0.172 0.093 0.043 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 65 N 0.045 0.068 0.100 0.120 0.158 0.166 0.145 0.098 0.051 0.024 0.016 0.004 0.002 0.001 66 K 0.009 0.019 0.034 0.082 0.163 0.188 0.162 0.129 0.095 0.060 0.033 0.013 0.007 0.006 67 I 0.002 0.002 0.004 0.009 0.019 0.040 0.071 0.086 0.150 0.133 0.192 0.164 0.086 0.041 68 C 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 0.022 0.053 0.123 0.161 0.188 0.169 0.141 0.076 0.045 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 0.056 0.091 0.151 0.235 0.217 0.146 0.076 70 Y 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.017 0.033 0.083 0.114 0.188 0.177 0.175 0.111 0.086 71 F 0.003 0.003 0.004 0.012 0.024 0.039 0.068 0.118 0.154 0.195 0.167 0.119 0.055 0.042 72 V 0.006 0.011 0.019 0.055 0.085 0.153 0.155 0.154 0.153 0.096 0.063 0.029 0.012 0.009 73 D 0.030 0.069 0.080 0.156 0.185 0.157 0.112 0.077 0.077 0.029 0.017 0.006 0.002 0.002 74 D 0.116 0.201 0.170 0.188 0.137 0.073 0.046 0.027 0.026 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 75 N 0.303 0.297 0.199 0.090 0.043 0.030 0.018 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 76 K 0.270 0.223 0.210 0.098 0.088 0.053 0.027 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 77 F 0.066 0.075 0.099 0.140 0.209 0.137 0.108 0.091 0.038 0.022 0.009 0.003 0.002 0.001 78 A 0.069 0.074 0.083 0.116 0.143 0.124 0.122 0.114 0.067 0.045 0.025 0.010 0.006 0.003 79 G 0.016 0.021 0.030 0.060 0.106 0.121 0.134 0.163 0.126 0.100 0.057 0.038 0.017 0.011 80 L 0.008 0.005 0.009 0.017 0.025 0.048 0.073 0.094 0.137 0.170 0.160 0.147 0.074 0.031 81 M 0.006 0.008 0.014 0.032 0.049 0.078 0.124 0.157 0.169 0.132 0.102 0.072 0.031 0.026 82 L 0.002 0.001 0.003 0.005 0.009 0.023 0.037 0.078 0.139 0.190 0.237 0.157 0.084 0.037 83 V 0.004 0.009 0.015 0.034 0.066 0.080 0.116 0.172 0.160 0.141 0.079 0.058 0.037 0.030 84 G 0.007 0.006 0.009 0.019 0.027 0.049 0.079 0.106 0.140 0.201 0.156 0.105 0.055 0.041 85 T 0.005 0.010 0.020 0.052 0.107 0.129 0.168 0.190 0.141 0.088 0.046 0.022 0.010 0.012 86 I 0.008 0.006 0.011 0.018 0.032 0.074 0.110 0.131 0.144 0.151 0.151 0.091 0.056 0.017 87 E 0.039 0.077 0.109 0.188 0.175 0.125 0.121 0.088 0.043 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 88 I 0.038 0.056 0.075 0.115 0.149 0.169 0.137 0.121 0.065 0.041 0.025 0.006 0.002 0.001 89 L 0.057 0.051 0.074 0.140 0.202 0.180 0.124 0.102 0.043 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 90 H 0.202 0.195 0.209 0.182 0.112 0.045 0.028 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.467 0.186 0.128 0.103 0.065 0.030 0.010 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 R 0.560 0.255 0.101 0.056 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 A 0.731 0.192 0.057 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 S 0.380 0.208 0.171 0.100 0.091 0.034 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 K 0.227 0.134 0.126 0.180 0.183 0.081 0.037 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.513 0.248 0.108 0.066 0.039 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 M 0.314 0.211 0.167 0.146 0.089 0.038 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.034 0.027 0.051 0.120 0.194 0.214 0.159 0.128 0.047 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 99 W 0.053 0.059 0.087 0.160 0.199 0.182 0.122 0.071 0.041 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 100 T 0.458 0.213 0.136 0.087 0.048 0.028 0.017 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 101 D 0.323 0.215 0.185 0.116 0.081 0.042 0.020 0.007 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 102 G 0.127 0.097 0.130 0.142 0.167 0.136 0.092 0.056 0.032 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 103 C 0.081 0.072 0.094 0.135 0.177 0.171 0.124 0.074 0.035 0.023 0.009 0.003 0.001 0.001 104 E 0.351 0.210 0.144 0.110 0.078 0.043 0.028 0.016 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 105 I 0.137 0.107 0.131 0.152 0.154 0.114 0.081 0.051 0.034 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 106 Y 0.061 