# TARGET T0374 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8826 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.103 0.053 0.073 0.108 0.143 0.149 0.115 0.084 0.060 0.061 0.027 0.012 0.008 0.003 2 Q 0.086 0.089 0.104 0.161 0.200 0.116 0.092 0.049 0.043 0.030 0.015 0.008 0.003 0.003 3 L 0.041 0.017 0.025 0.048 0.062 0.114 0.123 0.118 0.129 0.133 0.093 0.056 0.031 0.011 4 S 0.039 0.042 0.059 0.129 0.148 0.127 0.140 0.120 0.085 0.045 0.033 0.021 0.007 0.006 5 H 0.012 0.009 0.013 0.023 0.037 0.072 0.104 0.174 0.151 0.154 0.135 0.072 0.036 0.009 6 R 0.053 0.053 0.071 0.113 0.136 0.149 0.128 0.126 0.073 0.046 0.027 0.014 0.007 0.003 7 P 0.100 0.090 0.102 0.135 0.165 0.111 0.090 0.069 0.059 0.038 0.024 0.012 0.004 0.003 8 A 0.040 0.027 0.045 0.090 0.134 0.190 0.160 0.117 0.097 0.061 0.022 0.010 0.005 0.001 9 E 0.113 0.153 0.165 0.210 0.154 0.089 0.059 0.026 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 10 T 0.318 0.188 0.177 0.117 0.084 0.053 0.030 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 11 G 0.372 0.232 0.158 0.104 0.070 0.036 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 D 0.153 0.155 0.136 0.169 0.178 0.095 0.051 0.035 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 13 L 0.038 0.043 0.072 0.149 0.215 0.202 0.134 0.085 0.039 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 14 E 0.457 0.255 0.140 0.071 0.039 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.174 0.180 0.188 0.170 0.137 0.077 0.039 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 16 V 0.014 0.013 0.025 0.079 0.155 0.205 0.205 0.168 0.094 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001 17 A 0.078 0.097 0.139 0.190 0.179 0.144 0.094 0.041 0.020 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 18 G 0.501 0.255 0.132 0.054 0.029 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 F 0.036 0.041 0.081 0.171 0.221 0.200 0.141 0.066 0.024 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 20 P 0.077 0.072 0.130 0.161 0.206 0.147 0.111 0.050 0.032 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.432 0.195 0.129 0.103 0.069 0.036 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.403 0.207 0.137 0.111 0.072 0.035 0.018 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 R 0.159 0.099 0.143 0.163 0.180 0.119 0.064 0.035 0.022 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 24 D 0.310 0.161 0.137 0.128 0.111 0.068 0.039 0.025 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 25 E 0.307 0.143 0.123 0.127 0.110 0.073 0.044 0.031 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 26 L 0.113 0.085 0.091 0.146 0.160 0.127 0.093 0.078 0.048 0.035 0.015 0.006 0.002 0.001 27 F 0.104 0.083 0.094 0.128 0.143 0.127 0.099 0.090 0.057 0.038 0.022 0.010 0.003 0.001 28 Y 0.095 0.070 0.081 0.117 0.129 0.140 0.110 0.096 0.067 0.046 0.027 0.014 0.005 0.002 29 C 0.095 0.065 0.072 0.108 0.124 0.134 0.115 0.100 0.078 0.051 0.032 0.017 0.006 0.002 30 Y 0.078 0.072 0.089 0.118 0.137 0.136 0.114 0.100 0.071 0.043 0.025 0.011 0.005 0.002 31 P 0.167 0.116 0.119 0.136 0.133 0.108 0.078 0.051 0.038 0.027 0.017 0.007 0.003 0.001 32 K 0.286 0.176 0.171 0.119 0.093 0.059 0.041 0.021 0.016 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 33 A 0.184 0.106 0.112 0.134 0.140 0.122 0.084 0.053 0.031 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 34 I 0.132 0.114 0.121 0.153 0.160 0.119 0.090 0.055 0.031 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 35 W 0.167 0.121 0.130 0.153 0.149 0.118 0.070 0.047 0.022 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 36 P 0.436 0.187 0.130 0.093 0.076 0.034 0.020 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 37 F 0.190 0.129 0.149 0.171 0.139 0.092 0.057 0.040 0.017 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 38 S 0.157 0.102 0.108 0.143 0.163 0.138 0.081 0.048 0.037 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 39 V 0.146 0.119 0.152 0.194 0.162 0.100 0.057 0.033 0.019 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 