# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5341 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.058 0.068 0.089 0.105 0.119 0.124 0.116 0.084 0.060 0.030 0.018 0.010 0.004 2 K 0.085 0.066 0.081 0.122 0.151 0.139 0.116 0.098 0.059 0.037 0.022 0.011 0.006 0.004 3 L 0.049 0.027 0.035 0.063 0.109 0.131 0.128 0.105 0.116 0.093 0.065 0.046 0.022 0.011 4 A 0.089 0.055 0.070 0.120 0.118 0.144 0.145 0.078 0.072 0.045 0.031 0.019 0.010 0.004 5 V 0.083 0.090 0.113 0.157 0.158 0.122 0.104 0.075 0.048 0.021 0.017 0.007 0.003 0.002 6 V 0.044 0.031 0.046 0.084 0.111 0.172 0.156 0.149 0.087 0.060 0.033 0.016 0.008 0.003 7 T 0.066 0.075 0.097 0.145 0.186 0.150 0.114 0.075 0.050 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 8 G 0.096 0.085 0.113 0.150 0.162 0.112 0.102 0.074 0.046 0.031 0.015 0.007 0.004 0.002 9 Q 0.049 0.059 0.086 0.121 0.171 0.164 0.137 0.077 0.063 0.037 0.019 0.009 0.005 0.003 10 I 0.027 0.014 0.025 0.041 0.071 0.108 0.137 0.118 0.133 0.117 0.103 0.054 0.034 0.018 11 V 0.025 0.019 0.029 0.065 0.101 0.120 0.148 0.131 0.121 0.088 0.069 0.044 0.023 0.016 12 C 0.023 0.010 0.013 0.025 0.035 0.062 0.074 0.109 0.134 0.142 0.166 0.119 0.066 0.021 13 T 0.031 0.027 0.030 0.071 0.090 0.099 0.128 0.154 0.151 0.098 0.065 0.033 0.016 0.008 14 V 0.043 0.046 0.054 0.095 0.110 0.129 0.121 0.124 0.105 0.073 0.058 0.026 0.010 0.004 15 R 0.104 0.102 0.108 0.139 0.147 0.125 0.096 0.068 0.058 0.027 0.017 0.006 0.002 0.001 16 H 0.081 0.098 0.134 0.156 0.173 0.127 0.085 0.056 0.049 0.026 0.010 0.003 0.001 0.001 17 H 0.290 0.170 0.155 0.137 0.107 0.067 0.034 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 18 G 0.299 0.197 0.176 0.129 0.108 0.044 0.023 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.072 0.048 0.064 0.148 0.210 0.166 0.110 0.092 0.049 0.029 0.007 0.002 0.002 0.001 20 A 0.236 0.212 0.192 0.157 0.092 0.051 0.033 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 21 H 0.271 0.143 0.145 0.122 0.118 0.089 0.049 0.030 0.017 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 22 D 0.077 0.086 0.100 0.157 0.196 0.145 0.099 0.064 0.038 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 23 K 0.024 0.040 0.058 0.126 0.191 0.155 0.125 0.102 0.080 0.060 0.023 0.009 0.003 0.003 24 L 0.012 0.013 0.018 0.041 0.067 0.108 0.135 0.148 0.163 0.122 0.087 0.049 0.024 0.011 25 L 0.015 0.011 0.022 0.046 0.053 0.091 0.128 0.126 0.154 0.111 0.112 0.070 0.036 0.025 26 M 0.003 0.003 0.005 0.010 0.024 0.042 0.068 0.163 0.190 0.178 0.147 0.090 0.053 0.024 27 V 0.007 0.006 0.008 0.013 0.024 0.049 0.068 0.141 0.133 0.151 0.156 0.124 0.098 0.023 28 E 0.033 0.058 0.075 0.139 0.150 0.118 0.129 0.098 0.071 0.056 0.041 0.018 0.007 0.007 29 M 0.018 0.027 0.042 0.092 0.140 0.171 0.168 0.126 0.102 0.062 0.035 0.012 0.003 0.003 30 I 0.024 0.039 0.070 0.129 0.171 0.204 0.155 0.113 0.058 0.024 0.010 0.003 0.001 0.001 31 D 0.209 0.217 0.170 0.162 0.115 0.054 0.030 0.021 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 32 P 0.349 0.212 0.164 0.136 0.071 0.037 0.016 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.647 0.223 0.079 0.030 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 G 0.578 0.213 0.118 0.048 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 N 0.530 0.198 0.143 0.060 0.039 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 P 0.341 0.158 0.152 0.118 0.120 0.059 0.027 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 37 D 0.278 0.189 0.146 0.142 0.107 0.058 0.038 0.023 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 38 G 0.195 0.160 0.130 0.137 0.119 0.096 0.064 0.047 0.023 0.014 0.010 0.003 0.001 0.001 39 Q 0.032 0.060 0.081 0.136 0.164 0.149 0.125 0.103 0.066 0.039 0.025 0.011 0.005 0.003 40 C 0.005 0.008 0.016 0.036 0.064 0.103 0.164 0.174 0.146 0.124 0.076 0.046 0.026 0.013 41 A 0.002 0.003 0.007 0.015 0.028 0.067 0.103 0.146 0.148 0.181 0.149 0.069 0.049 0.033 42 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.017 0.026 0.041 0.082 0.137 0.233 0.234 0.115 0.100 43 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.018 0.040 0.095 0.146 0.216 0.276 0.126 0.069 44 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.038 0.134 0.175 0.152 0.196 0.166 0.077 0.039 45 D 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.019 0.040 0.184 0.156 0.182 0.205 0.097 0.067 0.035 46 N 0.004 0.006 0.008 0.012 0.031 0.045 0.067 0.131 0.147 0.184 0.123 0.114 0.060 0.069 47 I 0.008 0.006 0.011 0.018 0.035 0.060 0.085 0.105 0.148 0.185 0.125 0.106 0.059 0.050 48 G 0.014 0.022 0.038 0.085 0.132 0.151 0.169 0.119 0.116 0.067 0.038 0.023 0.013 0.015 49 A 0.017 0.025 0.036 