# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.213 0.101 0.116 0.134 0.125 0.118 0.074 0.047 0.030 0.024 0.012 0.004 0.002 0.001 2 N 0.276 0.163 0.138 0.133 0.123 0.066 0.041 0.024 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 3 I 0.108 0.061 0.074 0.125 0.147 0.146 0.116 0.096 0.053 0.046 0.018 0.007 0.003 0.001 4 E 0.303 0.191 0.138 0.126 0.092 0.060 0.040 0.024 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 5 R 0.167 0.104 0.130 0.139 0.146 0.111 0.075 0.051 0.035 0.022 0.013 0.005 0.002 0.001 6 L 0.109 0.071 0.088 0.129 0.161 0.146 0.111 0.080 0.049 0.032 0.014 0.006 0.002 0.001 7 T 0.270 0.154 0.124 0.131 0.104 0.075 0.054 0.041 0.022 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 8 T 0.149 0.105 0.120 0.142 0.144 0.117 0.087 0.057 0.040 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 9 L 0.084 0.058 0.075 0.119 0.153 0.169 0.127 0.086 0.063 0.038 0.018 0.006 0.003 0.001 10 Q 0.308 0.202 0.166 0.122 0.084 0.047 0.032 0.018 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 11 P 0.337 0.183 0.156 0.118 0.086 0.051 0.031 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 12 V 0.110 0.085 0.106 0.150 0.184 0.148 0.100 0.061 0.034 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 13 W 0.119 0.103 0.131 0.182 0.182 0.116 0.075 0.050 0.022 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 14 D 0.592 0.194 0.094 0.056 0.031 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.321 0.173 0.164 0.139 0.113 0.047 0.022 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Y 0.226 0.108 0.131 0.162 0.155 0.102 0.057 0.032 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 17 D 0.415 0.186 0.148 0.108 0.076 0.035 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 T 0.549 0.149 0.092 0.088 0.059 0.031 0.015 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.349 0.206 0.147 0.127 0.094 0.038 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 I 0.131 0.071 0.099 0.146 0.176 0.157 0.103 0.071 0.025 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 21 H 0.234 0.135 0.147 0.162 0.153 0.079 0.043 0.026 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 22 N 0.396 0.132 0.115 0.129 0.098 0.061 0.031 0.018 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.393 0.175 0.124 0.133 0.097 0.040 0.018 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.413 0.154 0.132 0.130 0.082 0.045 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 25 D 0.579 0.176 0.108 0.070 0.040 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 N 0.545 0.164 0.114 0.088 0.049 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 D 0.574 0.190 0.104 0.067 0.040 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 N 0.534 0.182 0.110 0.086 0.048 0.023 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.655 0.175 0.083 0.043 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 V 0.268 0.127 0.146 0.176 0.148 0.071 0.035 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 31 P 0.542 0.167 0.112 0.075 0.056 0.027 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.402 0.147 0.142 0.145 0.098 0.035 0.015 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 33 H 0.600 0.166 0.082 0.072 0.040 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 Q 0.451 0.176 0.124 0.106 0.092 0.029 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 V 0.246 0.107 0.122 0.209 0.140 0.083 0.051 0.028 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 36 S 0.494 0.208 0.139 0.076 0.045 0.025 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.276 0.143 0.161 0.187 0.128 0.058 0.024 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 T 0.807 0.147 0.030 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.360 0.318 0.185 0.085 0.035 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.031 0.026 0.043 0.145 0.230 0.262 0.134 0.065 0.056 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.371 0.345 0.171 0.076 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.773 0.199 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.036 0.065 0.104 0.182 0.288 0.226 0.066 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 V 0.014 0.037 0.076 0.232 0.306 0.138 0.118 0.043 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 45 G 0.773 0.207 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.363 0.414 0.190 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 M 0.012 0.013 0.050 0.102 0.276 0.271 0.167 0.076 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 48 N 0.252 0.289 0.219 0.114 0.084 0.026 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.802 0.156 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.087 0.108 0.140 0.203 0.234 0.132 0.061 0.022 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.056 0.061 0.126 0.177 0.245 0.153 0.104 0.052 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 52 E 0.623 0.234 0.083 0.034 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 P 0.316 0.179 0.166 0.139 0.102 0.051 0.025 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 S 0.139 0.116 0.160 0.177 0.180 0.116 0.062 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.281 0.214 0.175 0.113 0.101 0.055 0.030 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 56 V 0.140 0.079 0.092 0.151 0.164 0.140 0.094 0.055 0.034 0.029 0.015 0.004 0.002 0.001 57 H 0.074 0.080 0.094 0.148 0.207 0.123 0.095 0.061 0.055 0.032 0.017 0.009 0.003 0.002 58 L 0.017 0.008 0.014 0.032 0.047 0.094 0.107 0.166 0.137 0.168 0.103 0.062 0.037 0.010 59 K 