# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2112 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.156 0.098 0.108 0.149 0.149 0.133 0.083 0.053 0.037 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 2 S 0.295 0.186 0.159 0.139 0.101 0.053 0.030 0.016 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 3 D 0.531 0.203 0.113 0.075 0.040 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 D 0.441 0.223 0.147 0.085 0.057 0.025 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.171 0.093 0.116 0.165 0.179 0.121 0.079 0.045 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 6 T 0.365 0.199 0.168 0.110 0.077 0.043 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 D 0.587 0.154 0.097 0.066 0.050 0.023 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 8 A 0.348 0.202 0.149 0.136 0.090 0.036 0.019 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 9 Q 0.406 0.177 0.128 0.105 0.079 0.053 0.025 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 10 T 0.199 0.135 0.163 0.150 0.156 0.093 0.052 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 11 A 0.201 0.079 0.091 0.151 0.163 0.142 0.084 0.047 0.019 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 12 A 0.359 0.275 0.157 0.107 0.055 0.025 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.109 0.070 0.098 0.153 0.179 0.188 0.093 0.049 0.038 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 14 P 0.444 0.228 0.127 0.103 0.059 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.574 0.241 0.122 0.038 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.161 0.097 0.113 0.146 0.191 0.151 0.073 0.034 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 17 F 0.157 0.148 0.188 0.194 0.155 0.076 0.046 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 18 S 0.704 0.202 0.056 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.169 0.149 0.170 0.160 0.162 0.090 0.055 0.025 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 20 L 0.060 0.046 0.086 0.128 0.185 0.186 0.154 0.096 0.031 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 21 N 0.443 0.217 0.145 0.078 0.053 0.031 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 W 0.234 0.110 0.120 0.143 0.137 0.104 0.063 0.035 0.024 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 23 S 0.150 0.112 0.115 0.143 0.166 0.120 0.077 0.049 0.034 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 24 R 0.166 0.125 0.126 0.138 0.126 0.103 0.074 0.066 0.034 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 25 G 0.183 0.097 0.095 0.113 0.123 0.127 0.090 0.068 0.048 0.027 0.017 0.008 0.003 0.002 26 F 0.057 0.047 0.061 0.112 0.153 0.157 0.128 0.094 0.082 0.051 0.032 0.015 0.007 0.003 27 G 0.098 0.083 0.089 0.132 0.128 0.136 0.121 0.076 0.058 0.034 0.026 0.012 0.004 0.002 28 R 0.219 0.181 0.162 0.138 0.097 0.074 0.053 0.032 0.021 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 29 Q 0.136 0.095 0.108 0.128 0.137 0.137 0.106 0.062 0.044 0.023 0.016 0.006 0.002 0.001 30 I 0.084 0.075 0.105 0.128 0.169 0.153 0.118 0.074 0.046 0.028 0.013 0.005 0.002 0.001 31 G 0.295 0.175 0.148 0.121 0.101 0.062 0.043 0.026 0.013 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 32 P 0.245 0.151 0.159 0.137 0.123 0.073 0.047 0.023 0.020 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 33 L 0.109 0.072 0.087 0.127 0.149 0.138 0.109 0.093 0.057 0.035 0.016 0.006 0.002 0.001 34 F 0.142 0.118 0.109 0.140 0.140 0.112 0.088 0.078 0.036 0.020 0.011 0.004 0.001 0.001 35 E 0.137 0.108 0.132 0.139 0.140 0.117 0.084 0.067 0.038 0.023 0.011 0.004 0.001 0.001 36 H 0.177 0.108 0.123 0.148 0.164 0.117 0.067 0.045 0.026 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 37 R 0.241 0.172 0.159 0.166 0.122 0.059 0.035 0.020 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 38 E 0.198 0.134 0.137 0.175 0.134 0.099 0.053 0.032 