# TARGET T0337 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1361 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.249 0.134 0.135 0.142 0.124 0.086 0.055 0.032 0.019 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 2 D 0.461 0.209 0.133 0.082 0.054 0.027 0.015 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 3 C 0.170 0.114 0.127 0.169 0.158 0.109 0.068 0.045 0.022 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 4 M 0.147 0.106 0.111 0.142 0.161 0.126 0.090 0.057 0.037 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 5 R 0.381 0.184 0.128 0.122 0.079 0.047 0.026 0.017 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 6 K 0.448 0.223 0.152 0.082 0.048 0.025 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.064 0.038 0.062 0.118 0.207 0.200 0.124 0.088 0.061 0.025 0.009 0.002 0.001 0.001 8 D 0.152 0.151 0.156 0.203 0.154 0.090 0.053 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 9 R 0.582 0.219 0.102 0.045 0.026 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.096 0.089 0.127 0.179 0.185 0.145 0.097 0.052 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 11 D 0.040 0.051 0.088 0.140 0.224 0.199 0.126 0.072 0.044 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 12 M 0.219 0.213 0.170 0.158 0.133 0.060 0.023 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.229 0.269 0.197 0.153 0.077 0.043 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.005 0.008 0.017 0.074 0.158 0.228 0.196 0.166 0.120 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 15 V 0.009 0.027 0.067 0.212 0.221 0.181 0.158 0.077 0.033 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 16 K 0.541 0.337 0.102 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.039 0.080 0.163 0.226 0.251 0.125 0.069 0.038 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.009 0.010 0.026 0.094 0.177 0.208 0.274 0.142 0.045 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 19 S 0.217 0.213 0.192 0.174 0.113 0.053 0.021 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.668 0.190 0.078 0.039 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.192 0.153 0.167 0.162 0.155 0.097 0.041 0.017 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 22 S 0.061 0.051 0.079 0.133 0.210 0.206 0.136 0.074 0.032 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 23 R 0.272 0.196 0.165 0.129 0.111 0.067 0.033 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.416 0.145 0.117 0.109 0.089 0.056 0.031 0.018 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 25 T 0.119 0.122 0.130 0.181 0.162 0.131 0.084 0.039 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 26 Y 0.030 0.035 0.059 0.113 0.192 0.230 0.147 0.083 0.081 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 27 R 0.404 0.282 0.152 0.090 0.043 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.430 0.343 0.165 0.039 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.014 0.016 0.027 0.110 0.233 0.257 0.137 0.108 0.083 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 30 A 0.034 0.089 0.120 0.345 0.217 0.085 0.064 0.025 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 31 D 0.774 0.202 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 I 0.083 0.130 0.229 0.172 0.203 0.105 0.052 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.017 0.018 0.059 0.119 0.232 0.210 0.211 0.093 0.026 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 34 N 0.509 0.221 0.147 0.049 0.041 0.020 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.269 0.103 0.096 0.177 0.156 0.084 0.050 0.030 0.018 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 36 T 0.165 0.134 0.112 0.179 0.159 0.119 0.064 0.029 0.023 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 37 R 0.135 0.139 0.158 0.160 0.151 0.130 0.062 0.032 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.628 0.168 0.085 0.050 0.032 0.018 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 R 0.239 0.204 0.211 0.146 0.098 0.056 0.026 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 40 I 0.031 0.025 0.040 0.089 0.201 0.232 0.150 0.097 0.099 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 41 A 0.139 0.163 0.186 0.237 0.151 0.065 0.032 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 42 R 0.726 0.208 0.052 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 R 0.051 0.092 0.117 0.199 0.240 0.179 0.069 0.030 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 44 I 0.015 0.028 0.060 0.181 0.245 0.172 0.149 0.086 0.048 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 45 D 0.625 0.292 0.066 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.285 0.316 0.257 0.083 0.037 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.051 0.038 0.070 0.166 0.279 0.190 0.115 0.060 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.320 0.359 0.190 0.088 0.027 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.788 0.162 0.037 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.085 