# TARGET T0312 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 184 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.119 0.061 0.077 0.107 0.132 0.148 0.111 0.089 0.063 0.052 0.024 0.011 0.005 0.002 2 K 0.176 0.134 0.126 0.158 0.144 0.088 0.065 0.045 0.030 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 3 V 0.119 0.076 0.089 0.116 0.126 0.126 0.108 0.099 0.064 0.044 0.020 0.009 0.003 0.001 4 F 0.167 0.108 0.108 0.138 0.139 0.121 0.077 0.063 0.037 0.022 0.012 0.006 0.002 0.001 5 E 0.167 0.122 0.129 0.149 0.148 0.094 0.068 0.050 0.037 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 6 F 0.100 0.067 0.088 0.136 0.153 0.155 0.107 0.078 0.052 0.038 0.015 0.007 0.003 0.001 7 E 0.168 0.157 0.161 0.161 0.132 0.084 0.057 0.039 0.021 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 8 V 0.044 0.045 0.063 0.116 0.150 0.174 0.137 0.110 0.071 0.053 0.020 0.009 0.005 0.002 9 G 0.027 0.043 0.059 0.119 0.161 0.170 0.160 0.108 0.071 0.043 0.022 0.010 0.004 0.002 10 K 0.029 0.050 0.072 0.112 0.122 0.138 0.148 0.095 0.082 0.062 0.055 0.019 0.009 0.007 11 G 0.011 0.012 0.023 0.042 0.068 0.106 0.150 0.132 0.166 0.098 0.103 0.051 0.021 0.017 12 F 0.004 0.003 0.007 0.012 0.021 0.044 0.069 0.138 0.166 0.159 0.176 0.094 0.073 0.034 13 L 0.003 0.002 0.004 0.007 0.017 0.024 0.048 0.128 0.142 0.169 0.136 0.165 0.103 0.050 14 L 0.003 0.002 0.003 0.006 0.009 0.020 0.038 0.106 0.123 0.197 0.207 0.144 0.108 0.036 15 R 0.007 0.011 0.019 0.051 0.096 0.100 0.130 0.117 0.154 0.122 0.083 0.057 0.021 0.032 16 L 0.008 0.008 0.013 0.026 0.044 0.096 0.119 0.149 0.146 0.158 0.130 0.061 0.029 0.014 17 D 0.058 0.087 0.112 0.157 0.193 0.137 0.092 0.075 0.056 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 18 Y 0.048 0.078 0.092 0.197 0.182 0.144 0.092 0.062 0.054 0.031 0.015 0.004 0.001 0.001 19 G 0.145 0.176 0.153 0.146 0.143 0.115 0.053 0.030 0.030 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 20 K 0.441 0.283 0.134 0.076 0.037 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.337 0.290 0.200 0.087 0.045 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.034 0.030 0.051 0.088 0.209 0.239 0.148 0.100 0.081 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 23 V 0.031 0.075 0.133 0.257 0.236 0.127 0.084 0.035 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 24 R 0.731 0.215 0.044 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.035 0.105 0.177 0.247 0.233 0.109 0.060 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.002 0.003 0.011 0.043 0.117 0.212 0.292 0.189 0.110 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 27 E 0.121 0.242 0.248 0.211 0.117 0.038 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.659 0.253 0.076 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 F 0.010 0.022 0.057 0.182 0.330 0.250 0.084 0.048 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.021 0.040 0.064 0.267 0.322 0.122 0.083 0.043 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 31 E 0.568 0.334 0.066 0.026 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.473 0.346 0.126 0.037 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 K 0.084 0.157 0.215 0.254 0.165 0.071 0.033 0.013 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 34 G 0.357 0.349 0.175 0.043 0.032 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 I 0.010 0.022 0.044 0.124 0.253 0.193 0.136 0.095 0.056 0.038 0.017 0.005 0.005 0.002 36 H 0.007 0.015 0.030 0.064 0.090 0.119 0.206 0.173 0.117 0.069 0.052 0.035 0.014 0.009 37 A 0.001 0.001 0.003 0.008 0.022 