# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61673 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.262 0.129 0.130 0.145 0.123 0.086 0.053 0.032 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 2 N 0.443 0.203 0.134 0.097 0.057 0.032 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 K 0.412 0.168 0.140 0.102 0.085 0.044 0.022 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 4 D 0.348 0.166 0.129 0.133 0.103 0.059 0.030 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 5 K 0.393 0.193 0.140 0.097 0.081 0.043 0.024 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 6 L 0.073 0.045 0.059 0.121 0.169 0.183 0.127 0.114 0.052 0.036 0.012 0.005 0.003 0.001 7 R 0.080 0.086 0.097 0.166 0.197 0.147 0.103 0.054 0.040 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 8 Y 0.067 0.056 0.076 0.121 0.144 0.165 0.134 0.084 0.068 0.045 0.025 0.010 0.004 0.002 9 A 0.153 0.132 0.148 0.151 0.136 0.105 0.076 0.047 0.028 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 10 I 0.032 0.026 0.046 0.081 0.136 0.168 0.156 0.159 0.090 0.054 0.029 0.013 0.007 0.003 11 L 0.024 0.019 0.033 0.072 0.129 0.179 0.186 0.152 0.105 0.061 0.021 0.012 0.005 0.001 12 K 0.129 0.153 0.163 0.175 0.156 0.083 0.062 0.036 0.020 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 13 E 0.102 0.119 0.140 0.170 0.153 0.121 0.085 0.052 0.029 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 14 I 0.027 0.026 0.046 0.113 0.172 0.191 0.163 0.146 0.069 0.032 0.009 0.003 0.001 0.001 15 F 0.046 0.053 0.080 0.157 0.197 0.163 0.132 0.082 0.056 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 16 E 0.239 0.162 0.144 0.150 0.117 0.082 0.043 0.029 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 17 G 0.290 0.179 0.136 0.140 0.103 0.069 0.039 0.017 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 18 N 0.329 0.180 0.174 0.121 0.089 0.050 0.027 0.011 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 19 T 0.426 0.174 0.148 0.100 0.076 0.039 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 P 0.390 0.164 0.152 0.108 0.089 0.045 0.026 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 21 L 0.200 0.106 0.116 0.155 0.171 0.107 0.065 0.044 0.019 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 22 S 0.452 0.228 0.115 0.096 0.056 0.026 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.385 0.186 0.154 0.110 0.083 0.037 0.020 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 24 N 0.359 0.156 0.121 0.124 0.092 0.069 0.037 0.021 0.010 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 25 D 0.297 0.188 0.176 0.118 0.109 0.054 0.028 0.012 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 26 I 0.071 0.038 0.053 0.131 0.176 0.195 0.126 0.092 0.046 0.048 0.017 0.005 0.003 0.001 27 G 0.348 0.203 0.149 0.119 0.085 0.041 0.028 0.014 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 28 V 0.073 0.049 0.072 0.131 0.157 0.169 0.108 0.113 0.061 0.043 0.016 0.005 0.003 0.001 29 T 0.126 0.101 0.097 0.163 0.179 0.143 0.083 0.044 0.040 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 30 E 0.254 0.186 0.177 0.159 0.099 0.054 0.033 0.017 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 31 D 0.565 0.241 0.105 0.045 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Q 0.151 0.167 0.194 0.166 0.146 0.092 0.045 0.024 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 33 F 0.022 0.024 0.044 0.098 0.195 0.215 0.189 0.128 0.057 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 34 D 0.217 0.228 0.209 0.143 0.112 0.052 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 D 0.327 0.264 0.176 0.113 0.064 0.029 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.014 0.018 0.032 0.103 0.163 0.213 0.217 0.160 0.058 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 37 V 0.009 0.019 0.049 0.095 0.159 0.202 0.208 0.147 0.072 0.026 0.009 0.002 0.001 0.001 38 N 0.345 0.321 0.167 0.081 0.045 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 F 0.093 0.128 0.210 0.193 0.180 0.095 0.060 0.026 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 40 L 0.021 0.018 0.050 0.122 0.202 0.221 0.206 0.110 0.035 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 41 K 0.184 0.188 0.205 0.191 0.123 0.058 0.029 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 R 0.542 0.219 0.103 0.073 0.034 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 E 0.270 0.326 0.186 0.113 0.060 0.027 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 G 0.188 0.153 0.172 0.125 0.124 0.109 0.060 0.031 0.019 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 45 Y 0.037 0.042 0.061 0.107 0.195 0.179 0.144 0.087 0.060 0.037 0.031 0.012 0.004 0.004 46 I 0.011 0.010 0.014 0.030 0.050 0.074 0.113 0.180 0.147 0.123 0.135 0.073 0.032 0.009 47 I 0.012 0.014 0.017 0.034 0.039 0.056 0.083 0.198 0.162 0.139 0.116 0.082 0.035 0.015 48 G 0.007 0.007 0.012 0.017 0.030 0.044 0.066 0.170 0.174 0.165 0.127 0.119 0.043 0.019 49 V 0.010 0.009 0.014 0.023 0.044 0.078 0.078 0.154 0.141 0.188 0.124 0.078 0.045 0.015 50 H 0.059 0.081 0.110 0.166 0.172 0.111 0.090 0.053 0.068 0.041 0.027 0.014 0.003 0.005 51 Y 0.037 0.044 0.075 0.143 0.152 0.190 0.138 0.072 0.077 0.042 0.021 0.006 0.002 0.001 52 S 0.215 0.224 0.151 0.153 