0.190 0.195 0.248 0.193 0.055 0.020 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 G 0.481 0.210 0.159 0.051 0.034 0.030 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 I 0.048 0.051 0.074 0.130 0.287 0.199 0.084 0.056 0.036 0.021 0.007 0.003 0.002 0.001 53 I 0.035 0.028 0.035 0.090 0.120 0.137 0.171 0.166 0.089 0.057 0.037 0.026 0.008 0.002 54 R 0.083 0.087 0.103 0.138 0.134 0.128 0.091 0.069 0.061 0.049 0.030 0.018 0.006 0.003 55 K 0.068 0.058 0.077 0.093 0.116 0.106 0.123 0.102 0.106 0.056 0.044 0.033 0.009 0.007 56 F 0.017 0.012 0.022 0.034 0.060 0.100 0.104 0.146 0.143 0.144 0.113 0.056 0.037 0.013 57 T 0.025 0.032 0.044 0.082 0.131 0.125 0.138 0.114 0.104 0.084 0.052 0.036 0.016 0.017 58 I 0.018 0.008 0.013 0.025 0.042 0.075 0.098 0.103 0.139 0.182 0.131 0.093 0.047 0.026 59 I 0.034 0.035 0.055 0.103 0.150 0.126 0.140 0.127 0.105 0.054 0.035 0.019 0.009 0.007 60 P 0.035 0.023 0.032 0.065 0.079 0.129 0.118 0.124 0.107 0.112 0.089 0.052 0.026 0.009 61 D 0.085 0.083 0.092 0.160 0.179 0.130 0.097 0.063 0.070 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 62 I 0.113 0.106 0.100 0.173 0.143 0.114 0.081 0.058 0.050 0.032 0.021 0.005 0.002 0.001 63 D 0.388 0.273 0.169 0.080 0.039 0.024 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 K 0.152 0.172 0.182 0.154 0.154 0.090 0.043 0.025 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 65 L 0.035 0.041 0.062 0.136 0.196 0.183 0.151 0.112 0.045 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 66 G 0.098 0.150 0.158 0.156 0.128 0.103 0.090 0.060 0.028 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 67 Y 0.017 0.033 0.055 0.099 0.143 0.155 0.157 0.134 0.093 0.061 0.028 0.014 0.007 0.004 68 M 0.004 0.008 0.018 0.036 0.069 0.106 0.149 0.147 0.146 0.124 0.098 0.048 0.032 0.016 69 Y 0.002 0.003 0.006 0.016 0.032 0.065 0.112 0.127 0.159 0.178 0.126 0.076 0.048 0.050 70 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.020 0.037 0.095 0.167 0.245 0.225 0.108 0.087 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.017 0.062 0.100 0.141 0.240 0.183 0.157 0.088 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.032 0.076 0.142 0.229 0.267 0.134 0.106 73 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.014 0.042 0.222 0.185 0.193 0.159 0.084 0.055 0.034 74 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.024 0.086 0.104 0.187 0.230 0.166 0.121 0.059 75 K 0.004 0.013 0.027 0.069 0.133 0.126 0.153 0.142 0.141 0.107 0.036 0.023 0.008 0.017 76 S 0.014 0.017 0.023 0.050 0.088 0.131 0.133 0.130 0.149 0.131 0.083 0.034 0.011 0.006 77 K 0.060 0.129 0.175 0.203 0.145 0.122 0.086 0.044 0.025 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 78 V 0.121 0.142 0.130 0.171 0.168 0.117 0.062 0.038 0.031 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 79 P 0.303 0.254 0.204 0.113 0.071 0.030 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 S 0.709 0.194 0.061 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.231 0.235 0.206 0.141 0.107 0.048 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.033 0.032 0.063 0.119 0.215 0.230 0.161 0.089 0.041 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 83 D 0.488 0.319 0.113 0.048 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.361 0.347 0.201 0.054 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 V 0.004 0.005 0.016 0.059 0.175 0.285 0.210 0.169 0.063 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 86 I 0.016 0.048 0.110 0.304 0.291 0.113 0.064 0.027 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.743 0.211 0.037 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.037 0.116 0.183 0.256 0.233 0.111 0.042 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.011 0.013 0.036 0.126 0.219 0.195 0.207 0.119 0.059 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 90 S 0.330 0.322 0.185 0.098 0.038 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.660 0.212 0.085 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 I 0.039 0.068 0.108 0.253 0.301 0.130 0.059 0.024 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 93 E 0.433 0.236 0.160 0.064 0.043 0.032 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.162 0.114 0.142 0.163 0.213 0.106 0.049 0.024 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 95 V 0.043 0.029 0.043 0.097 0.155 0.173 0.167 0.140 0.069 0.048 0.020 0.010 0.004 0.001 96 K 0.146 0.112 0.125 0.155 0.151 0.114 0.072 0.049 0.033 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 97 S 0.162 0.092 0.104 0.130 0.138 0.112 0.090 0.064 0.049 0.028 0.016 0.010 0.003 0.002 98 V 0.045 0.025 0.034 0.062 0.108 0.146 0.126 0.140 0.128 0.088 0.049 0.030 0.016 0.004 99 E 0.079 0.087 0.106 0.165 0.138 0.130 0.120 0.071 0.045 0.027 0.018 0.008 0.003 0.002 100 K 0.159 0.110 0.124 0.123 0.132 0.113 0.083 0.056 0.045 0.025 0.018 0.007 0.002 0.002 101 G 0.089 0.064 0.086 0.125 0.149 0.158 0.119 0.087 0.056 