# TARGET T0309 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.208 0.130 0.134 0.131 0.128 0.100 0.069 0.045 0.029 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 2 A 0.123 0.081 0.099 0.139 0.163 0.144 0.105 0.061 0.041 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 3 S 0.205 0.152 0.153 0.150 0.129 0.088 0.058 0.028 0.018 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 4 K 0.291 0.150 0.139 0.124 0.108 0.072 0.044 0.030 0.020 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 5 K 0.128 0.099 0.114 0.168 0.163 0.112 0.083 0.061 0.035 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 6 V 0.056 0.038 0.046 0.075 0.124 0.131 0.128 0.179 0.115 0.064 0.024 0.014 0.006 0.002 7 H 0.097 0.067 0.083 0.142 0.132 0.132 0.112 0.095 0.052 0.043 0.024 0.012 0.006 0.002 8 Q 0.247 0.133 0.138 0.118 0.117 0.082 0.058 0.030 0.034 0.018 0.014 0.007 0.002 0.002 9 I 0.089 0.038 0.055 0.087 0.120 0.140 0.113 0.091 0.089 0.082 0.050 0.027 0.015 0.005 10 N 0.149 0.129 0.116 0.150 0.128 0.100 0.095 0.061 0.036 0.015 0.011 0.005 0.002 0.001 11 V 0.055 0.037 0.047 0.081 0.117 0.159 0.129 0.111 0.091 0.083 0.055 0.023 0.010 0.004 12 K 0.148 0.103 0.114 0.133 0.136 0.107 0.088 0.066 0.049 0.024 0.016 0.009 0.004 0.002 13 G 0.125 0.072 0.081 0.106 0.126 0.115 0.097 0.085 0.071 0.056 0.033 0.018 0.008 0.005 14 F 0.066 0.045 0.049 0.085 0.123 0.138 0.124 0.128 0.107 0.067 0.035 0.020 0.010 0.004 15 F 0.081 0.054 0.066 0.109 0.113 0.134 0.128 0.087 0.075 0.059 0.050 0.027 0.012 0.006 16 D 0.119 0.091 0.105 0.123 0.136 0.120 0.105 0.065 0.059 0.032 0.026 0.012 0.004 0.003 17 M 0.081 0.048 0.064 0.081 0.109 0.126 0.118 0.106 0.097 0.068 0.053 0.027 0.015 0.006 18 D 0.089 0.076 0.088 0.135 0.144 0.123 0.112 0.092 0.060 0.038 0.024 0.011 0.005 0.004 19 V 0.046 0.031 0.039 0.064 0.114 0.128 0.126 0.109 0.124 0.092 0.062 0.039 0.017 0.008 20 M 0.096 0.052 0.061 0.106 0.109 0.132 0.130 0.097 0.077 0.056 0.044 0.023 0.012 0.005 21 E 0.161 0.129 0.137 0.145 0.134 0.091 0.083 0.045 0.034 0.016 0.016 0.006 0.003 0.002 22 V 0.057 0.032 0.047 0.081 0.126 0.171 0.146 0.127 0.091 0.063 0.036 0.014 0.007 0.002 23 T 0.146 0.111 0.126 0.167 0.165 0.116 0.079 0.038 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 24 E 0.291 0.151 0.133 0.142 0.120 0.061 0.043 0.027 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.268 0.164 0.156 0.140 0.111 0.071 0.044 0.023 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 26 T 0.289 0.155 0.166 0.122 0.112 0.066 0.041 0.025 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 27 K 0.303 0.132 0.133 0.137 0.130 0.077 0.042 0.025 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 28 E 0.287 0.153 0.133 0.139 0.140 0.066 0.034 0.023 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 29 A 0.128 0.063 0.073 0.129 0.147 0.155 0.117 0.091 0.042 0.035 0.012 0.005 0.002 0.001 30 E 0.245 0.186 0.149 0.150 0.123 0.064 0.039 0.023 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.072 0.050 0.073 0.152 0.169 0.179 0.118 0.077 0.047 0.034 0.018 0.007 0.002 0.001 32 T 0.082 0.075 0.098 0.149 0.183 0.163 0.112 0.063 0.048 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 33 Y 0.163 0.092 0.100 0.144 0.155 0.122 0.078 0.070 0.035 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 34 D 0.228 0.188 0.165 0.163 0.114 0.066 0.040 0.019 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 35 F 0.043 0.028 0.048 0.105 0.170 0.231 0.140 0.077 0.090 0.043 0.016 0.004 0.002 0.001 36 K 0.270 0.215 0.170 0.156 0.101 0.045 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.510 0.255 0.127 0.054 0.028 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.059 0.052 0.071 0.152 0.214 0.189 0.123 0.084 0.037 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 39 L 0.055 0.067 0.125 0.191 0.226 