# TARGET T0307 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.237 0.118 0.121 0.128 0.119 0.101 0.069 0.042 0.027 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 2 G 0.299 0.159 0.135 0.119 0.106 0.069 0.048 0.027 0.019 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 3 L 0.098 0.065 0.078 0.131 0.158 0.152 0.114 0.087 0.053 0.037 0.016 0.007 0.004 0.001 4 G 0.223 0.146 0.126 0.141 0.121 0.090 0.066 0.038 0.024 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 5 R 0.209 0.138 0.151 0.137 0.125 0.087 0.059 0.039 0.026 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 6 Q 0.226 0.113 0.119 0.127 0.125 0.105 0.071 0.046 0.030 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 7 S 0.130 0.103 0.114 0.142 0.161 0.110 0.079 0.064 0.047 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 8 L 0.067 0.039 0.048 0.082 0.107 0.141 0.135 0.142 0.093 0.077 0.035 0.021 0.010 0.003 9 N 0.127 0.109 0.105 0.141 0.134 0.105 0.090 0.077 0.049 0.028 0.020 0.010 0.004 0.002 10 I 0.039 0.032 0.045 0.073 0.108 0.134 0.134 0.126 0.114 0.086 0.060 0.031 0.013 0.006 11 M 0.061 0.046 0.060 0.102 0.122 0.154 0.140 0.110 0.080 0.055 0.037 0.019 0.009 0.004 12 T 0.145 0.113 0.118 0.134 0.133 0.105 0.091 0.059 0.047 0.023 0.018 0.008 0.003 0.002 13 F 0.077 0.046 0.063 0.106 0.140 0.166 0.126 0.101 0.076 0.053 0.026 0.012 0.006 0.002 14 S 0.192 0.144 0.142 0.160 0.138 0.091 0.060 0.029 0.023 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 15 G 0.257 0.147 0.146 0.142 0.119 0.076 0.047 0.028 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 16 Q 0.394 0.185 0.132 0.103 0.075 0.052 0.028 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 17 E 0.244 0.177 0.141 0.139 0.131 0.071 0.042 0.027 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 18 L 0.066 0.050 0.069 0.115 0.161 0.171 0.150 0.113 0.053 0.030 0.013 0.005 0.002 0.001 19 T 0.195 0.142 0.150 0.136 0.127 0.099 0.067 0.038 0.024 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 20 A 0.138 0.085 0.098 0.131 0.143 0.126 0.092 0.075 0.049 0.033 0.017 0.008 0.004 0.002 21 I 0.046 0.035 0.045 0.092 0.136 0.151 0.166 0.145 0.098 0.047 0.021 0.011 0.004 0.002 22 I 0.050 0.046 0.069 0.102 0.127 0.175 0.159 0.109 0.071 0.045 0.028 0.012 0.006 0.002 23 K 0.232 0.190 0.174 0.139 0.111 0.063 0.041 0.022 0.014 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 24 M 0.085 0.063 0.089 0.136 0.151 0.163 0.136 0.087 0.044 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 25 A 0.065 0.058 0.086 0.120 0.170 0.175 0.142 0.091 0.057 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 26 K 0.188 0.160 0.150 0.153 0.135 0.078 0.057 0.044 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 27 S 0.227 0.170 0.158 0.135 0.111 0.082 0.052 0.028 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 28 M 0.099 0.073 0.098 0.137 0.178 0.158 0.104 0.067 0.044 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 29 V 0.104 0.074 0.086 0.140 0.159 0.142 0.123 0.080 0.046 0.023 0.013 0.006 0.002 0.001 30 M 0.142 0.102 0.102 0.138 0.139 0.135 0.094 0.064 0.044 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 31 A 0.220 0.113 0.107 0.132 0.128 0.110 0.073 0.042 0.034 0.019 0.013 0.005 0.002 0.001 32 D 0.314 0.184 0.172 0.128 0.090 0.046 0.030 0.013 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 