# TARGET T0354 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 85.0152 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.584 0.179 0.102 0.067 0.036 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 E 0.396 0.235 0.156 0.101 0.061 0.029 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 I 0.102 0.066 0.091 0.157 0.207 0.162 0.097 0.060 0.041 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 4 Q 0.383 0.262 0.155 0.108 0.050 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.448 0.333 0.136 0.046 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.014 0.018 0.038 0.100 0.170 0.212 0.226 0.173 0.037 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 7 S 0.008 0.019 0.067 0.105 0.203 0.234 0.223 0.102 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 8 K 0.327 0.334 0.190 0.068 0.049 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.021 0.068 0.136 0.251 0.210 0.153 0.101 0.048 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.002 0.007 0.025 0.072 0.151 0.322 0.272 0.123 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 11 I 0.008 0.041 0.082 0.218 0.236 0.208 0.117 0.050 0.026 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 12 E 0.432 0.371 0.153 0.027 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.013 0.027 0.079 0.204 0.263 0.202 0.123 0.069 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.006 0.010 0.023 0.116 0.206 0.228 0.210 0.097 0.082 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 15 E 0.331 0.317 0.168 0.105 0.046 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.456 0.294 0.165 0.051 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.083 0.081 0.141 0.202 0.248 0.149 0.052 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 18 K 0.073 0.091 0.132 0.167 0.245 0.131 0.081 0.050 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 19 G 0.046 0.032 0.038 0.109 0.187 0.198 0.138 0.110 0.066 0.054 0.012 0.006 0.003 0.001 20 K 0.100 0.122 0.133 0.203 0.132 0.105 0.090 0.045 0.031 0.016 0.013 0.006 0.002 0.001 21 D 0.051 0.049 0.098 0.125 0.164 0.142 0.110 0.068 0.077 0.050 0.036 0.020 0.005 0.005 22 I 0.009 0.010 0.013 0.029 0.060 0.090 0.113 0.227 0.176 0.110 0.079 0.045 0.032 0.007 23 I 0.011 0.012 0.020 0.047 0.057 0.095 0.145 0.169 0.135 0.122 0.085 0.049 0.032 0.018 24 E 0.011 0.013 0.026 0.044 0.104 0.107 0.127 0.145 0.136 0.125 0.075 0.047 0.019 0.021 25 L 0.024 0.009 0.013 0.018 0.031 0.056 0.055 0.072 0.122 0.157 0.158 0.139 0.110 0.037 26 D 0.028 0.038 0.061 0.173 0.175 0.126 0.148 0.079 0.079 0.045 0.022 0.014 0.005 0.007 27 T 0.016 0.011 0.015 0.036 0.060 0.128 0.124 0.149 0.181 0.131 0.099 0.033 0.014 0.004 28 S 0.143 0.150 0.150 0.163 0.136 0.109 0.064 0.040 0.024 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 29 K 0.265 0.225 0.154 0.128 0.095 0.047 0.036 0.024 0.013 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 30 L 0.065 0.088 0.128 0.149 0.197 0.158 0.102 0.059 0.035 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 31 T 0.098 0.108 0.134 0.157 0.155 0.130 0.104 0.062 0.028 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 32 S 0.104 0.126 0.158 0.164 0.172 0.114 0.075 0.047 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 33 L 0.024 0.030 0.050 0.104 0.166 0.186 0.157 0.124 0.071 0.051 0.019 0.010 0.006 0.003 34 F 0.011 0.020 0.039 0.087 0.126 0.166 0.188 0.137 0.088 0.072 0.036 0.018 0.009 0.004 35 Q 0.014 0.029 0.043 0.086 0.091 0.123 0.163 0.127 0.119 0.075 0.070 0.034 0.014 0.011 36 R 0.003 0.004 0.010 0.021 0.034 0.065 0.115 0.126 0.184 0.130 0.158 0.093 0.034 0.023 37 M 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.021 0.044 0.169 0.192 0.166 0.174 0.094 0.089 0.033 38 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.022 0.070 0.108 0.178 0.155 0.198 0.146 0.106 39 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.019 0.071 0.101 0.191 0.205 0.168 0.141 0.087 40 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.024 0.031 0.078 0.133 0.201 0.216 0.135 0.161 41 T 0.003 0.004 0.007 0.020 0.034 0.058 0.127 0.145 0.164 0.147 0.128 0.075 0.038 0.052 42 G 0.007 0.009 0.011 0.021 0.038 0.081 0.104 0.179 0.166 0.137 0.126 0.062 0.042 0.018 43 D 0.016 0.037 0.050 0.106 0.145 0.163 0.159 0.139 0.091 0.048 0.024 0.012 0.006 