40 A 0.610 0.200 0.088 0.049 0.026 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.154 0.153 0.162 0.180 0.163 0.087 0.049 0.029 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 42 L 0.034 0.030 0.053 0.104 0.159 0.196 0.185 0.145 0.062 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 43 A 0.290 0.225 0.184 0.135 0.085 0.043 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.583 0.211 0.114 0.049 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.134 0.107 0.130 0.190 0.207 0.121 0.061 0.030 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 46 I 0.109 0.107 0.157 0.202 0.189 0.112 0.069 0.034 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 47 A 0.419 0.222 0.144 0.105 0.056 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.326 0.238 0.177 0.119 0.073 0.036 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 R 0.122 0.147 0.154 0.164 0.170 0.112 0.059 0.035 0.019 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 50 R 0.032 0.046 0.062 0.117 0.173 0.180 0.147 0.108 0.064 0.035 0.021 0.008 0.003 0.002 51 G 0.008 0.012 0.021 0.052 0.092 0.126 0.151 0.145 0.142 0.097 0.080 0.041 0.020 0.012 52 S 0.003 0.003 0.006 0.012 0.023 0.042 0.083 0.127 0.158 0.148 0.157 0.133 0.070 0.034 53 T 0.002 0.002 0.004 0.008 0.013 0.028 0.052 0.119 0.137 0.176 0.184 0.130 0.093 0.053 54 V 0.003 0.002 0.005 0.010 0.023 0.037 0.048 0.091 0.120 0.162 0.158 0.163 0.099 0.078 55 A 0.007 0.005 0.008 0.021 0.032 0.049 0.078 0.106 0.141 0.178 0.144 0.134 0.066 0.032 56 V 0.010 0.024 0.038 0.118 0.142 0.171 0.150 0.121 0.127 0.050 0.030 0.012 0.004 0.004 57 H 0.031 0.070 0.079 0.177 0.177 0.162 0.101 0.067 0.071 0.031 0.024 0.007 0.002 0.002 58 D 0.142 0.297 0.196 0.154 0.091 0.048 0.030 0.019 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 59 G 0.133 0.268 0.228 0.130 0.091 0.067 0.037 0.025 0.013 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 60 Q 0.030 0.061 0.107 0.124 0.199 0.179 0.141 0.080 0.045 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 61 V 0.007 0.010 0.020 0.040 0.105 0.131 0.161 0.169 0.125 0.100 0.075 0.029 0.020 0.009 62 L 0.004 0.006 0.010 0.027 0.044 0.069 0.122 0.141 0.157 0.135 0.114 0.090 0.047 0.033 63 G 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.015 0.035 0.074 0.145 0.191 0.192 0.196 0.084 0.052 64 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 0.027 0.101 0.132 0.189 0.197 0.158 0.108 0.061 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 0.031 0.067 0.143 0.216 0.234 0.170 0.114 66 N 0.002 0.003 0.005 0.015 0.031 0.044 0.091 0.125 0.165 0.180 0.130 0.104 0.043 0.062 67 F 0.002 0.002 0.003 0.006 0.013 0.034 0.057 0.136 0.157 0.171 0.217 0.110 0.066 0.026 68 Y 0.007 0.021 0.036 0.091 0.126 0.172 0.171 0.153 0.099 0.064 0.030 0.015 0.008 0.006 69 Q 0.036 0.069 0.080 0.128 0.179 0.126 0.112 0.103 0.087 0.046 0.022 0.009 0.002 0.002 70 W 0.048 0.074 0.110 0.163 0.172 0.159 0.110 0.081 0.048 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 71 Q 0.213 0.210 0.176 0.143 0.098 0.065 0.041 0.027 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 72 H 0.247 0.185 0.195 0.135 0.108 0.058 0.031 0.020 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 73 G 0.252 0.203 0.154 0.129 0.109 0.064 0.039 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 74 D 0.097 0.108 0.125 0.154 0.178 0.122 0.086 0.061 0.034 0.019 0.011 0.003 0.002 0.001 75 F 0.029 0.041 0.061 0.114 0.189 0.171 0.146 0.105 0.064 0.041 0.021 0.011 0.005 0.004 76 C 0.017 0.010 0.018 0.036 0.055 0.103 0.141 0.134 0.138 0.135 0.094 0.068 0.038 0.014 77 A 0.016 0.022 0.036 0.082 0.100 0.116 0.142 0.153 0.120 0.085 0.061 0.037 0.017 0.013 78 L 0.005 0.003 0.005 0.010 0.019 0.041 0.059 0.109 0.147 0.153 0.180 0.163 0.079 0.027 79 G 0.007 0.009 0.015 0.033 0.046 0.072 0.123 0.169 0.165 0.147 0.089 0.062 0.040 0.023 80 N 0.006 0.009 0.017 0.031 0.063 0.079 0.116 0.130 0.137 0.142 0.120 0.080 0.031 0.039 81 M 0.007 0.005 0.009 0.016 0.030 0.065 0.078 0.125 0.157 0.170 