# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1717 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.203 0.126 0.134 0.129 0.127 0.093 0.070 0.050 0.034 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 2 V 0.121 0.071 0.081 0.123 0.147 0.138 0.103 0.087 0.052 0.044 0.021 0.008 0.004 0.002 3 K 0.112 0.109 0.106 0.145 0.155 0.109 0.091 0.066 0.047 0.031 0.015 0.008 0.003 0.002 4 F 0.068 0.028 0.043 0.064 0.081 0.129 0.132 0.121 0.109 0.101 0.061 0.036 0.018 0.007 5 A 0.063 0.055 0.070 0.112 0.141 0.127 0.121 0.116 0.079 0.048 0.032 0.022 0.010 0.006 6 C 0.032 0.014 0.018 0.031 0.045 0.081 0.097 0.124 0.133 0.153 0.122 0.092 0.045 0.014 7 R 0.047 0.055 0.068 0.125 0.140 0.123 0.131 0.113 0.085 0.051 0.031 0.017 0.007 0.005 8 A 0.066 0.046 0.054 0.080 0.088 0.122 0.116 0.095 0.100 0.088 0.079 0.040 0.016 0.010 9 I 0.050 0.040 0.055 0.087 0.121 0.148 0.152 0.147 0.096 0.049 0.028 0.016 0.007 0.004 10 T 0.046 0.044 0.056 0.092 0.118 0.146 0.143 0.123 0.091 0.065 0.040 0.020 0.010 0.004 11 R 0.072 0.090 0.120 0.154 0.176 0.138 0.105 0.065 0.042 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 12 G 0.125 0.101 0.118 0.149 0.148 0.118 0.091 0.053 0.041 0.028 0.018 0.006 0.004 0.002 13 R 0.085 0.087 0.106 0.148 0.171 0.146 0.108 0.071 0.043 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 14 A 0.038 0.026 0.043 0.072 0.106 0.149 0.155 0.155 0.100 0.080 0.037 0.022 0.014 0.004 15 E 0.045 0.058 0.077 0.143 0.169 0.147 0.137 0.109 0.058 0.031 0.013 0.008 0.003 0.002 16 G 0.035 0.031 0.042 0.072 0.100 0.137 0.135 0.111 0.115 0.087 0.072 0.037 0.017 0.008 17 E 0.027 0.027 0.047 0.091 0.133 0.137 0.161 0.122 0.113 0.070 0.036 0.020 0.008 0.007 18 A 0.016 0.011 0.018 0.030 0.051 0.078 0.103 0.159 0.164 0.133 0.102 0.069 0.046 0.020 19 L 0.025 0.016 0.024 0.048 0.075 0.106 0.124 0.157 0.143 0.114 0.063 0.052 0.036 0.016 20 V 0.029 0.022 0.028 0.066 0.098 0.112 0.120 0.121 0.130 0.120 0.073 0.045 0.024 0.011 21 T 0.030 0.024 0.034 0.077 0.109 0.174 0.162 0.105 0.111 0.079 0.053 0.026 0.011 0.006 22 K 0.107 0.110 0.132 0.154 0.172 0.120 0.083 0.049 0.038 0.016 0.011 0.005 0.002 0.001 23 E 0.107 0.123 0.142 0.162 0.160 0.105 0.077 0.055 0.034 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 24 Y 0.085 0.093 0.098 0.134 0.163 0.144 0.102 0.083 0.053 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 25 I 0.042 0.043 0.063 0.107 0.159 0.152 0.147 0.105 0.079 0.055 0.025 0.012 0.005 0.003 26 S 0.099 0.063 0.087 0.109 0.120 0.125 0.123 0.099 0.077 0.045 0.029 0.015 0.006 0.004 27 F 0.063 0.039 0.052 0.075 0.105 0.126 0.112 0.111 0.101 0.082 0.065 0.037 0.021 0.010 28 L 0.046 0.029 0.036 0.060 0.085 0.106 0.121 0.126 0.122 0.099 0.073 0.056 0.028 0.012 29 G 0.069 0.057 0.067 0.115 0.118 0.117 0.118 0.106 0.083 0.064 0.046 0.025 0.011 0.005 30 G 0.109 0.086 0.099 0.125 0.121 0.118 0.102 0.073 0.073 0.038 0.032 0.015 0.005 0.003 31 I 0.066 0.054 0.068 0.108 0.134 0.152 0.123 0.099 0.087 0.054 0.032 0.014 0.006 0.003 32 D 0.122 0.133 0.129 0.141 0.135 0.104 0.085 0.061 0.043 0.023 0.014 0.006 0.002 0.001 33 K 0.185 0.127 0.144 0.115 0.109 0.103 0.079 0.057 0.034 0.022 0.015 0.005 0.002 0.001 34 E 0.158 0.121 0.133 0.125 0.150 0.099 0.070 0.047 0.041 0.025 0.018 0.007 0.003 0.002 35 T 0.058 0.049 0.061 0.095 0.128 0.126 0.130 0.117 0.086 0.068 0.041 0.023 0.012 0.005 36 G 0.066 0.052 0.053 0.097 