0.141 0.101 0.049 0.029 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 40 S 0.594 0.208 0.087 0.053 0.026 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.280 0.214 0.159 0.139 0.101 0.054 0.029 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 42 F 0.113 0.074 0.123 0.157 0.184 0.152 0.103 0.049 0.026 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 43 N 0.419 0.199 0.175 0.088 0.060 0.032 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 G 0.375 0.130 0.118 0.118 0.109 0.065 0.036 0.021 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 45 K 0.249 0.169 0.125 0.150 0.131 0.072 0.044 0.028 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 46 N 0.179 0.145 0.126 0.123 0.135 0.100 0.074 0.056 0.031 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 47 V 0.053 0.032 0.049 0.093 0.136 0.175 0.155 0.101 0.076 0.065 0.037 0.017 0.007 0.004 48 S 0.073 0.063 0.097 0.131 0.180 0.141 0.109 0.065 0.059 0.035 0.025 0.013 0.005 0.004 49 I 0.081 0.027 0.034 0.061 0.078 0.105 0.099 0.105 0.109 0.124 0.085 0.054 0.029 0.010 50 T 0.068 0.066 0.081 0.154 0.158 0.117 0.129 0.096 0.065 0.029 0.018 0.011 0.004 0.002 51 V 0.040 0.025 0.034 0.070 0.098 0.152 0.135 0.129 0.115 0.101 0.064 0.024 0.011 0.003 52 K 0.194 0.156 0.170 0.172 0.139 0.071 0.046 0.022 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 53 E 0.343 0.171 0.133 0.127 0.095 0.054 0.031 0.018 0.013 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 54 E 0.250 0.170 0.161 0.142 0.130 0.070 0.033 0.020 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 55 N 0.237 0.146 0.130 0.163 0.136 0.082 0.042 0.034 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 56 E 0.265 0.167 0.146 0.144 0.139 0.063 0.034 0.019 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 57 L 0.096 0.065 0.085 0.151 0.163 0.147 0.100 0.087 0.047 0.035 0.015 0.005 0.003 0.001 58 P 0.122 0.091 0.103 0.129 0.140 0.123 0.110 0.073 0.049 0.027 0.018 0.010 0.003 0.002 59 V 0.038 0.028 0.038 0.068 0.103 0.134 0.129 0.151 0.109 0.097 0.060 0.028 0.013 0.004 60 K 0.088 0.066 0.073 0.105 0.109 0.111 0.108 0.098 0.085 0.059 0.049 0.031 0.012 0.007 61 G 0.051 0.039 0.052 0.071 0.099 0.114 0.114 0.125 0.122 0.088 0.068 0.036 0.014 0.008 62 V 0.037 0.029 0.035 0.061 0.088 0.123 0.117 0.136 0.122 0.108 0.074 0.040 0.023 0.008 63 E 0.106 0.108 0.114 0.151 0.133 0.106 0.096 0.060 0.052 0.031 0.024 0.011 0.004 0.003 64 M 0.064 0.055 0.076 0.103 0.127 0.152 0.129 0.101 0.083 0.052 0.036 0.014 0.006 0.002 65 A 0.089 0.079 0.092 0.125 0.149 0.160 0.121 0.076 0.054 0.027 0.017 0.007 0.003 0.002 66 G 0.146 0.139 0.146 0.151 0.149 0.092 0.072 0.050 0.027 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 67 D 0.273 0.169 0.158 0.133 0.109 0.065 0.041 0.023 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 68 P 0.236 0.146 0.147 0.133 0.121 0.085 0.058 0.031 0.024 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 69 L 0.116 0.073 0.085 0.131 0.160 0.152 0.113 0.079 0.042 0.029 0.014 0.005 0.002 0.001 70 E 0.353 0.203 0.141 0.113 0.079 0.045 0.030 0.017 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 71 H 0.244 0.123 0.134 0.127 0.125 0.092 0.061 0.041 0.025 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 72 H 0.207 0.111 0.118 0.137 0.148 0.106 0.069 0.049 0.028 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 73 H 0.253 0.128 0.124 0.139 0.127 0.083 0.054 0.042 0.024 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 74 H 0.293 0.130 0.116 0.131 0.116 0.083 0.053 0.033 0.022 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 75 H 0.272 0.141 0.137 0.135 0.116 0.081 0.050 0.028 0.019 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 76 H 0.281 0.144 0.138 0.124 0.109 0.081 0.052 0.032 0.018 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001