33 G 0.430 0.155 0.127 0.093 0.073 0.057 0.030 0.015 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 34 K 0.281 0.166 0.149 0.143 0.126 0.060 0.036 0.018 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 35 I 0.129 0.074 0.086 0.126 0.155 0.144 0.119 0.086 0.040 0.026 0.010 0.003 0.002 0.001 36 K 0.253 0.158 0.154 0.141 0.117 0.077 0.046 0.028 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 37 P 0.231 0.108 0.124 0.125 0.139 0.094 0.064 0.049 0.032 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 38 A 0.167 0.076 0.074 0.114 0.134 0.138 0.099 0.078 0.048 0.041 0.017 0.010 0.004 0.001 39 E 0.185 0.150 0.131 0.152 0.137 0.085 0.064 0.040 0.026 0.013 0.010 0.004 0.001 0.001 40 I 0.066 0.043 0.061 0.104 0.125 0.167 0.143 0.096 0.078 0.056 0.035 0.016 0.007 0.003 41 A 0.107 0.072 0.095 0.130 0.152 0.147 0.118 0.070 0.052 0.026 0.016 0.008 0.003 0.002 42 V 0.088 0.056 0.062 0.100 0.134 0.132 0.113 0.120 0.081 0.056 0.033 0.014 0.007 0.002 43 M 0.091 0.067 0.080 0.134 0.145 0.157 0.119 0.083 0.056 0.033 0.018 0.011 0.004 0.002 44 T 0.161 0.105 0.116 0.144 0.145 0.114 0.082 0.047 0.045 0.023 0.012 0.005 0.001 0.001 45 R 0.230 0.141 0.143 0.144 0.124 0.086 0.053 0.033 0.023 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 46 E 0.301 0.199 0.150 0.130 0.095 0.058 0.030 0.017 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 47 F 0.137 0.091 0.105 0.135 0.164 0.125 0.094 0.070 0.045 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 48 M 0.146 0.089 0.105 0.137 0.139 0.134 0.108 0.072 0.033 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 49 R 0.272 0.179 0.144 0.117 0.109 0.069 0.046 0.027 0.019 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 50 F 0.102 0.065 0.089 0.128 0.149 0.145 0.112 0.077 0.052 0.039 0.023 0.010 0.005 0.002 51 G 0.241 0.134 0.123 0.131 0.120 0.090 0.068 0.040 0.029 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 52 I 0.089 0.063 0.073 0.127 0.164 0.152 0.103 0.090 0.067 0.039 0.020 0.008 0.004 0.001 53 L 0.092 0.069 0.079 0.148 0.158 0.162 0.118 0.066 0.055 0.029 0.015 0.007 0.003 0.001 54 Q 0.272 0.184 0.181 0.131 0.097 0.057 0.035 0.019 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 55 D 0.322 0.184 0.158 0.124 0.090 0.056 0.031 0.016 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.176 0.137 0.126 0.137 0.159 0.106 0.068 0.043 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 57 V 0.055 0.049 0.073 0.129 0.170 0.165 0.140 0.107 0.051 0.038 0.016 0.005 0.002 0.001 58 D 0.279 0.173 0.160 0.117 0.102 0.064 0.045 0.026 0.018 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 59 L 0.073 0.047 0.069 0.117 0.152 0.151 0.106 0.104 0.071 0.058 0.030 0.013 0.007 0.002 60 L 0.048 0.043 0.050 0.112 0.152 0.146 0.152 0.131 0.089 0.041 0.018 0.011 0.004 0.002 61 L 0.067 0.055 0.066 0.116 0.128 0.154 0.133 0.104 0.072 0.053 0.033 0.013 0.005 0.002 62 K 0.244 0.186 0.169 0.131 0.101 0.066 0.046 0.025 0.019 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 63 A 0.102 0.072 0.096 0.145 0.164 0.164 0.106 0.058 0.044 0.028 0.015 0.004 0.002 0.001 64 S 0.192 0.165 0.167 0.149 0.144 0.080 0.047 0.025 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 65 D 0.358 0.172 0.136 0.127 0.094 0.052 0.028 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 