0.107 0.126 0.135 0.131 0.094 0.065 0.041 0.020 0.009 0.004 37 I 0.039 0.038 0.054 0.088 0.122 0.134 0.133 0.132 0.100 0.065 0.051 0.026 0.011 0.005 38 V 0.044 0.026 0.037 0.060 0.087 0.136 0.130 0.117 0.110 0.107 0.074 0.045 0.021 0.007 39 K 0.120 0.116 0.148 0.151 0.155 0.097 0.076 0.054 0.042 0.019 0.012 0.007 0.002 0.001 40 E 0.143 0.093 0.100 0.144 0.141 0.118 0.083 0.065 0.043 0.037 0.021 0.008 0.003 0.001 41 D 0.152 0.148 0.131 0.151 0.155 0.098 0.065 0.037 0.038 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 42 C 0.135 0.101 0.108 0.171 0.149 0.124 0.082 0.059 0.031 0.023 0.012 0.003 0.001 0.001 43 E 0.367 0.206 0.180 0.095 0.067 0.039 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 44 I 0.110 0.052 0.072 0.116 0.185 0.161 0.099 0.096 0.054 0.036 0.013 0.004 0.003 0.001 45 K 0.139 0.150 0.150 0.199 0.154 0.094 0.061 0.029 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 46 G 0.250 0.141 0.132 0.135 0.138 0.086 0.047 0.029 0.025 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 47 E 0.180 0.179 0.159 0.209 0.136 0.066 0.036 0.016 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 48 S 0.257 0.259 0.179 0.125 0.076 0.050 0.026 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 49 V 0.019 0.027 0.058 0.111 0.190 0.201 0.165 0.137 0.049 0.028 0.008 0.003 0.002 0.001 50 A 0.028 0.054 0.085 0.166 0.197 0.172 0.124 0.089 0.042 0.027 0.010 0.003 0.002 0.001 51 G 0.036 0.050 0.070 0.115 0.146 0.146 0.140 0.076 0.089 0.055 0.040 0.021 0.009 0.007 52 R 0.006 0.010 0.021 0.050 0.081 0.111 0.154 0.157 0.163 0.111 0.074 0.038 0.013 0.009 53 I 0.003 0.002 0.004 0.007 0.013 0.031 0.050 0.124 0.167 0.143 0.189 0.134 0.097 0.036 54 L 0.003 0.002 0.004 0.008 0.013 0.024 0.046 0.118 0.148 0.177 0.141 0.161 0.104 0.051 55 V 0.004 0.002 0.003 0.005 0.010 0.017 0.031 0.093 0.139 0.206 0.202 0.157 0.094 0.035 56 F 0.007 0.007 0.010 0.021 0.034 0.067 0.089 0.105 0.136 0.149 0.160 0.104 0.059 0.053 57 P 0.026 0.027 0.036 0.062 0.089 0.102 0.124 0.103 0.127 0.108 0.086 0.059 0.023 0.027 58 G 0.026 0.040 0.055 0.081 0.112 0.127 0.138 0.155 0.120 0.071 0.040 0.019 0.009 0.006 59 G 0.041 0.051 0.054 0.084 0.106 0.148 0.140 0.135 0.100 0.067 0.041 0.019 0.010 0.005 60 K 0.058 0.077 0.094 0.127 0.143 0.137 0.133 0.089 0.062 0.039 0.024 0.011 0.004 0.003 61 G 0.080 0.065 0.083 0.100 0.125 0.128 0.121 0.095 0.084 0.047 0.038 0.019 0.009 0.005 62 S 0.058 0.042 0.059 0.081 0.106 0.127 0.140 0.127 0.100 0.065 0.044 0.024 0.017 0.009 63 T 0.048 0.030 0.037 0.055 0.079 0.099 0.117 0.145 0.115 0.103 0.071 0.052 0.034 0.016 64 V 0.032 0.019 0.026 0.045 0.060 0.089 0.116 0.127 0.127 0.123 0.090 0.077 0.047 0.022 65 G 0.019 0.015 0.023 0.049 0.070 0.092 0.134 0.117 0.139 0.119 0.090 0.073 0.035 0.025 66 S 0.010 0.010 0.016 0.033 0.054 0.087 0.135 0.119 0.147 0.134 0.124 0.066 0.036 0.028 67 Y 0.012 0.010 0.016 0.030 0.048 0.084 0.130 0.123 0.147 0.119 0.125 0.072 0.044 0.039 68 V 0.007 0.005 0.009 0.019 0.035 0.061 0.094 0.122 0.152 0.154 0.138 0.097 0.063 0.044 69 L 0.006 0.004 0.006 0.013 0.030 0.050 0.088 0.171 0.180 0.155 0.115 0.093 0.064 0.024 70 L 0.018 0.018 0.023 0.048 0.063 0.099 0.120 0.170 0.117 0.122 0.093 0.055 0.039 0.014 71 N 0.036 0.055 0.068 0.132 0.174 0.132 0.136 0.100 0.075 0.046 0.024 0.013 0.004 0.004 72 L 0.016 0.017 0.029 0.078 0.113 0.167 0.183 0.184 0.106 0.068 0.023 0.009 0.003 0.001 