0.032 0.020 0.009 0.005 0.002 102 V 0.058 0.063 0.078 0.135 0.165 0.143 0.129 0.108 0.065 0.033 0.013 0.007 0.003 0.001 103 G 0.077 0.083 0.098 0.146 0.147 0.147 0.112 0.086 0.049 0.032 0.014 0.006 0.004 0.001 104 R 0.088 0.116 0.135 0.160 0.163 0.121 0.089 0.050 0.039 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 105 Y 0.023 0.031 0.055 0.099 0.134 0.162 0.155 0.099 0.090 0.072 0.047 0.016 0.011 0.005 106 N 0.017 0.026 0.043 0.084 0.132 0.158 0.175 0.115 0.106 0.070 0.037 0.019 0.009 0.009 107 I 0.005 0.004 0.008 0.014 0.026 0.053 0.075 0.113 0.149 0.172 0.180 0.100 0.069 0.032 108 I 0.004 0.004 0.006 0.015 0.027 0.040 0.067 0.119 0.144 0.160 0.150 0.138 0.079 0.047 109 V 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.025 0.064 0.124 0.166 0.225 0.229 0.107 0.042 110 R 0.001 0.002 0.004 0.011 0.021 0.035 0.071 0.236 0.187 0.168 0.125 0.073 0.040 0.025 111 L 0.002 0.002 0.003 0.005 0.010 0.024 0.040 0.116 0.138 0.191 0.216 0.134 0.077 0.042 112 L 0.008 0.014 0.024 0.055 0.097 0.115 0.133 0.158 0.158 0.127 0.052 0.035 0.012 0.014 113 L 0.006 0.015 0.024 0.056 0.107 0.147 0.136 0.143 0.161 0.104 0.057 0.024 0.010 0.009 114 P 0.025 0.041 0.057 0.113 0.144 0.189 0.149 0.121 0.098 0.036 0.019 0.005 0.002 0.001 115 K 0.184 0.258 0.226 0.160 0.080 0.042 0.027 0.013 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 116 D 0.248 0.249 0.185 0.125 0.096 0.055 0.019 0.008 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 117 I 0.078 0.116 0.132 0.233 0.188 0.118 0.069 0.036 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 118 K 0.693 0.237 0.056 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 D 0.313 0.333 0.229 0.070 0.037 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.014 0.014 0.027 0.104 0.222 0.253 0.198 0.102 0.055 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 121 E 0.153 0.311 0.255 0.153 0.081 0.026 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 N 0.733 0.222 0.041 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.029 0.053 0.116 0.208 0.303 0.172 0.078 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 I 0.007 0.012 0.036 0.103 0.231 0.207 0.222 0.103 0.064 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 125 S 0.367 0.315 0.149 0.096 0.041 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.617 0.280 0.082 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 F 0.041 0.053 0.105 0.186 0.299 0.187 0.075 0.036 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 128 L 0.030 0.039 0.065 0.147 0.259 0.180 0.143 0.080 0.042 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 129 Q 0.492 0.234 0.133 0.080 0.029 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 R 0.507 0.227 0.130 0.065 0.039 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 I 0.051 0.058 0.095 0.191 0.265 0.158 0.092 0.049 0.023 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 132 K 0.350 0.204 0.175 0.104 0.071 0.047 0.029 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 N 0.273 0.137 0.159 0.140 0.142 0.077 0.036 0.016 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 134 A 0.068 0.044 0.053 0.134 0.199 0.176 0.123 0.087 0.057 0.037 0.013 0.006 0.003 0.001 135 E 0.157 0.158 0.149 0.185 0.130 0.092 0.063 0.032 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 136 N 0.161 0.110 0.130 0.127 0.140 0.123 0.090 0.053 0.034 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 137 V 0.034 0.025 0.042 0.074 0.125 0.175 0.153 0.139 0.094 0.064 0.038 0.019 0.013 0.003 138 E 0.037 0.045 0.062 0.120 0.160 0.150 0.149 0.107 0.075 0.049 0.022 0.014 0.005 0.004 139 V 0.018 0.015 0.023 0.045 0.079 0.110 0.133 0.137 0.155 0.124 0.085 0.048 0.019 0.010 140 I 0.028 0.024 0.037 0.066 0.092 0.122 0.135 0.132 0.136 0.091 0.066 0.039 0.020 0.012 141 L 0.024 0.016 0.025 0.046 0.069 0.092 0.106 0.131 0.140 0.135 0.095 0.065 0.035 0.020 142 I 0.021 0.015 0.020 0.050 0.084 0.103 0.125 0.164 0.163 0.121 0.065 0.039 0.020 0.009 143 S 0.038 0.034 0.042 0.081 0.104 0.153 0.142 0.110 0.107 0.082 0.060 0.028 0.015 0.006 144 E 0.164 0.139 0.135 0.158 0.149 0.092 0.073 0.036 0.027 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 145 V 0.114 0.115 0.133 0.171 0.172 0.108 0.078 0.044 0.035 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 146 R 0.134 0.095 0.124 0.135 0.149 0.148 0.095 0.066 0.032 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 147 K 0.214 0.126 0.150 0.146 0.158 0.080 0.050 0.037 0.021 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 148 F 0.244 0.109 0.117 0.139 0.145 0.093 0.057 0.046 0.025 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 149 E 0.319 0.157 0.125 0.130 0.113 0.064 0.036 0.024 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 150 I 0.175 0.094 0.102 0.137 0.145 0.114 0.086 0.064 0.040 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 151 I 0.130 0.066 0.073 0.114 0.138 0.156 0.115 0.077 0.055 0.039 0.021 0.011 0.004 0.002