# TARGET T0360 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.6402 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.411 0.147 0.132 0.116 0.093 0.048 0.026 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 2 T 0.465 0.172 0.123 0.106 0.075 0.028 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 Q 0.490 0.159 0.113 0.102 0.070 0.034 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.497 0.165 0.122 0.097 0.069 0.026 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 T 0.486 0.138 0.108 0.108 0.079 0.041 0.019 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.405 0.146 0.125 0.124 0.108 0.045 0.022 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.231 0.096 0.102 0.175 0.166 0.104 0.055 0.038 0.016 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 8 G 0.458 0.167 0.124 0.105 0.076 0.034 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 9 A 0.396 0.136 0.131 0.136 0.091 0.053 0.028 0.015 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 10 A 0.345 0.151 0.128 0.131 0.116 0.064 0.032 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 11 L 0.185 0.097 0.115 0.172 0.169 0.114 0.067 0.044 0.019 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 12 K 0.534 0.185 0.104 0.080 0.050 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.399 0.175 0.157 0.117 0.079 0.038 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.222 0.098 0.111 0.152 0.168 0.110 0.063 0.040 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 15 V 0.335 0.158 0.132 0.149 0.110 0.058 0.029 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.538 0.192 0.112 0.078 0.044 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.238 0.111 0.140 0.155 0.157 0.103 0.052 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 18 M 0.431 0.169 0.130 0.117 0.084 0.036 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 S 0.465 0.197 0.133 0.096 0.056 0.030 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.205 0.120 0.125 0.176 0.175 0.105 0.043 0.022 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 21 K 0.377 0.222 0.147 0.122 0.072 0.034 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.391 0.314 0.143 0.083 0.041 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.021 0.024 0.043 0.113 0.178 0.218 0.202 0.142 0.045 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 24 T 0.011 0.024 0.076 0.142 0.215 0.218 0.192 0.078 0.030 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 25 E 0.503 0.315 0.117 0.035 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 M 0.083 0.149 0.205 0.210 0.169 0.091 0.059 0.027 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 I 0.006 0.006 0.020 0.063 0.143 0.227 0.264 0.174 0.073 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 28 A 0.065 0.094 0.158 0.237 0.223 0.123 0.056 0.022 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.624 0.213 0.092 0.039 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 H 0.093 0.114 0.147 0.220 0.197 0.120 0.060 0.030 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 31 I 0.052 0.046 0.084 0.122 0.179 0.192 0.167 0.095 0.043 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 32 Y 0.189 0.123 0.114 0.153 0.159 0.116 0.067 0.039 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 33 G 0.478 0.212 0.122 0.086 0.043 0.027 0.016 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 34 K 0.178 0.124 0.147 0.148 0.161 0.108 0.063 0.030 0.024 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 35 Y 0.142 0.090 0.112 0.142 0.163 0.141 0.103 0.059 0.026 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 36 D 0.406 0.198 0.147 0.102 0.069 0.036 0.021 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.298 0.123 0.128 0.142 0.127 0.081 0.047 0.024 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 38 F 0.307 0.159 0.146 0.142 0.122 0.059 0.030 0.016 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 39 K 0.415 0.177 0.144 0.109 0.072 0.039 0.020 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 40 R 0.321 0.180 0.149 0.131 0.108 0.054 0.026 0.013 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 41 F 0.095 0.074 0.085 0.154 0.171 0.140 0.104 0.085 0.047 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 42 K 0.073 0.074 0.089 0.140 0.149 0.131 0.111 0.105 0.059 0.036 0.020 0.008 0.003 0.002 43 P 0.041 0.036 0.044 0.068 0.107 0.128 0.132 0.146 0.108 0.082 0.053 0.032 0.015 0.008 44 L 0.022 0.011 0.020 0.034 0.049 0.080 0.113 0.118 0.123 0.141 0.139 0.089 0.043 0.019 45 A 0.024 