0.117 0.065 0.030 0.019 0.018 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 53 D 0.339 0.290 0.166 0.113 0.047 0.020 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 D 0.561 0.262 0.114 0.031 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 R 0.258 0.219 0.187 0.130 0.116 0.048 0.022 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 56 P 0.319 0.192 0.133 0.109 0.094 0.058 0.044 0.027 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 57 H 0.071 0.071 0.097 0.135 0.184 0.168 0.107 0.077 0.041 0.022 0.017 0.006 0.002 0.002 58 L 0.022 0.020 0.029 0.062 0.127 0.138 0.160 0.147 0.126 0.075 0.044 0.033 0.013 0.006 59 Y 0.070 0.056 0.061 0.121 0.109 0.132 0.120 0.105 0.073 0.067 0.048 0.023 0.011 0.004 60 K 0.232 0.145 0.158 0.110 0.103 0.075 0.066 0.033 0.034 0.012 0.017 0.009 0.003 0.002 61 L 0.030 0.016 0.031 0.060 0.104 0.168 0.136 0.127 0.114 0.106 0.063 0.027 0.015 0.003 62 G 0.147 0.151 0.169 0.178 0.148 0.089 0.057 0.026 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 63 P 0.361 0.168 0.125 0.121 0.094 0.053 0.034 0.021 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 64 E 0.277 0.243 0.172 0.126 0.090 0.044 0.025 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.103 0.087 0.114 0.150 0.173 0.159 0.105 0.066 0.026 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 66 T 0.144 0.125 0.155 0.161 0.167 0.117 0.073 0.032 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 67 E 0.508 0.179 0.120 0.078 0.056 0.030 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 68 K 0.369 0.229 0.166 0.109 0.067 0.030 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 G 0.204 0.124 0.123 0.135 0.142 0.121 0.067 0.039 0.029 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 70 E 0.186 0.167 0.160 0.185 0.152 0.074 0.037 0.018 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 71 N 0.556 0.217 0.106 0.061 0.027 0.016 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.103 0.088 0.118 0.149 0.185 0.151 0.098 0.059 0.031 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 73 L 0.051 0.039 0.052 0.102 0.165 0.163 0.151 0.148 0.068 0.034 0.019 0.006 0.003 0.001 74 K 0.360 0.265 0.168 0.101 0.047 0.028 0.017 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 75 E 0.452 0.165 0.127 0.079 0.074 0.051 0.023 0.009 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 76 N 0.138 0.117 0.130 0.199 0.203 0.097 0.054 0.029 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 77 G 0.399 0.211 0.134 0.096 0.058 0.047 0.027 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 78 T 0.279 0.135 0.145 0.123 0.140 0.084 0.041 0.024 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 79 W 0.150 0.086 0.104 0.158 0.163 0.139 0.098 0.051 0.025 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 80 S 0.393 0.224 0.140 0.086 0.069 0.041 0.024 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 81 K 0.167 0.127 0.147 0.156 0.157 0.100 0.067 0.044 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 82 A 0.091 0.048 0.061 0.101 0.139 0.172 0.161 0.104 0.067 0.030 0.016 0.007 0.002 0.001 83 Y 0.097 0.080 0.104 0.145 0.173 0.159 0.118 0.054 0.039 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 84 K 0.238 0.189 0.153 0.144 0.105 0.066 0.044 0.031 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 85 T 0.074 0.068 0.090 0.125 0.155 0.182 0.142 0.084 0.048 0.018 0.011 0.003 0.001 0.001 86 I 0.028 0.032 0.073 0.127 0.205 0.191 0.150 0.088 0.064 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 87 K 0.288 0.217 0.170 0.133 0.097 0.047 0.024 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.165 0.166 0.155 0.180 0.146 0.083 0.050 0.033 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 89 I 0.030 0.027 0.051 0.125 0.165 0.193 0.202 0.121 0.056 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 90 K 0.218 0.190 0.243 0.147 0.105 0.051 0.026 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.497 0.217 0.128 0.075 0.046 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 W 0.074 0.074 0.088 0.170 0.210 0.158 0.112 0.064 0.031 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 93 I 0.061 0.057 0.088 0.151 0.198 0.176 0.132 0.074 0.035 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 94 K 0.400 0.197 0.152 0.099 0.067 0.039 0.023 0.011 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 95 L 0.165 0.073 0.089 0.135 0.160 0.144 0.091 0.056 0.040 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 96 E 0.246 0.158 0.143 0.151 0.131 0.074 0.045 0.023 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 97 H 0.379 0.167 0.134 0.114 0.089 0.050 0.029 0.018 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 98 H 0.329 0.133 0.125 0.127 0.111 0.077 0.046 0.024 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 99 H 0.295 0.136 0.137 0.138 0.124 0.075 0.042 0.025 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 100 H 0.325 0.141 0.123 0.130 0.116 0.070 0.042 0.026 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 101 H 0.320 0.146 0.128 0.128 0.109 0.072 0.042 0.025 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 102 H 0.312 0.145 0.133 0.123 0.104 0.075 0.048 0.028 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001