0.048 0.060 0.147 0.185 0.223 0.126 0.099 0.052 0.025 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.019 0.057 0.102 0.150 0.200 0.268 0.126 0.065 39 H 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.020 0.052 0.110 0.189 0.215 0.206 0.098 0.094 40 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.041 0.101 0.159 0.234 0.213 0.122 0.113 41 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.030 0.115 0.146 0.178 0.164 0.126 0.118 0.106 42 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.013 0.029 0.089 0.109 0.183 0.179 0.144 0.126 0.119 43 I 0.002 0.002 0.004 0.010 0.023 0.043 0.080 0.097 0.135 0.180 0.131 0.125 0.079 0.090 44 G 0.003 0.006 0.011 0.028 0.043 0.074 0.144 0.162 0.159 0.138 0.106 0.057 0.034 0.036 45 A 0.004 0.009 0.018 0.045 0.080 0.136 0.171 0.152 0.137 0.100 0.074 0.036 0.020 0.019 46 V 0.006 0.011 0.014 0.034 0.061 0.107 0.146 0.188 0.150 0.122 0.076 0.046 0.028 0.012 47 R 0.014 0.024 0.046 0.084 0.106 0.121 0.176 0.155 0.106 0.079 0.045 0.023 0.013 0.009 48 S 0.010 0.017 0.032 0.057 0.109 0.137 0.144 0.141 0.120 0.109 0.062 0.032 0.016 0.014 49 A 0.008 0.004 0.007 0.011 0.022 0.046 0.070 0.100 0.150 0.170 0.150 0.139 0.089 0.036 50 V 0.005 0.009 0.015 0.048 0.073 0.079 0.133 0.179 0.151 0.137 0.073 0.049 0.025 0.023 51 I 0.003 0.002 0.003 0.005 0.009 0.024 0.043 0.090 0.138 0.167 0.224 0.182 0.081 0.028 52 G 0.008 0.010 0.018 0.041 0.057 0.084 0.128 0.212 0.154 0.117 0.088 0.043 0.027 0.016 53 Y 0.009 0.012 0.016 0.033 0.060 0.084 0.107 0.152 0.157 0.141 0.121 0.066 0.024 0.018 54 Y 0.018 0.020 0.037 0.067 0.105 0.161 0.145 0.164 0.119 0.082 0.045 0.022 0.010 0.004 55 D 0.112 0.139 0.127 0.174 0.161 0.094 0.071 0.045 0.044 0.016 0.011 0.004 0.001 0.001 56 Q 0.183 0.157 0.157 0.181 0.121 0.085 0.052 0.025 0.022 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 57 E 0.536 0.251 0.112 0.050 0.025 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.450 0.225 0.154 0.081 0.052 0.020 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.492 0.181 0.146 0.076 0.056 0.026 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.538 0.169 0.116 0.070 0.061 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Y 0.224 0.104 0.106 0.147 0.166 0.094 0.067 0.056 0.019 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 62 V 0.175 0.111 0.104 0.157 0.163 0.125 0.071 0.049 0.023 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 63 K 0.246 0.144 0.150 0.152 0.133 0.074 0.043 0.024 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 64 K 0.344 0.147 0.127 0.135 0.098 0.065 0.037 0.020 0.012 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 65 E 0.260 0.192 0.186 0.139 0.100 0.058 0.032 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 66 L 0.055 0.045 0.072 0.133 0.185 0.202 0.132 0.091 0.046 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 67 M 0.132 0.147 0.147 0.196 0.177 0.097 0.049 0.026 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 68 E 0.276 0.188 0.159 0.133 0.095 0.059 0.039 0.024 0.013 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 69 P 0.061 0.086 0.101 0.169 0.180 0.151 0.096 0.064 0.047 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 70 L 0.014 0.014 0.025 0.050 0.080 0.122 0.174 0.222 0.134 0.075 0.047 0.025 0.013 0.004 71 E 0.015 0.020 0.031 0.062 0.084 0.118 0.147 0.207 0.131 0.094 0.047 0.024 0.014 0.007 72 I 0.009 0.007 0.012 0.021 0.046 0.072 0.083 0.116 0.156 0.150 0.143 0.103 0.054 0.030 73 L 0.011 0.007 0.012 0.021 0.032 0.053 0.079 0.086 0.142 0.176 0.138 0.122 