0.026 0.034 0.056 0.119 0.162 0.131 0.134 0.117 0.097 0.054 0.030 0.024 0.008 0.007 60 F 0.026 0.010 0.013 0.025 0.037 0.076 0.073 0.135 0.125 0.201 0.158 0.075 0.037 0.009 61 E 0.076 0.099 0.127 0.189 0.175 0.101 0.089 0.061 0.044 0.018 0.011 0.006 0.002 0.001 62 L 0.024 0.027 0.042 0.108 0.142 0.207 0.130 0.109 0.107 0.064 0.028 0.008 0.002 0.002 63 H 0.126 0.142 0.159 0.204 0.184 0.093 0.038 0.020 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 64 D 0.474 0.293 0.122 0.072 0.022 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.399 0.347 0.160 0.053 0.022 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.165 0.172 0.161 0.189 0.166 0.075 0.036 0.020 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 67 N 0.317 0.346 0.167 0.079 0.043 0.023 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 E 0.136 0.168 0.181 0.128 0.152 0.106 0.065 0.023 0.021 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 69 Y 0.006 0.008 0.020 0.044 0.105 0.137 0.166 0.170 0.114 0.092 0.084 0.032 0.016 0.008 70 Y 0.004 0.006 0.010 0.026 0.055 0.075 0.096 0.110 0.127 0.129 0.137 0.145 0.045 0.033 71 V 0.002 0.001 0.002 0.004 0.005 0.013 0.033 0.095 0.149 0.192 0.192 0.208 0.078 0.026 72 K 0.002 0.004 0.008 0.015 0.028 0.040 0.064 0.257 0.186 0.153 0.114 0.073 0.038 0.016 73 V 0.003 0.003 0.004 0.007 0.016 0.037 0.044 0.107 0.120 0.211 0.200 0.149 0.069 0.031 74 I 0.011 0.022 0.043 0.104 0.167 0.163 0.149 0.094 0.111 0.076 0.030 0.019 0.004 0.006 75 E 0.051 0.080 0.100 0.169 0.191 0.144 0.087 0.055 0.070 0.028 0.017 0.005 0.001 0.001 76 D 0.197 0.237 0.179 0.164 0.104 0.053 0.028 0.018 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 77 S 0.396 0.335 0.145 0.072 0.026 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 T 0.431 0.238 0.157 0.070 0.055 0.028 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 N 0.427 0.249 0.149 0.089 0.055 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.603 0.256 0.085 0.032 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.128 0.102 0.131 0.140 0.190 0.140 0.079 0.060 0.019 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 82 I 0.058 0.053 0.076 0.165 0.242 0.165 0.114 0.060 0.040 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 83 R 0.412 0.230 0.130 0.112 0.053 0.034 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.546 0.233 0.121 0.048 0.030 0.012 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 I 0.244 0.155 0.190 0.174 0.120 0.065 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 P 0.403 0.196 0.188 0.088 0.068 0.035 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 P 0.222 0.126 0.122 0.187 0.187 0.086 0.034 0.016 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.618 0.282 0.059 0.028 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 R 0.306 0.399 0.190 0.064 0.024 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 W 0.012 0.014 0.027 0.095 0.243 0.262 0.152 0.102 0.080 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 91 L 0.036 0.073 0.115 0.273 0.246 0.135 0.076 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 92 D 0.494 0.393 0.097 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 F 0.006 0.015 0.049 0.133 0.241 0.250 0.169 0.104 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.004 0.012 0.045 0.164 0.271 0.212 0.175 0.070 0.033 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.512 0.331 0.111 0.027 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.072 0.141 0.185 0.281 0.158 0.087 0.050 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 M 0.009 0.011 0.033 0.110 0.192 0.236 0.229 0.105 0.059 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 98 T 0.233 0.298 0.242 0.121 0.059 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.581 0.248 0.110 0.032 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 F 0.038 0.044 0.080 0.140 0.248 0.201 0.128 0.079 0.025 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 101 L 0.040 0.054 0.088 0.139 0.225 0.180 0.143 0.070 0.034 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 102 G 0.114 0.086 0.093 0.131 0.172 0.147 0.107 0.061 0.044 0.023 0.012 0.006 0.003 0.002 103 L 0.076 0.053 0.082 0.123 0.150 0.159 0.113 0.085 0.063 0.043 0.031 0.013 0.006 0.003 104 F 0.074 0.039 0.059 0.118 0.162 0.150 0.109 0.082 0.087 0.051 0.037 0.023 0.007 0.004 105 V 0.049 0.045 0.051 0.143 0.143 0.165 0.127 0.084 0.100 0.044 0.032 0.013 0.004 0.002 106 D 0.253 0.184 0.120 0.150 0.104 0.078 0.042 0.023 0.027 0.007 0.009 0.002 0.001 0.001 107 E 0.608 0.245 0.088 0.037 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 K 0.507 0.268 0.151 0.042 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.254 0.128 0.174 0.147 0.176 0.076 0.023 0.010 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.574 0.188 0.096 0.087 0.040 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 E 0.831 0.138 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 H 0.398 0.206 0.156 0.116 0.083 0.027 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 H 0.482 0.164 0.127 0.100 0.071 0.032 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 H 0.704 0.172 0.071 0.027 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 H 0.381 0.151 0.138 0.128 0.098 0.053 0.028 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 116 H 0.249 0.128 0.137 0.131 0.146 0.097 0.056 0.030 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 117 H 0.208 0.108 0.100 0.134 0.143 0.127 0.078 0.047 0.024 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001