# TARGET T0353 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37346 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.033 0.053 0.082 0.109 0.139 0.133 0.124 0.093 0.089 0.047 0.024 0.015 0.006 2 Q 0.038 0.056 0.069 0.142 0.189 0.136 0.117 0.088 0.067 0.046 0.024 0.013 0.007 0.006 3 I 0.012 0.008 0.013 0.026 0.037 0.075 0.115 0.106 0.150 0.152 0.125 0.097 0.059 0.026 4 H 0.010 0.013 0.026 0.057 0.090 0.115 0.162 0.167 0.134 0.099 0.059 0.033 0.019 0.015 5 V 0.004 0.002 0.003 0.006 0.013 0.029 0.040 0.068 0.104 0.152 0.241 0.188 0.103 0.047 6 Y 0.006 0.004 0.008 0.019 0.028 0.046 0.087 0.111 0.151 0.157 0.153 0.128 0.063 0.040 7 D 0.005 0.007 0.010 0.021 0.032 0.048 0.090 0.148 0.162 0.152 0.147 0.097 0.046 0.035 8 T 0.006 0.005 0.007 0.013 0.025 0.054 0.073 0.189 0.162 0.168 0.142 0.081 0.053 0.023 9 Y 0.012 0.018 0.024 0.054 0.094 0.106 0.127 0.158 0.135 0.126 0.066 0.042 0.022 0.016 10 V 0.027 0.026 0.039 0.083 0.119 0.147 0.143 0.109 0.120 0.093 0.052 0.028 0.008 0.005 11 K 0.092 0.117 0.157 0.187 0.145 0.121 0.081 0.044 0.034 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 12 A 0.197 0.161 0.121 0.159 0.139 0.097 0.048 0.030 0.029 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 13 K 0.335 0.263 0.168 0.117 0.061 0.025 0.014 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 D 0.550 0.244 0.124 0.042 0.019 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 G 0.213 0.156 0.164 0.135 0.157 0.088 0.043 0.023 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 16 H 0.097 0.111 0.121 0.168 0.185 0.116 0.091 0.056 0.026 0.016 0.009 0.002 0.002 0.001 17 V 0.042 0.047 0.059 0.094 0.141 0.167 0.158 0.104 0.080 0.056 0.029 0.014 0.006 0.004 18 M 0.009 0.009 0.017 0.037 0.062 0.096 0.122 0.143 0.138 0.138 0.117 0.068 0.029 0.015 19 H 0.006 0.007 0.011 0.026 0.037 0.061 0.085 0.107 0.145 0.146 0.162 0.129 0.047 0.034 20 F 0.002 0.002 0.003 0.006 0.009 0.018 0.041 0.076 0.147 0.167 0.224 0.189 0.072 0.045 21 D 0.001 0.002 0.003 0.006 0.010 0.021 0.047 0.158 0.177 0.173 0.182 0.105 0.073 0.042 22 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.018 0.028 0.088 0.104 0.174 0.195 0.165 0.127 0.086 23 F 0.003 0.003 0.005 0.010 0.024 0.037 0.063 0.114 0.148 0.190 0.148 0.132 0.072 0.051 24 T 0.009 0.014 0.021 0.061 0.083 0.112 0.140 0.125 0.132 0.120 0.097 0.052 0.021 0.014 25 D 0.034 0.065 0.082 0.146 0.155 0.171 0.140 0.081 0.072 0.022 0.021 0.006 0.002 0.002 26 V 0.077 0.117 0.110 0.193 0.187 0.124 0.077 0.050 0.039 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 27 R 0.366 0.288 0.166 0.094 0.043 0.021 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.482 0.225 0.156 0.066 0.039 0.018 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.328 0.198 0.171 0.131 0.101 0.041 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 K 0.625 0.225 0.080 0.037 0.020 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.240 0.253 0.186 0.144 0.098 0.046 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.020 0.016 0.029 0.078 0.173 0.225 0.205 0.142 0.089 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 33 I 0.032 0.078 0.142 0.227 0.223 0.156 0.086 0.033 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 34 E 0.566 0.285 0.108 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.018 0.037 0.088 0.196 0.243 0.187 0.136 0.077 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.005 0.007 0.020 0.061 0.141 0.214 0.282 0.145 0.099 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 37 K 0.159 0.259 0.219 0.180 0.107 0.043 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.509 0.312 0.125 0.034 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 W 0.019 0.026 0.059 0.170 0.270 0.220 0.127 0.073 0.025 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 40 L 0.017 0.029 0.055 0.127 0.213 0.201 0.187 0.098 0.055 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 41 S 0.444 0.270 0.134 0.082 0.036 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.426 0.243 0.161 0.081 0.046 0.023 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 I 0.071 0.059 0.108 0.184 0.254 