0.153 0.085 0.063 0.036 82 M 0.015 0.015 0.023 0.058 0.094 0.105 0.145 0.116 0.138 0.104 0.067 0.064 0.028 0.029 83 V 0.010 0.009 0.013 0.032 0.047 0.096 0.130 0.195 0.169 0.131 0.099 0.040 0.020 0.006 84 A 0.035 0.056 0.076 0.121 0.165 0.189 0.127 0.092 0.072 0.031 0.021 0.009 0.004 0.003 85 P 0.197 0.163 0.145 0.163 0.141 0.072 0.050 0.028 0.018 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 86 A 0.204 0.210 0.193 0.152 0.109 0.062 0.034 0.016 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 87 A 0.209 0.119 0.117 0.135 0.129 0.123 0.075 0.044 0.033 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 88 R 0.278 0.237 0.181 0.140 0.076 0.041 0.027 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 G 0.543 0.226 0.121 0.041 0.032 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 L 0.136 0.147 0.161 0.195 0.184 0.084 0.049 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 91 G 0.382 0.188 0.132 0.086 0.067 0.061 0.042 0.023 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 92 V 0.040 0.039 0.055 0.109 0.206 0.212 0.131 0.097 0.065 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 93 A 0.027 0.024 0.045 0.097 0.145 0.198 0.210 0.124 0.074 0.032 0.016 0.006 0.002 0.001 94 R 0.196 0.245 0.214 0.131 0.108 0.056 0.026 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 95 Y 0.093 0.167 0.175 0.198 0.144 0.105 0.065 0.035 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 96 L 0.003 0.005 0.013 0.043 0.088 0.178 0.302 0.254 0.089 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 97 I 0.003 0.012 0.043 0.106 0.187 0.227 0.216 0.119 0.060 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 98 G 0.315 0.352 0.205 0.063 0.042 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 V 0.013 0.058 0.129 0.244 0.238 0.131 0.107 0.071 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 100 M 0.001 0.001 0.005 0.020 0.053 0.155 0.399 0.283 0.069 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.017 0.067 0.172 0.280 0.253 0.120 0.056 0.019 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 102 N 0.653 0.245 0.075 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.013 0.037 0.096 0.252 0.295 0.159 0.084 0.053 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.007 0.010 0.025 0.091 0.165 0.236 0.261 0.127 0.066 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 105 R 0.326 0.315 0.177 0.121 0.041 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.763 0.185 0.041 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 Q 0.151 0.173 0.171 0.179 0.211 0.077 0.021 0.007 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Y 0.086 0.131 0.164 0.225 0.174 0.100 0.069 0.036 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 109 K 0.491 0.254 0.153 0.044 0.028 0.017 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 A 0.017 0.026 0.049 0.141 0.237 0.185 0.122 0.083 0.053 0.056 0.020 0.007 0.004 0.001 111 R 0.023 0.038 0.051 0.099 0.134 0.129 0.153 0.124 0.096 0.063 0.047 0.028 0.008 0.006 112 L 0.004 0.008 0.012 0.029 0.054 0.085 0.098 0.200 0.169 0.159 0.091 0.052 0.024 0.014 113 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.028 0.078 0.135 0.166 0.203 0.225 0.108 0.035 114 K 0.001 0.002 0.004 0.011 0.022 0.033 0.053 0.135 0.156 0.215 0.159 0.109 0.058 0.042 115 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.018 0.049 0.110 0.188 0.223 0.237 0.099 0.059 116 S 0.003 0.006 0.011 0.025 0.043 0.062 0.104 0.208 0.186 0.145 0.095 0.055 0.032 0.025 117 C 0.003 0.006 0.008 0.018 0.032 0.061 0.090 0.144 0.168 0.175 0.151 0.084 0.038 0.023 118 F 0.016 0.032 0.055 0.087 0.126 0.174 0.158 0.135 0.105 0.059 0.031 0.013 0.005 0.004 119 N 0.099 0.132 0.130 0.142 0.159 0.103 0.079 0.059 0.045 0.026 0.017 0.006 0.002 0.002 120 A 0.120 0.127 0.144 0.144 0.144 0.117 0.083 0.056 0.037 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 121 N 0.131 0.137 0.133 0.147 0.153 0.117 0.076 0.054 0.029 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 122 A 0.236 0.170 0.150 0.129 0.122 