73 R 0.057 0.079 0.126 0.176 0.185 0.158 0.096 0.055 0.046 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 74 K 0.179 0.147 0.147 0.173 0.149 0.082 0.047 0.037 0.022 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 75 N 0.219 0.200 0.181 0.150 0.106 0.069 0.037 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 76 G 0.160 0.142 0.143 0.155 0.150 0.108 0.061 0.040 0.024 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 77 V 0.060 0.080 0.103 0.155 0.191 0.143 0.109 0.089 0.038 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 78 A 0.041 0.047 0.059 0.097 0.128 0.166 0.164 0.138 0.071 0.045 0.024 0.012 0.006 0.003 79 P 0.020 0.022 0.039 0.065 0.103 0.136 0.178 0.114 0.114 0.079 0.068 0.036 0.015 0.010 80 K 0.013 0.015 0.029 0.054 0.087 0.113 0.149 0.125 0.129 0.093 0.089 0.054 0.026 0.024 81 A 0.010 0.004 0.009 0.012 0.022 0.042 0.070 0.094 0.152 0.146 0.155 0.146 0.087 0.051 82 I 0.008 0.005 0.008 0.017 0.030 0.047 0.068 0.169 0.155 0.162 0.127 0.088 0.084 0.032 83 I 0.008 0.006 0.008 0.021 0.037 0.060 0.082 0.101 0.139 0.164 0.132 0.131 0.073 0.038 84 N 0.013 0.017 0.026 0.072 0.106 0.147 0.167 0.139 0.139 0.088 0.051 0.021 0.009 0.006 85 K 0.037 0.078 0.105 0.174 0.199 0.148 0.107 0.062 0.044 0.019 0.016 0.005 0.002 0.002 86 K 0.052 0.108 0.133 0.191 0.178 0.134 0.084 0.059 0.038 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 87 T 0.035 0.074 0.101 0.164 0.180 0.160 0.110 0.102 0.046 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 88 E 0.061 0.095 0.135 0.162 0.172 0.133 0.106 0.078 0.035 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 89 T 0.031 0.058 0.090 0.150 0.202 0.160 0.114 0.080 0.060 0.032 0.014 0.005 0.004 0.002 90 I 0.011 0.012 0.025 0.053 0.091 0.141 0.178 0.134 0.136 0.092 0.056 0.036 0.022 0.013 91 I 0.004 0.004 0.009 0.019 0.035 0.069 0.121 0.185 0.170 0.143 0.115 0.065 0.041 0.020 92 A 0.002 0.002 0.003 0.008 0.013 0.030 0.052 0.104 0.145 0.153 0.190 0.157 0.091 0.051 93 V 0.002 0.001 0.002 0.005 0.008 0.017 0.044 0.093 0.164 0.169 0.181 0.175 0.082 0.058 94 G 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.019 0.048 0.124 0.167 0.187 0.169 0.107 0.086 0.074 95 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.021 0.046 0.092 0.130 0.162 0.144 0.118 0.122 0.147 96 A 0.002 0.001 0.003 0.006 0.015 0.030 0.054 0.086 0.114 0.184 0.118 0.110 0.136 0.140 97 M 0.005 0.003 0.005 0.013 0.031 0.049 0.083 0.078 0.113 0.158 0.122 0.141 0.100 0.101 98 A 0.006 0.006 0.010 0.028 0.037 0.098 0.162 0.128 0.120 0.116 0.132 0.079 0.050 0.028 99 E 0.010 0.023 0.040 0.112 0.156 0.142 0.208 0.103 0.082 0.048 0.037 0.021 0.007 0.011 100 I 0.007 0.014 0.021 0.043 0.074 0.118 0.163 0.193 0.141 0.099 0.077 0.029 0.013 0.007 101 P 0.020 0.017 0.027 0.043 0.074 0.121 0.127 0.179 0.142 0.108 0.065 0.038 0.026 0.013 102 L 0.014 0.013 0.022 0.046 0.087 0.103 0.141 0.141 0.132 0.125 0.071 0.060 0.027 0.018 103 V 0.029 0.013 0.019 0.033 0.052 0.094 0.100 0.142 0.143 0.135 0.114 0.072 0.042 0.010 104 E 0.059 0.071 0.094 0.167 0.150 0.125 0.136 0.075 0.056 0.028 0.022 0.010 0.004 0.003 105 V 0.074 0.054 0.063 0.113 0.141 0.146 0.119 0.104 0.088 0.051 0.031 0.009 0.003 0.001 106 R 0.112 0.133 0.167 0.182 0.159 0.111 0.059 0.035 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 107 D 0.345 0.199 0.134 0.118 0.088 0.048 0.026 0.017 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 