0.051 0.072 0.109 0.147 0.155 0.140 0.131 0.067 0.037 0.017 0.009 0.003 0.001 107 Y 0.087 0.081 0.094 0.129 0.144 0.134 0.102 0.108 0.054 0.036 0.017 0.008 0.003 0.001 108 P 0.180 0.110 0.114 0.134 0.136 0.107 0.071 0.056 0.041 0.029 0.013 0.006 0.002 0.001 109 L 0.175 0.127 0.142 0.164 0.153 0.095 0.054 0.034 0.027 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 110 G 0.205 0.138 0.134 0.159 0.132 0.099 0.056 0.034 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 111 I 0.176 0.138 0.148 0.186 0.153 0.093 0.049 0.027 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 112 D 0.260 0.217 0.171 0.158 0.092 0.048 0.026 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 113 D 0.233 0.222 0.194 0.137 0.094 0.060 0.028 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 114 P 0.121 0.157 0.154 0.169 0.154 0.094 0.067 0.041 0.019 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 115 D 0.038 0.092 0.104 0.144 0.162 0.152 0.112 0.071 0.052 0.029 0.032 0.006 0.004 0.002 116 Y 0.002 0.005 0.011 0.031 0.055 0.101 0.160 0.147 0.173 0.127 0.095 0.051 0.025 0.017 117 T 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.028 0.062 0.160 0.171 0.185 0.211 0.093 0.046 0.023 118 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.046 0.079 0.143 0.248 0.217 0.176 0.074 119 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.023 0.071 0.148 0.188 0.337 0.125 0.098 120 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.020 0.140 0.169 0.225 0.208 0.103 0.072 0.050 121 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.045 0.081 0.142 0.222 0.223 0.165 0.104 122 T 0.001 0.003 0.007 0.019 0.039 0.045 0.094 0.184 0.189 0.212 0.087 0.055 0.026 0.039 123 A 0.001 0.004 0.006 0.012 0.029 0.063 0.089 0.138 0.179 0.184 0.143 0.087 0.038 0.027 124 E 0.011 0.027 0.050 0.081 0.106 0.147 0.165 0.165 0.103 0.063 0.043 0.017 0.011 0.010 125 W 0.015 0.036 0.051 0.085 0.152 0.129 0.147 0.123 0.107 0.080 0.040 0.019 0.007 0.008 126 G 0.022 0.019 0.031 0.047 0.081 0.136 0.137 0.170 0.138 0.104 0.062 0.029 0.018 0.005 127 N 0.078 0.095 0.104 0.154 0.147 0.109 0.110 0.087 0.053 0.028 0.018 0.009 0.004 0.003 128 Y 0.036 0.026 0.036 0.064 0.099 0.137 0.142 0.155 0.127 0.093 0.050 0.023 0.009 0.003 129 Y 0.069 0.063 0.081 0.120 0.150 0.157 0.128 0.098 0.064 0.035 0.020 0.009 0.004 0.002 130 R 0.237 0.168 0.155 0.146 0.112 0.063 0.050 0.029 0.019 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 131 H 0.177 0.106 0.127 0.139 0.142 0.122 0.080 0.046 0.034 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 132 L 0.183 0.132 0.135 0.156 0.149 0.107 0.061 0.033 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 133 K 0.424 0.204 0.136 0.098 0.064 0.033 0.019 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 134 N 0.426 0.201 0.150 0.092 0.066 0.031 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 135 I 0.178 0.115 0.125 0.159 0.163 0.111 0.070 0.040 0.020 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 136 T 0.141 0.096 0.117 0.134 0.166 0.126 0.098 0.065 0.031 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 137 F 0.268 0.139 0.126 0.138 0.113 0.088 0.054 0.036 0.017 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 138 K 0.304 0.169 0.130 0.126 0.111 0.063 0.039 0.023 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 139 I 0.088 0.065 0.093 0.136 0.161 0.141 0.110 0.096 0.056 0.034 0.013 0.004 0.002 0.001 140 D 0.265 0.163 0.141 0.134 0.110 0.078 0.045 0.031 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 141 E 0.290 0.158 0.152 0.137 0.110 0.065 0.038 0.022 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 142 I 0.098 0.058 0.074 0.133 0.173 0.156 0.122 0.089 0.054 0.029 0.009 0.004 0.001 0.001 143 Y 0.145 0.119 0.134 0.165 0.150 0.123 0.077 0.045 0.022 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 144 N 0.419 0.190 0.138 0.093 0.070 0.038 0.023 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 145 Y 0.190 0.110 0.125 0.145 0.150 0.115 0.072 0.041 0.025 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001