0.076 0.049 0.037 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 123 A 0.176 0.129 0.139 0.143 0.144 0.109 0.070 0.049 0.022 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 124 G 0.065 0.057 0.072 0.124 0.192 0.179 0.133 0.077 0.058 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 125 L 0.106 0.105 0.123 0.163 0.165 0.134 0.089 0.053 0.033 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 126 L 0.241 0.150 0.167 0.134 0.120 0.075 0.050 0.033 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 127 L 0.055 0.036 0.049 0.109 0.158 0.180 0.131 0.118 0.086 0.046 0.019 0.008 0.004 0.001 128 Y 0.079 0.064 0.087 0.163 0.182 0.157 0.111 0.061 0.054 0.024 0.010 0.006 0.002 0.001 129 T 0.458 0.223 0.120 0.084 0.045 0.027 0.020 0.011 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 130 Q 0.267 0.202 0.167 0.120 0.099 0.064 0.039 0.018 0.014 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 131 L 0.076 0.057 0.094 0.144 0.182 0.169 0.125 0.075 0.039 0.022 0.012 0.003 0.002 0.001 132 G 0.208 0.134 0.136 0.126 0.141 0.096 0.073 0.038 0.028 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 133 Y 0.163 0.085 0.083 0.136 0.145 0.126 0.087 0.074 0.045 0.034 0.015 0.005 0.002 0.001 134 Q 0.259 0.197 0.145 0.137 0.100 0.062 0.043 0.022 0.017 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 135 P 0.174 0.099 0.135 0.127 0.148 0.115 0.079 0.048 0.036 0.022 0.011 0.004 0.001 0.001 136 R 0.188 0.106 0.135 0.144 0.153 0.103 0.070 0.045 0.026 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 137 A 0.313 0.138 0.128 0.126 0.108 0.070 0.043 0.031 0.019 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 138 I 0.166 0.100 0.105 0.154 0.168 0.100 0.072 0.063 0.038 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 139 A 0.148 0.096 0.101 0.152 0.149 0.119 0.081 0.074 0.040 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 140 E 0.372 0.179 0.137 0.119 0.083 0.050 0.027 0.016 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 141 R 0.310 0.159 0.159 0.141 0.112 0.056 0.030 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 142 H 0.228 0.109 0.121 0.157 0.151 0.111 0.061 0.035 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 143 D 0.376 0.188 0.138 0.126 0.086 0.042 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 144 P 0.491 0.167 0.116 0.098 0.063 0.033 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 145 D 0.571 0.196 0.110 0.063 0.034 0.014 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 G 0.530 0.186 0.124 0.073 0.044 0.022 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 R 0.378 0.186 0.137 0.112 0.088 0.049 0.025 0.014 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 148 R 0.243 0.148 0.136 0.130 0.131 0.088 0.056 0.037 0.016 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 149 V 0.109 0.086 0.099 0.131 0.165 0.150 0.107 0.080 0.034 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 150 A 0.128 0.101 0.106 0.146 0.159 0.119 0.086 0.056 0.039 0.029 0.017 0.008 0.003 0.002 151 L 0.048 0.043 0.067 0.100 0.148 0.144 0.136 0.098 0.086 0.060 0.037 0.021 0.007 0.004 152 I 0.045 0.022 0.032 0.060 0.075 0.123 0.127 0.133 0.116 0.107 0.083 0.044 0.024 0.008 153 Q 0.058 0.053 0.065 0.108 0.128 0.123 0.127 0.104 0.094 0.052 0.045 0.027 0.010 0.006 154 M 0.035 0.019 0.025 0.048 0.067 0.117 0.124 0.146 0.124 0.129 0.096 0.043 0.021 0.005 155 D 0.150 0.153 0.144 0.161 0.139 0.088 0.067 0.039 0.032 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 156 K 0.182 0.128 0.142 0.160 0.133 0.096 0.064 0.040 0.025 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 157 P 0.237 0.144 0.145 0.137 0.130 0.091 0.054 0.032 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 158 L 0.161 0.112 0.133 0.187 0.172 0.106 0.059 0.035 0.021 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 159 E 0.556 0.206 0.114 0.062 0.033 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 P 0.561 0.203 0.123 0.054 0.032 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001