0.026 0.041 0.076 0.108 0.118 0.128 0.120 0.109 0.083 0.081 0.045 0.021 0.021 46 L 0.022 0.008 0.011 0.018 0.026 0.055 0.071 0.087 0.134 0.156 0.152 0.154 0.076 0.028 47 G 0.025 0.031 0.037 0.091 0.115 0.109 0.142 0.198 0.129 0.064 0.032 0.016 0.009 0.004 48 I 0.011 0.017 0.023 0.059 0.085 0.157 0.142 0.128 0.139 0.110 0.079 0.032 0.012 0.006 49 D 0.030 0.051 0.097 0.127 0.198 0.184 0.125 0.071 0.069 0.030 0.013 0.004 0.001 0.001 50 Q 0.201 0.190 0.165 0.135 0.126 0.074 0.042 0.032 0.018 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 51 D 0.107 0.147 0.181 0.198 0.157 0.101 0.056 0.034 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 52 L 0.012 0.013 0.024 0.068 0.138 0.186 0.170 0.197 0.145 0.037 0.008 0.002 0.001 0.001 53 I 0.044 0.084 0.118 0.274 0.208 0.115 0.076 0.040 0.027 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 54 A 0.658 0.264 0.063 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.147 0.212 0.206 0.164 0.149 0.073 0.030 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.026 0.033 0.069 0.175 0.241 0.173 0.163 0.079 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 57 P 0.415 0.250 0.170 0.087 0.045 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.722 0.166 0.073 0.024 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 Y 0.175 0.141 0.169 0.211 0.167 0.079 0.036 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.398 0.207 0.155 0.083 0.080 0.044 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.211 0.145 0.147 0.200 0.178 0.067 0.028 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.475 0.195 0.103 0.095 0.058 0.039 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.062 0.082 0.128 0.185 0.238 0.145 0.076 0.054 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 64 I 0.010 0.008 0.017 0.049 0.095 0.187 0.239 0.250 0.092 0.040 0.009 0.003 0.001 0.001 65 A 0.061 0.104 0.157 0.193 0.229 0.137 0.061 0.029 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 66 R 0.162 0.161 0.158 0.177 0.137 0.082 0.050 0.035 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 67 V 0.013 0.013 0.027 0.089 0.124 0.189 0.254 0.208 0.053 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 68 L 0.014 0.016 0.038 0.058 0.106 0.185 0.246 0.184 0.098 0.036 0.013 0.004 0.002 0.001 69 A 0.156 0.191 0.189 0.155 0.144 0.078 0.043 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 70 N 0.118 0.120 0.151 0.169 0.162 0.127 0.076 0.033 0.021 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 71 H 0.037 0.028 0.054 0.122 0.190 0.185 0.181 0.117 0.053 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 72 C 0.068 0.064 0.073 0.118 0.141 0.174 0.162 0.103 0.058 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 73 R 0.149 0.142 0.146 0.177 0.142 0.104 0.065 0.038 0.022 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 74 R 0.169 0.145 0.160 0.148 0.133 0.105 0.064 0.028 0.025 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 75 P 0.107 0.101 0.121 0.143 0.193 0.138 0.080 0.041 0.039 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 76 R 0.091 0.074 0.095 0.139 0.141 0.146 0.118 0.084 0.053 0.027 0.019 0.006 0.004 0.002 77 Y 0.034 0.023 0.038 0.074 0.123 0.140 0.170 0.148 0.111 0.064 0.034 0.025 0.010 0.006 78 L 0.023 0.013 0.022 0.031 0.052 0.092 0.132 0.198 0.150 0.108 0.091 0.050 0.032 0.006 79 K 0.083 0.095 0.098 0.145 0.145 0.104 0.089 0.088 0.061 0.040 0.027 0.014 0.007 0.004 80 A 0.048 0.041 0.053 0.087 0.110 0.135 0.143 0.124 0.099 0.073 0.047 0.026 0.008 0.005 81 L 0.017 0.017 0.029 0.066 0.122 0.157 0.164 0.190 0.130 0.070 0.021 0.009 0.005 0.002 82 A 0.048 0.073 0.103 0.169 0.181 0.139 0.113 0.071 0.053 0.032 0.010 0.005 0.002 0.001 83 R 0.139 0.121 0.152 0.145 0.144 0.116 0.073 0.045 0.032 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 84 G 0.125 0.114 0.129 0.159 0.163 0.124 0.076 0.043 0.034 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 85 G 0.055 0.058 0.078 0.132 0.159 0.140 0.126 0.108 0.077 0.044 0.014 0.006 0.002 0.001 86 K 0.093 0.094 0.093 0.132 0.139 0.117 0.098 0.105 0.059 0.036 0.022 0.007 0.003 0.001 87 R 0.066 0.079 0.107 0.121 0.140 0.122 0.114 0.087 0.064 0.040 0.036 0.016 0.006 0.004 88 F 0.049 0.024 0.041 0.065 0.087 0.129 0.134 0.135 0.116 0.106 0.058 0.033 0.017 0.007 89 D 0.059 0.058 0.079 0.119 0.173 0.110 0.103 0.122 0.084 0.045 0.023 0.015 0.006 0.004 90 L 0.039 0.018 0.022 0.042 0.063 0.120 0.102 0.141 0.119 0.148 0.095 0.051 0.032 0.006 91 N 0.176 0.155 0.148 0.183 0.142 0.080 0.053 0.022 0.020 