0.073 0.048 74 S 0.010 0.010 0.015 0.033 0.050 0.073 0.125 0.130 0.158 0.126 0.110 0.084 0.037 0.039 75 L 0.005 0.004 0.007 0.014 0.022 0.053 0.076 0.133 0.154 0.162 0.183 0.096 0.061 0.030 76 S 0.014 0.018 0.023 0.044 0.085 0.099 0.127 0.140 0.139 0.112 0.072 0.064 0.035 0.028 77 G 0.017 0.016 0.022 0.043 0.057 0.081 0.125 0.146 0.130 0.149 0.106 0.058 0.030 0.019 78 N 0.026 0.033 0.057 0.094 0.151 0.167 0.151 0.111 0.094 0.054 0.031 0.016 0.007 0.008 79 V 0.038 0.025 0.035 0.064 0.095 0.136 0.128 0.123 0.109 0.100 0.072 0.043 0.023 0.010 80 S 0.061 0.074 0.097 0.176 0.166 0.142 0.129 0.072 0.048 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 81 M 0.104 0.093 0.103 0.168 0.146 0.158 0.095 0.054 0.040 0.019 0.014 0.004 0.001 0.001 82 K 0.369 0.224 0.151 0.114 0.072 0.037 0.016 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.451 0.255 0.138 0.084 0.040 0.016 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 S 0.442 0.275 0.151 0.070 0.032 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 K 0.311 0.268 0.182 0.093 0.065 0.038 0.022 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 86 P 0.049 0.068 0.106 0.132 0.205 0.165 0.130 0.075 0.033 0.020 0.012 0.003 0.002 0.001 87 F 0.013 0.026 0.040 0.085 0.162 0.189 0.180 0.118 0.071 0.055 0.031 0.015 0.008 0.006 88 C 0.004 0.004 0.009 0.019 0.033 0.061 0.100 0.108 0.150 0.170 0.149 0.120 0.047 0.027 89 H 0.001 0.002 0.004 0.013 0.020 0.038 0.075 0.143 0.174 0.156 0.165 0.121 0.052 0.036 90 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.041 0.100 0.138 0.235 0.281 0.123 0.060 91 H 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 0.031 0.151 0.155 0.198 0.169 0.120 0.094 0.060 92 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 0.048 0.082 0.161 0.188 0.200 0.158 0.136 93 L 0.002 0.002 0.005 0.011 0.028 0.045 0.075 0.132 0.156 0.193 0.112 0.098 0.063 0.079 94 L 0.003 0.006 0.009 0.028 0.049 0.074 0.113 0.123 0.149 0.151 0.130 0.086 0.041 0.038 95 G 0.007 0.015 0.026 0.073 0.100 0.208 0.206 0.134 0.121 0.052 0.035 0.014 0.006 0.004 96 K 0.054 0.120 0.131 0.184 0.180 0.118 0.092 0.061 0.033 0.012 0.010 0.003 0.001 0.001 97 D 0.157 0.240 0.200 0.142 0.113 0.064 0.038 0.022 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 98 G 0.152 0.201 0.170 0.150 0.127 0.090 0.049 0.029 0.018 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 99 E 0.170 0.168 0.163 0.135 0.128 0.096 0.065 0.033 0.023 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 100 V 0.037 0.030 0.052 0.077 0.139 0.168 0.160 0.115 0.090 0.060 0.039 0.018 0.009 0.004 101 Y 0.031 0.029 0.042 0.067 0.096 0.116 0.132 0.152 0.107 0.080 0.073 0.042 0.022 0.011 102 G 0.020 0.015 0.021 0.034 0.053 0.066 0.087 0.121 0.127 0.139 0.110 0.117 0.056 0.034 103 G 0.016 0.010 0.013 0.022 0.031 0.043 0.071 0.128 0.161 0.166 0.127 0.127 0.060 0.026 104 H 0.014 0.012 0.017 0.035 0.048 0.077 0.090 0.128 0.146 0.141 0.128 0.086 0.049 0.028 105 L 0.013 0.011 0.014 0.030 0.046 0.078 0.103 0.101 0.154 0.148 0.133 0.101 0.042 0.027 106 F 0.022 0.028 0.045 0.076 0.091 0.134 0.150 0.144 0.115 0.078 0.064 0.030 0.014 0.007 107 S 0.055 0.081 0.097 0.117 0.131 0.132 0.116 0.104 0.071 0.039 0.030 0.015 0.007 0.005 108 A 0.025 0.040 0.056 0.088 0.131 0.138 0.143 0.153 0.101 0.063 0.033 0.016 0.008 0.004 109 E 0.026 0.051 0.066 0.109 0.136 0.130 0.142 0.138 0.090 0.059 0.027 0.012 0.009 0.004 110 V 0.014 0.018 0.033 0.057 0.093 0.136 0.183 0.133 0.125 0.099 0.048 0.029 0.018 0.015 111 F 0.009 0.007 0.017 0.028 0.056 0.096 0.117 0.130 0.136 