0.167 0.086 0.041 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 44 G 0.313 0.169 0.152 0.126 0.108 0.064 0.037 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 45 E 0.460 0.168 0.120 0.112 0.072 0.034 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.520 0.214 0.111 0.075 0.042 0.020 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 G 0.284 0.180 0.203 0.123 0.108 0.053 0.025 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 48 A 0.405 0.140 0.104 0.117 0.103 0.069 0.032 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 49 T 0.375 0.182 0.146 0.120 0.102 0.038 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 V 0.092 0.042 0.064 0.137 0.191 0.173 0.116 0.101 0.043 0.028 0.008 0.003 0.002 0.001 51 T 0.247 0.175 0.165 0.178 0.119 0.061 0.030 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 52 S 0.473 0.157 0.129 0.099 0.065 0.036 0.018 0.010 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 53 E 0.437 0.224 0.118 0.092 0.063 0.034 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 E 0.175 0.152 0.125 0.161 0.169 0.097 0.051 0.032 0.022 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 55 C 0.048 0.039 0.060 0.122 0.173 0.199 0.149 0.095 0.055 0.035 0.016 0.006 0.003 0.001 56 R 0.186 0.110 0.142 0.139 0.139 0.108 0.076 0.040 0.029 0.013 0.010 0.005 0.002 0.001 57 F 0.055 0.031 0.047 0.076 0.125 0.137 0.119 0.146 0.104 0.086 0.041 0.019 0.010 0.003 58 C 0.082 0.061 0.063 0.129 0.156 0.140 0.107 0.104 0.070 0.043 0.023 0.015 0.006 0.002 59 H 0.077 0.075 0.089 0.159 0.146 0.134 0.106 0.064 0.075 0.035 0.024 0.010 0.002 0.002 60 S 0.102 0.083 0.089 0.138 0.140 0.150 0.102 0.070 0.075 0.028 0.018 0.004 0.001 0.001 61 Q 0.385 0.279 0.161 0.086 0.043 0.023 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 K 0.349 0.265 0.177 0.100 0.062 0.025 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.051 0.054 0.093 0.174 0.209 0.199 0.123 0.054 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 64 P 0.198 0.220 0.203 0.161 0.115 0.052 0.028 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 D 0.676 0.218 0.071 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 E 0.239 0.278 0.218 0.133 0.082 0.029 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.015 0.013 0.031 0.071 0.175 0.244 0.189 0.160 0.081 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 68 I 0.064 0.125 0.151 0.294 0.215 0.086 0.035 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.776 0.171 0.041 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.080 0.132 0.181 0.235 0.222 0.091 0.036 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.028 0.027 0.061 0.139 0.199 0.207 0.190 0.099 0.037 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 72 K 0.405 0.297 0.158 0.082 0.033 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.613 0.208 0.110 0.036 0.016 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 N 0.131 0.164 0.182 0.164 0.179 0.093 0.044 0.022 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 75 G 0.070 0.088 0.094 0.118 0.180 0.160 0.127 0.085 0.040 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 76 Y 0.025 0.029 0.035 0.078 0.130 0.156 0.163 0.124 0.111 0.071 0.043 0.020 0.010 0.006 77 F 0.017 0.013 0.027 0.048 0.064 0.105 0.128 0.117 0.131 0.105 0.120 0.070 0.031 0.022 78 I 0.008 0.005 0.009 0.015 0.033 0.048 0.065 0.101 0.153 0.160 0.149 0.148 0.070 0.038 79 Y 0.015 0.008 0.011 0.019 0.023 0.044 0.068 0.117 0.123 0.148 0.169 0.136 0.091 0.028 80 K 0.027 0.032 0.043 0.085 0.109 0.106 0.129 0.113 0.110 0.085 0.078 0.047 0.017 0.017 81 M 0.016 0.012 0.017 0.034 0.057 0.105 0.130 0.151 0.167 0.136 0.102 0.046 0.019 0.008 82 E 0.065 0.084 0.105 0.159 0.171 0.146 0.106 0.074 0.046 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 83 G 0.190 0.159 0.142 0.141 0.133 0.082 0.057 0.038 0.033 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 84 C 0.106 0.091 0.120 0.162 0.166 0.143 0.095 0.056 0.033 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 85 N 0.410 0.231 0.159 0.079 0.049 0.030 0.021 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001