66 S 0.271 0.170 0.156 0.140 0.122 0.064 0.038 0.018 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 67 I 0.143 0.071 0.090 0.144 0.171 0.160 0.099 0.059 0.030 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 68 E 0.327 0.219 0.162 0.126 0.083 0.039 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.134 0.068 0.096 0.135 0.158 0.163 0.101 0.065 0.040 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 70 S 0.187 0.137 0.133 0.153 0.159 0.101 0.059 0.035 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 71 Q 0.210 0.153 0.137 0.145 0.125 0.086 0.056 0.043 0.022 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 72 A 0.065 0.055 0.069 0.125 0.161 0.169 0.145 0.105 0.057 0.028 0.012 0.006 0.002 0.001 73 V 0.033 0.031 0.052 0.083 0.122 0.158 0.172 0.146 0.094 0.055 0.033 0.014 0.006 0.002 74 A 0.094 0.080 0.093 0.114 0.129 0.134 0.121 0.100 0.063 0.034 0.021 0.011 0.005 0.002 75 L 0.048 0.043 0.060 0.105 0.142 0.159 0.129 0.107 0.080 0.059 0.039 0.017 0.007 0.004 76 I 0.031 0.027 0.045 0.090 0.135 0.168 0.163 0.125 0.110 0.060 0.026 0.012 0.005 0.003 77 A 0.105 0.083 0.102 0.152 0.165 0.150 0.099 0.063 0.038 0.021 0.013 0.005 0.002 0.001 78 R 0.247 0.196 0.168 0.160 0.109 0.052 0.032 0.017 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 79 M 0.122 0.092 0.116 0.205 0.172 0.143 0.078 0.035 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 80 D 0.466 0.239 0.140 0.086 0.043 0.014 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.712 0.184 0.064 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 E 0.678 0.202 0.076 0.026 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 R 0.400 0.165 0.151 0.119 0.104 0.037 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.541 0.174 0.106 0.079 0.057 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 K 0.478 0.185 0.120 0.096 0.070 0.027 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.145 0.084 0.096 0.161 0.171 0.133 0.089 0.074 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 87 V 0.085 0.066 0.076 0.136 0.185 0.168 0.116 0.079 0.048 0.024 0.010 0.006 0.002 0.001 88 A 0.141 0.100 0.104 0.148 0.129 0.128 0.099 0.061 0.040 0.026 0.016 0.007 0.002 0.001 89 S 0.231 0.145 0.139 0.114 0.101 0.095 0.068 0.036 0.031 0.015 0.015 0.006 0.002 0.001 90 Y 0.059 0.042 0.064 0.095 0.137 0.157 0.135 0.101 0.082 0.053 0.043 0.019 0.008 0.004 91 L 0.047 0.036 0.048 0.077 0.109 0.141 0.153 0.126 0.101 0.069 0.045 0.030 0.013 0.006 92 G 0.077 0.056 0.066 0.087 0.107 0.109 0.118 0.124 0.095 0.067 0.047 0.028 0.013 0.007 93 V 0.043 0.034 0.046 0.072 0.097 0.120 0.122 0.125 0.110 0.094 0.070 0.039 0.019 0.010 94 I 0.052 0.036 0.049 0.083 0.115 0.136 0.132 0.103 0.103 0.077 0.054 0.036 0.015 0.009 95 M 0.054 0.052 0.063 0.119 0.131 0.138 0.139 0.103 0.084 0.052 0.037 0.017 0.006 0.004 96 A 0.081 0.073 0.085 0.117 0.133 0.156 0.120 0.088 0.072 0.033 0.025 0.011 0.005 0.002 97 S 0.153 0.135 0.129 0.161 0.145 0.108 0.070 0.041 0.028 0.014 0.011 0.004 0.001 0.001 98 D 0.276 0.201 0.180 0.127 0.100 0.051 0.028 0.015 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 99 G 0.359 0.175 0.141 0.131 0.089 0.053 0.025 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 100 D 0.435 0.234 0.137 0.091 0.054 0.024 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 