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 39 G 0.402 0.236 0.149 0.098 0.056 0.028 0.014 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 40 P 0.323 0.222 0.164 0.118 0.083 0.041 0.023 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 41 G 0.210 0.154 0.140 0.142 0.142 0.095 0.053 0.028 0.017 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.058 0.068 0.098 0.142 0.203 0.144 0.116 0.077 0.046 0.025 0.014 0.006 0.002 0.002 43 A 0.023 0.011 0.016 0.037 0.062 0.110 0.136 0.175 0.133 0.145 0.074 0.043 0.025 0.007 44 R 0.025 0.037 0.051 0.101 0.134 0.119 0.127 0.147 0.102 0.065 0.042 0.030 0.012 0.007 45 L 0.010 0.005 0.008 0.017 0.027 0.058 0.072 0.110 0.146 0.218 0.156 0.114 0.044 0.016 46 A 0.017 0.028 0.050 0.097 0.148 0.129 0.136 0.119 0.122 0.079 0.036 0.024 0.008 0.007 47 F 0.037 0.030 0.038 0.070 0.085 0.117 0.108 0.125 0.112 0.123 0.092 0.037 0.017 0.009 48 R 0.047 0.062 0.094 0.144 0.171 0.136 0.130 0.099 0.064 0.029 0.013 0.007 0.002 0.002 49 V 0.025 0.021 0.032 0.064 0.106 0.158 0.147 0.162 0.126 0.094 0.039 0.015 0.008 0.002 50 E 0.123 0.147 0.170 0.196 0.159 0.089 0.054 0.029 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 51 E 0.397 0.198 0.139 0.101 0.071 0.039 0.024 0.014 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 52 H 0.233 0.197 0.166 0.147 0.121 0.066 0.034 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 53 H 0.166 0.122 0.128 0.149 0.153 0.115 0.073 0.049 0.025 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 54 T 0.167 0.107 0.119 0.148 0.158 0.124 0.077 0.047 0.027 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 55 N 0.264 0.144 0.133 0.127 0.105 0.079 0.055 0.040 0.024 0.013 0.009 0.004 0.001 0.001 56 G 0.123 0.087 0.094 0.117 0.137 0.121 0.088 0.089 0.062 0.040 0.022 0.011 0.005 0.002 57 L 0.066 0.061 0.065 0.109 0.131 0.128 0.119 0.116 0.080 0.054 0.035 0.022 0.010 0.004 58 G 0.060 0.054 0.065 0.102 0.101 0.125 0.133 0.104 0.094 0.069 0.050 0.024 0.012 0.007 59 N 0.033 0.030 0.046 0.066 0.099 0.143 0.148 0.117 0.109 0.077 0.064 0.036 0.017 0.013 60 C 0.025 0.015 0.022 0.035 0.051 0.087 0.109 0.115 0.127 0.117 0.134 0.086 0.052 0.025 61 H 0.020 0.022 0.031 0.065 0.078 0.105 0.154 0.131 0.126 0.089 0.075 0.055 0.027 0.022 62 G 0.013 0.010 0.015 0.026 0.040 0.067 0.109 0.141 0.162 0.131 0.125 0.090 0.047 0.025 63 G 0.019 0.016 0.020 0.032 0.048 0.079 0.127 0.179 0.151 0.116 0.091 0.053 0.045 0.024 64 M 0.018 0.012 0.019 0.034 0.053 0.099 0.119 0.099 0.129 0.132 0.104 0.084 0.055 0.043 65 L 0.011 0.006 0.011 0.026 0.054 0.090 0.156 0.158 0.184 0.127 0.079 0.053 0.029 0.017 66 M 0.020 0.019 0.027 0.044 0.067 0.151 0.185 0.166 0.124 0.070 0.062 0.033 0.024 0.008 67 S 0.033 0.071 0.089 0.155 0.192 0.152 0.125 0.090 0.046 0.026 0.011 0.005 0.003 0.002 68 F 0.010 0.017 0.030 0.072 0.099 0.163 0.244 0.242 0.069 0.035 0.010 0.005 0.001 0.001 69 A 0.009 0.010 0.025 0.048 0.099 0.189 0.232 0.240 0.104 0.035 0.006 0.003 0.001 0.001 70 D 0.045 0.090 0.136 0.161 0.207 0.137 0.103 0.075 0.029 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 71 M 0.065 0.097 0.131 0.166 0.161 0.143 0.118 0.076 0.024 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 72 A 0.021 0.018 0.045 0.076 0.104 0.177 0.282 0.197 0.051 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 73 W 0.035 0.029 0.056 0.074 0.138 0.175 0.225 0.138 0.079 0.029 0.011 0.006 0.002 0.001 74 G 0.096 0.098 0.099 0.124 0.148 0.150 0.118 0.083 0.043 0.021 0.011 0.006 0.004 0.001 75 R 0.097 0.075 0.098 0.136 0.149 0.156 0.123 0.060 0.048 0.030 0.015 0.007 0.003 0.002 76 I 0.039 0.022 0.040 0.079 0.136 0.170 0.186 0.137 0.097 0.051 0.025 0.011 0.004 0.003 77 I 0.068 0.042 0.057 0.076 0.116 0.175 0.151 0.130 0.086 0.044 0.028 0.015 0.010 0.003 78 S 0.151 0.122 0.119 0.189 0.170 0.102 0.063 0.039 0.023 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 