0.004 44 S 0.026 0.041 0.057 0.097 0.139 0.165 0.156 0.111 0.104 0.062 0.028 0.009 0.003 0.002 45 N 0.089 0.132 0.168 0.156 0.163 0.129 0.071 0.044 0.030 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 46 R 0.149 0.165 0.151 0.159 0.132 0.092 0.063 0.049 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 47 Q 0.044 0.047 0.070 0.107 0.149 0.164 0.179 0.160 0.054 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 48 V 0.021 0.021 0.044 0.064 0.129 0.175 0.208 0.194 0.082 0.037 0.016 0.006 0.003 0.001 49 K 0.183 0.205 0.199 0.145 0.120 0.065 0.042 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 50 A 0.111 0.111 0.140 0.160 0.177 0.127 0.077 0.049 0.025 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 51 L 0.010 0.012 0.023 0.077 0.134 0.188 0.231 0.187 0.093 0.032 0.009 0.003 0.001 0.001 52 A 0.012 0.027 0.055 0.133 0.188 0.231 0.170 0.085 0.061 0.027 0.006 0.002 0.001 0.001 53 N 0.384 0.259 0.157 0.086 0.060 0.028 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 S 0.075 0.124 0.181 0.226 0.193 0.097 0.060 0.028 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 55 V 0.009 0.008 0.023 0.065 0.140 0.243 0.234 0.154 0.092 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.085 0.129 0.204 0.255 0.191 0.075 0.033 0.014 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 57 V 0.758 0.160 0.052 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.107 0.150 0.156 0.232 0.203 0.087 0.038 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.045 0.039 0.077 0.155 0.209 0.177 0.153 0.092 0.040 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 60 K 0.474 0.248 0.144 0.079 0.032 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.744 0.156 0.064 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.231 0.169 0.166 0.176 0.149 0.063 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 G 0.467 0.211 0.144 0.068 0.053 0.029 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 V 0.196 0.109 0.115 0.168 0.193 0.109 0.051 0.028 0.015 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 65 D 0.337 0.176 0.127 0.128 0.091 0.057 0.038 0.020 0.012 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 66 I 0.075 0.060 0.082 0.118 0.173 0.151 0.107 0.086 0.064 0.046 0.022 0.010 0.003 0.002 67 V 0.043 0.036 0.046 0.092 0.116 0.149 0.141 0.138 0.084 0.069 0.048 0.025 0.010 0.003 68 G 0.115 0.089 0.105 0.119 0.119 0.114 0.094 0.079 0.063 0.041 0.035 0.019 0.006 0.004 69 S 0.060 0.041 0.051 0.079 0.102 0.114 0.113 0.138 0.115 0.093 0.053 0.027 0.010 0.004 70 E 0.050 0.058 0.075 0.123 0.146 0.150 0.123 0.112 0.073 0.046 0.025 0.012 0.006 0.002 71 G 0.098 0.099 0.112 0.153 0.150 0.124 0.091 0.066 0.054 0.030 0.015 0.006 0.002 0.001 72 H 0.103 0.105 0.156 0.182 0.172 0.111 0.069 0.043 0.032 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 73 E 0.181 0.183 0.172 0.164 0.122 0.075 0.042 0.029 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 74 S 0.115 0.148 0.163 0.169 0.155 0.104 0.061 0.044 0.023 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 75 G 0.063 0.083 0.094 0.154 0.176 0.145 0.106 0.086 0.043 0.029 0.015 0.004 0.002 0.001 76 E 0.042 0.071 0.082 0.138 0.162 0.151 0.124 0.076 0.071 0.037 0.027 0.010 0.005 0.004 77 W 0.007 0.007 0.014 0.031 0.054 0.093 0.140 0.161 0.182 0.112 0.102 0.057 0.027 0.013 78 V 0.004 0.003 0.007 0.014 0.025 0.051 0.078 0.174 0.166 0.145 0.161 0.087 0.061 0.025 79 L 0.003 0.002 0.003 0.007 0.013 0.023 0.036 0.077 0.119 0.157 0.173 0.202 0.119 0.066 80 V 0.004 0.003 0.005 0.009 0.013 0.024 0.053 0.129 0.168 0.193 0.156 0.131 0.078 0.034 81 D 0.006 0.009 0.014 0.032 0.052 0.086 0.114 0.162 0.160 0.139 0.100 0.056 0.036 0.033 82 A 0.006 0.007 0.011 0.025 0.050 0.093 0.117 0.142 0.152 0.143 0.109 0.076 0.039 0.029 83 G 0.009 0.022 0.039 0.075 0.115 0.136 0.183 0.161 0.119 0.074 0.032 0.016 0.012 0.008 84 D 0.010 0.021 0.042 0.071 0.127 0.167 0.193 0.126 0.101 0.070 0.034 0.018 0.009 0.011 85 V 0.009 0.009 0.018 0.029 0.062 0.116 0.137 0.145 0.153 0.119 0.103 0.049 0.034 0.017 86 V 0.013 0.012 0.017 0.041 0.075 0.089 0.134 0.103 0.136 0.123 0.101 0.083 0.039 0.035 87 V 0.007 0.005 0.008 0.015 0.022 0.041 0.088 0.142 0.169 0.157 0.165 0.102 0.055 0.026 88 H 0.009 0.007 0.012 0.020 0.036 0.059 0.088 0.204 