0.156 0.115 0.059 0.046 0.027 112 A 0.006 0.006 0.009 0.022 0.038 0.059 0.082 0.081 0.115 0.135 0.152 0.133 0.087 0.074 113 C 0.003 0.002 0.003 0.008 0.010 0.022 0.059 0.078 0.148 0.166 0.198 0.178 0.082 0.045 114 E 0.001 0.002 0.004 0.012 0.020 0.037 0.085 0.205 0.187 0.164 0.138 0.073 0.042 0.028 115 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.015 0.027 0.089 0.121 0.163 0.242 0.161 0.112 0.060 116 F 0.002 0.002 0.004 0.010 0.022 0.033 0.058 0.126 0.159 0.212 0.122 0.121 0.067 0.059 117 V 0.002 0.002 0.003 0.006 0.013 0.027 0.061 0.115 0.173 0.176 0.164 0.150 0.070 0.038 118 L 0.006 0.012 0.020 0.042 0.062 0.122 0.143 0.229 0.136 0.096 0.073 0.028 0.020 0.010 119 P 0.026 0.053 0.062 0.111 0.161 0.140 0.143 0.095 0.080 0.054 0.041 0.019 0.007 0.008 120 L 0.021 0.026 0.041 0.083 0.132 0.173 0.165 0.143 0.113 0.064 0.024 0.009 0.004 0.001 121 S 0.102 0.121 0.146 0.158 0.155 0.124 0.087 0.047 0.037 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 122 G 0.260 0.188 0.185 0.129 0.098 0.056 0.040 0.023 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 123 E 0.328 0.195 0.157 0.116 0.094 0.052 0.029 0.014 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 124 A 0.272 0.169 0.168 0.125 0.116 0.060 0.043 0.024 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 125 P 0.091 0.056 0.076 0.115 0.163 0.179 0.135 0.103 0.040 0.027 0.010 0.003 0.002 0.001 126 E 0.258 0.182 0.144 0.150 0.128 0.059 0.035 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 127 R 0.244 0.122 0.128 0.148 0.135 0.083 0.052 0.041 0.022 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 128 A 0.187 0.114 0.141 0.169 0.168 0.094 0.054 0.039 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 129 F 0.164 0.078 0.104 0.167 0.172 0.129 0.070 0.055 0.033 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 130 D 0.354 0.167 0.130 0.160 0.104 0.042 0.018 0.010 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 131 E 0.604 0.193 0.090 0.060 0.027 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 Q 0.407 0.226 0.157 0.092 0.064 0.028 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 T 0.240 0.134 0.134 0.146 0.133 0.101 0.055 0.032 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 134 G 0.289 0.168 0.143 0.120 0.121 0.069 0.043 0.022 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 135 L 0.049 0.038 0.052 0.110 0.158 0.150 0.129 0.140 0.075 0.061 0.025 0.009 0.004 0.001 136 F 0.121 0.102 0.091 0.137 0.129 0.118 0.098 0.088 0.050 0.031 0.020 0.010 0.003 0.001 137 L 0.102 0.082 0.101 0.122 0.132 0.116 0.101 0.099 0.062 0.041 0.025 0.011 0.003 0.002 138 W 0.053 0.034 0.051 0.088 0.131 0.171 0.143 0.128 0.085 0.065 0.030 0.015 0.006 0.002 139 L 0.158 0.122 0.149 0.170 0.150 0.093 0.062 0.037 0.029 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 140 E 0.307 0.135 0.126 0.134 0.108 0.073 0.047 0.028 0.022 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 141 H 0.361 0.185 0.139 0.124 0.089 0.047 0.025 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 142 H 0.443 0.178 0.138 0.099 0.066 0.036 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 143 H 0.498 0.172 0.130 0.083 0.064 0.028 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 H 0.420 0.145 0.124 0.113 0.096 0.050 0.026 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 145 H 0.371 0.156 0.126 0.122 0.104 0.057 0.031 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 146 H 0.385 0.160 0.127 0.112 0.089 0.056 0.033 0.019 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001