79 L 0.124 0.097 0.105 0.183 0.157 0.131 0.096 0.047 0.033 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 80 Q 0.124 0.091 0.111 0.167 0.170 0.143 0.086 0.047 0.042 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 81 K 0.246 0.194 0.188 0.150 0.085 0.055 0.040 0.025 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 82 S 0.345 0.211 0.176 0.091 0.073 0.048 0.025 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.076 0.082 0.103 0.148 0.197 0.145 0.101 0.065 0.040 0.024 0.012 0.004 0.002 0.001 84 S 0.047 0.050 0.072 0.114 0.172 0.151 0.146 0.091 0.070 0.042 0.024 0.011 0.005 0.004 85 W 0.017 0.014 0.019 0.038 0.068 0.104 0.128 0.154 0.151 0.113 0.091 0.054 0.034 0.017 86 V 0.015 0.008 0.014 0.028 0.037 0.059 0.088 0.099 0.130 0.142 0.148 0.122 0.070 0.040 87 T 0.008 0.005 0.008 0.016 0.030 0.045 0.071 0.120 0.151 0.155 0.154 0.127 0.069 0.040 88 V 0.009 0.004 0.006 0.010 0.015 0.032 0.052 0.080 0.118 0.166 0.191 0.163 0.110 0.044 89 R 0.017 0.023 0.032 0.065 0.099 0.092 0.142 0.158 0.129 0.096 0.062 0.042 0.021 0.021 90 L 0.008 0.006 0.010 0.019 0.033 0.073 0.087 0.112 0.148 0.192 0.152 0.088 0.050 0.023 91 M 0.015 0.026 0.042 0.105 0.176 0.151 0.153 0.113 0.107 0.066 0.021 0.014 0.005 0.007 92 C 0.026 0.020 0.026 0.048 0.064 0.109 0.128 0.130 0.131 0.137 0.100 0.049 0.022 0.010 93 D 0.051 0.064 0.096 0.138 0.157 0.146 0.122 0.106 0.065 0.026 0.015 0.008 0.003 0.002 94 F 0.031 0.023 0.030 0.055 0.079 0.113 0.140 0.171 0.138 0.106 0.064 0.032 0.013 0.005 95 L 0.055 0.065 0.084 0.114 0.152 0.150 0.118 0.126 0.073 0.035 0.015 0.008 0.003 0.001 96 S 0.165 0.138 0.127 0.143 0.131 0.088 0.068 0.052 0.034 0.025 0.016 0.007 0.003 0.002 97 G 0.075 0.070 0.099 0.134 0.168 0.150 0.132 0.080 0.051 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 98 A 0.055 0.045 0.074 0.110 0.150 0.174 0.150 0.089 0.066 0.045 0.023 0.010 0.006 0.002 99 K 0.105 0.126 0.148 0.183 0.149 0.103 0.087 0.053 0.027 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 100 L 0.050 0.048 0.072 0.113 0.154 0.186 0.122 0.090 0.068 0.054 0.025 0.010 0.005 0.002 101 G 0.050 0.072 0.084 0.151 0.192 0.142 0.111 0.079 0.060 0.034 0.014 0.007 0.003 0.002 102 D 0.048 0.061 0.088 0.137 0.138 0.124 0.117 0.092 0.072 0.056 0.039 0.014 0.008 0.005 103 W 0.013 0.020 0.034 0.068 0.110 0.147 0.160 0.143 0.132 0.081 0.046 0.026 0.011 0.009 104 V 0.005 0.003 0.007 0.012 0.022 0.046 0.075 0.118 0.149 0.171 0.179 0.109 0.078 0.028 105 E 0.004 0.008 0.013 0.034 0.060 0.069 0.118 0.186 0.159 0.138 0.086 0.060 0.035 0.030 106 G 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.014 0.025 0.053 0.113 0.184 0.233 0.203 0.111 0.051 107 E 0.003 0.005 0.009 0.023 0.049 0.056 0.098 0.180 0.182 0.157 0.095 0.066 0.041 0.037 108 G 0.003 0.003 0.003 0.007 0.010 0.027 0.045 0.083 0.112 0.184 0.221 0.167 0.092 0.043 109 E 0.011 0.023 0.044 0.089 0.133 0.136 0.168 0.160 0.108 0.062 0.035 0.017 0.007 0.007 110 L 0.012 0.017 0.024 0.051 0.085 0.126 0.142 0.152 0.142 0.117 0.078 0.033 0.013 0.007 111 I 0.028 0.047 0.084 0.144 0.183 0.192 0.138 0.099 0.053 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 112 S 0.150 0.166 0.147 0.175 0.157 0.077 0.050 0.033 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 113 E 0.194 0.173 0.184 0.170 0.122 0.072 0.038 0.022 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 114 E 0.381 0.254 0.165 0.091 0.053 0.028 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 115 D 0.168 0.174 0.156 0.163 0.157 0.078 0.046 0.029 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 116 M 0.042 0.055 0.091 0.145 0.200 0.159 0.116 0.093 0.045 0.030 0.016 0.004 0.003 0.001 117 L 0.014 0.030 0.041 0.095 0.146 0.164 0.154 0.123 0.097 0.078 0.029 0.015 0.008 0.007 118 F 0.003 0.002 0.006 0.014 0.027 0.048 0.086 0.102 0.146 0.204 0.170 0.123 0.045 0.025 119 T 0.001 