I 0.146 0.090 0.116 0.166 0.187 0.137 0.079 0.042 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 102 D 0.445 0.237 0.146 0.082 0.046 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 D 0.471 0.175 0.144 0.080 0.067 0.033 0.014 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 N 0.259 0.144 0.119 0.157 0.144 0.081 0.045 0.026 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 105 E 0.246 0.164 0.130 0.137 0.127 0.084 0.048 0.031 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 106 L 0.102 0.070 0.078 0.131 0.153 0.154 0.117 0.089 0.052 0.031 0.013 0.006 0.002 0.001 107 A 0.116 0.081 0.102 0.132 0.141 0.151 0.114 0.071 0.044 0.021 0.014 0.007 0.003 0.001 108 L 0.050 0.033 0.048 0.082 0.136 0.158 0.144 0.117 0.104 0.064 0.035 0.018 0.007 0.003 109 W 0.074 0.061 0.073 0.114 0.135 0.150 0.130 0.100 0.072 0.043 0.025 0.014 0.006 0.002 110 T 0.156 0.110 0.121 0.128 0.126 0.110 0.085 0.060 0.046 0.026 0.018 0.009 0.003 0.002 111 L 0.064 0.040 0.054 0.098 0.131 0.154 0.146 0.129 0.085 0.052 0.025 0.014 0.005 0.003 112 I 0.061 0.043 0.058 0.098 0.143 0.164 0.149 0.107 0.087 0.049 0.024 0.013 0.005 0.002 113 S 0.199 0.142 0.141 0.142 0.118 0.086 0.068 0.044 0.028 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 114 T 0.208 0.128 0.130 0.129 0.125 0.104 0.071 0.043 0.029 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 115 L 0.113 0.059 0.070 0.112 0.151 0.147 0.124 0.089 0.066 0.036 0.019 0.009 0.004 0.002 116 C 0.135 0.083 0.092 0.129 0.135 0.138 0.117 0.073 0.047 0.025 0.014 0.007 0.003 0.001 117 G 0.328 0.148 0.122 0.110 0.094 0.071 0.049 0.032 0.023 0.011 0.008 0.004 0.001 0.001 118 L 0.208 0.111 0.117 0.126 0.128 0.106 0.078 0.048 0.036 0.021 0.013 0.005 0.002 0.001 119 P 0.246 0.125 0.119 0.120 0.117 0.098 0.069 0.040 0.030 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 120 T 0.164 0.113 0.128 0.131 0.151 0.114 0.083 0.046 0.034 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 121 M 0.202 0.093 0.093 0.116 0.118 0.117 0.091 0.060 0.044 0.031 0.020 0.008 0.004 0.002 122 T 0.193 0.137 0.135 0.144 0.124 0.095 0.073 0.044 0.027 0.012 0.010 0.004 0.002 0.001 123 V 0.051 0.035 0.048 0.084 0.126 0.152 0.146 0.142 0.110 0.056 0.030 0.012 0.005 0.002 124 M 0.086 0.083 0.102 0.143 0.156 0.147 0.109 0.074 0.046 0.025 0.016 0.007 0.003 0.001 125 E 0.355 0.224 0.163 0.107 0.065 0.034 0.022 0.013 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 126 A 0.108 0.089 0.105 0.158 0.173 0.148 0.103 0.057 0.036 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 127 I 0.052 0.048 0.077 0.137 0.181 0.181 0.146 0.085 0.055 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 128 N 0.401 0.237 0.157 0.095 0.053 0.026 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 N 0.370 0.194 0.169 0.105 0.079 0.043 0.020 0.008 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 130 M 0.141 0.082 0.103 0.155 0.189 0.138 0.092 0.052 0.029 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 131 K 0.322 0.181 0.144 0.123 0.096 0.060 0.037 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 132 N 0.434 0.167 0.135 0.093 0.075 0.043 0.025 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 133 L 0.167 0.083 0.101 0.136 0.157 0.140 0.093 0.053 0.031 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001