0.080 0.096 0.151 0.174 0.131 0.102 0.072 0.064 0.026 0.018 0.008 50 G 0.035 0.073 0.097 0.164 0.168 0.147 0.135 0.083 0.051 0.025 0.013 0.005 0.003 0.002 51 T 0.032 0.058 0.084 0.123 0.159 0.159 0.134 0.100 0.064 0.047 0.025 0.010 0.004 0.002 52 G 0.023 0.040 0.065 0.104 0.141 0.170 0.143 0.121 0.079 0.058 0.032 0.012 0.007 0.003 53 E 0.012 0.024 0.039 0.085 0.114 0.118 0.148 0.118 0.135 0.097 0.058 0.029 0.013 0.011 54 W 0.001 0.002 0.005 0.012 0.023 0.046 0.085 0.159 0.204 0.160 0.152 0.081 0.045 0.022 55 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.015 0.033 0.106 0.136 0.168 0.193 0.152 0.126 0.059 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.052 0.088 0.174 0.205 0.218 0.147 0.092 57 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.016 0.054 0.104 0.180 0.212 0.213 0.125 0.082 58 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.015 0.035 0.086 0.134 0.169 0.206 0.170 0.105 0.069 59 S 0.002 0.005 0.008 0.020 0.038 0.064 0.108 0.178 0.181 0.151 0.116 0.066 0.031 0.032 60 G 0.005 0.015 0.023 0.041 0.079 0.111 0.137 0.175 0.143 0.121 0.082 0.036 0.019 0.014 61 S 0.043 0.069 0.087 0.109 0.137 0.157 0.136 0.091 0.076 0.046 0.028 0.011 0.005 0.005 62 S 0.034 0.063 0.088 0.129 0.175 0.163 0.133 0.089 0.066 0.032 0.017 0.006 0.002 0.002 63 A 0.025 0.025 0.043 0.064 0.105 0.173 0.199 0.153 0.116 0.054 0.028 0.010 0.005 0.002 64 R 0.116 0.178 0.177 0.173 0.140 0.088 0.059 0.039 0.015 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.273 0.206 0.189 0.114 0.095 0.052 0.031 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 66 A 0.071 0.052 0.073 0.147 0.194 0.162 0.139 0.102 0.036 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 67 H 0.090 0.086 0.130 0.181 0.184 0.131 0.101 0.053 0.027 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 68 K 0.508 0.211 0.128 0.080 0.038 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 S 0.479 0.209 0.140 0.086 0.047 0.022 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.420 0.221 0.142 0.100 0.063 0.029 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 T 0.280 0.227 0.161 0.128 0.100 0.053 0.026 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 S 0.095 0.095 0.126 0.166 0.187 0.137 0.090 0.056 0.024 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 73 P 0.028 0.040 0.056 0.114 0.162 0.182 0.158 0.110 0.063 0.046 0.022 0.011 0.005 0.003 74 V 0.008 0.011 0.020 0.048 0.074 0.113 0.157 0.167 0.138 0.117 0.075 0.046 0.018 0.009 75 D 0.003 0.007 0.014 0.034 0.048 0.081 0.112 0.167 0.165 0.132 0.122 0.063 0.033 0.019 76 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.020 0.044 0.076 0.153 0.168 0.192 0.182 0.093 0.056 77 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.038 0.135 0.169 0.207 0.186 0.109 0.082 0.052 78 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.037 0.070 0.141 0.201 0.183 0.184 0.165 79 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.025 0.062 0.142 0.163 0.239 0.154 0.196 80 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.032 0.082 0.129 0.175 0.222 0.131 0.103 0.111 81 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.018 0.035 0.078 0.111 0.149 0.229 0.153 0.106 0.110 82 V 0.001 0.002 0.003 0.006 0.014 0.027 0.065 0.142 0.147 0.172 0.169 0.135 0.078 0.039 83 D 0.004 0.011 0.017 0.043 0.069 0.109 0.148 0.208 0.133 0.112 0.080 0.036 0.018 0.011 84 E 0.017 0.037 0.057 0.099 0.154 0.161 0.148 0.122 0.093 0.053 0.034 0.016 0.005 0.004 85 V 0.027 0.036 0.049 0.098 0.143 0.168 0.148 0.137 0.096 0.062 0.022 0.009 0.004 0.001 86 V 0.107 0.124 0.147 0.174 0.165 0.111 0.072 0.043 0.035 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 87 S 0.283 0.144 0.156 0.133 0.107 0.073 0.044 0.027 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 88 G 0.440 0.196 0.149 0.083 0.062 0.033 0.017 0.009 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 89 G 0.406 0.175 0.127 0.105 0.086 0.043 0.025 0.016 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.297 0.173 0.145 0.129 0.110 0.058 0.039 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 91 V 0.242 0.114 0.107 0.120 0.123 0.107 0.074 0.058 0.026 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 92 I 0.140 0.096 0.110 0.139 0.159 0.118 0.095 0.072 0.035 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 93 F 0.113 0.064 0.083 0.120 0.146 0.150 0.112 0.090 0.051 0.043 0.016 0.008 0.003 0.001 94 H 0.254 0.142 0.137 0.134 0.124 0.082 0.049 0.031 0.022 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 95 K 0.242 0.121 0.130 0.137 0.125 0.086 0.058 0.039 0.027 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001