0.161 0.146 0.115 0.065 0.052 0.027 89 V 0.015 0.009 0.012 0.023 0.048 0.062 0.074 0.140 0.144 0.178 0.122 0.092 0.051 0.029 90 M 0.015 0.014 0.020 0.062 0.103 0.113 0.119 0.131 0.153 0.138 0.063 0.043 0.016 0.008 91 L 0.028 0.043 0.057 0.139 0.163 0.188 0.138 0.073 0.099 0.038 0.022 0.007 0.002 0.002 92 P 0.200 0.211 0.153 0.171 0.120 0.062 0.033 0.021 0.017 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 93 A 0.347 0.307 0.187 0.083 0.037 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 V 0.183 0.145 0.131 0.168 0.193 0.096 0.033 0.019 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 95 R 0.191 0.156 0.182 0.205 0.147 0.058 0.032 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 96 D 0.635 0.230 0.085 0.028 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 Y 0.087 0.098 0.129 0.170 0.248 0.132 0.072 0.031 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 98 Y 0.085 0.059 0.096 0.159 0.198 0.159 0.123 0.065 0.028 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 99 D 0.285 0.171 0.158 0.126 0.111 0.071 0.038 0.018 0.013 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 100 I 0.026 0.014 0.021 0.058 0.109 0.136 0.134 0.149 0.165 0.104 0.047 0.023 0.010 0.003 101 E 0.052 0.080 0.094 0.181 0.160 0.146 0.112 0.082 0.043 0.024 0.016 0.006 0.002 0.001 102 A 0.267 0.208 0.154 0.113 0.093 0.064 0.038 0.025 0.018 0.008 0.009 0.002 0.001 0.001 103 L 0.045 0.031 0.055 0.113 0.168 0.174 0.169 0.131 0.062 0.031 0.013 0.005 0.002 0.001 104 W 0.037 0.045 0.086 0.156 0.195 0.183 0.146 0.075 0.045 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 105 G 0.355 0.180 0.139 0.121 0.090 0.051 0.029 0.016 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 106 G 0.400 0.205 0.149 0.112 0.064 0.034 0.019 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 107 Q 0.512 0.203 0.118 0.069 0.046 0.026 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 K 0.271 0.183 0.188 0.131 0.113 0.055 0.031 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 109 P 0.385 0.144 0.123 0.103 0.094 0.067 0.042 0.024 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 110 S 0.195 0.127 0.139 0.137 0.156 0.094 0.066 0.040 0.023 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 111 F 0.161 0.083 0.086 0.137 0.140 0.133 0.096 0.079 0.034 0.030 0.012 0.006 0.002 0.001 112 A 0.265 0.171 0.140 0.129 0.115 0.066 0.044 0.029 0.021 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 113 V 0.090 0.048 0.068 0.111 0.128 0.156 0.125 0.111 0.066 0.056 0.025 0.010 0.004 0.001 114 G 0.251 0.168 0.145 0.143 0.113 0.072 0.046 0.027 0.017 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 115 A 0.179 0.115 0.127 0.154 0.132 0.109 0.074 0.044 0.031 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 116 A 0.177 0.115 0.115 0.142 0.150 0.123 0.081 0.046 0.029 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 117 K 0.308 0.198 0.165 0.131 0.088 0.048 0.030 0.018 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 118 P 0.313 0.170 0.156 0.118 0.101 0.064 0.038 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 119 W 0.123 0.089 0.119 0.162 0.191 0.141 0.079 0.047 0.027 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 120 S 0.375 0.192 0.138 0.116 0.085 0.043 0.024 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 121 A 0.422 0.199 0.136 0.106 0.068 0.033 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 122 V 0.147 0.098 0.112 0.166 0.174 0.130 0.079 0.051 0.028 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 123 L 0.119 0.091 0.116 0.179 0.181 0.132 0.084 0.052 0.027 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 124 E 0.583 0.207 0.103 0.057 0.026 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 H 0.486 0.198 0.140 0.084 0.052 0.023 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 H 0.304 0.138 0.145 0.151 0.130 0.071 0.034 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 127 H 0.577 0.182 0.108 0.066 0.039 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 H 0.672 0.154 0.082 0.048 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 H 0.533 0.182 0.121 0.077 0.051 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 H 0.417 0.162 0.137 0.104 0.086 0.047 0.024 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001