0.009 0.006 0.004 0.001 0.001 92 N 0.310 0.146 0.124 0.131 0.100 0.068 0.050 0.025 0.022 0.011 0.010 0.002 0.001 0.001 93 R 0.229 0.192 0.160 0.144 0.114 0.074 0.044 0.023 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 94 F 0.231 0.177 0.146 0.131 0.114 0.084 0.052 0.033 0.018 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 95 K 0.179 0.145 0.195 0.149 0.151 0.089 0.048 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 96 G 0.627 0.159 0.082 0.053 0.038 0.022 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.351 0.214 0.171 0.120 0.087 0.028 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 V 0.114 0.061 0.090 0.160 0.182 0.171 0.109 0.062 0.031 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 99 T 0.362 0.220 0.179 0.122 0.069 0.027 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 P 0.776 0.147 0.045 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.546 0.300 0.098 0.033 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.197 0.150 0.138 0.172 0.196 0.084 0.027 0.017 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 103 Q 0.169 0.164 0.143 0.238 0.167 0.071 0.027 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.716 0.187 0.065 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 I 0.062 0.072 0.127 0.251 0.273 0.107 0.060 0.033 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 106 A 0.021 0.020 0.041 0.111 0.170 0.234 0.213 0.118 0.048 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 107 Q 0.454 0.280 0.133 0.074 0.035 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 N 0.621 0.200 0.099 0.045 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 H 0.103 0.089 0.140 0.192 0.232 0.143 0.063 0.022 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 110 P 0.264 0.138 0.217 0.138 0.131 0.059 0.030 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 111 F 0.771 0.117 0.055 0.032 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.535 0.202 0.091 0.097 0.050 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.335 0.167 0.149 0.157 0.113 0.048 0.017 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 Q 0.688 0.164 0.074 0.045 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.780 0.136 0.053 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.378 0.156 0.131 0.165 0.121 0.033 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 Q 0.524 0.170 0.119 0.106 0.051 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 Q 0.825 0.132 0.028 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 Q 0.722 0.189 0.057 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 S 0.661 0.180 0.086 0.039 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.570 0.179 0.106 0.082 0.046 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 Q 0.808 0.124 0.039 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 A 0.685 0.171 0.081 0.041 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.638 0.158 0.083 0.067 0.036 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.599 0.174 0.092 0.077 0.041 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.761 0.148 0.050 0.026 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 T 0.633 0.173 0.095 0.052 0.032 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 L 0.374 0.138 0.141 0.151 0.117 0.047 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 S 0.572 0.141 0.109 0.078 0.063 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 V 0.484 0.131 0.102 0.139 0.087 0.031 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 131 E 0.590 0.177 0.086 0.076 0.042 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 A 0.419 0.160 0.125 0.136 0.095 0.037 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.625 0.153 0.095 0.066 0.035 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.528 0.153 0.127 0.089 0.062 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 A 0.378 0.119 0.103 0.153 0.133 0.062 0.026 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 136 E 0.485 0.194 0.117 0.106 0.057 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 S 0.690 0.159 0.076 0.040 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 S 0.361 0.165 0.166 0.130 0.102 0.043 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 A 0.184 0.076 0.094 0.145 0.175 0.152 0.094 0.046 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 140 A 0.419 0.216 0.137 0.105 0.066 0.031 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.513 0.175 0.126 0.077 0.051 0.029 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001