108 E 0.409 0.257 0.162 0.089 0.048 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.460 0.254 0.149 0.066 0.035 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 F 0.068 0.062 0.097 0.131 0.226 0.167 0.113 0.080 0.039 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 111 F 0.068 0.087 0.113 0.185 0.213 0.135 0.089 0.065 0.023 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 112 E 0.513 0.256 0.108 0.059 0.031 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.081 0.089 0.136 0.191 0.205 0.127 0.092 0.046 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 114 V 0.029 0.022 0.045 0.088 0.164 0.206 0.191 0.129 0.071 0.035 0.012 0.005 0.002 0.001 115 K 0.169 0.188 0.208 0.190 0.113 0.064 0.038 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 116 T 0.349 0.155 0.144 0.113 0.097 0.066 0.034 0.013 0.014 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 117 G 0.090 0.105 0.120 0.180 0.216 0.122 0.067 0.040 0.031 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 118 D 0.133 0.120 0.107 0.153 0.131 0.108 0.089 0.070 0.039 0.024 0.018 0.004 0.002 0.001 119 R 0.047 0.057 0.086 0.109 0.163 0.149 0.129 0.099 0.076 0.042 0.024 0.012 0.004 0.003 120 V 0.025 0.010 0.016 0.032 0.050 0.091 0.106 0.168 0.131 0.144 0.113 0.061 0.041 0.010 121 V 0.027 0.039 0.058 0.115 0.148 0.114 0.134 0.125 0.097 0.066 0.034 0.025 0.009 0.007 122 V 0.025 0.011 0.016 0.029 0.047 0.088 0.088 0.152 0.145 0.176 0.113 0.071 0.032 0.008 123 N 0.090 0.089 0.115 0.162 0.159 0.114 0.092 0.061 0.057 0.027 0.018 0.011 0.003 0.002 124 A 0.095 0.069 0.075 0.125 0.134 0.143 0.103 0.076 0.077 0.059 0.029 0.011 0.004 0.002 125 D 0.223 0.198 0.157 0.141 0.118 0.066 0.040 0.023 0.018 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 126 E 0.284 0.237 0.177 0.113 0.072 0.045 0.032 0.019 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 127 G 0.140 0.102 0.125 0.124 0.160 0.146 0.091 0.056 0.029 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 128 Y 0.086 0.084 0.116 0.143 0.204 0.127 0.098 0.067 0.038 0.019 0.011 0.004 0.001 0.001 129 V 0.088 0.053 0.058 0.101 0.126 0.148 0.124 0.111 0.072 0.066 0.030 0.014 0.007 0.002 130 E 0.184 0.162 0.142 0.164 0.122 0.074 0.060 0.041 0.025 0.011 0.009 0.004 0.001 0.001 131 L 0.051 0.037 0.057 0.092 0.123 0.144 0.134 0.139 0.105 0.064 0.035 0.013 0.005 0.002 132 I 0.078 0.068 0.091 0.144 0.161 0.183 0.116 0.068 0.040 0.026 0.015 0.007 0.003 0.001 133 E 0.398 0.208 0.144 0.097 0.071 0.032 0.023 0.012 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 134 L 0.166 0.115 0.136 0.176 0.152 0.110 0.068 0.036 0.021 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 135 E 0.435 0.207 0.141 0.086 0.059 0.034 0.019 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 136 H 0.263 0.143 0.160 0.149 0.134 0.068 0.039 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 137 H 0.514 0.154 0.108 0.086 0.066 0.038 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 138 H 0.471 0.190 0.134 0.092 0.065 0.025 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 H 0.286 0.115 0.111 0.148 0.137 0.092 0.056 0.029 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 140 H 0.420 0.184 0.140 0.104 0.073 0.039 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 141 H 0.499 0.167 0.127 0.081 0.055 0.033 0.019 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001