0.003 0.006 0.019 0.030 0.052 0.079 0.169 0.169 0.152 0.163 0.075 0.048 0.033 120 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.021 0.074 0.126 0.216 0.349 0.117 0.080 121 R 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.016 0.046 0.282 0.190 0.187 0.127 0.058 0.053 0.023 122 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 0.037 0.063 0.144 0.230 0.238 0.169 0.097 123 R 0.002 0.006 0.017 0.042 0.089 0.100 0.154 0.197 0.145 0.132 0.050 0.030 0.013 0.023 124 I 0.005 0.007 0.010 0.023 0.051 0.074 0.084 0.123 0.174 0.183 0.128 0.087 0.034 0.018 125 W 0.009 0.029 0.067 0.177 0.168 0.212 0.152 0.095 0.061 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 126 A 0.097 0.162 0.113 0.192 0.174 0.095 0.056 0.040 0.042 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 127 G 0.259 0.349 0.201 0.105 0.043 0.020 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 E 0.406 0.357 0.149 0.043 0.020 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 R 0.091 0.138 0.162 0.156 0.218 0.108 0.063 0.030 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 130 T 0.031 0.031 0.058 0.087 0.151 0.179 0.169 0.146 0.066 0.037 0.028 0.008 0.006 0.003 131 L 0.018 0.019 0.024 0.053 0.112 0.121 0.138 0.133 0.125 0.103 0.059 0.055 0.026 0.015 132 I 0.011 0.006 0.009 0.018 0.021 0.042 0.076 0.133 0.141 0.170 0.150 0.135 0.066 0.021 133 T 0.012 0.013 0.021 0.038 0.063 0.078 0.100 0.133 0.153 0.130 0.092 0.101 0.036 0.030 134 G 0.005 0.002 0.004 0.007 0.011 0.028 0.045 0.078 0.131 0.188 0.223 0.163 0.080 0.035 135 T 0.010 0.016 0.022 0.050 0.083 0.096 0.129 0.157 0.162 0.124 0.061 0.046 0.022 0.023 136 G 0.007 0.006 0.009 0.017 0.027 0.056 0.084 0.117 0.158 0.180 0.161 0.100 0.047 0.030 137 V 0.008 0.013 0.024 0.052 0.098 0.128 0.169 0.186 0.134 0.085 0.051 0.026 0.014 0.012 138 F 0.018 0.019 0.027 0.043 0.062 0.102 0.137 0.122 0.125 0.115 0.117 0.063 0.031 0.018 139 K 0.037 0.051 0.085 0.128 0.157 0.147 0.142 0.124 0.065 0.033 0.019 0.008 0.003 0.002 140 A 0.045 0.042 0.049 0.091 0.129 0.145 0.141 0.138 0.094 0.059 0.040 0.017 0.007 0.003 141 L 0.056 0.062 0.091 0.165 0.176 0.169 0.126 0.071 0.047 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 142 S 0.374 0.220 0.137 0.113 0.076 0.034 0.021 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 143 A 0.397 0.208 0.162 0.111 0.061 0.031 0.016 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.530 0.196 0.119 0.070 0.043 0.023 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 K 0.426 0.177 0.155 0.098 0.081 0.033 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 146 P 0.423 0.133 0.123 0.109 0.103 0.050 0.028 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 147 R 0.324 0.150 0.123 0.134 0.122 0.068 0.036 0.023 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 148 P 0.261 0.120 0.116 0.137 0.139 0.084 0.056 0.041 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 149 G 0.191 0.102 0.099 0.157 0.144 0.116 0.075 0.051 0.028 0.023 0.009 0.003 0.001 0.001 150 E 0.350 0.183 0.140 0.114 0.084 0.052 0.033 0.018 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 151 L 0.160 0.092 0.121 0.146 0.144 0.123 0.090 0.059 0.029 0.020 0.011 0.003 0.001 0.001 152 A 0.174 0.109 0.130 0.132 0.148 0.118 0.082 0.053 0.029 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 153 Y 0.225 0.111 0.113 0.142 0.145 0.103 0.059 0.048 0.024 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 154 K 0.301 0.165 0.138 0.140 0.117 0.056 0.034 0.021 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 155 E 0.304 0.129 0.120 0.131 0.114 0.085 0.046 0.031 0.018 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 156 E 0.251 0.163 0.147 0.150 0.126 0.071 0.041 0.024 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 157 A 0.100 0.050 0.069 0.115 0.146 0.182 0.138 0.085 0.051 0.039 0.016 0.006 0.003 0.001